ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52639

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 4, 7, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.023, 0.034, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.023, 0.039, 0.055, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.039 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.032, 0.057, 0.083, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.057 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.022, 0.054, 0.086, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.054 std_dev=0.032
N3 B 0, 0.328, 0.473, 0.617, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.473 std_dev=0.145
C4 B 0, 0.367, 0.522, 0.678, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.522 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.322, 0.480, 0.639, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.480 std_dev=0.159
C2 B 0, 0.307, 0.472, 0.638, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.472 std_dev=0.165
C1' B 0, 0.402, 0.591, 0.779, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.591 std_dev=0.189
N9 B 0, 0.435, 0.649, 0.863, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.649 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.386, 0.633, 0.880, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.633 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.428, 0.687, 0.947, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.687 std_dev=0.260
O4' B 0, 0.391, 0.776, 1.161, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.776 std_dev=0.385
C2' B 0, 0.523, 0.913, 1.303, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.913 std_dev=0.390
C8 B 0, 0.495, 0.891, 1.288, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.891 std_dev=0.397
O4' A 0, 0.142, 0.547, 0.951, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.547 std_dev=0.404
N6 B 0, 0.429, 0.836, 1.243, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.836 std_dev=0.407
C2' A 0, 0.205, 0.613, 1.021, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.613 std_dev=0.408
N7 B 0, 0.510, 0.959, 1.409, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.959 std_dev=0.449
O2' A 0, 0.279, 0.768, 1.257, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.768 std_dev=0.489
C4' B 0, 0.409, 0.920, 1.431, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.920 std_dev=0.511
O2' B 0, 0.627, 1.143, 1.659, 1.953 max_d=1.953 avg_d=1.143 std_dev=0.516
C3' B 0, 0.501, 1.035, 1.570, 2.167 max_d=2.167 avg_d=1.035 std_dev=0.534
C4' A 0, 0.266, 0.854, 1.443, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.854 std_dev=0.588
O5' B 0, 0.871, 1.519, 2.167, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.519 std_dev=0.648
C3' A 0, 0.285, 0.936, 1.586, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.936 std_dev=0.651
O3' B 0, 0.506, 1.282, 2.059, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.282 std_dev=0.776
C5' B 0, 0.534, 1.329, 2.123, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.329 std_dev=0.795
O5' A 0, 1.053, 1.854, 2.655, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.854 std_dev=0.801
P B 0, 0.882, 1.771, 2.660, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.771 std_dev=0.889
C5' A 0, 0.537, 1.452, 2.366, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.452 std_dev=0.915
O3' A 0, 0.441, 1.368, 2.295, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.368 std_dev=0.927
OP2 B 0, 1.090, 2.069, 3.048, 3.668 max_d=3.668 avg_d=2.069 std_dev=0.979
OP2 A 0, 1.119, 2.165, 3.211, 4.224 max_d=4.224 avg_d=2.165 std_dev=1.046
P A 0, 1.077, 2.187, 3.297, 4.451 max_d=4.451 avg_d=2.187 std_dev=1.110
OP1 B 0, 0.816, 1.932, 3.048, 4.378 max_d=4.378 avg_d=1.932 std_dev=1.116
OP1 A 0, 1.127, 2.561, 3.994, 5.828 max_d=5.828 avg_d=2.561 std_dev=1.433

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.22 0.03 0.27 0.25 0.18
C2 0.04 0.00 0.27 0.33 0.02 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.41 0.10 0.39 0.02 0.38 0.48 0.35
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.10 0.13 0.12 0.21 0.32 0.27 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.22 0.11 0.32 0.31 0.17
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.23 0.01 0.22 0.02 0.26 0.22 0.30 0.38 0.30 0.23 0.13 0.02 0.01 0.02 0.33 0.27 0.45 0.33 0.28
C4 0.01 0.02 0.15 0.23 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.13 0.21 0.05 0.43 0.02 0.35 0.39 0.33
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.11 0.10 0.12 0.14 0.11 0.11 0.06 0.16 0.03 0.00 0.01 0.12 0.24 0.31 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.22 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.04 0.56 0.02 0.45 0.49 0.45
C5' 0.06 0.21 0.10 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.24 0.17 0.23 0.22 0.18 0.20 0.14 0.07 0.12 0.02 0.01 0.25 0.27 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.26 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.24 0.05 0.57 0.01 0.48 0.57 0.49
C8 0.02 0.02 0.12 0.22 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.06 0.61 0.03 0.46 0.41 0.46
N1 0.03 0.01 0.21 0.30 0.02 0.12 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.34 0.08 0.49 0.02 0.45 0.55 0.43
N2 0.06 0.01 0.32 0.38 0.03 0.14 0.02 0.22 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.23 0.51 0.12 0.34 0.03 0.39 0.51 0.33
N3 0.03 0.01 0.27 0.30 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.37 0.09 0.34 0.02 0.33 0.41 0.28
N7 0.02 0.02 0.08 0.23 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.18 0.05 0.65 0.04 0.52 0.54 0.53
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.10 0.08 0.02 0.42 0.03 0.33 0.30 0.30
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.13 0.16 0.15 0.07 0.17 0.15 0.19 0.23 0.18 0.17 0.10 0.00 0.07 0.12 0.17 0.18 0.35 0.27 0.12
O3' 0.16 0.41 0.03 0.01 0.21 0.03 0.18 0.12 0.24 0.19 0.34 0.51 0.37 0.18 0.08 0.07 0.00 0.11 0.32 0.24 0.59 0.41 0.35
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.08 0.12 0.09 0.05 0.02 0.12 0.11 0.00 0.20 0.06 0.32 0.36 0.26
O5' 0.22 0.39 0.22 0.33 0.43 0.01 0.56 0.01 0.57 0.61 0.49 0.34 0.34 0.65 0.42 0.17 0.32 0.20 0.00 0.62 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.27 0.02 0.12 0.02 0.25 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.18 0.24 0.06 0.62 0.00 0.54 0.64 0.55
OP1 0.27 0.38 0.32 0.45 0.35 0.24 0.45 0.27 0.48 0.46 0.45 0.39 0.33 0.52 0.33 0.35 0.59 0.32 0.02 0.54 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.48 0.31 0.33 0.39 0.31 0.49 0.36 0.57 0.41 0.55 0.51 0.41 0.54 0.30 0.27 0.41 0.36 0.02 0.64 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.35 0.17 0.28 0.33 0.08 0.45 0.01 0.49 0.46 0.43 0.33 0.28 0.53 0.30 0.12 0.35 0.26 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.31 0.34 0.11 0.15 0.10 0.22 0.09 0.12 0.08 0.13 0.12 0.12 0.11 0.31 0.37 0.18 0.50 0.53 0.60 0.45
C2 0.14 0.10 0.30 0.32 0.10 0.15 0.10 0.20 0.11 0.11 0.07 0.12 0.16 0.12 0.11 0.32 0.36 0.19 0.49 0.49 0.57 0.42
C2' 0.35 0.31 0.39 0.33 0.28 0.34 0.25 0.28 0.24 0.25 0.26 0.32 0.22 0.23 0.29 0.52 0.46 0.41 0.48 0.34 0.44 0.33
C3' 0.48 0.43 0.48 0.39 0.42 0.45 0.39 0.37 0.38 0.39 0.40 0.44 0.37 0.37 0.42 0.61 0.49 0.54 0.51 0.33 0.41 0.35
C4 0.13 0.13 0.29 0.33 0.11 0.15 0.10 0.22 0.09 0.11 0.09 0.13 0.12 0.11 0.11 0.32 0.34 0.17 0.51 0.53 0.60 0.46
C4' 0.25 0.22 0.33 0.31 0.21 0.21 0.19 0.19 0.19 0.19 0.20 0.23 0.20 0.19 0.21 0.40 0.36 0.30 0.44 0.41 0.50 0.32
C5 0.14 0.16 0.27 0.34 0.13 0.15 0.11 0.24 0.10 0.12 0.12 0.15 0.11 0.11 0.12 0.32 0.31 0.15 0.53 0.55 0.62 0.49
C5' 0.35 0.33 0.40 0.38 0.33 0.30 0.32 0.29 0.32 0.33 0.31 0.33 0.33 0.33 0.33 0.45 0.38 0.39 0.43 0.42 0.49 0.32
C6 0.14 0.17 0.27 0.34 0.13 0.16 0.11 0.25 0.10 0.12 0.13 0.17 0.11 0.11 0.13 0.32 0.29 0.15 0.53 0.55 0.62 0.49
C8 0.14 0.15 0.28 0.35 0.13 0.16 0.11 0.25 0.11 0.12 0.12 0.15 0.12 0.12 0.13 0.32 0.33 0.16 0.53 0.56 0.63 0.49
N1 0.14 0.14 0.28 0.33 0.11 0.15 0.09 0.21 0.09 0.11 0.08 0.15 0.15 0.11 0.11 0.32 0.31 0.16 0.50 0.51 0.59 0.45
N2 0.15 0.08 0.32 0.31 0.10 0.17 0.12 0.19 0.14 0.13 0.12 0.11 0.19 0.14 0.12 0.33 0.39 0.22 0.46 0.46 0.54 0.38
N3 0.14 0.10 0.31 0.33 0.10 0.15 0.09 0.20 0.10 0.11 0.07 0.12 0.15 0.12 0.11 0.32 0.37 0.19 0.49 0.50 0.58 0.42
N7 0.15 0.17 0.27 0.35 0.14 0.16 0.13 0.26 0.12 0.13 0.14 0.16 0.13 0.13 0.14 0.33 0.31 0.15 0.53 0.57 0.64 0.51
N9 0.13 0.13 0.29 0.34 0.11 0.15 0.10 0.23 0.09 0.11 0.09 0.13 0.12 0.11 0.11 0.32 0.34 0.17 0.51 0.53 0.61 0.46
O2' 0.30 0.27 0.39 0.35 0.27 0.32 0.24 0.32 0.23 0.26 0.24 0.29 0.21 0.24 0.28 0.44 0.47 0.38 0.49 0.42 0.55 0.41
O3' 0.60 0.54 0.59 0.51 0.52 0.60 0.47 0.53 0.44 0.49 0.48 0.56 0.40 0.45 0.53 0.73 0.64 0.67 0.53 0.37 0.46 0.42
O4' 0.13 0.13 0.33 0.40 0.13 0.18 0.13 0.28 0.13 0.15 0.11 0.14 0.16 0.16 0.13 0.29 0.40 0.17 0.53 0.61 0.67 0.50
O5' 0.55 0.53 0.55 0.63 0.54 0.57 0.55 0.65 0.55 0.56 0.53 0.53 0.58 0.57 0.55 0.51 0.65 0.60 0.86 0.82 0.80 0.75
O6 0.16 0.20 0.25 0.35 0.16 0.18 0.13 0.28 0.14 0.13 0.19 0.19 0.11 0.12 0.15 0.33 0.28 0.15 0.56 0.58 0.64 0.53
OP1 0.67 0.59 0.58 0.64 0.62 0.68 0.60 0.75 0.57 0.63 0.56 0.62 0.57 0.62 0.64 0.62 0.71 0.76 0.86 0.76 0.70 0.70
OP2 0.73 0.69 0.71 0.78 0.71 0.75 0.70 0.83 0.69 0.73 0.67 0.71 0.68 0.72 0.72 0.70 0.76 0.78 0.89 0.85 0.83 0.79
P 0.56 0.53 0.57 0.67 0.55 0.59 0.55 0.69 0.54 0.57 0.52 0.54 0.55 0.57 0.56 0.51 0.67 0.61 0.82 0.80 0.77 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.22 0.01 0.24 0.21 0.43 0.24
C2 0.06 0.00 0.19 0.19 0.01 0.07 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.24 0.29 0.15 0.41 0.36 0.46 0.31
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.14 0.10 0.10 0.16 0.19 0.09 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.40 0.43 0.40 0.33
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.19 0.01 0.26 0.02 0.26 0.27 0.23 0.16 0.30 0.30 0.17 0.02 0.01 0.02 0.34 0.43 0.24 0.22
C4 0.03 0.01 0.11 0.19 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.18 0.07 0.43 0.35 0.45 0.31
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.10 0.19 0.07 0.08 0.14 0.19 0.08 0.21 0.02 0.01 0.02 0.17 0.36 0.13
C5 0.02 0.02 0.07 0.26 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.17 0.05 0.54 0.46 0.52 0.42
C5' 0.06 0.13 0.14 0.02 0.14 0.01 0.22 0.00 0.23 0.26 0.18 0.11 0.29 0.29 0.13 0.09 0.15 0.02 0.01 0.27 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.26 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.19 0.07 0.55 0.50 0.56 0.45
C8 0.03 0.02 0.10 0.27 0.01 0.19 0.02 0.26 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.20 0.10 0.55 0.42 0.47 0.39
N1 0.05 0.01 0.16 0.23 0.02 0.07 0.02 0.18 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.24 0.23 0.12 0.49 0.44 0.52 0.39
N3 0.06 0.01 0.19 0.16 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.30 0.15 0.37 0.31 0.43 0.27
N6 0.03 0.02 0.09 0.30 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.26 0.21 0.06 0.61 0.58 0.63 0.53
N7 0.02 0.02 0.07 0.30 0.01 0.19 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.24 0.22 0.07 0.61 0.52 0.55 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.17 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.12 0.02 0.40 0.31 0.43 0.28
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.18 0.21 0.22 0.09 0.24 0.21 0.24 0.21 0.26 0.24 0.14 0.00 0.07 0.15 0.21 0.31 0.41 0.25
O3' 0.22 0.29 0.04 0.01 0.18 0.02 0.17 0.15 0.19 0.20 0.23 0.30 0.21 0.22 0.12 0.07 0.00 0.15 0.35 0.54 0.32 0.31
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.10 0.12 0.15 0.06 0.07 0.02 0.15 0.15 0.00 0.15 0.18 0.53 0.32
O5' 0.24 0.41 0.40 0.34 0.43 0.02 0.54 0.01 0.55 0.55 0.49 0.37 0.61 0.61 0.40 0.21 0.35 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.36 0.43 0.43 0.35 0.17 0.46 0.27 0.50 0.42 0.44 0.31 0.58 0.52 0.31 0.31 0.54 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.46 0.40 0.24 0.45 0.36 0.52 0.34 0.56 0.47 0.52 0.43 0.63 0.55 0.43 0.41 0.32 0.53 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.31 0.33 0.22 0.31 0.13 0.42 0.02 0.45 0.39 0.39 0.27 0.53 0.48 0.28 0.25 0.31 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00