ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52680

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 3, 4, 3, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.014, 0.023, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.020, 0.035, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.022, 0.038, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.038 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.021, 0.038, 0.054, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.016, 0.033, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.017, 0.041, 0.066, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.041 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.041, 0.066, 0.092, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.066 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.035, 0.071, 0.108, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.036
O4' B 0, 0.211, 0.378, 0.545, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.378 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.183, 0.374, 0.566, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.374 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.248, 0.441, 0.635, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.441 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.246, 0.443, 0.640, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.443 std_dev=0.197
N1 B 0, 0.157, 0.361, 0.565, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.361 std_dev=0.204
O2 B 0, 0.299, 0.504, 0.709, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.504 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.208, 0.433, 0.657, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.433 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.215, 0.442, 0.668, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.442 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.287, 0.518, 0.749, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.518 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.280, 0.515, 0.749, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.515 std_dev=0.235
N4 B 0, 0.359, 0.648, 0.936, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.648 std_dev=0.288
C3' B 0, 0.286, 0.587, 0.888, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.587 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.309, 0.631, 0.954, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.631 std_dev=0.322
C5' B 0, 0.207, 0.606, 1.004, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.606 std_dev=0.399
O3' B 0, 0.412, 0.826, 1.240, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.826 std_dev=0.414
C2' B 0, 0.290, 0.721, 1.153, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.721 std_dev=0.432
P B 0, 0.225, 0.714, 1.204, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.714 std_dev=0.490
OP2 B 0, 0.332, 0.827, 1.322, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.827 std_dev=0.495
O4' A 0, -0.174, 0.427, 1.028, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.427 std_dev=0.601
C2' A 0, -0.220, 0.401, 1.023, 2.238 max_d=2.238 avg_d=0.401 std_dev=0.621
OP1 B 0, 0.165, 0.835, 1.505, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.835 std_dev=0.670
O2' B 0, 0.235, 0.965, 1.694, 3.385 max_d=3.385 avg_d=0.965 std_dev=0.729
O2' A 0, -0.238, 0.566, 1.370, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.566 std_dev=0.804
C4' A 0, -0.302, 0.547, 1.396, 3.023 max_d=3.023 avg_d=0.547 std_dev=0.849
C3' A 0, -0.341, 0.579, 1.500, 3.438 max_d=3.438 avg_d=0.579 std_dev=0.921
O3' A 0, -0.424, 0.772, 1.968, 4.910 max_d=4.910 avg_d=0.772 std_dev=1.196
C5' A 0, -0.442, 0.963, 2.369, 5.043 max_d=5.043 avg_d=0.963 std_dev=1.405
O5' A 0, -0.421, 1.348, 3.116, 6.083 max_d=6.083 avg_d=1.348 std_dev=1.769
P A 0, -0.688, 1.727, 4.143, 8.513 max_d=8.513 avg_d=1.727 std_dev=2.416
OP1 A 0, -0.607, 1.925, 4.458, 9.962 max_d=9.962 avg_d=1.925 std_dev=2.533
OP2 A 0, -0.850, 2.059, 4.968, 10.181 max_d=10.181 avg_d=2.059 std_dev=2.909

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.28 0.03 0.33 0.34 0.23
C2 0.05 0.00 0.29 0.40 0.01 0.32 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.35 0.31 0.76 0.01 0.91 0.69 0.79
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.09 0.11 0.15 0.14 0.23 0.34 0.28 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.17 0.13 0.26 0.31 0.15
C3' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.21 0.00 0.22 0.01 0.25 0.31 0.32 0.50 0.38 0.29 0.15 0.02 0.01 0.02 0.21 0.26 0.31 0.38 0.22
C4 0.03 0.01 0.15 0.21 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.16 0.57 0.02 0.59 0.64 0.53
C4' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.12 0.00 0.07 0.01 0.10 0.27 0.22 0.43 0.31 0.21 0.06 0.16 0.02 0.00 0.01 0.09 0.27 0.26 0.09
C5 0.02 0.01 0.09 0.22 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.07 0.68 0.01 0.59 0.97 0.67
C5' 0.04 0.49 0.11 0.01 0.19 0.01 0.13 0.00 0.18 0.38 0.35 0.65 0.44 0.32 0.10 0.07 0.11 0.01 0.01 0.17 0.23 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.25 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.13 0.70 0.01 0.67 0.96 0.71
C8 0.01 0.01 0.14 0.31 0.01 0.27 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.26 0.17 0.85 0.02 0.60 1.22 0.86
N1 0.04 0.00 0.23 0.32 0.01 0.22 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.24 0.24 0.72 0.01 0.81 0.78 0.74
N2 0.05 0.00 0.34 0.50 0.01 0.43 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.50 0.37 0.89 0.02 1.11 0.85 0.97
N3 0.05 0.00 0.28 0.38 0.00 0.31 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.33 0.30 0.67 0.01 0.82 0.57 0.67
N7 0.01 0.01 0.09 0.29 0.00 0.21 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.24 0.09 0.86 0.02 0.66 1.35 0.90
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.53 0.02 0.41 0.69 0.47
O2' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.08 0.16 0.11 0.07 0.11 0.28 0.17 0.36 0.25 0.25 0.10 0.00 0.05 0.12 0.11 0.13 0.20 0.32 0.13
O3' 0.16 0.35 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.11 0.14 0.26 0.24 0.50 0.33 0.24 0.08 0.05 0.00 0.12 0.27 0.17 0.46 0.55 0.36
O4' 0.01 0.31 0.01 0.02 0.16 0.00 0.07 0.01 0.13 0.17 0.24 0.37 0.30 0.09 0.01 0.12 0.12 0.00 0.28 0.10 0.39 0.32 0.24
O5' 0.28 0.76 0.17 0.21 0.57 0.01 0.68 0.01 0.70 0.85 0.72 0.89 0.67 0.86 0.53 0.11 0.27 0.28 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.26 0.02 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.17 0.10 0.75 0.00 0.70 1.16 0.79
OP1 0.33 0.91 0.26 0.31 0.59 0.27 0.59 0.23 0.67 0.60 0.81 1.11 0.82 0.66 0.41 0.20 0.46 0.39 0.02 0.70 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.69 0.31 0.38 0.64 0.26 0.97 0.32 0.96 1.22 0.78 0.85 0.57 1.35 0.69 0.32 0.55 0.32 0.02 1.16 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.79 0.15 0.22 0.53 0.09 0.67 0.02 0.71 0.86 0.74 0.97 0.67 0.90 0.47 0.13 0.36 0.24 0.01 0.79 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.13 0.25 0.23 0.10 0.15 0.11 0.13 0.10 0.13 0.09 0.15 0.20 0.25 0.27 0.20 0.21 0.25 0.44 0.31
C2 0.15 0.11 0.23 0.22 0.11 0.14 0.10 0.13 0.08 0.11 0.07 0.18 0.20 0.23 0.25 0.19 0.18 0.22 0.40 0.29
C2' 0.36 0.32 0.49 0.48 0.27 0.39 0.28 0.39 0.30 0.32 0.28 0.26 0.35 0.49 0.53 0.37 0.42 0.44 0.58 0.49
C3' 0.54 0.46 0.70 0.68 0.37 0.59 0.39 0.56 0.43 0.47 0.39 0.37 0.53 0.74 0.74 0.52 0.55 0.58 0.70 0.63
C4 0.16 0.14 0.23 0.23 0.11 0.14 0.11 0.13 0.11 0.13 0.09 0.16 0.20 0.25 0.24 0.18 0.20 0.26 0.44 0.32
C4' 0.50 0.41 0.62 0.60 0.26 0.52 0.28 0.47 0.34 0.41 0.31 0.23 0.51 0.67 0.66 0.47 0.45 0.48 0.59 0.53
C5 0.18 0.17 0.21 0.23 0.12 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.13 0.16 0.23 0.29 0.23 0.19 0.21 0.29 0.46 0.34
C5' 0.74 0.63 0.85 0.82 0.41 0.76 0.44 0.69 0.53 0.63 0.50 0.33 0.75 0.94 0.88 0.71 0.63 0.66 0.71 0.69
C6 0.19 0.19 0.21 0.23 0.13 0.15 0.14 0.14 0.14 0.17 0.15 0.16 0.24 0.30 0.21 0.19 0.21 0.29 0.44 0.33
C8 0.17 0.16 0.22 0.24 0.13 0.15 0.14 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.21 0.28 0.24 0.18 0.22 0.31 0.47 0.35
N1 0.17 0.16 0.21 0.22 0.11 0.14 0.11 0.13 0.11 0.14 0.10 0.17 0.23 0.26 0.21 0.19 0.19 0.25 0.42 0.31
N2 0.13 0.08 0.26 0.22 0.14 0.14 0.10 0.14 0.07 0.08 0.11 0.20 0.16 0.24 0.28 0.19 0.17 0.19 0.37 0.27
N3 0.14 0.11 0.24 0.23 0.11 0.14 0.10 0.13 0.08 0.10 0.07 0.17 0.18 0.24 0.26 0.18 0.19 0.23 0.42 0.30
N7 0.18 0.18 0.21 0.24 0.14 0.15 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16 0.23 0.31 0.23 0.19 0.23 0.32 0.48 0.36
N9 0.16 0.14 0.23 0.24 0.11 0.14 0.12 0.14 0.11 0.13 0.10 0.16 0.20 0.26 0.25 0.19 0.21 0.27 0.45 0.33
O2' 0.36 0.30 0.46 0.42 0.20 0.37 0.20 0.35 0.25 0.30 0.24 0.19 0.37 0.49 0.49 0.39 0.36 0.37 0.48 0.39
O3' 0.58 0.45 0.81 0.80 0.29 0.66 0.32 0.61 0.40 0.47 0.34 0.28 0.55 0.88 0.90 0.54 0.58 0.60 0.68 0.63
O4' 0.44 0.39 0.50 0.48 0.26 0.43 0.27 0.39 0.32 0.38 0.31 0.22 0.47 0.54 0.52 0.43 0.38 0.41 0.53 0.45
O5' 0.98 0.91 1.07 1.01 0.78 0.96 0.79 0.90 0.84 0.90 0.83 0.75 1.00 1.10 0.96 0.93 0.86 0.92 1.01 0.97
O6 0.21 0.22 0.22 0.24 0.16 0.17 0.17 0.16 0.17 0.19 0.20 0.16 0.25 0.35 0.21 0.19 0.22 0.32 0.45 0.35
OP1 1.29 1.15 1.44 1.38 0.89 1.31 0.92 1.21 1.04 1.15 1.00 0.79 1.28 1.53 1.42 1.24 1.10 1.16 1.14 1.15
OP2 1.03 0.93 1.06 1.00 0.95 0.99 0.97 0.92 0.94 0.95 0.89 1.07 1.01 1.16 0.93 1.01 0.90 0.96 1.11 1.03
P 1.14 1.02 1.21 1.15 0.85 1.11 0.87 1.03 0.94 1.03 0.91 0.82 1.14 1.29 1.12 1.09 0.95 1.01 1.07 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.11 0.12 0.21 0.15
C2 0.03 0.00 0.15 0.18 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.15 0.09 0.13 0.16 0.29 0.22
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.11 0.13 0.02 0.12 0.06 0.26 0.00 0.02 0.01 0.26 0.29 0.35 0.28
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.21 0.00 0.19 0.02 0.16 0.12 0.21 0.22 0.20 0.02 0.01 0.02 0.13 0.21 0.13 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.14 0.02 0.21 0.28 0.39 0.31
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.06 0.10 0.10 0.16 0.02 0.00 0.01 0.10 0.09 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.14 0.07 0.22 0.29 0.37 0.31
C5' 0.05 0.09 0.11 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.14 0.13 0.06 0.10 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.16 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.10 0.10 0.18 0.21 0.28 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.07 0.01 0.12 0.15 0.25 0.20
N3 0.02 0.00 0.12 0.21 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.06 0.17 0.22 0.35 0.26
N4 0.02 0.02 0.06 0.22 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.17 0.02 0.23 0.34 0.44 0.34
O2 0.05 0.00 0.26 0.20 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.23 0.15 0.13 0.14 0.28 0.20
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.20 0.16 0.26 0.06 0.24 0.11 0.11 0.23 0.17 0.00 0.05 0.11 0.19 0.25 0.39 0.24
O3' 0.15 0.15 0.02 0.01 0.14 0.02 0.14 0.10 0.10 0.07 0.16 0.17 0.23 0.05 0.00 0.10 0.19 0.32 0.20 0.20
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.01 0.06 0.02 0.15 0.11 0.10 0.00 0.11 0.10 0.17 0.14
O5' 0.11 0.13 0.26 0.13 0.21 0.01 0.22 0.01 0.18 0.12 0.17 0.23 0.13 0.19 0.19 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.16 0.29 0.21 0.28 0.10 0.29 0.08 0.21 0.15 0.22 0.34 0.14 0.25 0.32 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.29 0.35 0.13 0.39 0.09 0.37 0.08 0.28 0.25 0.35 0.44 0.28 0.39 0.20 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.22 0.28 0.12 0.31 0.04 0.31 0.01 0.25 0.20 0.26 0.34 0.20 0.24 0.20 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00