ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52638

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 9, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.009, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.012, 0.018, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.015, 0.023, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.020, 0.037, 0.053, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.040 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.038, 0.067, 0.097, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.067 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.069, 0.112, 0.155, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.112 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.028, 0.082, 0.137, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.082 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.094, 0.165, 0.236, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.165 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.075, 0.151, 0.226, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.151 std_dev=0.075
C5 B 0, 0.104, 0.191, 0.278, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.191 std_dev=0.087
C4 B 0, 0.137, 0.225, 0.313, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.225 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.115, 0.205, 0.295, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.205 std_dev=0.090
N9 B 0, 0.126, 0.217, 0.308, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.217 std_dev=0.091
C6 B 0, 0.102, 0.205, 0.308, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.205 std_dev=0.103
C8 B 0, 0.088, 0.195, 0.301, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.195 std_dev=0.106
C1' B 0, 0.133, 0.244, 0.356, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.244 std_dev=0.112
N7 B 0, 0.067, 0.180, 0.292, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.180 std_dev=0.112
P A 0, 0.128, 0.250, 0.372, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.250 std_dev=0.122
N1 B 0, 0.122, 0.247, 0.372, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.247 std_dev=0.125
N3 B 0, 0.153, 0.279, 0.405, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.279 std_dev=0.126
N6 B 0, 0.076, 0.204, 0.333, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.204 std_dev=0.128
O4' B 0, 0.141, 0.273, 0.404, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.273 std_dev=0.131
C4' B 0, 0.148, 0.280, 0.413, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.280 std_dev=0.133
C2 B 0, 0.148, 0.284, 0.419, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.284 std_dev=0.136
C3' B 0, 0.134, 0.275, 0.416, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.275 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.111, 0.252, 0.392, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.252 std_dev=0.141
P B 0, 0.177, 0.324, 0.470, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.324 std_dev=0.146
OP1 B 0, 0.205, 0.352, 0.500, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.352 std_dev=0.148
OP2 B 0, 0.198, 0.351, 0.505, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.351 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.195, 0.353, 0.512, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.353 std_dev=0.158
O5' B 0, 0.167, 0.332, 0.496, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.332 std_dev=0.164
C5' B 0, 0.157, 0.323, 0.489, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.323 std_dev=0.166
O2' B 0, 0.126, 0.292, 0.458, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.292 std_dev=0.166
O3' B 0, 0.146, 0.320, 0.494, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.320 std_dev=0.174
OP2 A 0, 0.320, 0.582, 0.843, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.582 std_dev=0.262
OP1 A 0, 0.381, 0.778, 1.175, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.778 std_dev=0.397
O5' A 0, 0.431, 0.973, 1.515, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.973 std_dev=0.542

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.40 0.29 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02 0.26 0.01 0.37 0.33 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.03 0.46 0.27 0.06
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.43 0.26 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.30 0.01 0.35 0.33 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.44 0.20 0.07
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.39 0.01 0.30 0.33 0.09
C5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.10 0.06 0.06 0.14 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.14 0.28 0.20 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.40 0.00 0.30 0.33 0.10
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.42 0.01 0.28 0.33 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.34 0.00 0.34 0.33 0.09
N2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.22 0.01 0.38 0.32 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.23 0.01 0.38 0.32 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.45 0.01 0.26 0.33 0.10
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.30 0.01 0.35 0.32 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.08 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.52 0.21 0.08
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.03 0.48 0.19 0.07
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.02 0.38 0.28 0.08
O5' 0.16 0.26 0.06 0.02 0.30 0.01 0.39 0.01 0.40 0.42 0.34 0.22 0.23 0.45 0.30 0.05 0.11 0.16 0.00 0.44 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.44 0.00 0.27 0.32 0.10
OP1 0.40 0.37 0.46 0.43 0.35 0.44 0.30 0.28 0.30 0.28 0.34 0.38 0.38 0.26 0.35 0.52 0.48 0.38 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.33 0.27 0.26 0.33 0.20 0.33 0.20 0.33 0.33 0.33 0.32 0.32 0.33 0.32 0.21 0.19 0.28 0.02 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.07 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.07 0.09 0.12 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10
C2 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.12 0.10 0.06 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09
C2' 0.11 0.12 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.08 0.09 0.13 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.13 0.10 0.10
C3' 0.12 0.14 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.14 0.08 0.08 0.10 0.14 0.10 0.07 0.10 0.11 0.09 0.14 0.13 0.14 0.11 0.11
C4 0.10 0.13 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.13 0.10 0.07 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09
C4' 0.12 0.14 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.14 0.09 0.09 0.10 0.14 0.11 0.08 0.10 0.11 0.09 0.14 0.14 0.15 0.13 0.12
C5 0.10 0.14 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.11 0.13 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10
C5' 0.18 0.19 0.14 0.15 0.17 0.18 0.17 0.21 0.17 0.17 0.18 0.20 0.19 0.17 0.17 0.15 0.14 0.20 0.21 0.22 0.22 0.20
C6 0.10 0.14 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.13 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10
C8 0.10 0.14 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.13 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11
N1 0.10 0.13 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.12 0.10 0.06 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09
N2 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.12 0.11 0.07 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.13 0.11 0.09
N3 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.12 0.10 0.06 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09
N7 0.10 0.15 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.12 0.13 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.12 0.13 0.12 0.11
N9 0.10 0.13 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.13 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10
O2' 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.15 0.12 0.12
O3' 0.11 0.12 0.09 0.09 0.09 0.11 0.07 0.13 0.08 0.07 0.09 0.13 0.10 0.07 0.09 0.11 0.09 0.14 0.12 0.13 0.09 0.09
O4' 0.11 0.13 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.08 0.09 0.13 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11
O5' 0.33 0.35 0.30 0.32 0.36 0.34 0.39 0.38 0.41 0.38 0.38 0.34 0.45 0.40 0.35 0.27 0.30 0.35 0.41 0.43 0.46 0.43
O6 0.10 0.15 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.14 0.14 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11
OP1 0.43 0.44 0.43 0.42 0.41 0.43 0.37 0.43 0.36 0.37 0.40 0.45 0.33 0.34 0.40 0.46 0.42 0.43 0.41 0.41 0.38 0.39
OP2 0.28 0.31 0.28 0.29 0.29 0.28 0.28 0.28 0.28 0.27 0.29 0.31 0.27 0.27 0.28 0.28 0.29 0.29 0.28 0.27 0.25 0.27
P 0.17 0.20 0.14 0.15 0.16 0.17 0.14 0.19 0.14 0.13 0.17 0.20 0.14 0.13 0.16 0.15 0.14 0.19 0.20 0.20 0.19 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.02 0.05 0.06 0.09 0.07
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.06 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.06 0.09 0.04 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.13 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.09 0.10 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.03 0.04 0.05 0.08 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.09 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.09 0.10 0.08 0.08
N1 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.06 0.08 0.10 0.08
N3 0.02 0.00 0.10 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.02 0.05 0.05 0.08 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.08 0.11 0.13 0.10
N7 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.10 0.11 0.11 0.10
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.11 0.06 0.04
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.08 0.11 0.05 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.18 0.13 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.07
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.05 0.08 0.10 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.11 0.13 0.06 0.07 0.09 0.04 0.09 0.10 0.08 0.05 0.11 0.11 0.06 0.11 0.18 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.06 0.09 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.08 0.13 0.11 0.06 0.06 0.13 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.10 0.05 0.04 0.10 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00