ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52682

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 4, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.013, 0.030, 0.046, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.011, 0.031, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.019, 0.043, 0.066, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.043 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.017, 0.043, 0.070, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.043 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.021, 0.057, 0.093, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.057 std_dev=0.036
O6 A 0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.056 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.023, 0.063, 0.103, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.063 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.033, 0.083, 0.134, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.083 std_dev=0.050
N1 B 0, 0.298, 0.472, 0.646, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.472 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.337, 0.542, 0.746, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.542 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.217, 0.438, 0.659, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.438 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.355, 0.598, 0.840, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.598 std_dev=0.243
C1' B 0, 0.340, 0.597, 0.855, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.597 std_dev=0.258
C4 B 0, 0.247, 0.508, 0.769, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.508 std_dev=0.261
N3 B 0, 0.136, 0.409, 0.683, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.409 std_dev=0.273
C2' A 0, -0.030, 0.245, 0.521, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.245 std_dev=0.276
O2 B 0, 0.291, 0.580, 0.869, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.580 std_dev=0.289
O4' B 0, 0.396, 0.699, 1.002, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.699 std_dev=0.303
N4 B 0, 0.336, 0.661, 0.985, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.661 std_dev=0.324
O4' A 0, -0.054, 0.278, 0.610, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.278 std_dev=0.332
C4' B 0, 0.470, 0.910, 1.350, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.910 std_dev=0.440
C3' A 0, -0.042, 0.404, 0.851, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.404 std_dev=0.446
C2' B 0, 0.429, 0.900, 1.371, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.900 std_dev=0.471
C3' B 0, 0.443, 0.919, 1.394, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.919 std_dev=0.475
C4' A 0, -0.084, 0.460, 1.004, 2.203 max_d=2.203 avg_d=0.460 std_dev=0.544
O3' B 0, 0.527, 1.131, 1.736, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.131 std_dev=0.604
O2' A 0, -0.193, 0.416, 1.026, 2.465 max_d=2.465 avg_d=0.416 std_dev=0.609
O3' A 0, 0.039, 0.652, 1.265, 2.467 max_d=2.467 avg_d=0.652 std_dev=0.613
C5' B 0, 0.375, 1.115, 1.856, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.115 std_dev=0.740
O2' B 0, 0.398, 1.178, 1.959, 3.425 max_d=3.425 avg_d=1.178 std_dev=0.781
C5' A 0, -0.086, 0.717, 1.519, 3.251 max_d=3.251 avg_d=0.717 std_dev=0.802
O5' A 0, -0.041, 0.766, 1.573, 3.372 max_d=3.372 avg_d=0.766 std_dev=0.807
P A 0, -0.097, 1.028, 2.153, 4.644 max_d=4.644 avg_d=1.028 std_dev=1.125
OP2 A 0, -0.039, 1.261, 2.561, 4.985 max_d=4.985 avg_d=1.261 std_dev=1.300
O5' B 0, 0.066, 1.370, 2.673, 5.375 max_d=5.375 avg_d=1.370 std_dev=1.303
OP1 A 0, -0.143, 1.204, 2.552, 5.581 max_d=5.581 avg_d=1.204 std_dev=1.347
P B 0, -0.026, 1.699, 3.423, 7.038 max_d=7.038 avg_d=1.699 std_dev=1.724
OP2 B 0, -0.020, 1.842, 3.704, 7.686 max_d=7.686 avg_d=1.842 std_dev=1.862
OP1 B 0, -0.145, 2.212, 4.570, 9.266 max_d=9.266 avg_d=2.212 std_dev=2.357

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.18 0.01 0.13 0.02 0.13 0.23 0.12
C2 0.04 0.00 0.22 0.16 0.01 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.30 0.17 0.22 0.01 0.23 0.49 0.26
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08 0.11 0.12 0.10 0.19 0.26 0.21 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.10 0.27 0.35 0.29
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.17 0.00 0.24 0.03 0.24 0.26 0.20 0.16 0.13 0.28 0.16 0.02 0.01 0.03 0.12 0.27 0.20 0.15 0.14
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.16 0.06 0.27 0.01 0.28 0.49 0.30
C4' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.08 0.24 0.06 0.22 0.13 0.22 0.09 0.19 0.02 0.01 0.02 0.12 0.09 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.24 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.13 0.03 0.41 0.01 0.46 0.68 0.47
C5' 0.05 0.12 0.11 0.03 0.12 0.01 0.23 0.00 0.20 0.35 0.12 0.19 0.12 0.36 0.15 0.09 0.11 0.03 0.01 0.27 0.09 0.05 0.03
C6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.17 0.04 0.42 0.00 0.49 0.74 0.50
C8 0.01 0.01 0.10 0.26 0.01 0.24 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.14 0.16 0.47 0.02 0.48 0.60 0.48
N1 0.03 0.00 0.19 0.20 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.24 0.11 0.32 0.01 0.36 0.63 0.39
N2 0.05 0.00 0.26 0.16 0.01 0.22 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.40 0.23 0.19 0.01 0.20 0.44 0.22
N3 0.04 0.01 0.21 0.13 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.29 0.17 0.19 0.01 0.19 0.40 0.21
N7 0.01 0.01 0.05 0.28 0.01 0.22 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.15 0.12 0.53 0.02 0.59 0.78 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.08 0.04 0.27 0.01 0.25 0.40 0.26
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.13 0.19 0.25 0.09 0.23 0.34 0.14 0.18 0.11 0.36 0.17 0.00 0.04 0.14 0.18 0.28 0.17 0.33 0.21
O3' 0.18 0.30 0.02 0.01 0.16 0.02 0.13 0.11 0.17 0.14 0.24 0.40 0.29 0.15 0.08 0.04 0.00 0.10 0.17 0.17 0.29 0.26 0.20
O4' 0.01 0.17 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.03 0.04 0.16 0.11 0.23 0.17 0.12 0.04 0.14 0.10 0.00 0.14 0.03 0.17 0.18 0.13
O5' 0.13 0.22 0.27 0.12 0.27 0.02 0.41 0.01 0.42 0.47 0.32 0.19 0.19 0.53 0.27 0.18 0.17 0.14 0.00 0.49 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.17 0.03 0.49 0.00 0.60 0.85 0.60
OP1 0.13 0.23 0.27 0.20 0.28 0.09 0.46 0.09 0.49 0.48 0.36 0.20 0.19 0.59 0.25 0.17 0.29 0.17 0.02 0.60 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.49 0.35 0.15 0.49 0.04 0.68 0.05 0.74 0.60 0.63 0.44 0.40 0.78 0.40 0.33 0.26 0.18 0.02 0.85 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.26 0.29 0.14 0.30 0.03 0.47 0.03 0.50 0.48 0.39 0.22 0.21 0.60 0.26 0.21 0.20 0.13 0.01 0.60 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.32 0.21 0.31 0.23 0.26 0.30 0.16 0.10 0.23 0.43 0.09 0.36 0.26 0.32 0.40 0.69 0.51 0.44
C2 0.12 0.12 0.27 0.21 0.30 0.20 0.24 0.26 0.15 0.10 0.25 0.40 0.13 0.27 0.23 0.29 0.35 0.48 0.50 0.33
C2' 0.32 0.28 0.45 0.36 0.33 0.43 0.31 0.47 0.28 0.28 0.29 0.41 0.32 0.53 0.46 0.46 0.52 0.95 0.42 0.62
C3' 0.27 0.23 0.39 0.28 0.35 0.37 0.34 0.42 0.28 0.24 0.27 0.45 0.25 0.49 0.36 0.42 0.48 0.97 0.42 0.62
C4 0.11 0.11 0.26 0.21 0.31 0.20 0.27 0.27 0.17 0.10 0.22 0.43 0.11 0.27 0.21 0.29 0.37 0.56 0.57 0.38
C4' 0.25 0.18 0.42 0.29 0.30 0.32 0.27 0.35 0.20 0.18 0.22 0.42 0.22 0.52 0.34 0.37 0.42 0.79 0.48 0.50
C5 0.10 0.10 0.23 0.22 0.30 0.16 0.28 0.26 0.19 0.11 0.18 0.43 0.13 0.22 0.18 0.25 0.39 0.49 0.67 0.37
C5' 0.23 0.17 0.37 0.27 0.34 0.32 0.33 0.36 0.23 0.18 0.23 0.48 0.20 0.48 0.35 0.38 0.46 0.82 0.57 0.55
C6 0.10 0.10 0.21 0.24 0.30 0.15 0.29 0.25 0.20 0.12 0.17 0.43 0.15 0.20 0.17 0.22 0.41 0.42 0.73 0.37
C8 0.10 0.09 0.25 0.21 0.30 0.18 0.29 0.27 0.19 0.10 0.18 0.43 0.12 0.25 0.19 0.27 0.39 0.58 0.65 0.40
N1 0.11 0.11 0.22 0.22 0.31 0.15 0.27 0.24 0.18 0.11 0.22 0.42 0.14 0.21 0.17 0.24 0.37 0.40 0.63 0.32
N2 0.13 0.15 0.30 0.22 0.28 0.23 0.21 0.28 0.13 0.10 0.28 0.35 0.15 0.31 0.29 0.32 0.34 0.48 0.42 0.33
N3 0.12 0.12 0.29 0.20 0.30 0.22 0.24 0.29 0.15 0.10 0.24 0.41 0.11 0.31 0.26 0.31 0.37 0.57 0.49 0.38
N7 0.10 0.09 0.22 0.23 0.29 0.16 0.29 0.27 0.20 0.11 0.17 0.42 0.13 0.22 0.17 0.25 0.41 0.52 0.72 0.40
N9 0.11 0.10 0.28 0.21 0.31 0.21 0.27 0.28 0.17 0.10 0.21 0.43 0.11 0.29 0.22 0.30 0.39 0.61 0.57 0.40
O2' 0.22 0.16 0.45 0.30 0.31 0.36 0.26 0.38 0.16 0.15 0.25 0.44 0.21 0.59 0.45 0.37 0.50 0.94 0.36 0.59
O3' 0.46 0.36 0.58 0.45 0.34 0.53 0.35 0.54 0.35 0.38 0.32 0.39 0.42 0.73 0.53 0.54 0.58 1.12 0.38 0.73
O4' 0.25 0.22 0.41 0.32 0.34 0.31 0.30 0.35 0.23 0.21 0.27 0.45 0.23 0.47 0.34 0.37 0.45 0.67 0.59 0.46
O5' 0.25 0.28 0.23 0.22 0.50 0.35 0.51 0.46 0.40 0.30 0.37 0.64 0.22 0.28 0.30 0.45 0.58 0.94 0.73 0.69
O6 0.11 0.10 0.18 0.27 0.27 0.15 0.30 0.28 0.21 0.12 0.13 0.40 0.16 0.22 0.19 0.19 0.48 0.43 0.85 0.44
OP1 0.29 0.33 0.25 0.23 0.58 0.37 0.59 0.49 0.47 0.35 0.43 0.73 0.27 0.34 0.29 0.48 0.64 1.00 0.82 0.76
OP2 0.53 0.59 0.44 0.53 0.85 0.62 0.88 0.77 0.77 0.63 0.70 0.99 0.48 0.37 0.57 0.69 0.91 1.20 1.14 1.03
P 0.31 0.35 0.23 0.28 0.60 0.39 0.61 0.52 0.49 0.37 0.45 0.74 0.28 0.28 0.35 0.49 0.66 0.98 0.86 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.00 0.17 0.12 0.19 0.08
C2 0.02 0.00 0.17 0.21 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.19 0.09 0.35 0.18 0.44 0.18
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.11 0.13 0.04 0.14 0.07 0.29 0.00 0.02 0.01 0.23 0.28 0.14 0.12
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.26 0.00 0.26 0.02 0.23 0.15 0.24 0.28 0.23 0.02 0.01 0.02 0.34 0.50 0.12 0.24
C4 0.01 0.01 0.07 0.26 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.15 0.04 0.61 0.37 0.80 0.44
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.08 0.13 0.10 0.19 0.02 0.00 0.02 0.16 0.25 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.19 0.07 0.71 0.48 0.85 0.54
C5' 0.04 0.12 0.11 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.20 0.10 0.16 0.22 0.13 0.07 0.12 0.01 0.01 0.30 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.23 0.01 0.15 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.09 0.64 0.41 0.63 0.43
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.02 0.40 0.21 0.41 0.21
N3 0.01 0.00 0.14 0.24 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.07 0.47 0.26 0.62 0.29
N4 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.04 0.65 0.42 0.92 0.51
O2 0.03 0.00 0.29 0.23 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.33 0.14 0.24 0.19 0.32 0.12
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.21 0.19 0.27 0.07 0.25 0.13 0.14 0.22 0.20 0.00 0.03 0.13 0.20 0.31 0.15 0.14
O3' 0.19 0.19 0.02 0.01 0.15 0.02 0.19 0.12 0.16 0.08 0.17 0.18 0.33 0.03 0.00 0.13 0.29 0.66 0.19 0.32
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.07 0.04 0.14 0.13 0.13 0.00 0.06 0.12 0.25 0.16
O5' 0.17 0.35 0.23 0.34 0.61 0.02 0.71 0.01 0.64 0.40 0.47 0.65 0.24 0.20 0.29 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.18 0.28 0.50 0.37 0.16 0.48 0.30 0.41 0.21 0.26 0.42 0.19 0.31 0.66 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.44 0.14 0.12 0.80 0.25 0.85 0.37 0.63 0.41 0.62 0.92 0.32 0.15 0.19 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.18 0.12 0.24 0.44 0.06 0.54 0.02 0.43 0.21 0.29 0.51 0.12 0.14 0.32 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00