ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52686

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.018, 0.033, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.033 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.015, 0.034, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.022, 0.056, 0.091, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.056 std_dev=0.034
N1 B 0, 0.212, 0.419, 0.627, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.419 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.205, 0.441, 0.678, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.441 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.217, 0.455, 0.693, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.455 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.333, 0.628, 0.922, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.628 std_dev=0.295
C2 B 0, 0.249, 0.551, 0.853, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.551 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.331, 0.638, 0.944, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.638 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.125, 0.451, 0.777, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.451 std_dev=0.326
N4 B 0, 0.222, 0.582, 0.941, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.582 std_dev=0.360
O4' B 0, 0.336, 0.702, 1.069, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.702 std_dev=0.366
O4' A 0, -0.138, 0.262, 0.663, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.262 std_dev=0.400
C2' B 0, 0.465, 0.883, 1.301, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.883 std_dev=0.418
C2' A 0, -0.188, 0.280, 0.748, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.280 std_dev=0.468
O2' B 0, 0.595, 1.075, 1.556, 1.552 max_d=1.552 avg_d=1.075 std_dev=0.481
O2 B 0, 0.318, 0.799, 1.280, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.799 std_dev=0.481
C4' B 0, 0.345, 0.893, 1.442, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.893 std_dev=0.549
C3' B 0, 0.375, 0.936, 1.497, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.936 std_dev=0.561
C3' A 0, -0.159, 0.443, 1.046, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.443 std_dev=0.602
C4' A 0, -0.169, 0.462, 1.094, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.462 std_dev=0.632
O3' B 0, 0.484, 1.148, 1.813, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.148 std_dev=0.664
O5' B 0, 0.524, 1.203, 1.882, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.203 std_dev=0.679
O2' A 0, -0.225, 0.504, 1.233, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.504 std_dev=0.729
O3' A 0, -0.132, 0.600, 1.331, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.600 std_dev=0.732
C5' B 0, 0.154, 0.936, 1.717, 2.259 max_d=2.259 avg_d=0.936 std_dev=0.781
P B 0, 0.726, 1.575, 2.425, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.575 std_dev=0.850
C5' A 0, -0.127, 0.756, 1.639, 2.810 max_d=2.810 avg_d=0.756 std_dev=0.883
OP2 B 0, 0.772, 1.719, 2.667, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.719 std_dev=0.947
OP1 B 0, 1.042, 2.203, 3.363, 3.455 max_d=3.455 avg_d=2.203 std_dev=1.160
O5' A 0, -0.378, 1.079, 2.536, 4.535 max_d=4.535 avg_d=1.079 std_dev=1.457
P A 0, -0.428, 1.783, 3.994, 6.997 max_d=6.997 avg_d=1.783 std_dev=2.211
OP1 A 0, -0.365, 2.007, 4.380, 7.539 max_d=7.539 avg_d=2.007 std_dev=2.372
OP2 A 0, -0.497, 2.243, 4.984, 8.782 max_d=8.782 avg_d=2.243 std_dev=2.740

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.20 0.01 0.32 0.03 0.23 0.24 0.14
C2 0.05 0.00 0.30 0.31 0.02 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.11 0.12 0.61 0.02 0.42 0.34 0.45
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.14 0.01 0.06 0.13 0.11 0.17 0.22 0.38 0.30 0.11 0.02 0.00 0.03 0.02 0.13 0.08 0.14 0.31 0.11
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.27 0.01 0.31 0.02 0.35 0.21 0.35 0.32 0.27 0.28 0.20 0.02 0.02 0.03 0.21 0.36 0.25 0.34 0.22
C4 0.02 0.02 0.14 0.27 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.07 0.67 0.01 0.50 0.40 0.56
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.18 0.10 0.05 0.04 0.19 0.10 0.24 0.04 0.01 0.02 0.17 0.08 0.61 0.21
C5 0.02 0.01 0.06 0.31 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.27 0.15 0.03 0.86 0.01 0.72 0.82 0.86
C5' 0.05 0.15 0.13 0.02 0.17 0.01 0.26 0.00 0.27 0.27 0.21 0.12 0.11 0.32 0.16 0.10 0.15 0.01 0.01 0.32 0.18 0.34 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.19 0.05 0.88 0.01 0.75 0.87 0.89
C8 0.02 0.02 0.17 0.21 0.01 0.18 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.35 0.11 0.09 0.91 0.02 0.78 0.87 0.94
N1 0.04 0.00 0.22 0.35 0.02 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.10 0.76 0.02 0.59 0.59 0.68
N2 0.07 0.00 0.38 0.32 0.03 0.05 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.22 0.12 0.14 0.53 0.03 0.33 0.31 0.33
N3 0.04 0.01 0.30 0.27 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.13 0.09 0.12 0.53 0.01 0.34 0.25 0.34
N7 0.02 0.01 0.11 0.28 0.01 0.19 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.18 0.05 0.99 0.02 0.90 1.14 1.10
N9 0.01 0.03 0.02 0.20 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.18 0.04 0.01 0.65 0.02 0.49 0.34 0.54
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.15 0.24 0.27 0.10 0.25 0.35 0.16 0.22 0.13 0.37 0.18 0.00 0.09 0.19 0.16 0.31 0.28 0.28 0.05
O3' 0.20 0.11 0.03 0.02 0.09 0.04 0.15 0.15 0.19 0.11 0.15 0.12 0.09 0.18 0.04 0.09 0.00 0.13 0.28 0.23 0.36 0.53 0.34
O4' 0.01 0.12 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.10 0.14 0.12 0.05 0.01 0.19 0.13 0.00 0.32 0.04 0.24 0.41 0.11
O5' 0.32 0.61 0.13 0.21 0.67 0.02 0.86 0.01 0.88 0.91 0.76 0.53 0.53 0.99 0.65 0.16 0.28 0.32 0.00 0.97 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.36 0.01 0.17 0.01 0.32 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.31 0.23 0.04 0.97 0.00 0.88 1.12 1.06
OP1 0.23 0.42 0.14 0.25 0.50 0.08 0.72 0.18 0.75 0.78 0.59 0.33 0.34 0.90 0.49 0.28 0.36 0.24 0.02 0.88 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.34 0.31 0.34 0.40 0.61 0.82 0.34 0.87 0.87 0.59 0.31 0.25 1.14 0.34 0.28 0.53 0.41 0.01 1.12 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.45 0.11 0.22 0.56 0.21 0.86 0.03 0.89 0.94 0.68 0.33 0.34 1.10 0.54 0.05 0.34 0.11 0.01 1.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.17 0.19 0.26 0.29 0.18 0.31 0.25 0.26 0.19 0.20 0.36 0.17 0.23 0.29 0.20 0.34 0.54 0.73 0.31
C2 0.15 0.11 0.13 0.19 0.27 0.13 0.29 0.22 0.22 0.14 0.16 0.34 0.19 0.20 0.21 0.15 0.32 0.54 0.67 0.28
C2' 0.42 0.43 0.49 0.55 0.46 0.45 0.47 0.49 0.45 0.44 0.44 0.48 0.42 0.47 0.59 0.41 0.53 0.78 0.69 0.44
C3' 0.35 0.41 0.37 0.44 0.54 0.36 0.54 0.44 0.48 0.41 0.48 0.61 0.35 0.31 0.44 0.35 0.56 0.90 0.69 0.51
C4 0.17 0.12 0.15 0.22 0.26 0.15 0.29 0.24 0.23 0.15 0.15 0.34 0.17 0.20 0.25 0.17 0.35 0.55 0.78 0.33
C4' 0.16 0.14 0.13 0.18 0.28 0.13 0.29 0.20 0.22 0.15 0.19 0.37 0.15 0.25 0.18 0.17 0.35 0.65 0.70 0.33
C5 0.16 0.11 0.14 0.22 0.23 0.15 0.27 0.26 0.21 0.13 0.12 0.31 0.18 0.20 0.26 0.16 0.38 0.55 0.87 0.38
C5' 0.12 0.12 0.11 0.19 0.29 0.11 0.30 0.24 0.22 0.13 0.19 0.38 0.15 0.21 0.20 0.12 0.44 0.77 0.72 0.43
C6 0.15 0.11 0.14 0.21 0.21 0.15 0.26 0.27 0.20 0.12 0.10 0.30 0.20 0.19 0.25 0.15 0.39 0.54 0.89 0.39
C8 0.16 0.11 0.15 0.23 0.22 0.15 0.26 0.26 0.21 0.14 0.13 0.30 0.17 0.20 0.27 0.16 0.38 0.55 0.86 0.37
N1 0.15 0.11 0.13 0.20 0.25 0.14 0.28 0.25 0.21 0.12 0.11 0.34 0.21 0.19 0.22 0.14 0.36 0.54 0.79 0.34
N2 0.16 0.12 0.12 0.18 0.27 0.12 0.28 0.19 0.22 0.15 0.18 0.32 0.20 0.20 0.18 0.15 0.26 0.54 0.55 0.22
N3 0.16 0.12 0.14 0.21 0.27 0.14 0.29 0.22 0.23 0.15 0.17 0.35 0.17 0.21 0.23 0.16 0.32 0.55 0.67 0.28
N7 0.15 0.11 0.14 0.23 0.20 0.15 0.25 0.27 0.19 0.12 0.10 0.27 0.18 0.20 0.27 0.15 0.39 0.55 0.91 0.39
N9 0.17 0.13 0.16 0.23 0.26 0.15 0.29 0.25 0.23 0.16 0.16 0.33 0.17 0.21 0.27 0.17 0.36 0.55 0.79 0.34
O2' 0.35 0.32 0.41 0.42 0.34 0.34 0.34 0.32 0.33 0.32 0.32 0.37 0.33 0.46 0.50 0.34 0.33 0.48 0.67 0.25
O3' 0.15 0.18 0.12 0.15 0.34 0.13 0.32 0.15 0.24 0.17 0.27 0.45 0.17 0.23 0.16 0.17 0.37 0.85 0.54 0.36
O4' 0.25 0.17 0.20 0.18 0.23 0.18 0.26 0.19 0.22 0.18 0.16 0.30 0.24 0.33 0.19 0.24 0.31 0.47 0.79 0.32
O5' 0.56 0.66 0.51 0.65 0.94 0.60 0.95 0.76 0.83 0.69 0.79 1.07 0.52 0.34 0.60 0.60 0.90 1.13 1.14 0.91
O6 0.15 0.12 0.15 0.21 0.16 0.15 0.23 0.28 0.18 0.11 0.10 0.24 0.20 0.19 0.26 0.15 0.41 0.53 0.98 0.43
OP1 0.39 0.48 0.28 0.39 0.79 0.38 0.80 0.54 0.66 0.51 0.62 0.95 0.33 0.23 0.35 0.44 0.77 0.99 1.16 0.83
OP2 0.40 0.42 0.43 0.46 0.83 0.40 0.84 0.49 0.64 0.46 0.59 1.07 0.35 0.57 0.53 0.41 0.81 0.99 1.31 0.90
P 0.38 0.50 0.30 0.44 0.88 0.40 0.89 0.59 0.72 0.53 0.68 1.07 0.32 0.23 0.41 0.44 0.82 1.05 1.20 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.09 0.02 0.04 0.00 0.16 0.70 0.08 0.25
C2 0.05 0.00 0.07 0.16 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.18 0.05 0.34 0.67 0.45 0.32
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.13 0.05 0.05 0.08 0.16 0.00 0.01 0.01 0.21 0.44 0.11 0.18
C3' 0.04 0.16 0.01 0.00 0.14 0.01 0.19 0.04 0.21 0.10 0.16 0.15 0.23 0.02 0.02 0.03 0.32 0.23 0.14 0.23
C4 0.04 0.01 0.08 0.14 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.18 0.04 0.44 0.65 0.78 0.43
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.05 0.08 0.09 0.09 0.08 0.05 0.01 0.04 0.30 0.27 0.10
C5 0.03 0.01 0.13 0.19 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.24 0.05 0.44 0.63 0.78 0.43
C5' 0.03 0.12 0.02 0.04 0.17 0.01 0.17 0.00 0.14 0.10 0.16 0.19 0.12 0.09 0.13 0.01 0.02 0.18 0.36 0.03
C6 0.02 0.01 0.13 0.21 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.24 0.04 0.39 0.65 0.56 0.36
N1 0.02 0.01 0.05 0.10 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.11 0.03 0.31 0.67 0.37 0.30
N3 0.04 0.01 0.05 0.16 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.19 0.05 0.40 0.67 0.63 0.38
N4 0.04 0.01 0.08 0.15 0.00 0.09 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.19 0.05 0.47 0.64 0.91 0.48
O2 0.09 0.00 0.16 0.23 0.02 0.09 0.01 0.12 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.27 0.10 0.29 0.67 0.35 0.29
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.05 0.07 0.09 0.04 0.00 0.03 0.06 0.11 0.53 0.16 0.17
O3' 0.04 0.18 0.01 0.02 0.18 0.05 0.24 0.13 0.24 0.11 0.19 0.19 0.27 0.03 0.00 0.04 0.36 0.29 0.15 0.27
O4' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.10 0.06 0.04 0.00 0.12 0.70 0.17 0.27
O5' 0.16 0.34 0.21 0.32 0.44 0.04 0.44 0.02 0.39 0.31 0.40 0.47 0.29 0.11 0.36 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.70 0.67 0.44 0.23 0.65 0.30 0.63 0.18 0.65 0.67 0.67 0.64 0.67 0.53 0.29 0.70 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.45 0.11 0.14 0.78 0.27 0.78 0.36 0.56 0.37 0.63 0.91 0.35 0.16 0.15 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.32 0.18 0.23 0.43 0.10 0.43 0.03 0.36 0.30 0.38 0.48 0.29 0.17 0.27 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00