ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52687

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.024, 0.045, 0.067, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.045 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.031, 0.058, 0.085, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.058 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.014, 0.042, 0.070, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.042 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.023, 0.051, 0.080, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.067, 0.182, 0.297, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.182 std_dev=0.115
O4' A 0, 0.033, 0.150, 0.267, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.150 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.085, 0.231, 0.377, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.231 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.158, 0.316, 0.474, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.316 std_dev=0.158
C4' A 0, 0.111, 0.280, 0.450, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.280 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.174, 0.359, 0.544, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.359 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.128, 0.314, 0.499, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.314 std_dev=0.186
C6 B 0, 0.179, 0.369, 0.560, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.369 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.220, 0.418, 0.616, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.418 std_dev=0.198
N1 B 0, 0.211, 0.413, 0.614, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.413 std_dev=0.201
C5 B 0, 0.218, 0.422, 0.626, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.422 std_dev=0.204
N4 B 0, 0.216, 0.508, 0.801, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.508 std_dev=0.293
O3' A 0, 0.236, 0.535, 0.834, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.535 std_dev=0.299
C1' B 0, 0.315, 0.638, 0.962, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.638 std_dev=0.323
O4' B 0, 0.263, 0.610, 0.957, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.610 std_dev=0.347
O2 B 0, 0.215, 0.585, 0.955, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.585 std_dev=0.370
C5' A 0, 0.119, 0.524, 0.929, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.524 std_dev=0.405
C3' B 0, 0.270, 0.676, 1.081, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.676 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.208, 0.616, 1.025, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.616 std_dev=0.409
C2' B 0, 0.347, 0.824, 1.301, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.824 std_dev=0.477
C5' B 0, -0.046, 0.575, 1.196, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.575 std_dev=0.621
O3' B 0, 0.296, 0.931, 1.566, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.931 std_dev=0.635
O5' B 0, 0.193, 0.880, 1.568, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.880 std_dev=0.688
O5' A 0, 0.285, 0.994, 1.702, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.994 std_dev=0.708
P A 0, 0.314, 1.155, 1.995, 2.460 max_d=2.460 avg_d=1.155 std_dev=0.841
O2' B 0, 0.432, 1.358, 2.284, 2.882 max_d=2.882 avg_d=1.358 std_dev=0.926
OP2 A 0, 0.597, 1.574, 2.552, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.574 std_dev=0.978
OP1 A 0, 0.604, 1.646, 2.688, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.646 std_dev=1.042
P B 0, 0.020, 1.201, 2.381, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.201 std_dev=1.180
OP2 B 0, -0.093, 1.355, 2.804, 4.520 max_d=4.520 avg_d=1.355 std_dev=1.449
OP1 B 0, -0.057, 1.478, 3.012, 4.472 max_d=4.472 avg_d=1.478 std_dev=1.534

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.28 0.02 0.47 0.74 0.41
C2 0.01 0.00 0.11 0.19 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.01 0.56 0.01 0.86 0.85 0.64
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.09 0.13 0.11 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.24 0.05 0.38 0.45 0.22
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.13 0.01 0.12 0.03 0.15 0.06 0.18 0.21 0.17 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.34 0.14 0.40 0.28 0.24
C4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.57 0.01 0.86 0.87 0.66
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.07 0.11 0.10 0.08 0.09 0.06 0.06 0.04 0.00 0.01 0.11 0.16 0.49 0.11
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.03 0.67 0.02 1.05 0.96 0.79
C5' 0.04 0.21 0.03 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.26 0.19 0.24 0.20 0.17 0.24 0.15 0.07 0.05 0.01 0.01 0.28 0.31 0.40 0.02
C6 0.01 0.00 0.06 0.15 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.03 0.70 0.01 1.12 0.99 0.83
C8 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.62 0.02 0.98 0.95 0.76
N1 0.01 0.00 0.09 0.18 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.20 0.01 0.65 0.01 1.02 0.94 0.76
N2 0.02 0.01 0.13 0.21 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.25 0.01 0.52 0.01 0.80 0.82 0.60
N3 0.01 0.01 0.11 0.17 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.50 0.01 0.75 0.81 0.57
N7 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04 0.70 0.02 1.14 1.00 0.85
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.51 0.02 0.77 0.85 0.61
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.07 0.04 0.03 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.12 0.04 0.25 0.47 0.14
O3' 0.03 0.21 0.03 0.02 0.13 0.04 0.13 0.05 0.16 0.08 0.20 0.25 0.18 0.10 0.07 0.05 0.00 0.04 0.46 0.16 0.59 0.39 0.44
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.29 0.03 0.43 0.80 0.44
O5' 0.28 0.56 0.24 0.34 0.57 0.01 0.67 0.01 0.70 0.62 0.65 0.52 0.50 0.70 0.51 0.12 0.46 0.29 0.00 0.74 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.11 0.02 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.16 0.03 0.74 0.00 1.22 1.03 0.89
OP1 0.47 0.86 0.38 0.40 0.86 0.16 1.05 0.31 1.12 0.98 1.02 0.80 0.75 1.14 0.77 0.25 0.59 0.43 0.02 1.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.74 0.85 0.45 0.28 0.87 0.49 0.96 0.40 0.99 0.95 0.94 0.82 0.81 1.00 0.85 0.47 0.39 0.80 0.02 1.03 0.01 0.00 0.00
P 0.41 0.64 0.22 0.24 0.66 0.11 0.79 0.02 0.83 0.76 0.76 0.60 0.57 0.85 0.61 0.14 0.44 0.44 0.01 0.89 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.24 0.25 0.24 0.25 0.24 0.24 0.23 0.22 0.23 0.26 0.26 0.24 0.31 0.35 0.27 0.37 0.27 0.90 0.46
C2 0.23 0.25 0.24 0.23 0.25 0.25 0.25 0.24 0.24 0.24 0.26 0.24 0.22 0.31 0.36 0.28 0.34 0.23 0.82 0.42
C2' 0.16 0.17 0.25 0.18 0.19 0.19 0.18 0.17 0.16 0.16 0.19 0.20 0.16 0.19 0.34 0.23 0.34 0.21 0.85 0.40
C3' 0.17 0.16 0.25 0.18 0.18 0.17 0.18 0.15 0.16 0.16 0.17 0.20 0.17 0.20 0.30 0.22 0.40 0.24 0.97 0.48
C4 0.23 0.24 0.23 0.23 0.26 0.23 0.25 0.22 0.23 0.23 0.26 0.26 0.23 0.36 0.31 0.27 0.39 0.30 0.95 0.51
C4' 0.19 0.19 0.25 0.22 0.20 0.20 0.19 0.18 0.18 0.18 0.20 0.20 0.18 0.28 0.35 0.24 0.39 0.27 0.96 0.49
C5 0.22 0.23 0.21 0.24 0.26 0.20 0.25 0.21 0.23 0.23 0.25 0.27 0.21 0.41 0.23 0.24 0.43 0.39 1.06 0.59
C5' 0.21 0.21 0.24 0.21 0.23 0.19 0.23 0.17 0.22 0.21 0.22 0.25 0.20 0.31 0.29 0.24 0.48 0.38 1.12 0.62
C6 0.21 0.22 0.21 0.25 0.26 0.20 0.25 0.21 0.24 0.22 0.24 0.27 0.19 0.43 0.21 0.23 0.43 0.41 1.07 0.61
C8 0.22 0.23 0.22 0.25 0.25 0.21 0.24 0.21 0.23 0.23 0.25 0.27 0.23 0.41 0.25 0.25 0.44 0.41 1.08 0.61
N1 0.22 0.23 0.21 0.22 0.26 0.21 0.26 0.21 0.24 0.23 0.26 0.25 0.20 0.37 0.26 0.25 0.38 0.29 0.94 0.51
N2 0.24 0.26 0.26 0.26 0.24 0.29 0.24 0.28 0.24 0.25 0.25 0.21 0.25 0.26 0.46 0.31 0.31 0.24 0.69 0.35
N3 0.23 0.25 0.25 0.24 0.25 0.25 0.24 0.24 0.24 0.24 0.26 0.25 0.24 0.30 0.38 0.28 0.35 0.24 0.83 0.42
N7 0.22 0.23 0.22 0.26 0.25 0.20 0.24 0.22 0.23 0.22 0.24 0.27 0.22 0.44 0.22 0.24 0.46 0.47 1.14 0.66
N9 0.23 0.24 0.23 0.23 0.26 0.22 0.25 0.22 0.23 0.23 0.26 0.27 0.23 0.36 0.30 0.27 0.40 0.31 0.98 0.52
O2' 0.16 0.19 0.29 0.22 0.21 0.22 0.19 0.21 0.17 0.17 0.21 0.23 0.18 0.17 0.41 0.23 0.25 0.26 0.69 0.27
O3' 0.16 0.16 0.27 0.16 0.18 0.17 0.18 0.15 0.16 0.15 0.16 0.20 0.17 0.16 0.32 0.22 0.38 0.19 0.91 0.43
O4' 0.24 0.25 0.25 0.26 0.26 0.25 0.25 0.24 0.24 0.24 0.27 0.27 0.24 0.36 0.36 0.28 0.39 0.30 0.95 0.50
O5' 0.40 0.43 0.52 0.51 0.49 0.38 0.49 0.45 0.47 0.44 0.45 0.52 0.40 0.22 0.23 0.39 0.66 0.65 1.18 0.74
O6 0.20 0.19 0.20 0.28 0.24 0.19 0.24 0.23 0.22 0.21 0.21 0.26 0.18 0.46 0.18 0.20 0.48 0.52 1.16 0.70
OP1 0.78 0.84 0.88 0.91 1.01 0.79 1.02 0.91 0.95 0.86 0.91 1.10 0.75 0.55 0.63 0.77 0.85 0.96 0.96 0.79
OP2 0.79 0.80 0.99 1.05 0.83 0.83 0.83 0.91 0.83 0.81 0.81 0.85 0.80 0.71 0.81 0.71 1.03 1.13 1.42 1.08
P 0.52 0.56 0.71 0.73 0.64 0.53 0.64 0.64 0.61 0.57 0.59 0.69 0.53 0.36 0.42 0.46 0.77 0.86 1.20 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.20 0.00 0.12 0.27 0.32 0.12
C2 0.01 0.00 0.14 0.18 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.12 0.07 0.29 0.14 0.69 0.33
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.15 0.13 0.18 0.02 0.09 0.05 0.26 0.01 0.02 0.02 0.39 0.24 0.52 0.34
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.28 0.00 0.31 0.02 0.29 0.18 0.24 0.30 0.16 0.02 0.01 0.02 0.30 0.12 0.26 0.19
C4 0.02 0.00 0.05 0.28 0.00 0.14 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.13 0.03 0.47 0.46 1.05 0.64
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.20 0.08 0.07 0.15 0.09 0.23 0.02 0.00 0.02 0.35 0.11 0.13
C5 0.01 0.01 0.15 0.31 0.00 0.21 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.40 0.25 0.09 0.50 0.53 1.05 0.69
C5' 0.04 0.05 0.13 0.02 0.20 0.01 0.27 0.00 0.23 0.09 0.12 0.22 0.08 0.09 0.13 0.01 0.02 0.07 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.29 0.01 0.20 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.34 0.22 0.12 0.41 0.34 0.79 0.50
N1 0.00 0.00 0.02 0.18 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.05 0.01 0.27 0.12 0.60 0.30
N3 0.01 0.00 0.09 0.24 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.04 0.04 0.38 0.29 0.90 0.49
N4 0.02 0.01 0.05 0.30 0.00 0.15 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.39 0.16 0.03 0.51 0.58 1.19 0.74
O2 0.03 0.00 0.26 0.16 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.18 0.31 0.15 0.21 0.17 0.56 0.21
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.35 0.23 0.40 0.09 0.34 0.17 0.24 0.39 0.18 0.00 0.03 0.17 0.21 0.52 0.41 0.27
O3' 0.20 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.25 0.13 0.22 0.05 0.04 0.16 0.31 0.03 0.00 0.11 0.25 0.44 0.26 0.24
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.04 0.03 0.15 0.17 0.11 0.00 0.06 0.37 0.10 0.14
O5' 0.12 0.29 0.39 0.30 0.47 0.02 0.50 0.02 0.41 0.27 0.38 0.51 0.21 0.21 0.25 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.14 0.24 0.12 0.46 0.35 0.53 0.07 0.34 0.12 0.29 0.58 0.17 0.52 0.44 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.69 0.52 0.26 1.05 0.11 1.05 0.18 0.79 0.60 0.90 1.19 0.56 0.41 0.26 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.33 0.34 0.19 0.64 0.13 0.69 0.02 0.50 0.30 0.49 0.74 0.21 0.27 0.24 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00