ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52646

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.021, 0.055, 0.090, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.055 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.019, 0.056, 0.093, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.056 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.043, 0.088, 0.134, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.088 std_dev=0.045
C4' A 0, 0.077, 0.151, 0.226, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.151 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.053, 0.139, 0.224, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.139 std_dev=0.085
C3' A 0, 0.081, 0.183, 0.284, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.183 std_dev=0.102
C5' A 0, 0.151, 0.283, 0.414, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.283 std_dev=0.131
C8 B 0, 0.088, 0.226, 0.364, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.226 std_dev=0.138
O2' A 0, 0.108, 0.249, 0.390, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.249 std_dev=0.141
N9 B 0, 0.092, 0.249, 0.406, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.249 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.119, 0.280, 0.440, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.280 std_dev=0.160
C1' B 0, 0.139, 0.303, 0.468, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.303 std_dev=0.165
O4' B 0, 0.182, 0.371, 0.560, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.371 std_dev=0.189
N7 B 0, 0.096, 0.290, 0.483, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.290 std_dev=0.194
C2' B 0, 0.109, 0.313, 0.516, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.313 std_dev=0.203
P A 0, 0.189, 0.395, 0.602, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.395 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.157, 0.380, 0.604, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.380 std_dev=0.224
C5 B 0, 0.112, 0.338, 0.565, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.338 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.094, 0.331, 0.568, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.331 std_dev=0.237
C3' B 0, 0.162, 0.405, 0.648, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.405 std_dev=0.243
O2' B 0, 0.133, 0.386, 0.640, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.386 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.178, 0.483, 0.788, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.483 std_dev=0.305
O5' A 0, 0.214, 0.526, 0.838, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.526 std_dev=0.312
OP1 A 0, 0.366, 0.679, 0.991, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.679 std_dev=0.313
OP2 B 0, 0.154, 0.473, 0.792, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.473 std_dev=0.319
N6 B 0, 0.246, 0.583, 0.920, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.583 std_dev=0.337
N3 B 0, 0.147, 0.484, 0.821, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.484 std_dev=0.337
P B 0, 0.127, 0.466, 0.805, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.466 std_dev=0.339
OP1 B 0, 0.151, 0.494, 0.837, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.494 std_dev=0.343
O5' B 0, 0.150, 0.501, 0.852, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.501 std_dev=0.351
C5' B 0, 0.178, 0.530, 0.883, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.530 std_dev=0.353
O3' B 0, 0.190, 0.543, 0.896, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.543 std_dev=0.353
N1 B 0, 0.202, 0.586, 0.969, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.586 std_dev=0.383
C2 B 0, 0.190, 0.585, 0.980, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.585 std_dev=0.395
OP2 A 0, 0.414, 0.857, 1.300, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.857 std_dev=0.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.15 0.01 0.37 0.19 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.05 0.03 0.25 0.01 0.35 0.25 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.40 0.22 0.08
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.10 0.04 0.05 0.03 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.37 0.28 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.28 0.01 0.34 0.26 0.13
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.06 0.38 0.19 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.36 0.01 0.32 0.29 0.16
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.08 0.05 0.05 0.14 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.13 0.28 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.37 0.00 0.33 0.30 0.16
C8 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.38 0.01 0.32 0.28 0.16
N1 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.06 0.03 0.32 0.01 0.33 0.27 0.14
N2 0.04 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.08 0.03 0.20 0.01 0.36 0.24 0.10
N3 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.03 0.22 0.01 0.36 0.24 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.02 0.41 0.01 0.32 0.31 0.18
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.28 0.01 0.34 0.24 0.13
O2' 0.03 0.13 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.01 0.11 0.16 0.12 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.09 0.07 0.45 0.18 0.12
O3' 0.03 0.05 0.04 0.01 0.06 0.03 0.10 0.03 0.10 0.12 0.06 0.08 0.05 0.13 0.07 0.06 0.00 0.03 0.09 0.12 0.39 0.31 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.14 0.02 0.36 0.17 0.11
O5' 0.15 0.25 0.06 0.03 0.28 0.02 0.36 0.01 0.37 0.38 0.32 0.20 0.22 0.41 0.28 0.09 0.09 0.14 0.00 0.41 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.41 0.00 0.33 0.32 0.19
OP1 0.37 0.35 0.40 0.37 0.34 0.38 0.32 0.28 0.33 0.32 0.33 0.36 0.36 0.32 0.34 0.45 0.39 0.36 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.25 0.22 0.28 0.26 0.19 0.29 0.28 0.30 0.28 0.27 0.24 0.24 0.31 0.24 0.18 0.31 0.17 0.01 0.32 0.02 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.08 0.04 0.13 0.07 0.16 0.01 0.16 0.16 0.14 0.10 0.10 0.18 0.13 0.12 0.04 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.21 0.09 0.09 0.13 0.11 0.10 0.15 0.11 0.10 0.13 0.21 0.18 0.12 0.12 0.11 0.13 0.17 0.18 0.22 0.22 0.19
C2 0.14 0.19 0.09 0.10 0.12 0.10 0.11 0.12 0.15 0.11 0.09 0.20 0.27 0.14 0.12 0.10 0.14 0.15 0.14 0.20 0.17 0.15
C2' 0.11 0.17 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.13 0.14 0.10 0.12 0.18 0.22 0.14 0.09 0.13 0.15 0.15 0.16 0.19 0.21 0.17
C3' 0.12 0.20 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.16 0.13 0.10 0.14 0.20 0.20 0.14 0.10 0.13 0.15 0.17 0.18 0.20 0.20 0.17
C4 0.14 0.24 0.10 0.11 0.14 0.12 0.09 0.15 0.10 0.10 0.14 0.23 0.18 0.11 0.12 0.10 0.14 0.17 0.18 0.23 0.23 0.20
C4' 0.14 0.23 0.11 0.11 0.14 0.13 0.11 0.18 0.12 0.10 0.16 0.22 0.16 0.12 0.12 0.12 0.14 0.19 0.20 0.23 0.24 0.21
C5 0.14 0.28 0.11 0.12 0.15 0.13 0.09 0.17 0.09 0.09 0.20 0.25 0.12 0.10 0.12 0.09 0.14 0.16 0.20 0.25 0.25 0.22
C5' 0.21 0.31 0.16 0.17 0.22 0.22 0.18 0.27 0.19 0.17 0.25 0.30 0.19 0.17 0.19 0.15 0.17 0.26 0.28 0.30 0.31 0.28
C6 0.14 0.29 0.12 0.13 0.15 0.13 0.09 0.17 0.09 0.08 0.22 0.25 0.12 0.09 0.12 0.10 0.16 0.15 0.20 0.25 0.24 0.21
C8 0.15 0.27 0.11 0.12 0.15 0.14 0.10 0.19 0.10 0.09 0.20 0.25 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.18 0.22 0.26 0.27 0.23
N1 0.14 0.25 0.11 0.12 0.13 0.11 0.08 0.13 0.09 0.09 0.13 0.23 0.24 0.12 0.11 0.10 0.15 0.14 0.16 0.22 0.20 0.17
N2 0.15 0.13 0.09 0.09 0.12 0.09 0.15 0.10 0.21 0.13 0.17 0.18 0.32 0.16 0.13 0.11 0.14 0.15 0.11 0.18 0.14 0.13
N3 0.14 0.19 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.10 0.20 0.24 0.13 0.12 0.10 0.14 0.16 0.15 0.20 0.19 0.16
N7 0.15 0.30 0.11 0.13 0.16 0.15 0.10 0.19 0.12 0.09 0.23 0.26 0.08 0.09 0.13 0.10 0.14 0.17 0.23 0.27 0.28 0.24
N9 0.14 0.24 0.10 0.10 0.14 0.12 0.09 0.16 0.10 0.09 0.15 0.23 0.15 0.11 0.12 0.10 0.13 0.17 0.19 0.23 0.24 0.21
O2' 0.15 0.20 0.16 0.15 0.17 0.14 0.19 0.16 0.21 0.17 0.19 0.20 0.27 0.21 0.16 0.20 0.21 0.18 0.18 0.20 0.22 0.19
O3' 0.08 0.15 0.13 0.11 0.08 0.08 0.12 0.12 0.15 0.12 0.13 0.14 0.23 0.17 0.07 0.16 0.17 0.12 0.14 0.16 0.17 0.14
O4' 0.14 0.22 0.09 0.10 0.14 0.12 0.10 0.17 0.10 0.10 0.15 0.22 0.15 0.11 0.12 0.10 0.13 0.18 0.20 0.24 0.25 0.22
O5' 0.34 0.44 0.24 0.28 0.38 0.34 0.39 0.40 0.40 0.37 0.42 0.42 0.41 0.39 0.36 0.20 0.23 0.39 0.41 0.44 0.45 0.42
O6 0.15 0.32 0.13 0.16 0.17 0.15 0.11 0.19 0.15 0.09 0.29 0.27 0.07 0.08 0.13 0.11 0.18 0.15 0.23 0.28 0.27 0.24
OP1 0.42 0.52 0.34 0.35 0.44 0.43 0.42 0.45 0.42 0.42 0.46 0.51 0.40 0.42 0.42 0.33 0.31 0.47 0.40 0.41 0.38 0.37
OP2 0.39 0.38 0.41 0.41 0.34 0.38 0.30 0.41 0.29 0.31 0.33 0.38 0.28 0.29 0.34 0.41 0.43 0.38 0.47 0.48 0.50 0.49
P 0.22 0.32 0.18 0.19 0.23 0.23 0.20 0.28 0.21 0.18 0.27 0.31 0.19 0.18 0.21 0.16 0.19 0.26 0.30 0.32 0.34 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.08 0.08
C2 0.05 0.00 0.20 0.19 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.25 0.03 0.13 0.14 0.19 0.15
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.07 0.16 0.20 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.08 0.06
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.09 0.15 0.14 0.18 0.08 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.18 0.11 0.11
C4 0.02 0.01 0.10 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.14 0.17 0.19 0.16
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.12 0.06 0.10 0.06 0.11 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.02 0.19 0.24 0.27 0.23
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.11 0.18 0.09 0.09 0.14 0.19 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.09 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.02 0.18 0.24 0.28 0.23
C8 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.16 0.04 0.24 0.27 0.26 0.24
N1 0.03 0.01 0.16 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.01 0.15 0.19 0.24 0.19
N3 0.05 0.00 0.20 0.18 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.23 0.03 0.12 0.12 0.16 0.14
N6 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.11 0.03 0.22 0.29 0.34 0.28
N7 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.14 0.04 0.26 0.31 0.32 0.28
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.14 0.17 0.17 0.15
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.11 0.05 0.08 0.04 0.13 0.05 0.19 0.21 0.11 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.14 0.07 0.06
O3' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.11 0.02 0.08 0.03 0.12 0.16 0.20 0.23 0.11 0.14 0.05 0.03 0.00 0.01 0.11 0.26 0.17 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.08 0.10 0.11
O5' 0.07 0.13 0.04 0.08 0.14 0.02 0.19 0.01 0.18 0.24 0.15 0.12 0.22 0.26 0.14 0.03 0.11 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.14 0.14 0.18 0.17 0.07 0.24 0.04 0.24 0.27 0.19 0.12 0.29 0.31 0.17 0.14 0.26 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.19 0.08 0.11 0.19 0.02 0.27 0.01 0.28 0.26 0.24 0.16 0.34 0.32 0.17 0.07 0.17 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.06 0.11 0.16 0.02 0.23 0.01 0.23 0.24 0.19 0.14 0.28 0.28 0.15 0.06 0.17 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00