ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52658

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.012, 0.032, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.013, 0.034, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.005, 0.034, 0.063, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.004, 0.034, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.034 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.003, 0.062, 0.120, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.062 std_dev=0.058
C4 B 0, 0.112, 0.387, 0.662, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.387 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.198, 0.491, 0.784, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.491 std_dev=0.293
O4' A 0, 0.178, 0.513, 0.847, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.513 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.182, 0.522, 0.862, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.522 std_dev=0.340
N9 B 0, 0.179, 0.526, 0.874, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.526 std_dev=0.347
C2' A 0, 0.211, 0.579, 0.947, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.579 std_dev=0.368
N3 B 0, 0.144, 0.513, 0.882, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.513 std_dev=0.369
C2 B 0, 0.145, 0.531, 0.917, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.531 std_dev=0.386
C4' B 0, 0.266, 0.684, 1.103, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.684 std_dev=0.419
O4' B 0, 0.240, 0.719, 1.198, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.719 std_dev=0.479
C6 B 0, 0.258, 0.770, 1.282, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.770 std_dev=0.512
C5 B 0, 0.209, 0.756, 1.302, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.756 std_dev=0.547
C2' B 0, 0.113, 0.721, 1.329, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.721 std_dev=0.608
C4' A 0, 0.303, 0.913, 1.524, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.913 std_dev=0.611
C3' A 0, 0.341, 1.014, 1.686, 1.665 max_d=1.665 avg_d=1.014 std_dev=0.672
C5' B 0, 0.218, 0.926, 1.635, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.926 std_dev=0.708
C5' A 0, 0.441, 1.161, 1.882, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.161 std_dev=0.720
C3' B 0, 0.037, 0.775, 1.514, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.775 std_dev=0.738
C8 B 0, 0.208, 0.963, 1.718, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.963 std_dev=0.755
O2' A 0, 0.301, 1.073, 1.845, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.073 std_dev=0.772
N6 B 0, 0.385, 1.205, 2.026, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.205 std_dev=0.820
O2' B 0, 0.205, 1.077, 1.948, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.077 std_dev=0.871
N7 B 0, 0.257, 1.164, 2.070, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.164 std_dev=0.907
O3' B 0, 0.120, 1.168, 2.215, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.168 std_dev=1.047
O3' A 0, 0.525, 1.627, 2.730, 2.679 max_d=2.679 avg_d=1.627 std_dev=1.103
O5' B 0, 0.453, 1.603, 2.753, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.603 std_dev=1.150
O5' A 0, 0.380, 1.789, 3.197, 3.906 max_d=3.906 avg_d=1.789 std_dev=1.408
P B 0, 0.615, 2.088, 3.562, 3.933 max_d=3.933 avg_d=2.088 std_dev=1.473
OP1 B 0, 0.464, 2.076, 3.687, 4.202 max_d=4.202 avg_d=2.076 std_dev=1.612
P A 0, 0.717, 2.344, 3.971, 4.469 max_d=4.469 avg_d=2.344 std_dev=1.627
OP2 B 0, 0.800, 2.470, 4.141, 4.653 max_d=4.653 avg_d=2.470 std_dev=1.670
OP2 A 0, 1.291, 3.208, 5.125, 4.769 max_d=4.769 avg_d=3.208 std_dev=1.917
OP1 A 0, 0.585, 2.588, 4.591, 5.316 max_d=5.316 avg_d=2.588 std_dev=2.003

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.28 0.00 0.39 0.02 0.15 0.44 0.29
C2 0.02 0.00 0.37 0.34 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.14 0.50 0.04 0.36 0.40 0.46
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.17 0.01 0.05 0.19 0.13 0.21 0.27 0.45 0.37 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.55 0.09 0.46 1.13 0.75
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.29 0.01 0.33 0.01 0.37 0.22 0.37 0.33 0.29 0.29 0.21 0.02 0.01 0.03 0.31 0.39 0.46 0.94 0.56
C4 0.01 0.01 0.17 0.29 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.06 0.09 0.59 0.01 0.47 0.36 0.51
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.12 0.08 0.06 0.05 0.12 0.07 0.32 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.42 0.11
C5 0.02 0.01 0.05 0.33 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.09 0.06 0.73 0.01 0.71 0.46 0.67
C5' 0.06 0.04 0.19 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.05 0.04 0.10 0.03 0.11 0.21 0.01 0.00 0.10 0.25 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.10 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.12 0.08 0.72 0.01 0.73 0.52 0.69
C8 0.04 0.01 0.21 0.22 0.00 0.12 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.42 0.09 0.07 0.80 0.03 0.76 0.38 0.68
N1 0.02 0.00 0.27 0.37 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.11 0.12 0.62 0.04 0.56 0.45 0.58
N2 0.03 0.00 0.45 0.33 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.20 0.17 0.17 0.42 0.04 0.24 0.41 0.39
N3 0.02 0.00 0.37 0.29 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.14 0.46 0.03 0.28 0.38 0.40
N7 0.04 0.01 0.14 0.29 0.01 0.12 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.46 0.13 0.04 0.84 0.04 0.89 0.53 0.77
N9 0.01 0.01 0.01 0.21 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.06 0.02 0.61 0.02 0.45 0.31 0.48
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.19 0.32 0.34 0.11 0.30 0.42 0.17 0.20 0.12 0.46 0.22 0.00 0.02 0.22 0.36 0.36 0.22 1.09 0.55
O3' 0.28 0.12 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.21 0.12 0.09 0.11 0.17 0.14 0.13 0.06 0.02 0.00 0.17 0.25 0.17 0.64 0.74 0.41
O4' 0.00 0.14 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.07 0.12 0.17 0.14 0.04 0.02 0.22 0.17 0.00 0.37 0.08 0.27 0.09 0.23
O5' 0.39 0.50 0.55 0.31 0.59 0.02 0.73 0.00 0.72 0.80 0.62 0.42 0.46 0.84 0.61 0.36 0.25 0.37 0.00 0.78 0.03 0.01 0.00
O6 0.02 0.04 0.09 0.39 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.36 0.17 0.08 0.78 0.00 0.88 0.62 0.78
OP1 0.15 0.36 0.46 0.46 0.47 0.17 0.71 0.25 0.73 0.76 0.56 0.24 0.28 0.89 0.45 0.22 0.64 0.27 0.03 0.88 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.40 1.13 0.94 0.36 0.42 0.46 0.24 0.52 0.38 0.45 0.41 0.38 0.53 0.31 1.09 0.74 0.09 0.01 0.62 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.46 0.75 0.56 0.51 0.11 0.67 0.01 0.69 0.68 0.58 0.39 0.40 0.77 0.48 0.55 0.41 0.23 0.00 0.78 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.43 0.45 0.38 0.20 0.28 0.06 0.22 0.13 0.08 0.19 0.44 0.41 0.21 0.18 0.54 0.47 0.26 0.66 0.70 0.76 0.68
C2 0.36 0.40 0.47 0.45 0.24 0.36 0.05 0.33 0.15 0.08 0.15 0.44 0.41 0.09 0.24 0.48 0.53 0.30 0.66 0.70 0.68 0.65
C2' 0.54 0.74 0.74 0.62 0.45 0.47 0.26 0.32 0.31 0.19 0.51 0.72 0.44 0.24 0.38 0.89 0.76 0.38 0.35 0.41 0.54 0.41
C3' 0.73 0.86 0.88 0.78 0.66 0.67 0.54 0.54 0.57 0.49 0.70 0.85 0.61 0.49 0.62 1.00 0.89 0.60 0.22 0.19 0.21 0.16
C4 0.33 0.45 0.40 0.36 0.23 0.29 0.03 0.25 0.10 0.02 0.22 0.45 0.37 0.14 0.20 0.44 0.42 0.26 0.69 0.73 0.75 0.70
C4' 0.46 0.54 0.58 0.50 0.36 0.41 0.25 0.30 0.28 0.22 0.36 0.56 0.43 0.27 0.33 0.69 0.60 0.35 0.37 0.41 0.49 0.38
C5 0.28 0.47 0.31 0.27 0.24 0.24 0.04 0.21 0.06 0.01 0.28 0.44 0.30 0.12 0.19 0.34 0.31 0.22 0.73 0.79 0.80 0.74
C5' 0.48 0.55 0.56 0.46 0.38 0.41 0.25 0.31 0.25 0.24 0.36 0.57 0.37 0.26 0.35 0.67 0.54 0.39 0.38 0.42 0.51 0.39
C6 0.27 0.47 0.29 0.27 0.25 0.24 0.08 0.23 0.09 0.06 0.31 0.43 0.28 0.09 0.20 0.28 0.30 0.22 0.74 0.79 0.78 0.74
C8 0.28 0.47 0.32 0.25 0.22 0.22 0.02 0.18 0.05 0.05 0.27 0.44 0.30 0.17 0.17 0.38 0.30 0.21 0.74 0.80 0.85 0.77
N1 0.31 0.45 0.37 0.36 0.25 0.30 0.08 0.30 0.11 0.09 0.21 0.44 0.36 0.08 0.23 0.36 0.41 0.26 0.71 0.75 0.72 0.70
N2 0.40 0.31 0.55 0.56 0.24 0.43 0.06 0.40 0.19 0.12 0.14 0.41 0.42 0.07 0.27 0.55 0.65 0.35 0.63 0.66 0.62 0.62
N3 0.37 0.41 0.48 0.45 0.23 0.35 0.04 0.31 0.15 0.05 0.17 0.44 0.42 0.12 0.23 0.52 0.53 0.30 0.65 0.68 0.69 0.65
N7 0.26 0.47 0.26 0.21 0.23 0.19 0.03 0.16 0.05 0.03 0.30 0.43 0.25 0.14 0.16 0.31 0.24 0.19 0.76 0.83 0.86 0.79
N9 0.31 0.44 0.39 0.33 0.21 0.26 0.04 0.21 0.10 0.05 0.22 0.44 0.37 0.18 0.18 0.45 0.40 0.24 0.69 0.74 0.79 0.71
O2' 0.49 0.45 0.52 0.43 0.36 0.44 0.41 0.50 0.36 0.52 0.19 0.50 0.64 0.61 0.41 0.66 0.51 0.52 0.93 1.00 1.17 1.04
O3' 0.61 0.66 0.77 0.68 0.49 0.56 0.37 0.43 0.39 0.34 0.47 0.69 0.52 0.35 0.47 0.91 0.79 0.49 0.23 0.21 0.27 0.18
O4' 0.31 0.38 0.41 0.34 0.19 0.27 0.06 0.21 0.12 0.06 0.15 0.40 0.39 0.19 0.17 0.48 0.42 0.24 0.65 0.70 0.75 0.66
O5' 1.00 1.06 1.04 0.99 0.91 0.95 0.73 0.90 0.70 0.72 0.89 1.08 0.49 0.61 0.89 1.10 1.04 0.94 1.07 1.10 1.15 1.07
O6 0.23 0.48 0.20 0.19 0.25 0.20 0.14 0.20 0.17 0.11 0.39 0.41 0.19 0.12 0.19 0.19 0.21 0.20 0.75 0.82 0.80 0.76
OP1 0.80 0.90 0.84 0.81 0.76 0.77 0.65 0.77 0.65 0.63 0.78 0.89 0.55 0.59 0.74 0.87 0.84 0.76 1.11 1.20 1.31 1.17
OP2 0.71 0.69 0.68 0.64 0.61 0.69 0.54 0.68 0.52 0.57 0.56 0.72 0.56 0.57 0.62 0.75 0.64 0.72 1.12 1.15 1.19 1.14
P 0.95 0.99 0.96 0.91 0.87 0.91 0.71 0.89 0.68 0.71 0.83 1.01 0.52 0.62 0.85 1.01 0.93 0.92 1.21 1.26 1.33 1.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.26 0.08 0.17
C2 0.05 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.07 0.05 0.58 0.61 0.58 0.56
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.31 0.37 0.10 0.25
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.37 0.45 0.10 0.30
C4 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.60 0.59 0.51 0.54
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.09 0.01 0.03 0.06 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.14 0.27 0.03
C5 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.76 0.78 0.73 0.74
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.14 0.16 0.10 0.04 0.17 0.18 0.08 0.02 0.04 0.01 0.01 0.19 0.41 0.01
C6 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.01 0.78 0.84 0.82 0.79
C8 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.76 0.70 0.56 0.67
N1 0.04 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.15 0.07 0.03 0.69 0.75 0.74 0.69
N3 0.05 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07 0.05 0.49 0.50 0.45 0.45
N6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.86 0.96 0.96 0.90
N7 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.85 0.85 0.80 0.83
N9 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.55 0.51 0.36 0.46
O2' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.09 0.03 0.08 0.02 0.12 0.02 0.15 0.14 0.11 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.16 0.07 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.04 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.11 0.05 0.05 0.00 0.02 0.23 0.44 0.10 0.25
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.11 0.22 0.03
O5' 0.26 0.58 0.31 0.37 0.60 0.01 0.76 0.01 0.78 0.76 0.69 0.49 0.86 0.85 0.55 0.06 0.23 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.26 0.61 0.37 0.45 0.59 0.14 0.78 0.19 0.84 0.70 0.75 0.50 0.96 0.85 0.51 0.16 0.44 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.58 0.10 0.10 0.51 0.27 0.73 0.41 0.82 0.56 0.74 0.45 0.96 0.80 0.36 0.07 0.10 0.22 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.17 0.56 0.25 0.30 0.54 0.03 0.74 0.01 0.79 0.67 0.69 0.45 0.90 0.83 0.46 0.04 0.25 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00