Doublet Group distance statistics: 52651

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N9	A	0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.039 std_dev=0.022
C8	A	0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.037 std_dev=0.024
C1'	A	0, 0.023, 0.052, 0.080, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.052 std_dev=0.028
C2	A	0, 0.026, 0.055, 0.083, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.055 std_dev=0.029
O6	A	0, 0.029, 0.060, 0.090, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.031
N3	A	0, 0.027, 0.057, 0.088, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.057 std_dev=0.031
N2	A	0, 0.065, 0.121, 0.177, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.121 std_dev=0.056
C2'	A	0, 0.022, 0.079, 0.135, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.079 std_dev=0.056
O4'	A	0, 0.060, 0.129, 0.197, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.129 std_dev=0.069
C3'	A	0, 0.097, 0.167, 0.237, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.167 std_dev=0.070
O2'	A	0, 0.119, 0.230, 0.340, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.230 std_dev=0.111
C4'	A	0, 0.165, 0.285, 0.406, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.285 std_dev=0.120
O3'	A	0, 0.113, 0.235, 0.356, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.235 std_dev=0.122
C5'	A	0, 0.275, 0.508, 0.741, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.508 std_dev=0.233
O5'	A	0, 0.306, 0.566, 0.826, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.566 std_dev=0.260
C4	B	0, 0.325, 0.592, 0.858, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.592 std_dev=0.267
C6	B	0, 0.274, 0.612, 0.950, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.612 std_dev=0.338
C1'	B	0, 0.380, 0.725, 1.070, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.725 std_dev=0.345
N9	B	0, 0.432, 0.779, 1.126, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.779 std_dev=0.347
C5	B	0, 0.383, 0.758, 1.133, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.758 std_dev=0.375
C2'	B	0, 0.538, 0.935, 1.331, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.935 std_dev=0.396
P	A	0, 0.399, 0.823, 1.247, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.823 std_dev=0.424
N1	B	0, 0.274, 0.725, 1.176, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.725 std_dev=0.451
OP2	A	0, 0.447, 0.915, 1.382, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.915 std_dev=0.468
OP1	A	0, 0.485, 0.958, 1.432, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.958 std_dev=0.473
O4'	B	0, 0.522, 1.011, 1.501, 1.676 max_d=1.676 avg_d=1.011 std_dev=0.489
N3	B	0, 0.339, 0.833, 1.328, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.833 std_dev=0.495
N6	B	0, 0.317, 0.825, 1.333, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.825 std_dev=0.508
C4'	B	0, 0.708, 1.253, 1.798, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.253 std_dev=0.545
C3'	B	0, 0.761, 1.323, 1.886, 1.951 max_d=1.951 avg_d=1.323 std_dev=0.563
C8	B	0, 0.663, 1.274, 1.886, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.274 std_dev=0.611
O2'	B	0, 0.520, 1.150, 1.781, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.150 std_dev=0.630
C2	B	0, 0.317, 0.956, 1.594, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.956 std_dev=0.638
N7	B	0, 0.608, 1.290, 1.972, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.290 std_dev=0.682
C5'	B	0, 0.973, 1.788, 2.604, 3.006 max_d=3.006 avg_d=1.788 std_dev=0.816
O3'	B	0, 0.918, 1.745, 2.572, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.745 std_dev=0.827
O5'	B	0, 1.430, 2.875, 4.319, 4.489 max_d=4.489 avg_d=2.875 std_dev=1.445
P	B	0, 2.243, 4.502, 6.761, 7.132 max_d=7.132 avg_d=4.502 std_dev=2.259
OP1	B	0, 2.362, 4.856, 7.349, 8.163 max_d=8.163 avg_d=4.856 std_dev=2.494
OP2	B	0, 2.747, 5.561, 8.375, 8.234 max_d=8.234 avg_d=5.561 std_dev=2.814

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.05	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.01	0.11	0.10	0.07
C2	0.04	0.00	0.06	0.06	0.01	0.04	0.01	0.04	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.07	0.07	0.04	0.12	0.01	0.18	0.22	0.15
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.04	0.05	0.08	0.05	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.05	0.03	0.15	0.13	0.07
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.04	0.05	0.05	0.07	0.06	0.05	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.04	0.15	0.10	0.07
C4	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.01	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.13	0.01	0.17	0.20	0.14
C4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.05	0.02	0.06	0.04	0.05	0.02	0.04	0.02	0.00	0.01	0.03	0.08	0.03	0.01
C5	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.02	0.00	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.05	0.02	0.17	0.00	0.21	0.24	0.19
C5'	0.02	0.04	0.01	0.02	0.05	0.00	0.08	0.00	0.08	0.11	0.06	0.04	0.04	0.12	0.06	0.04	0.03	0.01	0.01	0.11	0.05	0.01	0.00
C6	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.02	0.00	0.08	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.06	0.02	0.17	0.00	0.22	0.27	0.21
C8	0.01	0.03	0.04	0.05	0.02	0.05	0.01	0.11	0.02	0.00	0.02	0.03	0.03	0.00	0.00	0.03	0.07	0.04	0.17	0.01	0.19	0.18	0.17
N1	0.03	0.01	0.05	0.05	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.07	0.02	0.15	0.01	0.21	0.26	0.19
N2	0.05	0.00	0.08	0.07	0.01	0.06	0.01	0.04	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.09	0.09	0.05	0.11	0.01	0.17	0.22	0.14
N3	0.04	0.00	0.05	0.06	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.06	0.06	0.04	0.11	0.02	0.15	0.19	0.12
N7	0.01	0.02	0.04	0.05	0.01	0.05	0.01	0.12	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.03	0.07	0.04	0.19	0.00	0.22	0.24	0.21
N9	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.06	0.01	0.00	0.02	0.03	0.03	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.13	0.01	0.15	0.16	0.12
O2'	0.01	0.07	0.00	0.02	0.03	0.04	0.03	0.04	0.04	0.03	0.06	0.09	0.06	0.03	0.01	0.00	0.04	0.03	0.03	0.04	0.12	0.10	0.05
O3'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.04	0.02	0.05	0.03	0.06	0.07	0.07	0.09	0.06	0.07	0.03	0.04	0.00	0.01	0.08	0.07	0.15	0.10	0.08
O4'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.02	0.05	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.00	0.06	0.02	0.07	0.05	0.04
O5'	0.08	0.12	0.05	0.03	0.13	0.01	0.17	0.01	0.17	0.17	0.15	0.11	0.11	0.19	0.13	0.03	0.08	0.06	0.00	0.19	0.01	0.02	0.00
O6	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.03	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.07	0.02	0.19	0.00	0.25	0.30	0.24
OP1	0.11	0.18	0.15	0.15	0.17	0.08	0.21	0.05	0.22	0.19	0.21	0.17	0.15	0.22	0.15	0.12	0.15	0.07	0.01	0.25	0.00	0.01	0.01
OP2	0.10	0.22	0.13	0.10	0.20	0.03	0.24	0.01	0.27	0.18	0.26	0.22	0.19	0.24	0.16	0.10	0.10	0.05	0.02	0.30	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.15	0.07	0.07	0.14	0.01	0.19	0.00	0.21	0.17	0.19	0.14	0.12	0.21	0.12	0.05	0.08	0.04	0.00	0.24	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.30	0.16	0.41	0.43	0.22	0.37	0.19	0.45	0.16	0.25	0.15	0.20	0.17	0.21	0.26	0.52	0.48	0.29	0.66	1.14	1.48	1.01
C2	0.28	0.13	0.37	0.36	0.19	0.31	0.16	0.36	0.15	0.20	0.14	0.19	0.22	0.17	0.22	0.49	0.40	0.25	0.54	0.90	1.29	0.82
C2'	0.31	0.20	0.43	0.44	0.22	0.37	0.19	0.43	0.19	0.22	0.18	0.23	0.23	0.20	0.25	0.56	0.52	0.28	0.60	1.03	1.37	0.91
C3'	0.30	0.21	0.42	0.42	0.23	0.35	0.20	0.42	0.19	0.22	0.18	0.24	0.22	0.20	0.25	0.55	0.48	0.27	0.58	1.05	1.38	0.91
C4	0.27	0.16	0.35	0.34	0.20	0.30	0.17	0.39	0.15	0.21	0.12	0.19	0.17	0.19	0.23	0.46	0.37	0.25	0.58	1.04	1.40	0.93
C4'	0.30	0.17	0.40	0.42	0.21	0.36	0.18	0.44	0.15	0.24	0.15	0.21	0.17	0.20	0.25	0.52	0.48	0.28	0.64	1.15	1.47	1.00
C5	0.25	0.20	0.29	0.28	0.21	0.26	0.18	0.37	0.16	0.20	0.16	0.22	0.17	0.19	0.22	0.40	0.29	0.22	0.54	1.05	1.39	0.93
C5'	0.28	0.15	0.36	0.36	0.19	0.31	0.17	0.39	0.13	0.22	0.12	0.19	0.14	0.19	0.23	0.49	0.41	0.25	0.60	1.14	1.45	0.99
C6	0.24	0.25	0.27	0.25	0.21	0.24	0.19	0.35	0.17	0.20	0.20	0.24	0.18	0.19	0.21	0.36	0.26	0.21	0.50	0.98	1.34	0.88
C8	0.26	0.19	0.32	0.31	0.22	0.29	0.20	0.40	0.17	0.22	0.16	0.21	0.17	0.21	0.23	0.42	0.33	0.24	0.59	1.14	1.47	1.01
N1	0.25	0.21	0.31	0.28	0.20	0.25	0.17	0.33	0.15	0.19	0.13	0.23	0.21	0.17	0.21	0.41	0.29	0.22	0.49	0.90	1.28	0.82
N2	0.30	0.13	0.42	0.42	0.18	0.35	0.16	0.38	0.19	0.21	0.23	0.17	0.27	0.18	0.23	0.54	0.48	0.27	0.53	0.81	1.20	0.75
N3	0.28	0.13	0.39	0.39	0.19	0.33	0.16	0.40	0.15	0.22	0.14	0.18	0.20	0.18	0.23	0.50	0.44	0.26	0.59	0.98	1.35	0.88
N7	0.24	0.21	0.28	0.27	0.21	0.26	0.20	0.38	0.18	0.21	0.18	0.22	0.18	0.20	0.22	0.38	0.28	0.22	0.55	1.11	1.43	0.98
N9	0.28	0.16	0.35	0.36	0.21	0.32	0.18	0.41	0.15	0.23	0.13	0.19	0.17	0.20	0.24	0.46	0.39	0.26	0.61	1.11	1.45	0.98
O2'	0.33	0.21	0.48	0.51	0.23	0.43	0.20	0.48	0.20	0.24	0.21	0.23	0.23	0.20	0.26	0.61	0.61	0.31	0.65	1.05	1.39	0.93
O3'	0.31	0.24	0.44	0.44	0.24	0.37	0.22	0.42	0.22	0.23	0.21	0.27	0.27	0.22	0.26	0.58	0.52	0.28	0.56	1.01	1.33	0.88
O4'	0.30	0.15	0.39	0.41	0.21	0.37	0.19	0.46	0.15	0.26	0.13	0.18	0.15	0.22	0.25	0.50	0.46	0.29	0.68	1.21	1.54	1.06
O5'	0.26	0.19	0.32	0.28	0.20	0.24	0.18	0.30	0.16	0.20	0.16	0.21	0.17	0.18	0.22	0.46	0.31	0.22	0.53	1.06	1.37	0.91
O6	0.23	0.30	0.24	0.25	0.23	0.24	0.21	0.36	0.21	0.21	0.28	0.27	0.21	0.22	0.22	0.31	0.26	0.20	0.48	0.99	1.32	0.89
OP1	0.27	0.25	0.31	0.25	0.22	0.22	0.20	0.27	0.20	0.21	0.22	0.25	0.20	0.19	0.23	0.46	0.28	0.22	0.49	1.06	1.33	0.89
OP2	0.29	0.32	0.29	0.20	0.27	0.19	0.24	0.24	0.26	0.23	0.29	0.31	0.24	0.23	0.26	0.44	0.21	0.23	0.45	1.01	1.27	0.85
P	0.26	0.23	0.29	0.23	0.21	0.21	0.20	0.28	0.19	0.20	0.20	0.23	0.19	0.20	0.22	0.43	0.25	0.20	0.50	1.07	1.35	0.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.12	0.24	0.40	0.18
C2	0.03	0.00	0.15	0.25	0.01	0.12	0.00	0.21	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.30	0.03	0.35	0.59	0.92	0.52
C2'	0.00	0.15	0.00	0.00	0.06	0.01	0.03	0.03	0.04	0.11	0.09	0.16	0.04	0.09	0.03	0.00	0.01	0.01	0.17	0.18	0.40	0.13
C3'	0.01	0.25	0.00	0.00	0.13	0.00	0.08	0.02	0.11	0.16	0.19	0.25	0.10	0.13	0.05	0.02	0.00	0.01	0.27	0.25	0.38	0.24
C4	0.01	0.01	0.06	0.13	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.14	0.01	0.27	0.41	0.78	0.40
C4'	0.00	0.12	0.01	0.00	0.06	0.00	0.04	0.01	0.06	0.08	0.10	0.11	0.06	0.06	0.02	0.07	0.02	0.00	0.02	0.20	0.15	0.09
C5	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.04	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.10	0.01	0.25	0.46	0.88	0.47
C5'	0.04	0.21	0.03	0.02	0.14	0.01	0.12	0.00	0.15	0.09	0.19	0.19	0.14	0.09	0.07	0.06	0.02	0.02	0.01	0.03	0.12	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.11	0.01	0.06	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.14	0.01	0.30	0.56	0.97	0.54
C8	0.01	0.01	0.11	0.16	0.00	0.08	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.18	0.02	0.12	0.30	0.69	0.35
N1	0.03	0.00	0.09	0.19	0.01	0.10	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.23	0.02	0.34	0.61	0.99	0.56
N3	0.03	0.00	0.16	0.25	0.00	0.11	0.01	0.19	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.29	0.03	0.32	0.51	0.81	0.45
N6	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.06	0.01	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.13	0.01	0.28	0.60	1.01	0.57
N7	0.01	0.01	0.09	0.13	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.16	0.02	0.17	0.42	0.84	0.45
N9	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.05	0.01	0.17	0.26	0.61	0.28
O2'	0.02	0.07	0.00	0.02	0.04	0.07	0.05	0.06	0.06	0.06	0.06	0.07	0.07	0.07	0.03	0.00	0.02	0.07	0.06	0.32	0.25	0.14
O3'	0.01	0.30	0.01	0.00	0.14	0.02	0.10	0.02	0.14	0.18	0.23	0.29	0.13	0.16	0.05	0.02	0.00	0.02	0.31	0.35	0.38	0.31
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.07	0.02	0.00	0.18	0.33	0.30	0.25
O5'	0.12	0.35	0.17	0.27	0.27	0.02	0.25	0.01	0.30	0.12	0.34	0.32	0.28	0.17	0.17	0.06	0.31	0.18	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.24	0.59	0.18	0.25	0.41	0.20	0.46	0.03	0.56	0.30	0.61	0.51	0.60	0.42	0.26	0.32	0.35	0.33	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.40	0.92	0.40	0.38	0.78	0.15	0.88	0.12	0.97	0.69	0.99	0.81	1.01	0.84	0.61	0.25	0.38	0.30	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.18	0.52	0.13	0.24	0.40	0.09	0.47	0.01	0.54	0.35	0.56	0.45	0.57	0.45	0.28	0.14	0.31	0.25	0.00	0.01	0.01	0.00