ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52642

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 2, 2, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.017, 0.036, 0.056, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.048 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.017, 0.063, 0.110, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.063 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.105, 0.294, 0.483, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.294 std_dev=0.189
C2' A 0, 0.051, 0.259, 0.466, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.259 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.151, 0.368, 0.585, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.368 std_dev=0.217
O4' A 0, -0.002, 0.240, 0.482, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.240 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.167, 0.415, 0.662, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.415 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.180, 0.430, 0.680, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.430 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.182, 0.440, 0.698, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.440 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.133, 0.393, 0.653, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.393 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.174, 0.444, 0.715, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.444 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.146, 0.425, 0.704, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.425 std_dev=0.279
N9 B 0, 0.115, 0.399, 0.684, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.399 std_dev=0.285
N6 B 0, 0.226, 0.541, 0.857, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.541 std_dev=0.316
C3' A 0, 0.090, 0.462, 0.834, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.462 std_dev=0.372
N7 B 0, 0.131, 0.512, 0.894, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.512 std_dev=0.382
C4' A 0, -0.005, 0.389, 0.782, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.389 std_dev=0.394
C8 B 0, 0.071, 0.481, 0.892, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.481 std_dev=0.410
C2' B 0, 0.120, 0.548, 0.976, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.548 std_dev=0.428
O4' B 0, 0.144, 0.602, 1.061, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.602 std_dev=0.459
O3' A 0, 0.196, 0.750, 1.304, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.750 std_dev=0.554
C5' A 0, 0.050, 0.667, 1.283, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.667 std_dev=0.616
C4' B 0, 0.125, 0.767, 1.409, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.767 std_dev=0.642
O2' B 0, 0.028, 0.718, 1.409, 2.327 max_d=2.327 avg_d=0.718 std_dev=0.690
O5' A 0, 0.272, 0.991, 1.710, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.991 std_dev=0.719
C3' B 0, 0.076, 0.831, 1.586, 2.462 max_d=2.462 avg_d=0.831 std_dev=0.755
O5' B 0, -0.017, 0.852, 1.720, 3.590 max_d=3.590 avg_d=0.852 std_dev=0.868
C5' B 0, 0.132, 1.010, 1.888, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.010 std_dev=0.878
O3' B 0, 0.041, 1.104, 2.167, 3.441 max_d=3.441 avg_d=1.104 std_dev=1.063
P B 0, 0.043, 1.130, 2.218, 4.792 max_d=4.792 avg_d=1.130 std_dev=1.088
OP2 B 0, 0.140, 1.343, 2.545, 5.231 max_d=5.231 avg_d=1.343 std_dev=1.203
OP1 B 0, 0.030, 1.254, 2.478, 5.382 max_d=5.382 avg_d=1.254 std_dev=1.224
P A 0, 0.087, 1.451, 2.815, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.451 std_dev=1.364
OP1 A 0, 0.066, 1.600, 3.135, 4.480 max_d=4.480 avg_d=1.600 std_dev=1.534
OP2 A 0, -0.191, 1.819, 3.828, 5.857 max_d=5.857 avg_d=1.819 std_dev=2.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.29 0.02 0.22 0.63 0.34
C2 0.05 0.00 0.20 0.29 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.36 0.06 0.44 0.02 0.27 0.99 0.59
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.02 0.09 0.08 0.16 0.26 0.20 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.08 0.42 0.38 0.17
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.18 0.00 0.16 0.01 0.20 0.14 0.26 0.34 0.26 0.14 0.08 0.03 0.01 0.01 0.08 0.20 0.41 0.27 0.19
C4 0.02 0.01 0.10 0.18 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.02 0.47 0.02 0.28 1.08 0.66
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.11 0.09 0.12 0.16 0.11 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.12 0.42 0.20 0.16
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.19 0.02 0.57 0.01 0.50 1.37 0.87
C5' 0.04 0.19 0.02 0.01 0.16 0.01 0.20 0.00 0.23 0.17 0.22 0.21 0.16 0.21 0.12 0.04 0.04 0.02 0.01 0.25 0.14 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.26 0.02 0.57 0.01 0.54 1.42 0.89
C8 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.05 0.61 0.02 0.54 1.37 0.91
N1 0.03 0.01 0.16 0.26 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.33 0.04 0.51 0.02 0.39 1.22 0.75
N2 0.07 0.00 0.26 0.34 0.01 0.16 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.21 0.45 0.08 0.41 0.04 0.29 0.88 0.52
N3 0.04 0.01 0.20 0.26 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.31 0.06 0.39 0.02 0.23 0.88 0.52
N7 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.04 0.64 0.02 0.68 1.57 1.03
N9 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.46 0.02 0.24 1.02 0.63
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.08 0.05 0.07 0.04 0.09 0.05 0.13 0.21 0.14 0.05 0.03 0.00 0.07 0.05 0.05 0.09 0.75 0.33 0.28
O3' 0.03 0.36 0.02 0.01 0.20 0.02 0.19 0.04 0.26 0.15 0.33 0.45 0.31 0.17 0.08 0.07 0.00 0.03 0.30 0.26 0.77 0.59 0.54
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.31 0.03 0.20 0.57 0.34
O5' 0.29 0.44 0.09 0.08 0.47 0.01 0.57 0.01 0.57 0.61 0.51 0.41 0.39 0.64 0.46 0.05 0.30 0.31 0.00 0.62 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.08 0.20 0.02 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.09 0.26 0.03 0.62 0.00 0.69 1.58 1.00
OP1 0.22 0.27 0.42 0.41 0.28 0.42 0.50 0.14 0.54 0.54 0.39 0.29 0.23 0.68 0.24 0.75 0.77 0.20 0.02 0.69 0.00 0.01 0.01
OP2 0.63 0.99 0.38 0.27 1.08 0.20 1.37 0.06 1.42 1.37 1.22 0.88 0.88 1.57 1.02 0.33 0.59 0.57 0.02 1.58 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.59 0.17 0.19 0.66 0.16 0.87 0.01 0.89 0.91 0.75 0.52 0.52 1.03 0.63 0.28 0.54 0.34 0.00 1.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.18 0.47 0.54 0.16 0.24 0.16 0.31 0.16 0.17 0.17 0.18 0.19 0.17 0.17 0.25 0.43 0.13 0.42 0.43 0.67 0.42
C2 0.19 0.18 0.47 0.51 0.16 0.22 0.16 0.26 0.16 0.16 0.17 0.19 0.20 0.16 0.17 0.25 0.37 0.14 0.38 0.37 0.62 0.38
C2' 0.20 0.21 0.31 0.29 0.17 0.12 0.15 0.14 0.16 0.13 0.18 0.21 0.19 0.14 0.16 0.19 0.33 0.29 0.31 0.28 0.60 0.32
C3' 0.28 0.30 0.27 0.25 0.25 0.23 0.23 0.22 0.23 0.22 0.26 0.30 0.24 0.21 0.25 0.24 0.35 0.41 0.33 0.31 0.64 0.37
C4 0.18 0.19 0.44 0.53 0.17 0.24 0.16 0.29 0.16 0.16 0.17 0.19 0.19 0.16 0.17 0.21 0.37 0.13 0.39 0.39 0.64 0.40
C4' 0.14 0.17 0.37 0.43 0.12 0.13 0.12 0.20 0.13 0.11 0.15 0.16 0.16 0.12 0.12 0.20 0.39 0.21 0.37 0.37 0.66 0.38
C5 0.18 0.22 0.39 0.54 0.18 0.25 0.16 0.31 0.17 0.16 0.19 0.21 0.18 0.16 0.17 0.18 0.34 0.12 0.39 0.38 0.62 0.39
C5' 0.22 0.25 0.34 0.41 0.22 0.19 0.23 0.24 0.24 0.22 0.25 0.24 0.26 0.23 0.22 0.21 0.35 0.31 0.40 0.41 0.71 0.45
C6 0.17 0.23 0.37 0.53 0.18 0.25 0.16 0.29 0.17 0.16 0.21 0.21 0.18 0.16 0.17 0.17 0.30 0.12 0.37 0.36 0.60 0.37
C8 0.17 0.21 0.41 0.56 0.17 0.26 0.17 0.33 0.17 0.16 0.19 0.20 0.18 0.17 0.17 0.19 0.37 0.12 0.40 0.41 0.64 0.41
N1 0.18 0.21 0.41 0.51 0.17 0.22 0.16 0.27 0.16 0.16 0.18 0.20 0.19 0.16 0.17 0.19 0.31 0.12 0.36 0.35 0.60 0.37
N2 0.21 0.18 0.53 0.50 0.17 0.22 0.16 0.26 0.17 0.18 0.18 0.19 0.20 0.17 0.19 0.33 0.40 0.16 0.37 0.36 0.60 0.36
N3 0.18 0.18 0.48 0.52 0.16 0.23 0.16 0.28 0.16 0.17 0.16 0.18 0.19 0.17 0.17 0.26 0.40 0.14 0.39 0.39 0.64 0.39
N7 0.18 0.22 0.38 0.56 0.18 0.27 0.17 0.33 0.18 0.16 0.21 0.21 0.18 0.17 0.17 0.18 0.35 0.12 0.40 0.40 0.62 0.40
N9 0.18 0.19 0.44 0.54 0.17 0.24 0.16 0.31 0.16 0.16 0.18 0.19 0.18 0.17 0.17 0.21 0.39 0.13 0.40 0.41 0.65 0.41
O2' 0.20 0.23 0.41 0.37 0.19 0.16 0.19 0.20 0.21 0.18 0.22 0.22 0.24 0.18 0.19 0.23 0.40 0.26 0.36 0.33 0.60 0.34
O3' 0.41 0.40 0.26 0.21 0.37 0.39 0.34 0.38 0.33 0.34 0.36 0.41 0.33 0.33 0.37 0.30 0.46 0.57 0.40 0.37 0.68 0.45
O4' 0.19 0.18 0.51 0.61 0.18 0.30 0.17 0.38 0.17 0.19 0.17 0.18 0.18 0.19 0.19 0.28 0.51 0.14 0.47 0.49 0.71 0.47
O5' 0.35 0.33 0.45 0.57 0.37 0.40 0.43 0.45 0.43 0.44 0.37 0.33 0.51 0.47 0.38 0.45 0.66 0.42 0.43 0.49 0.71 0.47
O6 0.18 0.25 0.32 0.54 0.20 0.27 0.18 0.31 0.19 0.17 0.24 0.23 0.18 0.17 0.18 0.17 0.29 0.14 0.37 0.36 0.58 0.37
OP1 0.29 0.30 0.33 0.49 0.33 0.29 0.42 0.37 0.44 0.44 0.34 0.29 0.57 0.50 0.34 0.22 0.43 0.37 0.46 0.54 0.80 0.54
OP2 1.10 1.01 1.19 1.34 1.16 1.18 1.30 1.27 1.30 1.34 1.14 1.02 1.46 1.40 1.20 1.09 1.39 1.11 1.30 1.35 1.48 1.32
P 0.63 0.58 0.72 0.88 0.67 0.69 0.76 0.75 0.77 0.79 0.66 0.58 0.88 0.83 0.69 0.64 0.90 0.64 0.78 0.83 1.00 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.00 0.20 0.24 0.45 0.25
C2 0.03 0.00 0.31 0.29 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.37 0.18 0.23 0.17 0.49 0.22
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.17 0.02 0.09 0.19 0.16 0.15 0.25 0.31 0.12 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.47 0.45 0.62 0.44
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.26 0.01 0.33 0.01 0.35 0.32 0.33 0.25 0.39 0.36 0.21 0.02 0.01 0.02 0.28 0.27 0.35 0.17
C4 0.02 0.01 0.17 0.26 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.19 0.09 0.24 0.16 0.48 0.21
C4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.17 0.07 0.08 0.12 0.17 0.08 0.28 0.03 0.00 0.02 0.24 0.31 0.14
C5 0.01 0.01 0.09 0.33 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.12 0.04 0.28 0.20 0.51 0.24
C5' 0.07 0.12 0.19 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.12 0.12 0.15 0.16 0.07 0.09 0.20 0.02 0.01 0.21 0.25 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.16 0.08 0.29 0.21 0.53 0.26
C8 0.01 0.01 0.15 0.32 0.01 0.17 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.33 0.19 0.11 0.29 0.19 0.49 0.21
N1 0.03 0.01 0.25 0.33 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.27 0.14 0.26 0.18 0.52 0.24
N3 0.03 0.01 0.31 0.25 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.38 0.17 0.22 0.18 0.47 0.21
N6 0.02 0.02 0.12 0.39 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.27 0.18 0.06 0.32 0.27 0.55 0.30
N7 0.01 0.02 0.08 0.36 0.02 0.17 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.34 0.19 0.06 0.32 0.25 0.53 0.27
N9 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.10 0.01 0.23 0.16 0.47 0.20
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.14 0.28 0.24 0.09 0.22 0.33 0.16 0.15 0.27 0.34 0.18 0.00 0.03 0.19 0.31 0.36 0.63 0.35
O3' 0.30 0.37 0.03 0.01 0.19 0.03 0.12 0.20 0.16 0.19 0.27 0.38 0.18 0.19 0.10 0.03 0.00 0.21 0.35 0.49 0.44 0.34
O4' 0.00 0.18 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.11 0.14 0.17 0.06 0.06 0.01 0.19 0.21 0.00 0.15 0.34 0.45 0.33
O5' 0.20 0.23 0.47 0.28 0.24 0.02 0.28 0.01 0.29 0.29 0.26 0.22 0.32 0.32 0.23 0.31 0.35 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.24 0.17 0.45 0.27 0.16 0.24 0.20 0.21 0.21 0.19 0.18 0.18 0.27 0.25 0.16 0.36 0.49 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.49 0.62 0.35 0.48 0.31 0.51 0.25 0.53 0.49 0.52 0.47 0.55 0.53 0.47 0.63 0.44 0.45 0.02 0.01 0.00 0.02
P 0.25 0.22 0.44 0.17 0.21 0.14 0.24 0.01 0.26 0.21 0.24 0.21 0.30 0.27 0.20 0.35 0.34 0.33 0.01 0.01 0.02 0.00