ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52657

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.016, 0.039, 0.063, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.017, 0.044, 0.072, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.044 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.022, 0.054, 0.087, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.054 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.023, 0.058, 0.094, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.058 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.028, 0.069, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.069 std_dev=0.042
N7 A 0, 0.024, 0.066, 0.108, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.066 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.032, 0.085, 0.138, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.085 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.087, 0.268, 0.450, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.268 std_dev=0.182
N1 B 0, 0.131, 0.315, 0.500, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.315 std_dev=0.185
C2' A 0, 0.110, 0.300, 0.490, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.300 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.153, 0.371, 0.588, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.371 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.105, 0.326, 0.547, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.326 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.067, 0.329, 0.592, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.329 std_dev=0.263
O2' B 0, 0.040, 0.317, 0.595, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.317 std_dev=0.278
C4 B 0, 0.184, 0.475, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.475 std_dev=0.290
C4' A 0, 0.162, 0.464, 0.766, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.464 std_dev=0.302
C3' A 0, 0.148, 0.454, 0.760, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.454 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.148, 0.486, 0.824, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.486 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.080, 0.435, 0.790, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.435 std_dev=0.355
C1' B 0, 0.264, 0.626, 0.989, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.626 std_dev=0.363
C5 B 0, 0.257, 0.655, 1.053, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.655 std_dev=0.398
N9 B 0, 0.287, 0.689, 1.092, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.689 std_dev=0.403
N6 B 0, 0.240, 0.667, 1.093, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.667 std_dev=0.426
C5' A 0, 0.221, 0.664, 1.107, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.664 std_dev=0.443
O3' A 0, 0.275, 0.755, 1.234, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.755 std_dev=0.479
C8 B 0, 0.426, 1.010, 1.593, 1.368 max_d=1.368 avg_d=1.010 std_dev=0.584
N7 B 0, 0.425, 1.010, 1.595, 1.401 max_d=1.401 avg_d=1.010 std_dev=0.585
C3' B 0, 0.387, 1.099, 1.811, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.099 std_dev=0.712
O4' B 0, 0.507, 1.225, 1.943, 1.776 max_d=1.776 avg_d=1.225 std_dev=0.718
C4' B 0, 0.526, 1.338, 2.150, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.338 std_dev=0.812
O3' B 0, 0.501, 1.389, 2.277, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.389 std_dev=0.888
O5' B 0, 0.758, 1.890, 3.022, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.890 std_dev=1.132
O5' A 0, 0.789, 2.010, 3.232, 3.289 max_d=3.289 avg_d=2.010 std_dev=1.221
C5' B 0, 0.828, 2.052, 3.277, 3.012 max_d=3.012 avg_d=2.052 std_dev=1.224
P B 0, 1.102, 2.690, 4.277, 3.928 max_d=3.928 avg_d=2.690 std_dev=1.588
OP2 B 0, 1.197, 2.903, 4.608, 4.239 max_d=4.239 avg_d=2.903 std_dev=1.706
OP1 A 0, 1.258, 2.980, 4.702, 4.036 max_d=4.036 avg_d=2.980 std_dev=1.722
OP1 B 0, 1.204, 2.955, 4.706, 4.303 max_d=4.303 avg_d=2.955 std_dev=1.751
P A 0, 1.308, 3.116, 4.923, 4.438 max_d=4.438 avg_d=3.116 std_dev=1.807
OP2 A 0, 1.586, 3.762, 5.937, 5.220 max_d=5.220 avg_d=3.762 std_dev=2.176

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.20 0.40 0.14
C2 0.02 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.17 0.00 0.28 0.00 0.27 0.38 0.09
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.12 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.06 0.15 0.34 0.09
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.12 0.15 0.12 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.19 0.08 0.20 0.35 0.17
C4 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.26 0.00 0.27 0.42 0.08
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.22 0.09
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.29 0.01 0.30 0.44 0.09
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.14 0.09 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.12 0.02 0.32 0.00 0.31 0.42 0.11
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.26 0.02 0.29 0.50 0.07
N1 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.31 0.00 0.29 0.39 0.10
N2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.20 0.01 0.28 0.00 0.26 0.36 0.09
N3 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.01 0.25 0.00 0.26 0.38 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.29 0.02 0.32 0.49 0.09
N9 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.22 0.01 0.25 0.44 0.08
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.11 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.11 0.33 0.10
O3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.12 0.03 0.15 0.20 0.14 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.15 0.11 0.21 0.46 0.22
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.21 0.41 0.23
O5' 0.11 0.28 0.16 0.19 0.26 0.00 0.29 0.00 0.32 0.26 0.31 0.28 0.25 0.29 0.22 0.06 0.15 0.06 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.02 0.33 0.00 0.33 0.42 0.14
OP1 0.20 0.27 0.15 0.20 0.27 0.11 0.30 0.14 0.31 0.29 0.29 0.26 0.26 0.32 0.25 0.11 0.21 0.21 0.01 0.33 0.00 0.00 0.00
OP2 0.40 0.38 0.34 0.35 0.42 0.22 0.44 0.09 0.42 0.50 0.39 0.36 0.38 0.49 0.44 0.33 0.46 0.41 0.01 0.42 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.09 0.09 0.17 0.08 0.09 0.09 0.00 0.11 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.22 0.23 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.07 0.11 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.08 0.05 0.05 0.04 0.08 0.07 0.07 0.18 0.10 0.02 0.03 0.04 0.01
C2 0.06 0.03 0.09 0.14 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.02 0.03 0.11 0.10 0.06 0.07 0.19 0.06 0.07 0.09 0.08 0.07
C2' 0.17 0.10 0.12 0.11 0.14 0.14 0.14 0.14 0.11 0.18 0.09 0.12 0.09 0.17 0.17 0.16 0.15 0.21 0.11 0.09 0.11 0.13
C3' 0.23 0.12 0.18 0.16 0.19 0.22 0.19 0.22 0.14 0.25 0.11 0.15 0.13 0.23 0.23 0.22 0.18 0.27 0.18 0.17 0.18 0.20
C4 0.05 0.06 0.08 0.12 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.17 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02
C4' 0.16 0.07 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.07 0.17 0.05 0.09 0.06 0.16 0.15 0.15 0.17 0.19 0.09 0.07 0.07 0.09
C5 0.05 0.10 0.06 0.10 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.08 0.01 0.04 0.04 0.05 0.15 0.07 0.05 0.04 0.04 0.03
C5' 0.17 0.04 0.16 0.16 0.12 0.16 0.13 0.15 0.08 0.20 0.02 0.08 0.08 0.18 0.17 0.17 0.20 0.20 0.11 0.09 0.09 0.11
C6 0.07 0.12 0.06 0.09 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.10 0.10 0.01 0.04 0.05 0.06 0.13 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04
C8 0.05 0.09 0.07 0.10 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.08 0.07 0.02 0.04 0.04 0.05 0.16 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05
N1 0.05 0.09 0.07 0.11 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.08 0.07 0.04 0.06 0.15 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04
N2 0.08 0.04 0.12 0.17 0.09 0.09 0.12 0.10 0.13 0.12 0.09 0.06 0.16 0.14 0.10 0.09 0.23 0.09 0.11 0.14 0.13 0.11
N3 0.06 0.03 0.10 0.14 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.08 0.02 0.03 0.09 0.09 0.06 0.07 0.20 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05
N7 0.06 0.11 0.06 0.09 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.10 0.09 0.03 0.04 0.05 0.05 0.14 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06
N9 0.05 0.07 0.08 0.11 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.17 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02
O2' 0.18 0.12 0.09 0.08 0.14 0.14 0.14 0.14 0.11 0.18 0.10 0.14 0.09 0.16 0.17 0.14 0.13 0.22 0.11 0.08 0.10 0.12
O3' 0.32 0.17 0.24 0.22 0.26 0.31 0.26 0.32 0.20 0.34 0.16 0.22 0.18 0.31 0.31 0.29 0.22 0.37 0.28 0.27 0.27 0.30
O4' 0.07 0.06 0.09 0.12 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.08 0.04 0.05 0.03 0.08 0.06 0.07 0.19 0.10 0.03 0.05 0.04 0.01
O5' 0.47 0.35 0.36 0.33 0.43 0.45 0.43 0.46 0.38 0.50 0.34 0.39 0.37 0.48 0.47 0.41 0.27 0.53 0.42 0.41 0.42 0.44
O6 0.10 0.16 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.15 0.14 0.05 0.05 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.07 0.06 0.07
OP1 0.36 0.23 0.29 0.27 0.32 0.32 0.33 0.32 0.28 0.39 0.23 0.27 0.27 0.38 0.36 0.33 0.27 0.39 0.29 0.26 0.27 0.30
OP2 0.17 0.37 0.26 0.30 0.24 0.19 0.25 0.19 0.32 0.16 0.38 0.30 0.35 0.20 0.18 0.20 0.38 0.17 0.22 0.25 0.26 0.22
P 0.25 0.13 0.14 0.11 0.20 0.22 0.20 0.23 0.15 0.28 0.12 0.16 0.14 0.26 0.24 0.18 0.13 0.31 0.20 0.18 0.21 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.02 0.05 0.07 0.04 0.04
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.04 0.09 0.12 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.06 0.12 0.13 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02
C4 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04
C8 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.07 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.17 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.12 0.13 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.16 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04
N6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.07 0.08 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.12 0.06 0.17 0.16 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.08 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00