ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 13, 24, 17, 7, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.018, 0.040, 0.061, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.040 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.021, 0.049, 0.078, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.049 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.027, 0.063, 0.098, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.063 std_dev=0.035
C4 B 0, 0.168, 0.274, 0.381, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.274 std_dev=0.107
N3 B 0, 0.129, 0.240, 0.351, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.240 std_dev=0.111
C2 B 0, 0.170, 0.295, 0.420, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.295 std_dev=0.125
C5 B 0, 0.179, 0.311, 0.444, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.311 std_dev=0.133
C6 B 0, 0.179, 0.317, 0.455, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.317 std_dev=0.138
N1 B 0, 0.200, 0.339, 0.477, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.339 std_dev=0.139
N4 B 0, 0.231, 0.405, 0.579, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.405 std_dev=0.174
O2 B 0, 0.213, 0.416, 0.620, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.416 std_dev=0.204
C1' B 0, 0.308, 0.540, 0.772, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.540 std_dev=0.232
O4' B 0, 0.322, 0.601, 0.881, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.601 std_dev=0.280
O4' A 0, -0.070, 0.224, 0.518, 2.310 max_d=2.310 avg_d=0.224 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.372, 0.677, 0.983, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.677 std_dev=0.305
C2' A 0, -0.040, 0.281, 0.603, 2.606 max_d=2.606 avg_d=0.281 std_dev=0.321
C3' B 0, 0.373, 0.709, 1.045, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.709 std_dev=0.336
C4' B 0, 0.350, 0.708, 1.066, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.708 std_dev=0.358
C4' A 0, -0.037, 0.346, 0.729, 2.940 max_d=2.940 avg_d=0.346 std_dev=0.383
O2' B 0, 0.543, 0.957, 1.370, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.957 std_dev=0.413
C5' B 0, 0.313, 0.763, 1.214, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.763 std_dev=0.450
C3' A 0, -0.056, 0.396, 0.847, 3.580 max_d=3.580 avg_d=0.396 std_dev=0.451
O3' B 0, 0.478, 0.941, 1.403, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.941 std_dev=0.463
O2' A 0, -0.072, 0.403, 0.879, 4.023 max_d=4.023 avg_d=0.403 std_dev=0.476
O3' A 0, 0.023, 0.569, 1.114, 4.283 max_d=4.283 avg_d=0.569 std_dev=0.546
O5' B 0, 0.282, 0.853, 1.423, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.853 std_dev=0.571
P B 0, 0.267, 1.005, 1.743, 3.898 max_d=3.898 avg_d=1.005 std_dev=0.738
C5' A 0, -0.134, 0.630, 1.395, 5.876 max_d=5.876 avg_d=0.630 std_dev=0.765
OP1 B 0, 0.352, 1.326, 2.300, 4.435 max_d=4.435 avg_d=1.326 std_dev=0.974
O5' A 0, -0.229, 0.746, 1.721, 7.441 max_d=7.441 avg_d=0.746 std_dev=0.975
OP2 B 0, 0.175, 1.205, 2.235, 6.061 max_d=6.061 avg_d=1.205 std_dev=1.030
P A 0, -0.333, 1.030, 2.392, 10.366 max_d=10.366 avg_d=1.030 std_dev=1.363
OP2 A 0, -0.397, 1.165, 2.727, 11.291 max_d=11.291 avg_d=1.165 std_dev=1.562
OP1 A 0, -0.355, 1.261, 2.877, 12.123 max_d=12.123 avg_d=1.261 std_dev=1.616

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.18 0.02 0.34 0.30 0.19
C2 0.03 0.00 0.15 0.19 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.23 0.13 0.52 0.02 0.72 0.55 0.52
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.05 0.08 0.08 0.12 0.18 0.14 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.23 0.08 0.35 0.26 0.23
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.15 0.18 0.17 0.24 0.17 0.17 0.09 0.02 0.01 0.02 0.28 0.16 0.35 0.27 0.24
C4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.06 0.39 0.01 0.52 0.48 0.37
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.15 0.11 0.21 0.15 0.13 0.05 0.10 0.02 0.00 0.02 0.09 0.24 0.27 0.11
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.03 0.46 0.01 0.60 0.65 0.48
C5' 0.04 0.32 0.05 0.03 0.17 0.01 0.18 0.00 0.21 0.25 0.26 0.42 0.29 0.24 0.12 0.06 0.08 0.01 0.01 0.22 0.20 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.05 0.48 0.01 0.66 0.69 0.52
C8 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.12 0.09 0.51 0.02 0.60 0.68 0.54
N1 0.03 0.01 0.12 0.17 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.20 0.09 0.50 0.01 0.70 0.61 0.50
N2 0.04 0.01 0.18 0.24 0.02 0.21 0.02 0.42 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.28 0.16 0.61 0.02 0.87 0.61 0.65
N3 0.03 0.01 0.14 0.17 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.19 0.13 0.47 0.01 0.62 0.48 0.45
N7 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.12 0.06 0.54 0.02 0.67 0.79 0.60
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.34 0.02 0.44 0.44 0.32
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.09 0.10 0.11 0.06 0.12 0.11 0.13 0.16 0.12 0.12 0.07 0.00 0.05 0.07 0.10 0.13 0.35 0.27 0.23
O3' 0.09 0.23 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.08 0.16 0.12 0.20 0.28 0.19 0.12 0.05 0.05 0.00 0.06 0.26 0.17 0.45 0.31 0.26
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.09 0.16 0.13 0.06 0.01 0.07 0.06 0.00 0.15 0.04 0.33 0.35 0.23
O5' 0.18 0.52 0.23 0.28 0.39 0.02 0.46 0.01 0.48 0.51 0.50 0.61 0.47 0.54 0.34 0.10 0.26 0.15 0.00 0.51 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.17 0.04 0.51 0.00 0.71 0.80 0.58
OP1 0.34 0.72 0.35 0.35 0.52 0.24 0.60 0.20 0.66 0.60 0.70 0.87 0.62 0.67 0.44 0.35 0.45 0.33 0.02 0.71 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.55 0.26 0.27 0.48 0.27 0.65 0.30 0.69 0.68 0.61 0.61 0.48 0.79 0.44 0.27 0.31 0.35 0.02 0.80 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.52 0.23 0.24 0.37 0.11 0.48 0.02 0.52 0.54 0.50 0.65 0.45 0.60 0.32 0.23 0.26 0.23 0.01 0.58 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.10 0.22 0.24 0.12 0.16 0.11 0.20 0.09 0.11 0.09 0.17 0.14 0.29 0.31 0.14 0.35 0.61 0.62 0.40
C2 0.14 0.09 0.20 0.22 0.12 0.15 0.11 0.19 0.09 0.10 0.10 0.17 0.14 0.27 0.27 0.13 0.35 0.58 0.57 0.38
C2' 0.25 0.19 0.31 0.31 0.16 0.25 0.16 0.24 0.16 0.19 0.16 0.20 0.23 0.42 0.40 0.24 0.34 0.58 0.56 0.35
C3' 0.31 0.25 0.35 0.34 0.19 0.31 0.19 0.29 0.21 0.25 0.20 0.22 0.30 0.48 0.44 0.31 0.38 0.61 0.60 0.38
C4 0.14 0.10 0.19 0.22 0.11 0.14 0.11 0.20 0.09 0.10 0.09 0.17 0.15 0.28 0.28 0.13 0.37 0.64 0.65 0.43
C4' 0.27 0.21 0.28 0.30 0.17 0.27 0.17 0.27 0.19 0.22 0.17 0.19 0.25 0.43 0.44 0.27 0.38 0.67 0.59 0.42
C5 0.13 0.11 0.16 0.20 0.11 0.13 0.11 0.22 0.09 0.10 0.09 0.17 0.16 0.26 0.25 0.12 0.40 0.70 0.72 0.48
C5' 0.48 0.40 0.45 0.47 0.31 0.48 0.33 0.47 0.37 0.41 0.34 0.29 0.45 0.62 0.63 0.49 0.53 0.82 0.65 0.56
C6 0.12 0.12 0.14 0.19 0.11 0.12 0.11 0.22 0.08 0.10 0.09 0.17 0.17 0.24 0.23 0.12 0.41 0.71 0.74 0.49
C8 0.13 0.11 0.17 0.21 0.11 0.13 0.11 0.22 0.09 0.10 0.09 0.16 0.16 0.27 0.27 0.13 0.40 0.71 0.73 0.48
N1 0.13 0.11 0.16 0.19 0.12 0.13 0.10 0.20 0.09 0.10 0.09 0.18 0.16 0.25 0.23 0.12 0.38 0.64 0.65 0.44
N2 0.15 0.09 0.23 0.24 0.13 0.17 0.11 0.19 0.10 0.11 0.12 0.17 0.12 0.28 0.30 0.14 0.31 0.51 0.49 0.33
N3 0.14 0.10 0.21 0.23 0.12 0.16 0.11 0.19 0.09 0.10 0.09 0.17 0.14 0.29 0.30 0.14 0.34 0.58 0.58 0.38
N7 0.13 0.11 0.16 0.20 0.10 0.13 0.11 0.23 0.09 0.10 0.09 0.16 0.17 0.26 0.25 0.12 0.42 0.74 0.77 0.51
N9 0.14 0.10 0.19 0.22 0.11 0.15 0.11 0.21 0.09 0.10 0.09 0.17 0.15 0.28 0.29 0.13 0.37 0.65 0.67 0.43
O2' 0.24 0.19 0.31 0.32 0.20 0.26 0.19 0.25 0.19 0.20 0.19 0.24 0.22 0.41 0.40 0.24 0.32 0.56 0.51 0.34
O3' 0.38 0.31 0.42 0.40 0.24 0.38 0.25 0.35 0.28 0.32 0.26 0.26 0.36 0.53 0.48 0.38 0.40 0.59 0.60 0.38
O4' 0.20 0.17 0.23 0.26 0.16 0.21 0.16 0.25 0.16 0.17 0.15 0.20 0.19 0.36 0.38 0.21 0.38 0.69 0.63 0.45
O5' 0.69 0.62 0.64 0.66 0.56 0.69 0.58 0.69 0.61 0.63 0.57 0.55 0.66 0.81 0.80 0.71 0.70 0.91 0.85 0.73
O6 0.12 0.12 0.12 0.18 0.10 0.12 0.11 0.25 0.09 0.10 0.10 0.16 0.17 0.23 0.22 0.11 0.44 0.77 0.80 0.54
OP1 1.05 0.92 1.01 1.05 0.82 1.09 0.87 1.07 0.92 0.96 0.83 0.80 0.97 1.18 1.21 1.09 1.05 1.19 1.10 1.05
OP2 0.73 0.68 0.68 0.70 0.73 0.74 0.74 0.75 0.72 0.70 0.68 0.80 0.69 0.82 0.82 0.76 0.83 1.01 1.08 0.89
P 0.76 0.66 0.72 0.75 0.60 0.78 0.63 0.77 0.66 0.69 0.60 0.61 0.71 0.91 0.90 0.79 0.79 0.98 0.94 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.17 0.27 0.27 0.17
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.03 0.31 0.49 0.49 0.33
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.03 0.07 0.07 0.14 0.00 0.03 0.01 0.18 0.28 0.18 0.17
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.17 0.00 0.18 0.03 0.16 0.10 0.16 0.19 0.15 0.02 0.01 0.02 0.25 0.31 0.21 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.04 0.44 0.72 0.75 0.52
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.09 0.13 0.06 0.10 0.02 0.00 0.02 0.21 0.21 0.09
C5 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.19 0.04 0.47 0.72 0.76 0.55
C5' 0.04 0.14 0.05 0.03 0.23 0.01 0.24 0.00 0.20 0.13 0.19 0.26 0.11 0.07 0.06 0.02 0.01 0.22 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.15 0.04 0.41 0.56 0.58 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.02 0.31 0.43 0.44 0.31
N3 0.02 0.00 0.07 0.16 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.03 0.38 0.61 0.63 0.43
N4 0.03 0.01 0.07 0.19 0.01 0.13 0.02 0.26 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.22 0.05 0.47 0.80 0.85 0.59
O2 0.03 0.01 0.14 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.20 0.04 0.25 0.42 0.40 0.27
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.11 0.10 0.09 0.07 0.06 0.06 0.14 0.13 0.18 0.00 0.06 0.08 0.08 0.31 0.19 0.15
O3' 0.08 0.14 0.03 0.01 0.18 0.02 0.19 0.06 0.15 0.08 0.17 0.22 0.20 0.06 0.00 0.05 0.26 0.43 0.32 0.27
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.08 0.05 0.00 0.15 0.24 0.31 0.18
O5' 0.17 0.31 0.18 0.25 0.44 0.02 0.47 0.01 0.41 0.31 0.38 0.47 0.25 0.08 0.26 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.49 0.28 0.31 0.72 0.21 0.72 0.22 0.56 0.43 0.61 0.80 0.42 0.31 0.43 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.49 0.18 0.21 0.75 0.21 0.76 0.29 0.58 0.44 0.63 0.85 0.40 0.19 0.32 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.33 0.17 0.21 0.52 0.09 0.55 0.02 0.43 0.31 0.43 0.59 0.27 0.15 0.27 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00