ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52656

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C2 B 0, 0.176, 0.417, 0.657, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.417 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.186, 0.440, 0.694, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.440 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.230, 0.548, 0.866, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.548 std_dev=0.318
C4 B 0, 0.255, 0.629, 1.003, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.629 std_dev=0.374
C6 B 0, 0.289, 0.684, 1.079, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.684 std_dev=0.395
C5 B 0, 0.320, 0.762, 1.203, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.762 std_dev=0.441
N9 B 0, 0.302, 0.757, 1.213, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.757 std_dev=0.455
C1' B 0, 0.313, 0.794, 1.275, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.794 std_dev=0.481
O4' B 0, 0.275, 0.789, 1.304, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.789 std_dev=0.514
N6 B 0, 0.375, 0.902, 1.428, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.902 std_dev=0.527
C2' A 0, 0.083, 0.613, 1.144, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.613 std_dev=0.531
O4' A 0, 0.036, 0.587, 1.139, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.587 std_dev=0.552
C8 B 0, 0.393, 0.952, 1.511, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.952 std_dev=0.559
N7 B 0, 0.427, 1.011, 1.595, 1.390 max_d=1.390 avg_d=1.011 std_dev=0.584
O2' A 0, 0.147, 0.781, 1.414, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.781 std_dev=0.634
C2' B 0, 0.467, 1.106, 1.745, 1.504 max_d=1.504 avg_d=1.106 std_dev=0.639
C4' B 0, 0.434, 1.109, 1.784, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.109 std_dev=0.675
O5' B 0, 0.436, 1.151, 1.865, 1.964 max_d=1.964 avg_d=1.151 std_dev=0.715
C4' A 0, 0.171, 0.886, 1.601, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.886 std_dev=0.715
C3' A 0, 0.216, 0.949, 1.683, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.949 std_dev=0.734
C5' B 0, 0.419, 1.159, 1.899, 2.063 max_d=2.063 avg_d=1.159 std_dev=0.740
C3' B 0, 0.546, 1.294, 2.042, 1.775 max_d=1.775 avg_d=1.294 std_dev=0.748
O2' B 0, 0.541, 1.297, 2.053, 1.852 max_d=1.852 avg_d=1.297 std_dev=0.756
P B 0, 0.557, 1.406, 2.256, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.406 std_dev=0.849
O3' A 0, 0.381, 1.300, 2.220, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.300 std_dev=0.919
O3' B 0, 0.694, 1.643, 2.592, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.643 std_dev=0.949
OP2 B 0, 0.686, 1.645, 2.604, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.645 std_dev=0.959
OP1 B 0, 0.716, 1.760, 2.805, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.760 std_dev=1.045
O5' A 0, 0.238, 1.366, 2.493, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.366 std_dev=1.128
C5' A 0, 0.236, 1.422, 2.607, 2.605 max_d=2.605 avg_d=1.422 std_dev=1.185
OP2 A 0, 0.487, 2.021, 3.555, 3.527 max_d=3.527 avg_d=2.021 std_dev=1.534
P A 0, 0.452, 2.155, 3.858, 3.839 max_d=3.839 avg_d=2.155 std_dev=1.703
OP1 A 0, 0.617, 2.779, 4.941, 4.892 max_d=4.892 avg_d=2.779 std_dev=2.162

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.09 0.09
C2 0.01 0.00 0.33 0.32 0.01 0.05 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.35 0.22 0.18 0.00 0.19 0.18 0.24
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.18 0.03 0.10 0.05 0.16 0.14 0.26 0.38 0.31 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.13 0.19 0.21 0.17
C3' 0.03 0.32 0.00 0.00 0.25 0.00 0.26 0.01 0.30 0.12 0.33 0.33 0.28 0.18 0.15 0.01 0.02 0.03 0.02 0.30 0.12 0.01 0.03
C4 0.00 0.01 0.18 0.25 0.00 0.02 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.26 0.12 0.15 0.00 0.15 0.16 0.19
C4' 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.03 0.07 0.04 0.07 0.03 0.20 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.10 0.26 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.30 0.06 0.14 0.00 0.15 0.17 0.20
C5' 0.06 0.20 0.05 0.01 0.15 0.00 0.13 0.00 0.16 0.06 0.19 0.23 0.18 0.09 0.09 0.16 0.12 0.02 0.01 0.16 0.04 0.02 0.02
C6 0.00 0.00 0.16 0.30 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.37 0.10 0.16 0.00 0.17 0.19 0.23
C8 0.00 0.01 0.14 0.12 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.15 0.13 0.09 0.01 0.10 0.13 0.12
N1 0.01 0.00 0.26 0.33 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.39 0.17 0.17 0.00 0.19 0.19 0.25
N2 0.01 0.00 0.38 0.33 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.36 0.26 0.19 0.00 0.21 0.18 0.26
N3 0.01 0.00 0.31 0.28 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.29 0.21 0.17 0.00 0.17 0.16 0.21
N7 0.00 0.01 0.06 0.18 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.24 0.06 0.11 0.01 0.13 0.16 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.01 0.12 0.01 0.12 0.12 0.13
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.05 0.20 0.03 0.16 0.02 0.16 0.11 0.26 0.19 0.13 0.05 0.00 0.06 0.12 0.03 0.02 0.05 0.12 0.02
O3' 0.02 0.35 0.02 0.02 0.26 0.02 0.30 0.12 0.37 0.15 0.39 0.36 0.29 0.24 0.14 0.06 0.00 0.02 0.16 0.39 0.14 0.17 0.15
O4' 0.00 0.22 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.13 0.17 0.26 0.21 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.04
O5' 0.10 0.18 0.17 0.02 0.15 0.01 0.14 0.01 0.16 0.09 0.17 0.19 0.17 0.11 0.12 0.03 0.16 0.02 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.13 0.30 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.08 0.15 0.00 0.18 0.20 0.23
OP1 0.10 0.19 0.19 0.12 0.15 0.05 0.15 0.04 0.17 0.10 0.19 0.21 0.17 0.13 0.12 0.05 0.14 0.01 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.18 0.21 0.01 0.16 0.01 0.17 0.02 0.19 0.13 0.19 0.18 0.16 0.16 0.12 0.12 0.17 0.05 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.24 0.17 0.03 0.19 0.01 0.20 0.02 0.23 0.12 0.25 0.26 0.21 0.16 0.13 0.02 0.15 0.04 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.16 0.13 0.19 0.16 0.16 0.16 0.21 0.16 0.16 0.16 0.17 0.16 0.16 0.16 0.05 0.18 0.15 0.29 0.26 0.20 0.24
C2 0.12 0.14 0.11 0.18 0.15 0.16 0.17 0.22 0.16 0.16 0.16 0.14 0.15 0.17 0.15 0.02 0.18 0.15 0.33 0.30 0.23 0.28
C2' 0.55 0.56 0.57 0.60 0.53 0.56 0.47 0.57 0.44 0.48 0.49 0.58 0.37 0.44 0.53 0.51 0.59 0.54 0.27 0.27 0.20 0.24
C3' 0.69 0.68 0.65 0.67 0.68 0.69 0.64 0.72 0.61 0.66 0.63 0.70 0.55 0.63 0.69 0.59 0.63 0.71 0.38 0.37 0.33 0.37
C4 0.14 0.16 0.12 0.19 0.17 0.17 0.17 0.23 0.17 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.01 0.18 0.16 0.29 0.26 0.21 0.24
C4' 0.26 0.26 0.19 0.22 0.26 0.25 0.26 0.30 0.25 0.27 0.25 0.27 0.24 0.26 0.27 0.11 0.17 0.29 0.19 0.18 0.12 0.14
C5 0.16 0.17 0.14 0.20 0.18 0.20 0.19 0.25 0.19 0.19 0.18 0.17 0.20 0.20 0.18 0.04 0.20 0.19 0.27 0.24 0.20 0.22
C5' 0.16 0.15 0.07 0.11 0.16 0.14 0.17 0.19 0.16 0.18 0.15 0.17 0.19 0.18 0.17 0.03 0.11 0.19 0.27 0.27 0.26 0.23
C6 0.16 0.16 0.15 0.22 0.19 0.21 0.21 0.27 0.21 0.21 0.18 0.17 0.21 0.21 0.19 0.07 0.22 0.20 0.28 0.24 0.20 0.23
C8 0.16 0.17 0.14 0.20 0.18 0.19 0.18 0.24 0.18 0.19 0.17 0.18 0.19 0.19 0.18 0.04 0.19 0.18 0.26 0.23 0.19 0.21
N1 0.14 0.15 0.13 0.20 0.17 0.19 0.19 0.25 0.19 0.18 0.17 0.15 0.18 0.19 0.17 0.06 0.20 0.17 0.31 0.27 0.22 0.26
N2 0.11 0.12 0.10 0.18 0.15 0.14 0.17 0.21 0.16 0.17 0.14 0.12 0.15 0.17 0.15 0.05 0.17 0.13 0.35 0.33 0.26 0.30
N3 0.12 0.15 0.11 0.18 0.15 0.15 0.16 0.21 0.16 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.02 0.17 0.14 0.32 0.29 0.23 0.27
N7 0.17 0.17 0.15 0.21 0.19 0.21 0.20 0.26 0.19 0.20 0.18 0.18 0.21 0.21 0.19 0.05 0.20 0.20 0.25 0.22 0.19 0.21
N9 0.14 0.17 0.13 0.19 0.17 0.17 0.17 0.23 0.17 0.17 0.17 0.17 0.18 0.18 0.17 0.03 0.18 0.17 0.28 0.25 0.20 0.23
O2' 0.31 0.33 0.38 0.41 0.29 0.34 0.23 0.34 0.21 0.24 0.26 0.34 0.14 0.20 0.29 0.34 0.43 0.29 0.27 0.27 0.19 0.22
O3' 0.85 0.80 0.80 0.81 0.81 0.84 0.77 0.87 0.72 0.81 0.74 0.84 0.66 0.76 0.83 0.75 0.76 0.87 0.56 0.55 0.51 0.56
O4' 0.04 0.02 0.09 0.08 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.10 0.06 0.01 0.21 0.13 0.04 0.42 0.39 0.34 0.36
O5' 0.23 0.21 0.14 0.18 0.23 0.22 0.23 0.27 0.22 0.25 0.20 0.23 0.24 0.24 0.24 0.05 0.16 0.27 0.19 0.20 0.21 0.16
O6 0.19 0.16 0.17 0.24 0.21 0.24 0.23 0.30 0.22 0.24 0.18 0.18 0.25 0.24 0.22 0.11 0.24 0.24 0.26 0.22 0.20 0.21
OP1 0.29 0.24 0.14 0.16 0.26 0.26 0.25 0.30 0.23 0.28 0.21 0.27 0.25 0.27 0.28 0.11 0.10 0.35 0.16 0.17 0.20 0.12
OP2 0.30 0.26 0.21 0.26 0.30 0.30 0.31 0.36 0.30 0.34 0.25 0.28 0.33 0.34 0.32 0.13 0.24 0.36 0.14 0.18 0.25 0.15
P 0.20 0.18 0.14 0.19 0.21 0.20 0.24 0.25 0.23 0.25 0.19 0.19 0.28 0.26 0.22 0.06 0.21 0.25 0.25 0.27 0.31 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.15 0.16 0.04 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.02 0.36 0.33 0.23 0.30
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.28 0.28 0.09 0.22
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.36 0.08 0.28
C4 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.36 0.31 0.19 0.29
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.10 0.22 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.44 0.37 0.28 0.37
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.03 0.08 0.08 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.13 0.34 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02 0.45 0.40 0.33 0.39
C8 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.42 0.34 0.18 0.33
N1 0.03 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.09 0.02 0.42 0.37 0.30 0.36
N3 0.03 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.02 0.32 0.29 0.17 0.26
N6 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.03 0.48 0.43 0.39 0.44
N7 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.46 0.39 0.30 0.40
N9 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.32 0.28 0.11 0.25
O2' 0.03 0.11 0.00 0.01 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.05 0.11 0.07 0.03
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.00 0.09 0.07 0.07 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.30 0.35 0.06 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.07 0.05 0.24 0.06
O5' 0.15 0.36 0.28 0.38 0.36 0.00 0.44 0.01 0.45 0.42 0.42 0.32 0.48 0.46 0.32 0.05 0.30 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.33 0.28 0.36 0.31 0.10 0.37 0.13 0.40 0.34 0.37 0.29 0.43 0.39 0.28 0.11 0.35 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.23 0.09 0.08 0.19 0.22 0.28 0.34 0.33 0.18 0.30 0.17 0.39 0.30 0.11 0.07 0.06 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.30 0.22 0.28 0.29 0.01 0.37 0.01 0.39 0.33 0.36 0.26 0.44 0.40 0.25 0.03 0.24 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00