ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52643

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 5, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.021, 0.042, 0.063, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.042 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.038, 0.061, 0.084, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.061 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.034, 0.063, 0.092, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.063 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.022, 0.053, 0.084, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.053 std_dev=0.031
C4 B 0, 0.172, 0.308, 0.444, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.308 std_dev=0.136
N1 B 0, 0.180, 0.338, 0.496, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.338 std_dev=0.158
N9 B 0, 0.229, 0.398, 0.567, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.398 std_dev=0.169
C5 B 0, 0.210, 0.416, 0.621, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.210, 0.421, 0.632, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.421 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.196, 0.412, 0.627, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.412 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.194, 0.423, 0.652, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.423 std_dev=0.229
C1' B 0, 0.286, 0.521, 0.755, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.521 std_dev=0.234
O4' B 0, 0.369, 0.627, 0.884, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.627 std_dev=0.257
C8 B 0, 0.286, 0.558, 0.829, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.558 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.309, 0.643, 0.977, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.643 std_dev=0.334
N6 B 0, 0.318, 0.674, 1.030, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.674 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.412, 0.790, 1.168, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.790 std_dev=0.378
C5' B 0, 0.605, 1.082, 1.559, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.082 std_dev=0.477
C4' B 0, 0.379, 0.863, 1.346, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.863 std_dev=0.484
O5' B 0, 0.690, 1.201, 1.712, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.201 std_dev=0.511
O2' B 0, 0.514, 1.028, 1.543, 1.956 max_d=1.956 avg_d=1.028 std_dev=0.515
C3' B 0, 0.464, 0.981, 1.498, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.981 std_dev=0.517
O4' A 0, 0.072, 0.683, 1.293, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.683 std_dev=0.610
C2' A 0, 0.065, 0.680, 1.296, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.680 std_dev=0.615
P B 0, 1.054, 1.679, 2.304, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.679 std_dev=0.625
O3' B 0, 0.666, 1.408, 2.150, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.408 std_dev=0.742
OP2 B 0, 1.202, 2.010, 2.817, 3.470 max_d=3.470 avg_d=2.010 std_dev=0.808
C3' A 0, 0.221, 1.055, 1.889, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.055 std_dev=0.834
C4' A 0, 0.234, 1.151, 2.068, 2.382 max_d=2.382 avg_d=1.151 std_dev=0.917
OP1 B 0, 1.046, 2.042, 3.038, 4.039 max_d=4.039 avg_d=2.042 std_dev=0.996
O2' A 0, 0.166, 1.179, 2.191, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.179 std_dev=1.012
O3' A 0, 0.337, 1.390, 2.442, 2.757 max_d=2.757 avg_d=1.390 std_dev=1.052
O5' A 0, 0.652, 1.739, 2.826, 3.297 max_d=3.297 avg_d=1.739 std_dev=1.087
C5' A 0, 0.478, 1.732, 2.986, 3.514 max_d=3.514 avg_d=1.732 std_dev=1.254
P A 0, 0.847, 2.264, 3.680, 4.631 max_d=4.631 avg_d=2.264 std_dev=1.416
OP2 A 0, 0.968, 2.411, 3.854, 4.561 max_d=4.561 avg_d=2.411 std_dev=1.443
OP1 A 0, 0.779, 2.613, 4.447, 5.781 max_d=5.781 avg_d=2.613 std_dev=1.834

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.32 0.01 0.34 0.03 0.18 0.48 0.33
C2 0.04 0.00 0.45 0.36 0.02 0.15 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.17 0.34 0.44 0.03 0.16 0.80 0.50
C2' 0.00 0.45 0.00 0.01 0.24 0.02 0.12 0.23 0.21 0.22 0.35 0.54 0.44 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.53 0.16 0.47 0.70 0.57
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.35 0.01 0.43 0.03 0.46 0.35 0.43 0.32 0.30 0.43 0.28 0.02 0.01 0.03 0.13 0.50 0.22 0.19 0.16
C4 0.02 0.02 0.24 0.35 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.18 0.45 0.02 0.19 0.82 0.50
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.09 0.27 0.09 0.23 0.15 0.24 0.10 0.36 0.03 0.01 0.01 0.13 0.15 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.12 0.43 0.01 0.12 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.18 0.08 0.53 0.02 0.31 1.04 0.62
C5' 0.10 0.22 0.23 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.27 0.14 0.30 0.22 0.25 0.08 0.14 0.24 0.02 0.01 0.14 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.21 0.46 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.23 0.20 0.15 0.54 0.01 0.32 1.10 0.65
C8 0.02 0.01 0.22 0.35 0.01 0.27 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.50 0.18 0.21 0.56 0.04 0.37 0.98 0.62
N1 0.04 0.01 0.35 0.43 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.12 0.15 0.26 0.49 0.02 0.23 0.98 0.58
N2 0.05 0.01 0.54 0.32 0.02 0.23 0.02 0.30 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.23 0.41 0.41 0.04 0.17 0.73 0.47
N3 0.04 0.01 0.44 0.30 0.01 0.15 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.20 0.34 0.41 0.02 0.15 0.70 0.45
N7 0.02 0.01 0.12 0.43 0.01 0.24 0.00 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.49 0.26 0.12 0.60 0.04 0.43 1.15 0.70
N9 0.00 0.02 0.03 0.28 0.01 0.10 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.08 0.02 0.44 0.04 0.21 0.74 0.47
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.11 0.36 0.28 0.14 0.23 0.50 0.12 0.38 0.24 0.49 0.22 0.00 0.08 0.26 0.31 0.31 0.29 0.64 0.38
O3' 0.32 0.17 0.04 0.01 0.11 0.03 0.18 0.24 0.20 0.18 0.15 0.23 0.20 0.26 0.08 0.08 0.00 0.22 0.33 0.27 0.58 0.45 0.43
O4' 0.01 0.34 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.02 0.15 0.21 0.26 0.41 0.34 0.12 0.02 0.26 0.22 0.00 0.19 0.11 0.20 0.24 0.15
O5' 0.34 0.44 0.53 0.13 0.45 0.01 0.53 0.01 0.54 0.56 0.49 0.41 0.41 0.60 0.44 0.31 0.33 0.19 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.16 0.50 0.02 0.13 0.02 0.14 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.31 0.27 0.11 0.59 0.00 0.41 1.24 0.72
OP1 0.18 0.16 0.47 0.22 0.19 0.15 0.31 0.10 0.32 0.37 0.23 0.17 0.15 0.43 0.21 0.29 0.58 0.20 0.02 0.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.80 0.70 0.19 0.82 0.05 1.04 0.02 1.10 0.98 0.98 0.73 0.70 1.15 0.74 0.64 0.45 0.24 0.02 1.24 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.50 0.57 0.16 0.50 0.03 0.62 0.02 0.65 0.62 0.58 0.47 0.45 0.70 0.47 0.38 0.43 0.15 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.16 0.15 0.18 0.12 0.12 0.10 0.21 0.11 0.10 0.08 0.19 0.20 0.13 0.12 0.25 0.26 0.18 0.44 0.70 0.89 0.46
C2 0.13 0.18 0.13 0.21 0.11 0.12 0.10 0.22 0.13 0.09 0.11 0.18 0.21 0.12 0.10 0.19 0.29 0.13 0.42 0.70 0.87 0.45
C2' 0.60 0.58 0.59 0.53 0.51 0.54 0.39 0.43 0.36 0.41 0.45 0.61 0.29 0.34 0.51 0.73 0.59 0.57 0.69 0.68 0.87 0.55
C3' 0.69 0.61 0.58 0.52 0.62 0.62 0.58 0.55 0.55 0.61 0.55 0.65 0.52 0.58 0.64 0.67 0.52 0.71 0.87 0.78 0.98 0.73
C4 0.13 0.17 0.13 0.20 0.10 0.12 0.09 0.23 0.11 0.10 0.09 0.17 0.20 0.13 0.10 0.20 0.27 0.14 0.44 0.74 0.93 0.51
C4' 0.26 0.23 0.18 0.19 0.19 0.17 0.15 0.21 0.15 0.17 0.15 0.26 0.21 0.18 0.20 0.31 0.27 0.27 0.53 0.70 0.93 0.51
C5 0.12 0.19 0.12 0.20 0.10 0.13 0.09 0.26 0.09 0.11 0.11 0.17 0.18 0.14 0.09 0.18 0.27 0.12 0.46 0.80 0.99 0.57
C5' 0.22 0.22 0.17 0.24 0.16 0.16 0.15 0.27 0.15 0.18 0.13 0.23 0.23 0.21 0.17 0.27 0.34 0.24 0.51 0.74 1.01 0.57
C6 0.11 0.21 0.12 0.21 0.10 0.14 0.09 0.27 0.09 0.11 0.14 0.18 0.18 0.14 0.09 0.16 0.28 0.11 0.47 0.81 1.00 0.59
C8 0.13 0.17 0.12 0.19 0.10 0.12 0.09 0.25 0.09 0.11 0.09 0.17 0.18 0.15 0.09 0.20 0.26 0.13 0.46 0.79 0.99 0.57
N1 0.11 0.21 0.12 0.21 0.11 0.13 0.10 0.25 0.11 0.10 0.13 0.18 0.20 0.13 0.09 0.16 0.28 0.11 0.45 0.76 0.94 0.52
N2 0.15 0.18 0.14 0.23 0.12 0.14 0.12 0.22 0.15 0.11 0.15 0.19 0.21 0.13 0.12 0.19 0.31 0.15 0.39 0.67 0.81 0.39
N3 0.14 0.16 0.14 0.21 0.10 0.12 0.09 0.21 0.12 0.09 0.09 0.17 0.21 0.12 0.10 0.21 0.29 0.14 0.42 0.70 0.87 0.45
N7 0.12 0.18 0.11 0.20 0.10 0.13 0.09 0.27 0.08 0.12 0.11 0.17 0.17 0.15 0.09 0.17 0.27 0.12 0.47 0.83 1.02 0.61
N9 0.14 0.17 0.13 0.19 0.11 0.12 0.10 0.22 0.10 0.11 0.08 0.18 0.20 0.14 0.10 0.22 0.27 0.15 0.44 0.74 0.94 0.51
O2' 0.30 0.26 0.35 0.31 0.21 0.28 0.22 0.27 0.23 0.24 0.17 0.30 0.38 0.28 0.23 0.48 0.41 0.30 0.38 0.70 0.81 0.38
O3' 0.48 0.35 0.34 0.30 0.38 0.41 0.33 0.37 0.29 0.39 0.27 0.41 0.30 0.35 0.42 0.44 0.32 0.53 0.66 0.72 0.77 0.51
O4' 0.30 0.32 0.35 0.41 0.27 0.33 0.25 0.42 0.25 0.25 0.27 0.32 0.29 0.26 0.27 0.38 0.47 0.29 0.48 0.83 0.99 0.58
O5' 0.57 0.51 0.48 0.56 0.55 0.58 0.56 0.69 0.54 0.59 0.50 0.54 0.56 0.60 0.57 0.45 0.56 0.62 0.81 1.01 1.29 0.90
O6 0.10 0.23 0.13 0.23 0.11 0.16 0.09 0.30 0.09 0.11 0.19 0.18 0.14 0.14 0.09 0.15 0.29 0.10 0.49 0.88 1.04 0.65
OP1 0.55 0.43 0.37 0.39 0.47 0.50 0.45 0.57 0.41 0.53 0.37 0.48 0.43 0.51 0.51 0.44 0.39 0.62 0.75 0.93 1.26 0.87
OP2 1.13 0.99 1.01 1.12 1.12 1.18 1.18 1.33 1.14 1.25 1.03 1.03 1.21 1.27 1.17 0.91 1.07 1.22 1.42 1.65 1.92 1.57
P 0.67 0.59 0.58 0.68 0.65 0.70 0.68 0.84 0.65 0.73 0.59 0.62 0.70 0.74 0.68 0.52 0.68 0.74 0.92 1.18 1.46 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.36 0.49 0.20
C2 0.04 0.00 0.14 0.18 0.01 0.09 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.16 0.23 0.03 0.37 0.58 0.73 0.35
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.08 0.06 0.12 0.13 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.43 0.39 0.12
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.16 0.14 0.18 0.16 0.17 0.15 0.09 0.02 0.01 0.01 0.34 0.46 0.35 0.18
C4 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.15 0.02 0.37 0.55 0.71 0.35
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.33 0.38 0.14
C5 0.01 0.02 0.06 0.14 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.03 0.46 0.68 0.84 0.49
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.14 0.01 0.19 0.00 0.20 0.20 0.17 0.11 0.24 0.23 0.12 0.06 0.05 0.02 0.01 0.22 0.38 0.01
C6 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.02 0.47 0.73 0.89 0.52
C8 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.11 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.15 0.05 0.44 0.60 0.77 0.45
N1 0.03 0.01 0.12 0.18 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.22 0.02 0.43 0.67 0.82 0.45
N3 0.04 0.00 0.13 0.16 0.00 0.08 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.19 0.03 0.32 0.51 0.66 0.29
N6 0.02 0.03 0.08 0.17 0.01 0.11 0.01 0.24 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.21 0.03 0.51 0.83 0.99 0.62
N7 0.03 0.02 0.06 0.15 0.02 0.12 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.18 0.05 0.49 0.75 0.89 0.56
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.02 0.33 0.46 0.65 0.31
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.14 0.15 0.08 0.04 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.53 0.36 0.21
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.15 0.02 0.17 0.05 0.20 0.15 0.22 0.19 0.21 0.18 0.09 0.05 0.00 0.02 0.27 0.54 0.33 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.09 0.33 0.52 0.28
O5' 0.16 0.37 0.26 0.34 0.37 0.01 0.46 0.01 0.47 0.44 0.43 0.32 0.51 0.49 0.33 0.08 0.27 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.58 0.43 0.46 0.55 0.33 0.68 0.22 0.73 0.60 0.67 0.51 0.83 0.75 0.46 0.53 0.54 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.73 0.39 0.35 0.71 0.38 0.84 0.38 0.89 0.77 0.82 0.66 0.99 0.89 0.65 0.36 0.33 0.52 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.35 0.12 0.18 0.35 0.14 0.49 0.01 0.52 0.45 0.45 0.29 0.62 0.56 0.31 0.21 0.20 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00