ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52645

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 3, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.018, 0.038, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.026, 0.063, 0.099, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.063 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.005, 0.044, 0.084, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.044 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.034, 0.075, 0.116, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.075 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.029, 0.073, 0.117, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.073 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.052, 0.239, 0.426, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.239 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.106, 0.303, 0.501, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.303 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.120, 0.319, 0.517, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.319 std_dev=0.198
C2' A 0, -0.002, 0.218, 0.439, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.218 std_dev=0.220
C5 B 0, 0.126, 0.366, 0.606, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.366 std_dev=0.240
N6 B 0, 0.293, 0.538, 0.783, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.538 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.102, 0.355, 0.609, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.355 std_dev=0.253
C2 B 0, 0.210, 0.475, 0.740, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.475 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.218, 0.491, 0.765, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.491 std_dev=0.273
N7 B 0, 0.268, 0.578, 0.887, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.578 std_dev=0.310
N9 B 0, 0.119, 0.440, 0.760, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.440 std_dev=0.320
O2' B 0, 0.273, 0.604, 0.935, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.604 std_dev=0.331
C8 B 0, 0.252, 0.594, 0.935, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.594 std_dev=0.342
C1' B 0, 0.143, 0.492, 0.840, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.492 std_dev=0.348
C2' B 0, 0.215, 0.572, 0.929, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.572 std_dev=0.357
C4' A 0, -0.011, 0.385, 0.780, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.385 std_dev=0.396
C3' A 0, -0.048, 0.360, 0.767, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.360 std_dev=0.407
O4' B 0, 0.134, 0.551, 0.967, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.551 std_dev=0.417
C3' B 0, 0.202, 0.629, 1.057, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.629 std_dev=0.427
C4' B 0, 0.226, 0.672, 1.118, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.672 std_dev=0.446
O3' B 0, 0.325, 0.792, 1.258, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.792 std_dev=0.466
O5' B 0, 0.350, 0.833, 1.315, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.833 std_dev=0.483
C5' B 0, 0.308, 0.810, 1.312, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.810 std_dev=0.502
O2' A 0, -0.067, 0.437, 0.940, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.437 std_dev=0.504
C5' A 0, 0.172, 0.705, 1.238, 2.342 max_d=2.342 avg_d=0.705 std_dev=0.533
P B 0, 0.376, 1.003, 1.630, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.003 std_dev=0.627
OP1 B 0, 0.514, 1.175, 1.835, 2.678 max_d=2.678 avg_d=1.175 std_dev=0.661
O3' A 0, -0.117, 0.559, 1.234, 2.745 max_d=2.745 avg_d=0.559 std_dev=0.676
OP2 B 0, 0.355, 1.033, 1.710, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.033 std_dev=0.678
O5' A 0, 0.254, 1.012, 1.770, 3.195 max_d=3.195 avg_d=1.012 std_dev=0.758
P A 0, 0.014, 1.382, 2.751, 5.302 max_d=5.302 avg_d=1.382 std_dev=1.369
OP1 A 0, 0.239, 1.964, 3.689, 6.135 max_d=6.135 avg_d=1.964 std_dev=1.725
OP2 A 0, 0.361, 2.182, 4.002, 6.747 max_d=6.747 avg_d=2.182 std_dev=1.820

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.21 0.00 0.25 0.03 0.22 0.33 0.18
C2 0.03 0.00 0.19 0.15 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.18 0.11 0.45 0.04 0.34 0.64 0.47
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.01 0.06 0.14 0.09 0.09 0.15 0.22 0.18 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.29 0.08 0.31 0.54 0.25
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.16 0.00 0.22 0.03 0.23 0.20 0.20 0.12 0.12 0.24 0.14 0.02 0.01 0.01 0.20 0.26 0.40 0.38 0.22
C4 0.01 0.01 0.10 0.16 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.15 0.10 0.05 0.51 0.03 0.41 0.74 0.53
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.14 0.04 0.09 0.05 0.14 0.07 0.17 0.02 0.00 0.01 0.11 0.28 0.33 0.10
C5 0.02 0.01 0.06 0.22 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.05 0.01 0.65 0.01 0.60 1.07 0.76
C5' 0.06 0.07 0.14 0.03 0.11 0.01 0.17 0.00 0.17 0.22 0.11 0.08 0.06 0.23 0.12 0.08 0.12 0.02 0.01 0.20 0.35 0.38 0.02
C6 0.03 0.02 0.09 0.23 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.23 0.06 0.03 0.66 0.01 0.62 1.14 0.80
C8 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.07 0.08 0.68 0.01 0.64 1.05 0.77
N1 0.02 0.01 0.15 0.20 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.17 0.10 0.07 0.57 0.03 0.48 0.91 0.65
N2 0.05 0.01 0.22 0.12 0.02 0.09 0.01 0.08 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.24 0.14 0.39 0.05 0.32 0.49 0.37
N3 0.03 0.00 0.18 0.12 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.21 0.11 0.39 0.04 0.30 0.51 0.37
N7 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.10 0.05 0.75 0.01 0.76 1.27 0.92
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.14 0.07 0.01 0.48 0.02 0.39 0.68 0.49
O2' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.15 0.17 0.22 0.08 0.23 0.24 0.17 0.12 0.11 0.27 0.14 0.00 0.04 0.12 0.31 0.26 0.40 0.62 0.30
O3' 0.21 0.18 0.03 0.01 0.10 0.02 0.05 0.12 0.06 0.07 0.10 0.24 0.21 0.10 0.07 0.04 0.00 0.14 0.11 0.08 0.47 0.35 0.18
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.07 0.14 0.11 0.05 0.01 0.12 0.14 0.00 0.22 0.03 0.34 0.28 0.18
O5' 0.25 0.45 0.29 0.20 0.51 0.01 0.65 0.01 0.66 0.68 0.57 0.39 0.39 0.75 0.48 0.31 0.11 0.22 0.00 0.74 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.04 0.08 0.26 0.03 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.26 0.08 0.03 0.74 0.00 0.76 1.33 0.93
OP1 0.22 0.34 0.31 0.40 0.41 0.28 0.60 0.35 0.62 0.64 0.48 0.32 0.30 0.76 0.39 0.40 0.47 0.34 0.02 0.76 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.64 0.54 0.38 0.74 0.33 1.07 0.38 1.14 1.05 0.91 0.49 0.51 1.27 0.68 0.62 0.35 0.28 0.02 1.33 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.47 0.25 0.22 0.53 0.10 0.76 0.02 0.80 0.77 0.65 0.37 0.37 0.92 0.49 0.30 0.18 0.18 0.01 0.93 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.16 0.08 0.05 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.08 0.13 0.14 0.13 0.09 0.07 0.12 0.06 0.12 0.09 0.10 0.15 0.12
C2 0.08 0.12 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.14 0.12 0.13 0.10 0.20 0.14 0.09 0.11 0.10 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07
C2' 0.19 0.32 0.24 0.18 0.18 0.15 0.13 0.10 0.16 0.11 0.26 0.28 0.17 0.12 0.15 0.31 0.21 0.15 0.05 0.06 0.13 0.08
C3' 0.32 0.38 0.34 0.32 0.33 0.31 0.31 0.28 0.33 0.29 0.37 0.36 0.33 0.29 0.31 0.37 0.33 0.30 0.24 0.22 0.19 0.20
C4 0.07 0.13 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.11 0.14 0.10 0.07 0.11 0.07 0.09 0.05 0.05 0.10 0.07
C4' 0.17 0.22 0.17 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.18 0.16 0.20 0.21 0.21 0.17 0.16 0.20 0.16 0.17 0.12 0.12 0.12 0.11
C5 0.09 0.13 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.12 0.13 0.09 0.08 0.11 0.07 0.09 0.07 0.07 0.11 0.08
C5' 0.26 0.28 0.26 0.25 0.26 0.26 0.28 0.26 0.29 0.28 0.28 0.27 0.32 0.30 0.26 0.27 0.25 0.26 0.26 0.27 0.28 0.27
C6 0.09 0.13 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.14 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.09 0.10 0.13 0.10
C8 0.10 0.15 0.08 0.06 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.13 0.13 0.12 0.09 0.09 0.12 0.06 0.11 0.07 0.08 0.13 0.09
N1 0.08 0.11 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.18 0.12 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08
N2 0.11 0.14 0.12 0.12 0.13 0.11 0.17 0.13 0.19 0.17 0.17 0.12 0.24 0.19 0.13 0.11 0.13 0.14 0.11 0.11 0.11 0.11
N3 0.08 0.13 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.18 0.13 0.08 0.11 0.09 0.11 0.07 0.06 0.10 0.08
N7 0.10 0.14 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.13 0.12 0.10 0.10 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09 0.13 0.10
N9 0.08 0.15 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.12 0.12 0.13 0.09 0.07 0.12 0.06 0.10 0.07 0.07 0.12 0.09
O2' 0.25 0.12 0.17 0.23 0.23 0.31 0.32 0.40 0.27 0.40 0.15 0.13 0.38 0.43 0.29 0.13 0.18 0.34 0.46 0.50 0.58 0.55
O3' 0.18 0.19 0.17 0.16 0.16 0.19 0.15 0.20 0.15 0.17 0.16 0.18 0.18 0.17 0.16 0.19 0.16 0.20 0.13 0.12 0.09 0.10
O4' 0.10 0.16 0.08 0.06 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.13 0.15 0.13 0.09 0.08 0.12 0.06 0.12 0.06 0.06 0.11 0.08
O5' 0.76 0.74 0.75 0.77 0.77 0.79 0.78 0.82 0.78 0.79 0.75 0.74 0.79 0.80 0.78 0.74 0.75 0.79 0.80 0.80 0.79 0.79
O6 0.12 0.15 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.14 0.16 0.14
OP1 0.67 0.64 0.66 0.70 0.68 0.72 0.73 0.78 0.73 0.76 0.68 0.63 0.79 0.79 0.70 0.62 0.68 0.71 0.79 0.82 0.86 0.82
OP2 1.21 1.05 1.21 1.30 1.23 1.29 1.36 1.38 1.33 1.43 1.16 1.08 1.47 1.48 1.28 1.11 1.29 1.26 1.46 1.52 1.56 1.53
P 0.87 0.80 0.87 0.92 0.88 0.92 0.95 0.97 0.94 0.98 0.86 0.81 1.01 1.01 0.91 0.83 0.91 0.90 0.99 1.02 1.04 1.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.11 0.02 0.04 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.10 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.08 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.07 0.12 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.07 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.08 0.13 0.09
C8 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.07 0.08 0.12 0.08
N1 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.06 0.11 0.07
N3 0.03 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.11 0.02 0.04 0.04 0.08 0.05
N6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.03 0.09 0.12 0.17 0.12
N7 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.07 0.09 0.14 0.10
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.09 0.05
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.07 0.04
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.09 0.11 0.08 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.14 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05
O5' 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.04 0.09 0.07 0.04 0.03 0.07 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.02 0.05 0.08 0.09 0.04 0.04 0.07 0.05 0.08 0.08 0.06 0.04 0.12 0.09 0.04 0.08 0.14 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.03 0.12 0.02 0.13 0.12 0.11 0.08 0.17 0.14 0.09 0.07 0.11 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.08 0.07 0.05 0.12 0.10 0.05 0.04 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00