ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52647

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.035, 0.065, 0.095, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.065 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.016, 0.048, 0.080, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.048 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.007, 0.039, 0.072, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.039 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.009, 0.048, 0.086, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.048 std_dev=0.039
C8 A 0, -0.001, 0.048, 0.097, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.048 std_dev=0.049
N9 B 0, 0.197, 0.391, 0.584, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.391 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.182, 0.382, 0.581, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.382 std_dev=0.199
C4 B 0, 0.185, 0.390, 0.596, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.390 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.168, 0.408, 0.648, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.408 std_dev=0.240
C8 B 0, 0.177, 0.485, 0.792, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.485 std_dev=0.308
O2' B 0, 0.229, 0.539, 0.850, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.539 std_dev=0.310
C5 B 0, 0.149, 0.468, 0.786, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.468 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.161, 0.489, 0.818, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.489 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.196, 0.548, 0.900, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.548 std_dev=0.352
O4' B 0, 0.155, 0.522, 0.889, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.522 std_dev=0.367
N7 B 0, 0.149, 0.530, 0.911, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.530 std_dev=0.381
N1 B 0, 0.136, 0.533, 0.930, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.533 std_dev=0.397
C6 B 0, 0.118, 0.525, 0.932, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.525 std_dev=0.407
O5' B 0, 0.359, 0.832, 1.304, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.832 std_dev=0.473
N6 B 0, 0.124, 0.644, 1.164, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.644 std_dev=0.520
C3' B 0, 0.238, 0.768, 1.298, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.768 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.187, 0.733, 1.278, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.733 std_dev=0.545
P B 0, 0.316, 0.999, 1.681, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.999 std_dev=0.682
C2' A 0, 0.295, 1.022, 1.749, 1.966 max_d=1.966 avg_d=1.022 std_dev=0.727
C5' B 0, 0.259, 0.996, 1.734, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.996 std_dev=0.738
O3' B 0, 0.259, 1.003, 1.746, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.003 std_dev=0.743
O4' A 0, 0.235, 0.980, 1.726, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.980 std_dev=0.745
OP2 B 0, 0.386, 1.207, 2.027, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.207 std_dev=0.820
OP1 B 0, 0.275, 1.175, 2.075, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.175 std_dev=0.900
C3' A 0, 0.358, 1.431, 2.503, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.431 std_dev=1.072
O2' A 0, 0.518, 1.600, 2.682, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.600 std_dev=1.082
O3' A 0, 0.589, 1.757, 2.926, 2.931 max_d=2.931 avg_d=1.757 std_dev=1.168
C4' A 0, 0.345, 1.527, 2.708, 2.922 max_d=2.922 avg_d=1.527 std_dev=1.181
O5' A 0, 0.362, 2.099, 3.835, 4.652 max_d=4.652 avg_d=2.099 std_dev=1.736
C5' A 0, 0.463, 2.241, 4.020, 4.569 max_d=4.569 avg_d=2.241 std_dev=1.779
OP2 A 0, 0.437, 2.693, 4.948, 6.415 max_d=6.415 avg_d=2.693 std_dev=2.256
P A 0, 0.452, 2.935, 5.419, 6.367 max_d=6.367 avg_d=2.935 std_dev=2.484
OP1 A 0, 0.671, 3.799, 6.928, 8.405 max_d=8.405 avg_d=3.799 std_dev=3.128

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.20 0.01 0.29 0.03 0.26 0.45 0.37
C2 0.05 0.00 0.40 0.47 0.02 0.12 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.36 0.24 0.51 0.01 0.57 0.71 0.56
C2' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.21 0.03 0.11 0.13 0.18 0.24 0.31 0.48 0.40 0.16 0.04 0.01 0.02 0.02 0.43 0.14 0.39 0.58 0.46
C3' 0.01 0.47 0.00 0.00 0.37 0.00 0.39 0.03 0.46 0.25 0.49 0.49 0.42 0.33 0.23 0.02 0.01 0.02 0.26 0.47 0.44 0.33 0.29
C4 0.02 0.02 0.21 0.37 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.12 0.45 0.02 0.41 0.61 0.49
C4' 0.01 0.12 0.03 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.17 0.21 0.13 0.15 0.11 0.22 0.11 0.25 0.02 0.00 0.02 0.20 0.24 0.19 0.07
C5 0.02 0.01 0.11 0.39 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.28 0.06 0.52 0.01 0.45 0.69 0.54
C5' 0.06 0.26 0.13 0.03 0.23 0.01 0.30 0.00 0.33 0.28 0.30 0.27 0.22 0.33 0.17 0.12 0.15 0.03 0.01 0.37 0.18 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.46 0.01 0.17 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.35 0.10 0.57 0.00 0.55 0.77 0.60
C8 0.01 0.02 0.24 0.25 0.01 0.21 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.40 0.21 0.15 0.48 0.02 0.35 0.62 0.49
N1 0.04 0.00 0.31 0.49 0.02 0.13 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.37 0.19 0.56 0.01 0.60 0.78 0.60
N2 0.07 0.00 0.48 0.49 0.03 0.15 0.02 0.27 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.21 0.41 0.30 0.51 0.01 0.61 0.72 0.57
N3 0.04 0.01 0.40 0.42 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.13 0.30 0.23 0.45 0.01 0.47 0.62 0.50
N7 0.01 0.02 0.16 0.33 0.01 0.22 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.27 0.09 0.53 0.02 0.39 0.67 0.53
N9 0.00 0.03 0.04 0.23 0.01 0.11 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.02 0.39 0.02 0.32 0.54 0.43
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.11 0.25 0.27 0.12 0.23 0.40 0.10 0.21 0.13 0.41 0.20 0.00 0.05 0.19 0.23 0.30 0.34 0.50 0.27
O3' 0.20 0.36 0.02 0.01 0.22 0.02 0.28 0.15 0.35 0.21 0.37 0.41 0.30 0.27 0.11 0.05 0.00 0.12 0.23 0.39 0.74 0.44 0.41
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.12 0.00 0.06 0.03 0.10 0.15 0.19 0.30 0.23 0.09 0.02 0.19 0.12 0.00 0.19 0.08 0.21 0.38 0.30
O5' 0.29 0.51 0.43 0.26 0.45 0.02 0.52 0.01 0.57 0.48 0.56 0.51 0.45 0.53 0.39 0.23 0.23 0.19 0.00 0.60 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.47 0.02 0.20 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.39 0.08 0.60 0.00 0.58 0.81 0.63
OP1 0.26 0.57 0.39 0.44 0.41 0.24 0.45 0.18 0.55 0.35 0.60 0.61 0.47 0.39 0.32 0.34 0.74 0.21 0.01 0.58 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.71 0.58 0.33 0.61 0.19 0.69 0.23 0.77 0.62 0.78 0.72 0.62 0.67 0.54 0.50 0.44 0.38 0.01 0.81 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.56 0.46 0.29 0.49 0.07 0.54 0.02 0.60 0.49 0.60 0.57 0.50 0.53 0.43 0.27 0.41 0.30 0.01 0.63 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.14 0.26 0.35 0.18 0.19 0.29 0.28 0.34 0.27 0.24 0.12 0.48 0.35 0.18 0.24 0.47 0.15 0.45 0.55 0.71 0.53
C2 0.09 0.11 0.26 0.36 0.14 0.20 0.26 0.28 0.32 0.23 0.21 0.11 0.46 0.30 0.14 0.24 0.47 0.11 0.42 0.48 0.69 0.48
C2' 0.37 0.34 0.38 0.36 0.27 0.33 0.21 0.28 0.23 0.22 0.23 0.37 0.36 0.23 0.28 0.48 0.45 0.39 0.58 0.38 0.45 0.38
C3' 0.70 0.61 0.62 0.58 0.59 0.64 0.50 0.59 0.45 0.54 0.50 0.66 0.41 0.48 0.61 0.68 0.61 0.73 0.84 0.50 0.32 0.53
C4 0.10 0.11 0.24 0.34 0.15 0.18 0.27 0.28 0.31 0.26 0.19 0.10 0.47 0.34 0.16 0.22 0.44 0.14 0.46 0.55 0.71 0.53
C4' 0.30 0.27 0.33 0.38 0.25 0.26 0.26 0.28 0.28 0.26 0.25 0.29 0.38 0.29 0.26 0.33 0.50 0.32 0.50 0.35 0.42 0.34
C5 0.10 0.11 0.22 0.31 0.14 0.18 0.26 0.28 0.27 0.27 0.14 0.08 0.44 0.34 0.16 0.19 0.40 0.16 0.50 0.59 0.72 0.56
C5' 0.56 0.52 0.53 0.55 0.51 0.50 0.48 0.50 0.47 0.50 0.47 0.54 0.49 0.49 0.52 0.53 0.62 0.57 0.66 0.38 0.33 0.41
C6 0.10 0.14 0.21 0.30 0.12 0.19 0.24 0.29 0.25 0.27 0.10 0.09 0.44 0.33 0.16 0.19 0.40 0.16 0.51 0.59 0.72 0.57
C8 0.10 0.11 0.22 0.30 0.15 0.18 0.26 0.28 0.28 0.28 0.16 0.09 0.43 0.35 0.17 0.19 0.40 0.18 0.51 0.60 0.71 0.57
N1 0.09 0.12 0.23 0.33 0.13 0.19 0.25 0.29 0.29 0.24 0.13 0.10 0.46 0.32 0.15 0.21 0.43 0.13 0.46 0.53 0.71 0.52
N2 0.11 0.13 0.28 0.39 0.14 0.22 0.24 0.29 0.31 0.20 0.25 0.13 0.43 0.27 0.13 0.27 0.50 0.10 0.38 0.43 0.67 0.43
N3 0.09 0.12 0.26 0.36 0.15 0.19 0.27 0.28 0.33 0.24 0.23 0.11 0.47 0.31 0.15 0.24 0.47 0.11 0.42 0.49 0.69 0.48
N7 0.11 0.12 0.21 0.29 0.14 0.19 0.25 0.29 0.25 0.28 0.13 0.08 0.41 0.35 0.17 0.18 0.38 0.19 0.53 0.63 0.72 0.59
N9 0.10 0.12 0.24 0.33 0.16 0.18 0.28 0.28 0.31 0.27 0.20 0.10 0.46 0.35 0.17 0.21 0.44 0.15 0.47 0.56 0.71 0.54
O2' 0.15 0.20 0.25 0.32 0.27 0.18 0.43 0.29 0.50 0.39 0.38 0.15 0.68 0.50 0.26 0.24 0.42 0.20 0.45 0.60 0.84 0.61
O3' 0.68 0.54 0.60 0.59 0.55 0.63 0.46 0.61 0.42 0.52 0.45 0.60 0.40 0.46 0.59 0.63 0.63 0.72 0.80 0.50 0.32 0.52
O4' 0.19 0.22 0.40 0.50 0.25 0.32 0.34 0.40 0.38 0.33 0.30 0.20 0.51 0.40 0.25 0.34 0.63 0.20 0.45 0.61 0.76 0.56
O5' 0.83 0.72 0.71 0.67 0.77 0.76 0.77 0.73 0.73 0.81 0.69 0.76 0.74 0.80 0.80 0.78 0.65 0.88 1.08 0.88 0.82 0.90
O6 0.11 0.19 0.19 0.28 0.10 0.19 0.21 0.30 0.18 0.27 0.14 0.11 0.37 0.33 0.16 0.17 0.36 0.19 0.55 0.64 0.73 0.61
OP1 1.22 0.98 1.04 0.99 1.07 1.15 0.99 1.12 0.89 1.10 0.87 1.08 0.81 1.02 1.14 1.12 0.93 1.29 1.39 1.11 0.98 1.15
OP2 1.16 0.95 1.03 1.01 1.08 1.14 1.09 1.14 1.02 1.18 0.94 1.02 1.03 1.16 1.14 1.07 0.97 1.25 1.45 1.30 1.25 1.31
P 0.94 0.76 0.81 0.80 0.87 0.90 0.87 0.90 0.82 0.95 0.75 0.82 0.84 0.94 0.92 0.86 0.78 1.02 1.21 1.06 1.02 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.23 0.47 0.23
C2 0.02 0.00 0.14 0.21 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.25 0.04 0.47 0.43 0.56 0.43
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.06 0.12 0.14 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.28 0.32 0.40 0.21
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.14 0.01 0.13 0.03 0.16 0.10 0.19 0.19 0.15 0.10 0.08 0.02 0.01 0.01 0.37 0.41 0.33 0.26
C4 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.16 0.02 0.49 0.43 0.55 0.43
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.17 0.42 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.02 0.62 0.55 0.62 0.56
C5' 0.03 0.14 0.02 0.03 0.14 0.01 0.18 0.00 0.19 0.16 0.17 0.12 0.21 0.19 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.22 0.43 0.03
C6 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.20 0.03 0.64 0.58 0.65 0.58
C8 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.62 0.53 0.58 0.54
N1 0.01 0.00 0.12 0.19 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.24 0.04 0.56 0.52 0.62 0.52
N3 0.01 0.00 0.14 0.19 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.22 0.04 0.40 0.37 0.52 0.37
N6 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.20 0.03 0.70 0.66 0.71 0.66
N7 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.69 0.62 0.66 0.63
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.45 0.39 0.52 0.39
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.05 0.07 0.05 0.10 0.04 0.13 0.14 0.09 0.04 0.03 0.00 0.04 0.08 0.09 0.21 0.39 0.08
O3' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.16 0.02 0.16 0.05 0.20 0.11 0.24 0.22 0.20 0.12 0.08 0.04 0.00 0.01 0.30 0.48 0.29 0.26
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.14 0.19 0.52 0.23
O5' 0.21 0.47 0.28 0.37 0.49 0.02 0.62 0.01 0.64 0.62 0.56 0.40 0.70 0.69 0.45 0.09 0.30 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.43 0.32 0.41 0.43 0.17 0.55 0.22 0.58 0.53 0.52 0.37 0.66 0.62 0.39 0.21 0.48 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.56 0.40 0.33 0.55 0.42 0.62 0.43 0.65 0.58 0.62 0.52 0.71 0.66 0.52 0.39 0.29 0.52 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.43 0.21 0.26 0.43 0.08 0.56 0.03 0.58 0.54 0.52 0.37 0.66 0.63 0.39 0.08 0.26 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00