ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52640

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 4, 2, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.020, 0.057, 0.095, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.057 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.034, 0.075, 0.115, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.075 std_dev=0.041
C4' A 0, 0.059, 0.114, 0.168, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.114 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.061, 0.116, 0.171, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.116 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.026, 0.098, 0.169, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.098 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.058, 0.149, 0.240, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.149 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.135, 0.229, 0.324, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.229 std_dev=0.095
O5' A 0, 0.155, 0.264, 0.374, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.264 std_dev=0.109
C2 B 0, 0.133, 0.286, 0.440, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.286 std_dev=0.154
P A 0, 0.237, 0.391, 0.545, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.391 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.132, 0.288, 0.444, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.288 std_dev=0.156
C6 B 0, 0.145, 0.330, 0.514, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.330 std_dev=0.184
N3 B 0, 0.153, 0.341, 0.530, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.341 std_dev=0.189
OP2 A 0, 0.289, 0.485, 0.681, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.485 std_dev=0.196
C5 B 0, 0.172, 0.372, 0.571, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.372 std_dev=0.200
C4 B 0, 0.171, 0.377, 0.582, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.377 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.290, 0.512, 0.735, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.512 std_dev=0.223
N6 B 0, 0.142, 0.387, 0.632, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.387 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.199, 0.460, 0.722, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.460 std_dev=0.262
N9 B 0, 0.214, 0.479, 0.743, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.479 std_dev=0.265
C8 B 0, 0.220, 0.511, 0.802, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.511 std_dev=0.291
OP2 B 0, 0.397, 0.698, 0.998, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.698 std_dev=0.300
C2' B 0, 0.288, 0.599, 0.910, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.599 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.326, 0.641, 0.957, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.641 std_dev=0.316
C1' B 0, 0.240, 0.561, 0.882, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.561 std_dev=0.321
O5' B 0, 0.297, 0.640, 0.982, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.640 std_dev=0.342
O3' B 0, 0.361, 0.713, 1.065, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.713 std_dev=0.352
C4' B 0, 0.302, 0.670, 1.038, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.670 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.263, 0.631, 0.998, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.631 std_dev=0.368
P B 0, 0.347, 0.716, 1.085, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.716 std_dev=0.369
O2' B 0, 0.277, 0.656, 1.036, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.656 std_dev=0.379
C5' B 0, 0.304, 0.693, 1.082, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.693 std_dev=0.389
OP1 B 0, 0.389, 0.803, 1.218, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.803 std_dev=0.414

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.04 0.00 0.06 0.14 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.14 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.17 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.17 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.16 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.16 0.09
N2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.02 0.04 0.01 0.05 0.14 0.08
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.13 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.10 0.18 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.13 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.08 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.10 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
O5' 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.12 0.18 0.11
OP1 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.07 0.08 0.05 0.05 0.10 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.14 0.06 0.03 0.14 0.03 0.17 0.01 0.17 0.16 0.16 0.14 0.13 0.18 0.13 0.05 0.04 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.04 0.03 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.04 0.05 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.05 0.09 0.09 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.13 0.12 0.07 0.09 0.13 0.20 0.13
C2 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05 0.11 0.11 0.05 0.09 0.12 0.19 0.13
C2' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.09 0.14 0.13 0.10 0.08 0.10 0.16 0.10
C3' 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.13 0.09 0.08 0.13 0.13 0.08 0.08 0.10 0.17 0.11
C4 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.04 0.11 0.09 0.05 0.09 0.13 0.20 0.14
C4' 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.13 0.12 0.08 0.08 0.12 0.19 0.12
C5 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.11 0.08 0.06 0.10 0.14 0.21 0.16
C5' 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.11 0.07 0.05 0.12 0.11 0.06 0.09 0.13 0.20 0.14
C6 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.11 0.08 0.07 0.10 0.15 0.21 0.16
C8 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06 0.05 0.11 0.08 0.05 0.10 0.15 0.21 0.16
N1 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04 0.11 0.09 0.05 0.09 0.13 0.20 0.14
N2 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.09 0.08 0.11 0.13 0.08 0.10 0.12 0.19 0.13
N3 0.06 0.05 0.07 0.09 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06 0.05 0.11 0.11 0.06 0.09 0.12 0.19 0.13
N7 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.07 0.11 0.15 0.22 0.17
N9 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.04 0.11 0.10 0.05 0.09 0.13 0.20 0.14
O2' 0.16 0.15 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.19 0.16 0.17 0.12 0.13 0.17 0.12
O3' 0.11 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.13 0.09 0.15 0.11 0.15 0.12 0.17 0.13 0.11 0.15 0.14 0.12 0.08 0.09 0.15 0.10
O4' 0.06 0.04 0.08 0.09 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05 0.13 0.12 0.06 0.09 0.13 0.21 0.14
O5' 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06 0.12 0.09 0.07 0.11 0.10 0.07 0.11 0.15 0.22 0.17
O6 0.11 0.12 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.13 0.08 0.10 0.12 0.16 0.22 0.18
OP1 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.12 0.14 0.14 0.11 0.09 0.17 0.15 0.11 0.12 0.10 0.11 0.16 0.20 0.27 0.22
OP2 0.19 0.17 0.18 0.19 0.19 0.19 0.21 0.22 0.20 0.21 0.18 0.18 0.22 0.22 0.20 0.18 0.19 0.20 0.24 0.28 0.33 0.29
P 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.10 0.16 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.16 0.20 0.26 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.01 0.11 0.14 0.20 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.09 0.08 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.12 0.18 0.14
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.17 0.22 0.17
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.05 0.10 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.13 0.18 0.24 0.18
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.13 0.16 0.14
N1 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.12 0.17 0.23 0.17
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.09 0.11 0.17 0.13
N6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.14 0.22 0.26 0.20
N7 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.18 0.22 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.09 0.13 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.11 0.09 0.09 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
O5' 0.04 0.11 0.03 0.03 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.10 0.12 0.09 0.14 0.12 0.08 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.14 0.06 0.07 0.12 0.04 0.17 0.04 0.18 0.13 0.17 0.11 0.22 0.18 0.09 0.06 0.11 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.20 0.06 0.05 0.18 0.02 0.22 0.01 0.24 0.16 0.23 0.17 0.26 0.22 0.13 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.15 0.04 0.03 0.14 0.01 0.17 0.01 0.18 0.14 0.17 0.13 0.20 0.18 0.11 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00