ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52674

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 14, 4, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.001, 0.018, 0.036, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O6 A 0, -0.002, 0.037, 0.076, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.037 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.002, 0.043, 0.085, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.043 std_dev=0.041
C4 B 0, 0.169, 0.275, 0.380, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.275 std_dev=0.105
N3 B 0, 0.124, 0.248, 0.372, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.248 std_dev=0.124
C5 B 0, 0.163, 0.295, 0.426, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.295 std_dev=0.132
N4 B 0, 0.191, 0.337, 0.483, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.337 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.127, 0.273, 0.420, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.273 std_dev=0.147
C2 B 0, 0.077, 0.235, 0.394, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.235 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.081, 0.244, 0.408, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.244 std_dev=0.163
O2 B 0, 0.120, 0.302, 0.483, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.302 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.140, 0.336, 0.532, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.336 std_dev=0.196
C2' B 0, 0.232, 0.447, 0.662, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.447 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.198, 0.437, 0.676, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.437 std_dev=0.239
O2' B 0, 0.279, 0.538, 0.798, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.538 std_dev=0.260
C3' B 0, 0.249, 0.530, 0.812, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.530 std_dev=0.281
C4' B 0, 0.262, 0.547, 0.833, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.547 std_dev=0.286
O3' B 0, 0.320, 0.656, 0.991, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.656 std_dev=0.336
C5' B 0, 0.294, 0.724, 1.154, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.724 std_dev=0.430
O5' B 0, 0.233, 0.739, 1.246, 2.306 max_d=2.306 avg_d=0.739 std_dev=0.506
C2' A 0, -0.181, 0.334, 0.848, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.334 std_dev=0.514
O4' A 0, -0.192, 0.325, 0.841, 2.452 max_d=2.452 avg_d=0.325 std_dev=0.517
O2' A 0, -0.246, 0.448, 1.142, 3.117 max_d=3.117 avg_d=0.448 std_dev=0.694
C3' A 0, -0.196, 0.554, 1.304, 3.509 max_d=3.509 avg_d=0.554 std_dev=0.750
C4' A 0, -0.210, 0.562, 1.333, 3.661 max_d=3.661 avg_d=0.562 std_dev=0.772
OP1 B 0, 0.292, 1.109, 1.926, 4.622 max_d=4.622 avg_d=1.109 std_dev=0.817
P B 0, 0.153, 1.006, 1.859, 4.544 max_d=4.544 avg_d=1.006 std_dev=0.853
O3' A 0, -0.146, 0.752, 1.650, 3.856 max_d=3.856 avg_d=0.752 std_dev=0.898
C5' A 0, -0.218, 0.897, 2.012, 5.468 max_d=5.468 avg_d=0.897 std_dev=1.115
OP2 B 0, 0.000, 1.184, 2.369, 6.143 max_d=6.143 avg_d=1.184 std_dev=1.185
O5' A 0, -0.063, 1.366, 2.794, 6.431 max_d=6.431 avg_d=1.366 std_dev=1.428
P A 0, 0.081, 1.946, 3.811, 9.093 max_d=9.093 avg_d=1.946 std_dev=1.865
OP1 A 0, 0.652, 2.655, 4.658, 10.808 max_d=10.808 avg_d=2.655 std_dev=2.003
OP2 A 0, -0.032, 2.076, 4.185, 9.693 max_d=9.693 avg_d=2.076 std_dev=2.109

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.26 0.02 0.45 0.36 0.26
C2 0.02 0.00 0.31 0.25 0.01 0.23 0.01 0.40 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.22 0.32 0.49 0.01 0.81 0.58 0.48
C2' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.17 0.01 0.10 0.16 0.16 0.14 0.25 0.37 0.30 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.35 0.13 0.65 0.35 0.38
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.22 0.00 0.26 0.03 0.29 0.23 0.28 0.25 0.22 0.27 0.16 0.02 0.01 0.02 0.37 0.32 0.57 0.25 0.31
C4 0.01 0.01 0.17 0.22 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.17 0.45 0.01 0.69 0.57 0.44
C4' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.13 0.20 0.18 0.29 0.21 0.18 0.08 0.20 0.02 0.00 0.02 0.14 0.28 0.34 0.16
C5 0.01 0.01 0.10 0.26 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.07 0.56 0.01 0.79 0.79 0.59
C5' 0.09 0.40 0.16 0.03 0.28 0.01 0.29 0.00 0.33 0.27 0.38 0.46 0.37 0.30 0.19 0.06 0.15 0.03 0.01 0.34 0.24 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.13 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.13 0.56 0.00 0.85 0.83 0.61
C8 0.01 0.02 0.14 0.23 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.31 0.13 0.17 0.64 0.02 0.73 0.81 0.65
N1 0.02 0.00 0.25 0.28 0.01 0.18 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.20 0.24 0.52 0.01 0.84 0.71 0.54
N2 0.03 0.01 0.37 0.25 0.01 0.29 0.01 0.46 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.40 0.28 0.38 0.51 0.01 0.88 0.58 0.52
N3 0.02 0.00 0.30 0.22 0.01 0.21 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.21 0.32 0.43 0.01 0.74 0.49 0.42
N7 0.01 0.01 0.07 0.27 0.01 0.18 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.17 0.09 0.67 0.02 0.85 0.95 0.73
N9 0.00 0.01 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.02 0.44 0.02 0.59 0.52 0.41
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.13 0.20 0.15 0.06 0.14 0.31 0.21 0.40 0.29 0.27 0.12 0.00 0.06 0.14 0.20 0.16 0.56 0.37 0.32
O3' 0.21 0.22 0.03 0.01 0.12 0.02 0.14 0.15 0.18 0.13 0.20 0.28 0.21 0.17 0.07 0.06 0.00 0.17 0.34 0.22 0.61 0.33 0.34
O4' 0.00 0.32 0.01 0.02 0.17 0.00 0.07 0.03 0.13 0.17 0.24 0.38 0.32 0.09 0.02 0.14 0.17 0.00 0.22 0.10 0.32 0.44 0.30
O5' 0.26 0.49 0.35 0.37 0.45 0.02 0.56 0.01 0.56 0.64 0.52 0.51 0.43 0.67 0.44 0.20 0.34 0.22 0.00 0.61 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.32 0.01 0.14 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.22 0.10 0.61 0.00 0.92 0.97 0.70
OP1 0.45 0.81 0.65 0.57 0.69 0.28 0.79 0.24 0.85 0.73 0.84 0.88 0.74 0.85 0.59 0.56 0.61 0.32 0.02 0.92 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.58 0.35 0.25 0.57 0.34 0.79 0.41 0.83 0.81 0.71 0.58 0.49 0.95 0.52 0.37 0.33 0.44 0.01 0.97 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.48 0.38 0.31 0.44 0.16 0.59 0.02 0.61 0.65 0.54 0.52 0.42 0.73 0.41 0.32 0.34 0.30 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.21 0.27 0.12 0.16 0.11 0.21 0.10 0.10 0.10 0.15 0.12 0.22 0.36 0.11 0.33 0.35 0.62 0.37
C2 0.12 0.09 0.19 0.24 0.10 0.14 0.10 0.18 0.09 0.10 0.09 0.13 0.12 0.20 0.29 0.12 0.30 0.30 0.55 0.32
C2' 0.42 0.37 0.47 0.48 0.26 0.44 0.28 0.43 0.33 0.37 0.30 0.22 0.42 0.51 0.54 0.42 0.44 0.45 0.60 0.43
C3' 0.36 0.34 0.36 0.38 0.34 0.36 0.34 0.38 0.35 0.35 0.34 0.33 0.35 0.37 0.42 0.38 0.43 0.42 0.64 0.43
C4 0.12 0.10 0.18 0.24 0.12 0.14 0.11 0.19 0.10 0.10 0.10 0.15 0.13 0.21 0.30 0.11 0.35 0.35 0.64 0.39
C4' 0.29 0.25 0.37 0.40 0.24 0.32 0.25 0.33 0.26 0.27 0.23 0.23 0.27 0.40 0.48 0.29 0.43 0.43 0.69 0.44
C5 0.12 0.11 0.17 0.21 0.12 0.13 0.12 0.20 0.11 0.11 0.11 0.15 0.13 0.20 0.26 0.12 0.38 0.40 0.72 0.45
C5' 0.51 0.47 0.58 0.61 0.45 0.54 0.47 0.55 0.49 0.49 0.45 0.43 0.46 0.62 0.69 0.51 0.64 0.63 0.88 0.64
C6 0.12 0.11 0.15 0.19 0.12 0.13 0.12 0.19 0.11 0.11 0.11 0.15 0.13 0.18 0.23 0.11 0.39 0.41 0.73 0.46
C8 0.12 0.11 0.18 0.23 0.13 0.14 0.13 0.21 0.11 0.11 0.11 0.16 0.13 0.21 0.29 0.12 0.39 0.42 0.74 0.46
N1 0.12 0.10 0.16 0.20 0.11 0.13 0.10 0.18 0.10 0.10 0.09 0.13 0.13 0.18 0.24 0.11 0.34 0.34 0.63 0.38
N2 0.12 0.09 0.21 0.25 0.11 0.15 0.09 0.18 0.09 0.10 0.10 0.13 0.11 0.20 0.31 0.12 0.26 0.27 0.45 0.26
N3 0.12 0.09 0.20 0.25 0.11 0.15 0.10 0.19 0.09 0.10 0.09 0.14 0.12 0.21 0.32 0.12 0.31 0.31 0.56 0.33
N7 0.12 0.12 0.17 0.21 0.13 0.14 0.14 0.21 0.12 0.11 0.11 0.16 0.13 0.20 0.26 0.12 0.41 0.45 0.78 0.49
N9 0.12 0.10 0.19 0.25 0.12 0.15 0.12 0.20 0.10 0.10 0.10 0.15 0.13 0.22 0.32 0.12 0.36 0.37 0.66 0.40
O2' 0.44 0.34 0.54 0.55 0.23 0.47 0.24 0.45 0.30 0.36 0.26 0.22 0.42 0.59 0.65 0.42 0.44 0.45 0.54 0.41
O3' 0.33 0.29 0.35 0.36 0.27 0.33 0.28 0.34 0.29 0.30 0.27 0.27 0.31 0.37 0.42 0.35 0.38 0.36 0.56 0.34
O4' 0.34 0.30 0.38 0.41 0.26 0.35 0.27 0.36 0.29 0.31 0.28 0.25 0.33 0.43 0.47 0.33 0.46 0.46 0.72 0.49
O5' 0.58 0.55 0.64 0.66 0.58 0.61 0.59 0.63 0.59 0.57 0.56 0.60 0.54 0.67 0.73 0.59 0.74 0.77 0.98 0.78
O6 0.12 0.12 0.15 0.17 0.13 0.13 0.14 0.20 0.13 0.12 0.12 0.15 0.13 0.17 0.20 0.12 0.42 0.47 0.81 0.52
OP1 1.01 0.95 1.06 1.08 0.98 1.05 1.00 1.06 1.00 0.98 0.94 0.99 0.93 1.12 1.15 1.02 1.14 1.15 1.34 1.15
OP2 0.77 0.77 0.76 0.80 0.91 0.79 0.92 0.84 0.86 0.80 0.83 0.99 0.70 0.78 0.84 0.80 0.94 0.98 1.25 1.01
P 0.64 0.60 0.69 0.71 0.67 0.67 0.68 0.68 0.65 0.63 0.62 0.71 0.58 0.74 0.79 0.65 0.80 0.82 1.08 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.10 0.14 0.22 0.10
C2 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.26 0.24 0.47 0.27
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.05 0.16 0.00 0.02 0.01 0.17 0.22 0.20 0.12
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.10 0.06 0.14 0.12 0.19 0.02 0.01 0.01 0.25 0.26 0.25 0.17
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.38 0.43 0.74 0.48
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.08 0.09 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.18 0.19 0.11
C5 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.40 0.46 0.76 0.51
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.17 0.01 0.17 0.00 0.14 0.10 0.16 0.19 0.12 0.06 0.03 0.02 0.01 0.10 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.34 0.34 0.58 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.24 0.21 0.42 0.24
N3 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.02 0.32 0.33 0.61 0.37
N4 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.03 0.41 0.51 0.84 0.55
O2 0.03 0.01 0.16 0.19 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.22 0.04 0.20 0.21 0.37 0.20
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.05 0.06 0.06 0.31 0.20 0.20
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.03 0.11 0.06 0.16 0.15 0.22 0.05 0.00 0.02 0.22 0.36 0.33 0.21
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.07 0.13 0.23 0.14
O5' 0.10 0.26 0.17 0.25 0.38 0.02 0.40 0.01 0.34 0.24 0.32 0.41 0.20 0.06 0.22 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.24 0.22 0.26 0.43 0.18 0.46 0.10 0.34 0.21 0.33 0.51 0.21 0.31 0.36 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.47 0.20 0.25 0.74 0.19 0.76 0.23 0.58 0.42 0.61 0.84 0.37 0.20 0.33 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.27 0.12 0.17 0.48 0.11 0.51 0.02 0.39 0.24 0.37 0.55 0.20 0.20 0.21 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00