ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52679

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 4, 5, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.020, 0.045, 0.070, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.045 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.013, 0.042, 0.071, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.042 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.013, 0.044, 0.074, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.044 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.022, 0.053, 0.084, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.102, 0.227, 0.352, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.227 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.162, 0.305, 0.447, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.305 std_dev=0.143
O4' A 0, 0.223, 0.369, 0.515, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.369 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.234, 0.416, 0.598, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.416 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.221, 0.417, 0.614, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.417 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.267, 0.464, 0.661, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.464 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.286, 0.484, 0.683, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.484 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.303, 0.519, 0.736, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.519 std_dev=0.216
C2 B 0, 0.253, 0.486, 0.719, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.486 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.295, 0.546, 0.798, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.546 std_dev=0.252
C3' A 0, 0.274, 0.531, 0.788, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.531 std_dev=0.257
C4' A 0, 0.329, 0.615, 0.902, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.615 std_dev=0.286
N4 B 0, 0.233, 0.525, 0.817, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.525 std_dev=0.292
O2 B 0, 0.383, 0.725, 1.067, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.725 std_dev=0.342
O3' A 0, 0.358, 0.707, 1.055, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.707 std_dev=0.348
O4' B 0, 0.250, 0.627, 1.004, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.627 std_dev=0.377
P A 0, 0.668, 1.072, 1.476, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.072 std_dev=0.404
OP2 A 0, 0.533, 0.959, 1.385, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.959 std_dev=0.426
O5' A 0, 0.661, 1.092, 1.523, 1.487 max_d=1.487 avg_d=1.092 std_dev=0.431
C5' A 0, 0.536, 0.977, 1.418, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.977 std_dev=0.441
C4' B 0, 0.749, 1.207, 1.664, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.207 std_dev=0.458
OP1 A 0, 0.847, 1.374, 1.902, 2.191 max_d=2.191 avg_d=1.374 std_dev=0.527
C2' B 0, 0.625, 1.176, 1.727, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.176 std_dev=0.551
C3' B 0, 0.881, 1.487, 2.093, 2.681 max_d=2.681 avg_d=1.487 std_dev=0.606
O2' B 0, 0.883, 1.684, 2.486, 3.724 max_d=3.724 avg_d=1.684 std_dev=0.802
O3' B 0, 1.279, 2.103, 2.927, 3.692 max_d=3.692 avg_d=2.103 std_dev=0.824
C5' B 0, 0.926, 1.778, 2.629, 4.501 max_d=4.501 avg_d=1.778 std_dev=0.852
O5' B 0, 0.480, 1.708, 2.936, 6.411 max_d=6.411 avg_d=1.708 std_dev=1.228
P B 0, 0.441, 2.217, 3.992, 9.204 max_d=9.204 avg_d=2.217 std_dev=1.775
OP1 B 0, 0.766, 2.561, 4.355, 9.412 max_d=9.412 avg_d=2.561 std_dev=1.794
OP2 B 0, 0.127, 2.338, 4.549, 11.157 max_d=11.157 avg_d=2.338 std_dev=2.211

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.03 0.21 0.19 0.15
C2 0.05 0.00 0.14 0.23 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.27 0.05 0.41 0.01 0.37 0.36 0.35
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.09 0.07 0.12 0.17 0.14 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.27 0.09 0.33 0.17 0.21
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.16 0.00 0.16 0.02 0.20 0.14 0.22 0.25 0.20 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.36 0.21 0.44 0.17 0.29
C4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.02 0.43 0.01 0.37 0.34 0.35
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.14 0.12 0.12 0.11 0.09 0.13 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.16 0.17 0.27 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.02 0.52 0.02 0.45 0.45 0.45
C5' 0.03 0.19 0.02 0.02 0.17 0.01 0.23 0.00 0.26 0.20 0.23 0.18 0.15 0.25 0.13 0.05 0.04 0.01 0.01 0.29 0.21 0.37 0.01
C6 0.02 0.00 0.09 0.20 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.23 0.03 0.53 0.00 0.48 0.49 0.48
C8 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.04 0.52 0.03 0.42 0.37 0.41
N1 0.04 0.00 0.12 0.22 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.26 0.03 0.48 0.01 0.43 0.44 0.42
N2 0.06 0.01 0.17 0.25 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.32 0.07 0.38 0.01 0.35 0.34 0.32
N3 0.05 0.00 0.14 0.20 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.23 0.05 0.37 0.01 0.33 0.30 0.30
N7 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.17 0.04 0.57 0.03 0.50 0.49 0.50
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.40 0.02 0.33 0.28 0.30
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.12 0.17 0.13 0.05 0.03 0.00 0.04 0.06 0.08 0.08 0.18 0.20 0.10
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.16 0.02 0.18 0.04 0.23 0.15 0.26 0.32 0.23 0.17 0.08 0.04 0.00 0.02 0.30 0.25 0.48 0.21 0.29
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.12 0.04 0.16 0.29 0.16
O5' 0.21 0.41 0.27 0.36 0.43 0.01 0.52 0.01 0.53 0.52 0.48 0.38 0.37 0.57 0.40 0.08 0.30 0.12 0.00 0.56 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.09 0.21 0.01 0.16 0.02 0.29 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.25 0.04 0.56 0.00 0.53 0.56 0.53
OP1 0.21 0.37 0.33 0.44 0.37 0.17 0.45 0.21 0.48 0.42 0.43 0.35 0.33 0.50 0.33 0.18 0.48 0.16 0.02 0.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.36 0.17 0.17 0.34 0.27 0.45 0.37 0.49 0.37 0.44 0.34 0.30 0.49 0.28 0.20 0.21 0.29 0.02 0.56 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.35 0.21 0.29 0.35 0.06 0.45 0.01 0.48 0.41 0.42 0.32 0.30 0.50 0.30 0.10 0.29 0.16 0.01 0.53 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.19 0.28 0.27 0.15 0.41 0.15 0.85 0.17 0.20 0.16 0.19 0.25 0.39 0.35 0.35 0.64 1.16 0.69 0.93
C2 0.23 0.18 0.24 0.24 0.13 0.35 0.13 0.74 0.15 0.18 0.13 0.17 0.24 0.32 0.29 0.31 0.50 0.89 0.52 0.69
C2' 0.27 0.19 0.31 0.33 0.13 0.46 0.15 0.93 0.18 0.21 0.13 0.15 0.24 0.40 0.39 0.35 0.76 1.27 0.83 1.07
C3' 0.31 0.25 0.31 0.32 0.21 0.44 0.22 0.88 0.24 0.26 0.21 0.22 0.29 0.39 0.38 0.35 0.70 1.19 0.76 0.99
C4 0.23 0.19 0.24 0.23 0.13 0.32 0.13 0.70 0.16 0.19 0.15 0.18 0.24 0.32 0.29 0.29 0.44 0.87 0.49 0.65
C4' 0.25 0.18 0.26 0.26 0.14 0.40 0.15 0.85 0.16 0.19 0.14 0.18 0.24 0.37 0.35 0.32 0.66 1.18 0.72 0.95
C5 0.22 0.19 0.22 0.21 0.14 0.25 0.14 0.54 0.16 0.18 0.16 0.17 0.25 0.26 0.26 0.24 0.27 0.62 0.47 0.42
C5' 0.29 0.25 0.26 0.24 0.25 0.38 0.26 0.79 0.25 0.26 0.24 0.29 0.28 0.36 0.31 0.34 0.57 1.06 0.61 0.83
C6 0.21 0.20 0.20 0.21 0.13 0.21 0.14 0.44 0.15 0.18 0.17 0.16 0.24 0.23 0.24 0.22 0.21 0.46 0.55 0.32
C8 0.22 0.19 0.23 0.22 0.14 0.28 0.14 0.61 0.15 0.18 0.16 0.17 0.25 0.30 0.29 0.26 0.34 0.75 0.46 0.52
N1 0.22 0.20 0.21 0.21 0.13 0.26 0.13 0.54 0.16 0.19 0.15 0.17 0.25 0.25 0.24 0.25 0.28 0.59 0.45 0.41
N2 0.24 0.15 0.27 0.28 0.12 0.42 0.12 0.86 0.15 0.18 0.12 0.17 0.21 0.37 0.31 0.35 0.66 1.05 0.66 0.87
N3 0.24 0.17 0.25 0.25 0.13 0.38 0.13 0.80 0.15 0.18 0.14 0.18 0.23 0.35 0.31 0.32 0.58 1.03 0.61 0.82
N7 0.21 0.19 0.22 0.21 0.14 0.22 0.14 0.50 0.15 0.18 0.17 0.17 0.25 0.26 0.27 0.23 0.23 0.57 0.51 0.37
N9 0.23 0.19 0.25 0.23 0.14 0.34 0.14 0.73 0.16 0.19 0.15 0.18 0.25 0.33 0.31 0.30 0.48 0.94 0.52 0.70
O2' 0.32 0.23 0.39 0.43 0.18 0.56 0.20 1.06 0.24 0.26 0.18 0.20 0.27 0.49 0.49 0.43 0.95 1.52 1.09 1.31
O3' 0.36 0.31 0.38 0.41 0.26 0.51 0.27 0.95 0.29 0.32 0.26 0.27 0.35 0.45 0.45 0.40 0.82 1.31 0.93 1.13
O4' 0.25 0.20 0.28 0.27 0.16 0.39 0.16 0.83 0.18 0.21 0.17 0.20 0.26 0.39 0.36 0.34 0.61 1.13 0.66 0.89
O5' 0.51 0.52 0.48 0.49 0.58 0.61 0.58 0.93 0.56 0.53 0.54 0.61 0.50 0.48 0.48 0.59 0.73 1.10 0.71 0.89
O6 0.20 0.20 0.18 0.22 0.14 0.16 0.14 0.29 0.16 0.18 0.18 0.15 0.23 0.22 0.22 0.19 0.27 0.31 0.77 0.36
OP1 0.46 0.47 0.42 0.42 0.54 0.56 0.54 0.88 0.51 0.48 0.49 0.59 0.46 0.45 0.40 0.54 0.68 1.02 0.66 0.83
OP2 0.44 0.46 0.37 0.38 0.57 0.51 0.58 0.77 0.53 0.47 0.50 0.63 0.42 0.36 0.34 0.52 0.59 0.84 0.68 0.68
P 0.44 0.45 0.37 0.38 0.53 0.51 0.54 0.82 0.50 0.46 0.48 0.59 0.43 0.38 0.35 0.52 0.62 0.95 0.63 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.19 0.00 0.17 0.08 0.31 0.19
C2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.14 0.17 0.10 0.27 0.40 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.12 0.10 0.02 0.08 0.05 0.18 0.01 0.03 0.01 0.11 0.13 0.19 0.11
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.21 0.01 0.31 0.02 0.31 0.13 0.11 0.22 0.24 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.20 0.17
C4 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.13 0.03 0.51 0.37 1.05 0.62
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.08 0.00 0.24 0.01 0.27 0.05 0.12 0.09 0.38 0.16 0.02 0.00 0.02 0.13 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.31 0.00 0.24 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.17 0.13 0.84 0.70 1.38 0.99
C5' 0.05 0.36 0.12 0.02 0.12 0.01 0.35 0.00 0.38 0.06 0.29 0.13 0.70 0.06 0.12 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.31 0.01 0.27 0.00 0.38 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.15 0.17 0.81 0.64 1.19 0.90
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.35 0.18 0.63 0.39
N3 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.13 0.13 0.19 0.22 0.61 0.26
N4 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.03 0.54 0.43 1.16 0.68
O2 0.03 0.00 0.18 0.24 0.01 0.38 0.01 0.70 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.24 0.30 0.43 0.66 0.35 0.50
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.19 0.16 0.23 0.06 0.21 0.11 0.14 0.20 0.15 0.00 0.05 0.12 0.05 0.14 0.12 0.05
O3' 0.19 0.14 0.03 0.01 0.13 0.02 0.17 0.12 0.15 0.09 0.13 0.15 0.24 0.05 0.00 0.13 0.21 0.33 0.25 0.24
O4' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.03 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.13 0.03 0.30 0.12 0.13 0.00 0.21 0.16 0.28 0.22
O5' 0.17 0.10 0.11 0.17 0.51 0.02 0.84 0.01 0.81 0.35 0.19 0.54 0.43 0.05 0.21 0.21 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.27 0.13 0.20 0.37 0.13 0.70 0.07 0.64 0.18 0.22 0.43 0.66 0.14 0.33 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.40 0.19 0.20 1.05 0.05 1.38 0.08 1.19 0.63 0.61 1.16 0.35 0.12 0.25 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.18 0.11 0.17 0.62 0.04 0.99 0.01 0.90 0.39 0.26 0.68 0.50 0.05 0.24 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00