Doublet Group distance statistics: 52684

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N9	A	0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N7	A	0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C8	A	0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N2	A	0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O6	A	0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O4'	A	0, 0.018, 0.083, 0.147, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.083 std_dev=0.064
C2'	A	0, 0.040, 0.106, 0.172, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.106 std_dev=0.066
O2'	A	0, 0.086, 0.190, 0.294, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.190 std_dev=0.104
C4'	A	0, 0.034, 0.183, 0.332, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.183 std_dev=0.149
C2	B	0, 0.153, 0.306, 0.458, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.306 std_dev=0.152
O2	B	0, 0.228, 0.392, 0.556, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.392 std_dev=0.164
N1	B	0, 0.163, 0.331, 0.498, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.331 std_dev=0.167
N3	B	0, 0.124, 0.293, 0.461, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.293 std_dev=0.168
C4	B	0, 0.159, 0.329, 0.499, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.329 std_dev=0.170
C3'	A	0, 0.007, 0.178, 0.349, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.178 std_dev=0.171
C5	B	0, 0.196, 0.378, 0.560, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.378 std_dev=0.182
C6	B	0, 0.179, 0.366, 0.554, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.366 std_dev=0.187
N4	B	0, 0.211, 0.412, 0.613, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.412 std_dev=0.201
O5'	A	0, 0.226, 0.456, 0.686, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.456 std_dev=0.230
C5'	A	0, 0.115, 0.350, 0.586, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.350 std_dev=0.236
C1'	B	0, 0.170, 0.407, 0.643, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.407 std_dev=0.237
O3'	A	0, 0.017, 0.274, 0.531, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.274 std_dev=0.257
C2'	B	0, 0.278, 0.560, 0.842, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.560 std_dev=0.282
P	A	0, 0.338, 0.645, 0.953, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.645 std_dev=0.307
O4'	B	0, 0.194, 0.503, 0.812, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.503 std_dev=0.309
C3'	B	0, 0.363, 0.690, 1.016, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.690 std_dev=0.326
C4'	B	0, 0.307, 0.661, 1.015, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.661 std_dev=0.354
O5'	B	0, 0.419, 0.773, 1.127, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.773 std_dev=0.354
O2'	B	0, 0.235, 0.598, 0.960, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.598 std_dev=0.362
OP2	B	0, 0.533, 0.942, 1.350, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.942 std_dev=0.409
O3'	B	0, 0.420, 0.842, 1.264, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.842 std_dev=0.422
P	B	0, 0.353, 0.803, 1.253, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.803 std_dev=0.450
OP1	B	0, 0.444, 0.894, 1.344, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.894 std_dev=0.450
C5'	B	0, 0.338, 0.917, 1.496, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.917 std_dev=0.579
OP2	A	0, 0.216, 0.842, 1.467, 2.510 max_d=2.510 avg_d=0.842 std_dev=0.626
OP1	A	0, 0.401, 1.066, 1.731, 2.816 max_d=2.816 avg_d=1.066 std_dev=0.665

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.01	0.18	0.47	0.19
C2	0.02	0.00	0.06	0.11	0.00	0.04	0.01	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.13	0.02	0.20	0.01	0.46	0.48	0.31
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.02	0.04	0.02	0.05	0.04	0.05	0.07	0.06	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.07	0.05	0.12	0.32	0.13
C3'	0.02	0.11	0.00	0.00	0.11	0.00	0.13	0.02	0.14	0.12	0.13	0.11	0.10	0.14	0.09	0.01	0.00	0.02	0.06	0.16	0.11	0.19	0.08
C4	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.07	0.12	0.01	0.20	0.01	0.45	0.48	0.32
C4'	0.01	0.04	0.02	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.08	0.10	0.06	0.04	0.03	0.11	0.06	0.07	0.01	0.00	0.01	0.11	0.12	0.33	0.07
C5	0.01	0.01	0.04	0.13	0.00	0.08	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.16	0.02	0.26	0.01	0.59	0.50	0.39
C5'	0.03	0.09	0.02	0.02	0.12	0.00	0.17	0.00	0.18	0.19	0.14	0.07	0.07	0.21	0.11	0.07	0.02	0.01	0.01	0.21	0.24	0.22	0.02
C6	0.01	0.00	0.05	0.14	0.00	0.08	0.00	0.18	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.18	0.01	0.28	0.00	0.64	0.51	0.41
C8	0.01	0.00	0.04	0.12	0.00	0.10	0.00	0.19	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.13	0.02	0.26	0.02	0.52	0.48	0.36
N1	0.01	0.00	0.05	0.13	0.00	0.06	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.16	0.01	0.24	0.01	0.56	0.50	0.37
N2	0.02	0.00	0.07	0.11	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.13	0.03	0.18	0.01	0.42	0.48	0.29
N3	0.02	0.00	0.06	0.10	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.12	0.11	0.02	0.17	0.01	0.39	0.47	0.28
N7	0.01	0.01	0.04	0.14	0.00	0.11	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.17	0.02	0.29	0.02	0.65	0.50	0.42
N9	0.01	0.01	0.02	0.09	0.00	0.06	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.09	0.01	0.18	0.01	0.38	0.48	0.28
O2'	0.01	0.13	0.00	0.01	0.07	0.07	0.06	0.07	0.08	0.03	0.11	0.15	0.12	0.04	0.02	0.00	0.03	0.07	0.05	0.08	0.11	0.35	0.10
O3'	0.01	0.13	0.02	0.00	0.12	0.01	0.16	0.02	0.18	0.13	0.16	0.13	0.11	0.17	0.09	0.03	0.00	0.01	0.07	0.20	0.23	0.12	0.09
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.07	0.01	0.00	0.05	0.02	0.11	0.52	0.17
O5'	0.08	0.20	0.07	0.06	0.20	0.01	0.26	0.01	0.28	0.26	0.24	0.18	0.17	0.29	0.18	0.05	0.07	0.05	0.00	0.31	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.05	0.16	0.01	0.11	0.01	0.21	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.08	0.20	0.02	0.31	0.00	0.72	0.54	0.45
OP1	0.18	0.46	0.12	0.11	0.45	0.12	0.59	0.24	0.64	0.52	0.56	0.42	0.39	0.65	0.38	0.11	0.23	0.11	0.01	0.72	0.00	0.01	0.00
OP2	0.47	0.48	0.32	0.19	0.48	0.33	0.50	0.22	0.51	0.48	0.50	0.48	0.47	0.50	0.48	0.35	0.12	0.52	0.01	0.54	0.01	0.00	0.01
P	0.19	0.31	0.13	0.08	0.32	0.07	0.39	0.02	0.41	0.36	0.37	0.29	0.28	0.42	0.28	0.10	0.09	0.17	0.00	0.45	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.09	0.09	0.23	0.24	0.10	0.22	0.22	0.14	0.09	0.17	0.33	0.10	0.18	0.29	0.10	0.41	0.31	0.28	0.27
C2	0.08	0.08	0.10	0.21	0.27	0.09	0.24	0.20	0.16	0.09	0.19	0.36	0.11	0.16	0.25	0.08	0.42	0.31	0.27	0.27
C2'	0.11	0.11	0.11	0.23	0.25	0.09	0.22	0.17	0.15	0.11	0.19	0.34	0.10	0.15	0.29	0.13	0.41	0.32	0.28	0.29
C3'	0.15	0.17	0.14	0.23	0.30	0.13	0.29	0.17	0.22	0.17	0.24	0.39	0.14	0.17	0.29	0.17	0.42	0.32	0.25	0.29
C4	0.08	0.07	0.10	0.21	0.23	0.10	0.22	0.23	0.14	0.08	0.14	0.33	0.11	0.17	0.26	0.07	0.44	0.32	0.29	0.29
C4'	0.11	0.11	0.10	0.23	0.26	0.09	0.24	0.20	0.17	0.11	0.19	0.36	0.11	0.18	0.30	0.12	0.41	0.31	0.26	0.27
C5	0.08	0.06	0.11	0.20	0.20	0.12	0.21	0.25	0.13	0.06	0.09	0.30	0.14	0.17	0.24	0.06	0.46	0.34	0.33	0.33
C5'	0.14	0.16	0.11	0.22	0.30	0.13	0.30	0.22	0.22	0.16	0.23	0.40	0.14	0.17	0.28	0.15	0.42	0.30	0.24	0.27
C6	0.09	0.09	0.13	0.20	0.18	0.14	0.20	0.26	0.13	0.07	0.07	0.29	0.18	0.17	0.23	0.07	0.48	0.36	0.35	0.35
C8	0.08	0.06	0.10	0.21	0.20	0.12	0.21	0.25	0.13	0.07	0.10	0.29	0.12	0.17	0.26	0.07	0.46	0.34	0.33	0.32
N1	0.08	0.07	0.12	0.19	0.23	0.11	0.22	0.23	0.13	0.06	0.10	0.35	0.17	0.16	0.22	0.06	0.45	0.33	0.31	0.31
N2	0.09	0.14	0.11	0.21	0.31	0.09	0.26	0.18	0.18	0.12	0.27	0.37	0.10	0.16	0.25	0.10	0.38	0.29	0.24	0.24
N3	0.10	0.10	0.10	0.22	0.26	0.10	0.24	0.21	0.16	0.10	0.19	0.36	0.10	0.17	0.27	0.09	0.41	0.30	0.26	0.26
N7	0.08	0.07	0.11	0.21	0.18	0.13	0.20	0.26	0.13	0.07	0.08	0.27	0.14	0.17	0.25	0.07	0.48	0.35	0.36	0.34
N9	0.09	0.07	0.09	0.22	0.23	0.10	0.22	0.23	0.14	0.08	0.14	0.32	0.11	0.17	0.27	0.08	0.43	0.32	0.30	0.29
O2'	0.15	0.12	0.16	0.27	0.24	0.13	0.20	0.22	0.14	0.11	0.19	0.32	0.13	0.17	0.34	0.17	0.40	0.34	0.36	0.33
O3'	0.16	0.19	0.15	0.23	0.33	0.14	0.30	0.15	0.23	0.19	0.26	0.42	0.16	0.16	0.30	0.20	0.43	0.35	0.26	0.32
O4'	0.10	0.09	0.09	0.23	0.24	0.11	0.22	0.24	0.15	0.09	0.16	0.33	0.11	0.19	0.29	0.09	0.42	0.31	0.28	0.28
O5'	0.23	0.25	0.18	0.26	0.38	0.22	0.38	0.29	0.31	0.26	0.31	0.46	0.22	0.21	0.29	0.25	0.45	0.33	0.28	0.31
O6	0.12	0.15	0.15	0.21	0.15	0.17	0.19	0.29	0.14	0.11	0.13	0.23	0.22	0.18	0.23	0.11	0.50	0.39	0.40	0.39
OP1	0.50	0.52	0.47	0.51	0.57	0.50	0.57	0.52	0.54	0.52	0.54	0.61	0.50	0.46	0.51	0.51	0.74	0.68	0.66	0.65
OP2	0.49	0.48	0.50	0.52	0.49	0.49	0.50	0.50	0.48	0.48	0.47	0.52	0.50	0.52	0.55	0.49	0.67	0.58	0.52	0.55
P	0.34	0.34	0.30	0.32	0.39	0.31	0.39	0.35	0.36	0.34	0.35	0.44	0.35	0.33	0.34	0.35	0.58	0.46	0.40	0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.19	0.18	0.22	0.10
C2	0.01	0.00	0.09	0.14	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.14	0.03	0.43	0.35	0.30	0.31
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.02	0.01	0.08	0.02	0.10	0.01	0.06	0.02	0.18	0.00	0.02	0.01	0.27	0.33	0.12	0.17
C3'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.08	0.00	0.11	0.02	0.13	0.06	0.13	0.09	0.20	0.01	0.00	0.01	0.36	0.44	0.09	0.25
C4	0.01	0.00	0.02	0.08	0.00	0.07	0.00	0.17	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.10	0.02	0.61	0.51	0.48	0.49
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.07	0.00	0.07	0.00	0.06	0.04	0.07	0.07	0.06	0.05	0.02	0.00	0.01	0.16	0.34	0.04
C5	0.01	0.00	0.08	0.11	0.00	0.07	0.00	0.17	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.14	0.04	0.65	0.52	0.47	0.50
C5'	0.03	0.12	0.02	0.02	0.17	0.00	0.17	0.00	0.14	0.10	0.16	0.19	0.10	0.05	0.04	0.01	0.01	0.24	0.44	0.02
C6	0.01	0.01	0.10	0.13	0.00	0.06	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.15	0.04	0.57	0.43	0.32	0.39
N1	0.00	0.01	0.01	0.06	0.01	0.04	0.01	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.42	0.33	0.25	0.27
N3	0.01	0.00	0.06	0.13	0.00	0.07	0.00	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.14	0.02	0.53	0.43	0.40	0.41
N4	0.01	0.00	0.02	0.09	0.00	0.07	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.11	0.02	0.65	0.56	0.56	0.55
O2	0.02	0.00	0.18	0.20	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.12	0.23	0.05	0.34	0.29	0.26	0.24
O2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.04	0.05	0.06	0.05	0.06	0.02	0.05	0.05	0.12	0.00	0.06	0.05	0.05	0.17	0.20	0.04
O3'	0.02	0.14	0.02	0.00	0.10	0.02	0.14	0.04	0.15	0.05	0.14	0.11	0.23	0.06	0.00	0.02	0.26	0.47	0.10	0.24
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.05	0.05	0.02	0.00	0.04	0.06	0.35	0.11
O5'	0.19	0.43	0.27	0.36	0.61	0.01	0.65	0.01	0.57	0.42	0.53	0.65	0.34	0.05	0.26	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.18	0.35	0.33	0.44	0.51	0.16	0.52	0.24	0.43	0.33	0.43	0.56	0.29	0.17	0.47	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.22	0.30	0.12	0.09	0.48	0.34	0.47	0.44	0.32	0.25	0.40	0.56	0.26	0.20	0.10	0.35	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.31	0.17	0.25	0.49	0.04	0.50	0.02	0.39	0.27	0.41	0.55	0.24	0.04	0.24	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00