ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52641

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 3, 5, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.022, 0.041, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.041 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.006, 0.026, 0.047, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.005, 0.030, 0.056, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.030 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.006, 0.036, 0.066, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.036 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.007, 0.039, 0.071, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.039 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.008, 0.040, 0.072, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.040 std_dev=0.032
N2 A 0, -0.010, 0.053, 0.116, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.053 std_dev=0.063
N3 B 0, 0.240, 0.485, 0.731, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.485 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.322, 0.597, 0.873, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.597 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.184, 0.486, 0.789, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.486 std_dev=0.302
C2 B 0, 0.166, 0.471, 0.777, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.471 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.234, 0.573, 0.912, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.573 std_dev=0.339
N9 B 0, 0.202, 0.544, 0.886, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.544 std_dev=0.342
O4' B 0, 0.278, 0.627, 0.975, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.627 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.442, 0.858, 1.273, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.858 std_dev=0.416
C4' B 0, 0.318, 0.736, 1.153, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.736 std_dev=0.417
C2' A 0, 0.080, 0.511, 0.942, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.511 std_dev=0.431
C6 B 0, 0.302, 0.758, 1.215, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.758 std_dev=0.456
C3' B 0, 0.423, 0.894, 1.364, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.894 std_dev=0.470
C5 B 0, 0.219, 0.691, 1.163, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.691 std_dev=0.472
O4' A 0, 0.032, 0.525, 1.017, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.525 std_dev=0.493
O2' B 0, 0.484, 1.044, 1.605, 1.896 max_d=1.896 avg_d=1.044 std_dev=0.561
C5' B 0, 0.253, 0.837, 1.422, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.837 std_dev=0.584
C8 B 0, 0.126, 0.720, 1.314, 2.157 max_d=2.157 avg_d=0.720 std_dev=0.594
O3' B 0, 0.525, 1.121, 1.717, 1.940 max_d=1.940 avg_d=1.121 std_dev=0.596
O2' A 0, 0.040, 0.665, 1.289, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.665 std_dev=0.625
N6 B 0, 0.384, 1.040, 1.695, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.040 std_dev=0.656
C3' A 0, 0.117, 0.778, 1.439, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.778 std_dev=0.661
N7 B 0, 0.184, 0.870, 1.556, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.870 std_dev=0.686
C4' A 0, 0.070, 0.778, 1.486, 2.411 max_d=2.411 avg_d=0.778 std_dev=0.708
O5' B 0, 0.487, 1.323, 2.159, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.323 std_dev=0.836
O3' A 0, 0.186, 1.044, 1.902, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.044 std_dev=0.858
C5' A 0, 0.310, 1.307, 2.303, 3.427 max_d=3.427 avg_d=1.307 std_dev=0.996
P B 0, 0.552, 1.591, 2.629, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.591 std_dev=1.039
O5' A 0, 0.708, 1.749, 2.790, 3.445 max_d=3.445 avg_d=1.749 std_dev=1.041
OP2 B 0, 0.634, 1.819, 3.004, 3.790 max_d=3.790 avg_d=1.819 std_dev=1.185
OP1 B 0, 0.631, 1.833, 3.036, 4.025 max_d=4.025 avg_d=1.833 std_dev=1.203
P A 0, 0.992, 2.499, 4.006, 4.668 max_d=4.668 avg_d=2.499 std_dev=1.507
OP1 A 0, 1.378, 3.060, 4.743, 5.410 max_d=5.410 avg_d=3.060 std_dev=1.682
OP2 A 0, 0.810, 2.888, 4.967, 6.986 max_d=6.986 avg_d=2.888 std_dev=2.078

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.10 0.04 0.02 0.06 0.10 0.07 0.02 0.01 0.03 0.23 0.01 0.42 0.03 0.29 0.54 0.35
C2 0.07 0.00 0.37 0.40 0.01 0.14 0.01 0.28 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.32 0.24 0.71 0.03 0.63 1.26 0.79
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.03 0.09 0.16 0.15 0.18 0.28 0.45 0.37 0.11 0.03 0.01 0.05 0.01 0.44 0.11 0.40 0.59 0.45
C3' 0.01 0.40 0.01 0.00 0.28 0.00 0.29 0.03 0.33 0.24 0.38 0.44 0.36 0.26 0.17 0.03 0.01 0.02 0.20 0.33 0.33 0.38 0.26
C4 0.04 0.01 0.19 0.28 0.00 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.12 0.68 0.01 0.41 1.15 0.69
C4' 0.01 0.14 0.03 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.16 0.12 0.18 0.13 0.15 0.07 0.22 0.04 0.00 0.03 0.13 0.21 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.29 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.04 0.78 0.01 0.46 1.42 0.84
C5' 0.10 0.28 0.16 0.03 0.22 0.01 0.24 0.00 0.27 0.19 0.28 0.30 0.25 0.23 0.15 0.09 0.16 0.04 0.01 0.28 0.22 0.17 0.01
C6 0.04 0.02 0.15 0.33 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.20 0.15 0.09 0.83 0.01 0.61 1.58 0.94
C8 0.02 0.01 0.18 0.24 0.01 0.16 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.31 0.19 0.15 0.70 0.02 0.30 1.20 0.69
N1 0.06 0.01 0.28 0.38 0.01 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.25 0.18 0.79 0.02 0.67 1.48 0.91
N2 0.10 0.00 0.45 0.44 0.01 0.18 0.01 0.30 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.23 0.42 0.30 0.68 0.04 0.70 1.22 0.79
N3 0.07 0.01 0.37 0.36 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.14 0.30 0.24 0.63 0.02 0.50 1.06 0.67
N7 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.15 0.01 0.23 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.16 0.10 0.78 0.03 0.37 1.46 0.83
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.08 0.01 0.60 0.02 0.27 0.95 0.56
O2' 0.03 0.14 0.01 0.03 0.11 0.22 0.21 0.09 0.20 0.31 0.12 0.23 0.14 0.32 0.16 0.00 0.11 0.14 0.23 0.25 0.27 0.44 0.27
O3' 0.23 0.32 0.05 0.01 0.14 0.04 0.10 0.16 0.15 0.19 0.25 0.42 0.30 0.16 0.08 0.11 0.00 0.17 0.27 0.16 0.55 0.43 0.35
O4' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.12 0.00 0.04 0.04 0.09 0.15 0.18 0.30 0.24 0.10 0.01 0.14 0.17 0.00 0.30 0.06 0.36 0.29 0.20
O5' 0.42 0.71 0.44 0.20 0.68 0.03 0.78 0.01 0.83 0.70 0.79 0.68 0.63 0.78 0.60 0.23 0.27 0.30 0.00 0.88 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.11 0.33 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.25 0.16 0.06 0.88 0.00 0.66 1.73 1.03
OP1 0.29 0.63 0.40 0.33 0.41 0.21 0.46 0.22 0.61 0.30 0.67 0.70 0.50 0.37 0.27 0.27 0.55 0.36 0.02 0.66 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 1.26 0.59 0.38 1.15 0.15 1.42 0.17 1.58 1.20 1.48 1.22 1.06 1.46 0.95 0.44 0.43 0.29 0.02 1.73 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.79 0.45 0.26 0.69 0.04 0.84 0.01 0.94 0.69 0.91 0.79 0.67 0.83 0.56 0.27 0.35 0.20 0.01 1.03 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.22 0.33 0.33 0.21 0.25 0.18 0.25 0.17 0.19 0.17 0.25 0.22 0.19 0.22 0.39 0.40 0.24 0.63 0.71 0.87 0.71
C2 0.22 0.17 0.29 0.29 0.16 0.21 0.12 0.20 0.14 0.14 0.12 0.21 0.21 0.13 0.17 0.36 0.37 0.21 0.56 0.62 0.79 0.63
C2' 0.45 0.36 0.44 0.39 0.36 0.42 0.28 0.39 0.24 0.33 0.26 0.41 0.23 0.29 0.38 0.56 0.43 0.46 0.52 0.56 0.71 0.57
C3' 0.62 0.50 0.53 0.47 0.55 0.59 0.51 0.59 0.46 0.57 0.44 0.55 0.43 0.53 0.58 0.63 0.46 0.67 0.56 0.54 0.65 0.57
C4 0.23 0.22 0.29 0.28 0.18 0.21 0.15 0.22 0.15 0.16 0.15 0.23 0.20 0.16 0.19 0.35 0.35 0.21 0.62 0.71 0.86 0.71
C4' 0.37 0.29 0.35 0.32 0.32 0.34 0.31 0.36 0.28 0.35 0.25 0.32 0.30 0.34 0.35 0.43 0.38 0.41 0.53 0.55 0.71 0.55
C5 0.22 0.26 0.28 0.27 0.20 0.20 0.16 0.24 0.16 0.16 0.19 0.25 0.20 0.17 0.19 0.34 0.33 0.20 0.67 0.77 0.91 0.76
C5' 0.53 0.42 0.43 0.41 0.49 0.50 0.51 0.55 0.48 0.57 0.42 0.46 0.51 0.56 0.53 0.49 0.41 0.60 0.56 0.55 0.69 0.56
C6 0.21 0.27 0.27 0.27 0.19 0.19 0.15 0.23 0.15 0.15 0.20 0.25 0.19 0.15 0.18 0.33 0.32 0.18 0.67 0.77 0.91 0.77
C8 0.23 0.25 0.28 0.27 0.21 0.21 0.18 0.25 0.18 0.18 0.20 0.25 0.21 0.19 0.20 0.34 0.33 0.22 0.68 0.78 0.93 0.78
N1 0.21 0.23 0.28 0.27 0.17 0.20 0.13 0.21 0.14 0.14 0.13 0.23 0.21 0.13 0.17 0.34 0.34 0.19 0.61 0.69 0.84 0.69
N2 0.23 0.15 0.30 0.31 0.15 0.23 0.14 0.20 0.18 0.14 0.17 0.19 0.24 0.14 0.17 0.38 0.40 0.23 0.49 0.54 0.71 0.55
N3 0.22 0.17 0.30 0.29 0.16 0.22 0.13 0.20 0.14 0.15 0.12 0.21 0.20 0.14 0.18 0.37 0.37 0.21 0.56 0.63 0.80 0.64
N7 0.22 0.27 0.27 0.26 0.21 0.20 0.18 0.26 0.18 0.18 0.22 0.26 0.21 0.18 0.20 0.33 0.32 0.21 0.70 0.82 0.95 0.81
N9 0.24 0.23 0.30 0.29 0.20 0.22 0.17 0.24 0.16 0.18 0.17 0.24 0.21 0.18 0.20 0.36 0.36 0.22 0.64 0.73 0.88 0.72
O2' 0.35 0.26 0.38 0.36 0.28 0.34 0.28 0.34 0.28 0.30 0.25 0.30 0.35 0.30 0.30 0.46 0.42 0.35 0.64 0.68 0.86 0.71
O3' 0.59 0.43 0.51 0.46 0.49 0.57 0.44 0.58 0.38 0.52 0.36 0.49 0.36 0.48 0.53 0.61 0.47 0.64 0.56 0.51 0.61 0.53
O4' 0.34 0.31 0.43 0.44 0.30 0.34 0.28 0.36 0.27 0.30 0.27 0.33 0.29 0.29 0.31 0.46 0.53 0.32 0.70 0.78 0.92 0.75
O5' 1.02 0.90 0.84 0.87 1.01 1.02 1.07 1.12 1.03 1.13 0.94 0.93 1.07 1.14 1.06 0.81 0.79 1.12 1.12 1.09 1.19 1.08
O6 0.20 0.29 0.27 0.27 0.20 0.19 0.16 0.25 0.17 0.15 0.25 0.26 0.20 0.16 0.18 0.31 0.32 0.17 0.71 0.83 0.95 0.82
OP1 1.32 1.03 1.05 1.05 1.22 1.33 1.24 1.42 1.13 1.37 1.02 1.13 1.13 1.34 1.31 1.09 0.92 1.48 1.30 1.23 1.23 1.25
OP2 1.95 1.71 1.71 1.79 1.95 2.00 2.05 2.15 1.98 2.16 1.80 1.78 2.06 2.19 2.02 1.60 1.64 2.11 2.11 2.10 2.19 2.11
P 1.32 1.11 1.09 1.14 1.29 1.34 1.35 1.46 1.29 1.45 1.16 1.18 1.34 1.46 1.36 1.05 1.03 1.46 1.41 1.38 1.45 1.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.27 0.27 0.30
C2 0.04 0.00 0.15 0.15 0.01 0.06 0.02 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.19 0.06 0.45 0.51 0.64 0.53
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.08 0.06 0.12 0.15 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.33 0.24 0.27
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.12 0.11 0.14 0.14 0.12 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.34 0.42 0.23 0.31
C4 0.03 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.48 0.52 0.60 0.54
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.05 0.06 0.09 0.10 0.04 0.06 0.01 0.00 0.02 0.16 0.19 0.10
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.61 0.68 0.78 0.70
C5' 0.04 0.10 0.03 0.04 0.12 0.01 0.18 0.00 0.18 0.22 0.14 0.08 0.23 0.24 0.12 0.06 0.04 0.02 0.01 0.20 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.14 0.05 0.63 0.72 0.85 0.74
C8 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.10 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.12 0.05 0.62 0.65 0.66 0.68
N1 0.04 0.00 0.12 0.14 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.18 0.05 0.55 0.63 0.78 0.65
N3 0.05 0.00 0.15 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.17 0.06 0.39 0.43 0.53 0.46
N6 0.04 0.01 0.08 0.12 0.02 0.09 0.02 0.23 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.11 0.15 0.06 0.69 0.82 0.96 0.83
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.69 0.77 0.85 0.79
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.44 0.47 0.48 0.49
O2' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.10 0.06 0.09 0.06 0.12 0.05 0.16 0.17 0.11 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04 0.09 0.19 0.13 0.12
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.11 0.01 0.12 0.04 0.14 0.12 0.18 0.17 0.15 0.13 0.06 0.05 0.00 0.01 0.25 0.48 0.28 0.29
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.12 0.26 0.30 0.30
O5' 0.21 0.45 0.27 0.34 0.48 0.02 0.61 0.01 0.63 0.62 0.55 0.39 0.69 0.69 0.44 0.09 0.25 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.51 0.33 0.42 0.52 0.16 0.68 0.20 0.72 0.65 0.63 0.43 0.82 0.77 0.47 0.19 0.48 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.64 0.24 0.23 0.60 0.19 0.78 0.32 0.85 0.66 0.78 0.53 0.96 0.85 0.48 0.13 0.28 0.30 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.53 0.27 0.31 0.54 0.10 0.70 0.02 0.74 0.68 0.65 0.46 0.83 0.79 0.49 0.12 0.29 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00