Doublet Group distance statistics: 52689

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2	A	0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O6	A	0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.004, 0.022, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N2	A	0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N7	A	0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.017, 0.045, 0.072, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.027
C6	B	0, 0.192, 0.377, 0.562, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.377 std_dev=0.185
C4	B	0, 0.176, 0.373, 0.571, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.373 std_dev=0.197
N1	B	0, 0.163, 0.363, 0.564, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.363 std_dev=0.201
C5	B	0, 0.215, 0.427, 0.639, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.427 std_dev=0.212
C1'	B	0, 0.260, 0.477, 0.695, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.477 std_dev=0.218
O4'	A	0, -0.005, 0.217, 0.440, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.217 std_dev=0.222
N4	B	0, 0.247, 0.485, 0.724, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.485 std_dev=0.239
N3	B	0, 0.159, 0.405, 0.650, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.405 std_dev=0.245
C2'	A	0, 0.001, 0.255, 0.508, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.255 std_dev=0.254
O4'	B	0, 0.227, 0.491, 0.755, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.491 std_dev=0.264
C2	B	0, 0.147, 0.432, 0.717, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.432 std_dev=0.285
O2'	A	0, 0.083, 0.410, 0.738, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.410 std_dev=0.327
C2'	B	0, 0.319, 0.650, 0.980, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.650 std_dev=0.330
C4'	A	0, -0.022, 0.315, 0.652, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.315 std_dev=0.337
C3'	A	0, 0.059, 0.429, 0.799, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.429 std_dev=0.370
C4'	B	0, 0.274, 0.646, 1.018, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.646 std_dev=0.372
O5'	B	0, 0.418, 0.796, 1.174, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.796 std_dev=0.378
C3'	B	0, 0.371, 0.758, 1.146, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.758 std_dev=0.387
O2'	B	0, 0.292, 0.690, 1.088, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.690 std_dev=0.398
O2	B	0, 0.253, 0.656, 1.060, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.656 std_dev=0.404
P	B	0, 0.508, 0.955, 1.402, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.955 std_dev=0.447
OP2	B	0, 0.513, 0.986, 1.459, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.986 std_dev=0.473
O3'	B	0, 0.458, 0.949, 1.440, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.949 std_dev=0.491
C5'	B	0, 0.369, 0.863, 1.357, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.863 std_dev=0.494
OP1	B	0, 0.593, 1.136, 1.678, 1.534 max_d=1.534 avg_d=1.136 std_dev=0.542
O3'	A	0, 0.117, 0.661, 1.204, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.661 std_dev=0.544
C5'	A	0, 0.000, 0.617, 1.233, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.617 std_dev=0.617
O5'	A	0, 0.188, 0.829, 1.469, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.829 std_dev=0.640
OP2	A	0, 0.182, 1.127, 2.073, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.127 std_dev=0.946
P	A	0, 0.143, 1.282, 2.420, 3.110 max_d=3.110 avg_d=1.282 std_dev=1.138
OP1	A	0, 0.067, 1.708, 3.349, 4.548 max_d=4.548 avg_d=1.708 std_dev=1.641

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.01	0.04	0.03	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.04	0.05	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.26	0.15	0.04
C2	0.05	0.00	0.16	0.19	0.01	0.06	0.01	0.12	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.02	0.16	0.22	0.08	0.22	0.01	0.98	0.25	0.32
C2'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.07	0.02	0.04	0.01	0.05	0.13	0.10	0.21	0.17	0.11	0.03	0.00	0.02	0.02	0.07	0.05	0.28	0.13	0.15
C3'	0.04	0.19	0.00	0.00	0.11	0.00	0.11	0.01	0.11	0.20	0.15	0.23	0.18	0.17	0.09	0.02	0.01	0.02	0.06	0.12	0.16	0.12	0.17
C4	0.03	0.01	0.07	0.11	0.00	0.04	0.00	0.11	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.13	0.04	0.18	0.00	0.78	0.28	0.21
C4'	0.01	0.06	0.02	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.06	0.05	0.05	0.06	0.05	0.05	0.03	0.08	0.02	0.00	0.01	0.07	0.14	0.10	0.03
C5	0.02	0.01	0.04	0.11	0.00	0.05	0.00	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.16	0.02	0.20	0.01	0.92	0.35	0.24
C5'	0.02	0.12	0.01	0.01	0.11	0.01	0.14	0.00	0.17	0.11	0.15	0.11	0.10	0.14	0.08	0.07	0.03	0.01	0.01	0.19	0.32	0.25	0.02
C6	0.02	0.01	0.05	0.11	0.00	0.06	0.00	0.17	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.16	0.03	0.24	0.00	1.09	0.35	0.32
C8	0.01	0.02	0.13	0.20	0.01	0.05	0.01	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.09	0.24	0.05	0.11	0.02	0.52	0.38	0.07
N1	0.04	0.00	0.10	0.15	0.02	0.05	0.01	0.15	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.13	0.18	0.06	0.24	0.01	1.10	0.30	0.35
N2	0.05	0.00	0.21	0.23	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.20	0.30	0.10	0.23	0.02	0.99	0.23	0.35
N3	0.05	0.00	0.17	0.18	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.16	0.21	0.08	0.18	0.01	0.81	0.23	0.26
N7	0.01	0.02	0.11	0.17	0.01	0.05	0.00	0.14	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.09	0.24	0.03	0.16	0.02	0.79	0.43	0.16
N9	0.01	0.02	0.03	0.09	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.04	0.11	0.01	0.11	0.01	0.53	0.27	0.09
O2'	0.01	0.16	0.00	0.02	0.08	0.08	0.07	0.07	0.08	0.09	0.13	0.20	0.16	0.09	0.04	0.00	0.09	0.07	0.02	0.08	0.15	0.09	0.10
O3'	0.01	0.22	0.02	0.01	0.13	0.02	0.16	0.03	0.16	0.24	0.18	0.30	0.21	0.24	0.11	0.09	0.00	0.02	0.05	0.19	0.16	0.19	0.18
O4'	0.00	0.08	0.02	0.02	0.04	0.00	0.02	0.01	0.03	0.05	0.06	0.10	0.08	0.03	0.01	0.07	0.02	0.00	0.08	0.01	0.08	0.11	0.13
O5'	0.03	0.22	0.07	0.06	0.18	0.01	0.20	0.01	0.24	0.11	0.24	0.23	0.18	0.16	0.11	0.02	0.05	0.08	0.00	0.26	0.01	0.02	0.01
O6	0.02	0.01	0.05	0.12	0.00	0.07	0.01	0.19	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.08	0.19	0.01	0.26	0.00	1.17	0.38	0.34
OP1	0.26	0.98	0.28	0.16	0.78	0.14	0.92	0.32	1.09	0.52	1.10	0.99	0.81	0.79	0.53	0.15	0.16	0.08	0.01	1.17	0.00	0.01	0.00
OP2	0.15	0.25	0.13	0.12	0.28	0.10	0.35	0.25	0.35	0.38	0.30	0.23	0.23	0.43	0.27	0.09	0.19	0.11	0.02	0.38	0.01	0.00	0.00
P	0.04	0.32	0.15	0.17	0.21	0.03	0.24	0.02	0.32	0.07	0.35	0.35	0.26	0.16	0.09	0.10	0.18	0.13	0.01	0.34	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.11	0.14	0.14	0.18	0.10	0.17	0.12	0.13	0.10	0.14	0.25	0.13	0.17	0.22	0.11	0.20	0.24	0.46	0.30
C2	0.12	0.13	0.13	0.13	0.17	0.12	0.16	0.14	0.13	0.12	0.15	0.21	0.15	0.14	0.17	0.11	0.21	0.24	0.42	0.29
C2'	0.30	0.26	0.31	0.30	0.23	0.30	0.23	0.29	0.24	0.26	0.23	0.26	0.30	0.34	0.34	0.30	0.30	0.32	0.48	0.35
C3'	0.37	0.32	0.35	0.34	0.29	0.36	0.29	0.34	0.31	0.33	0.29	0.31	0.38	0.40	0.36	0.38	0.33	0.34	0.47	0.37
C4	0.13	0.13	0.13	0.12	0.21	0.12	0.20	0.15	0.16	0.13	0.16	0.26	0.14	0.15	0.16	0.13	0.24	0.29	0.49	0.34
C4'	0.21	0.20	0.18	0.17	0.24	0.18	0.23	0.18	0.20	0.20	0.22	0.30	0.23	0.22	0.23	0.22	0.25	0.28	0.49	0.34
C5	0.16	0.16	0.12	0.13	0.24	0.15	0.24	0.21	0.20	0.17	0.18	0.29	0.15	0.14	0.13	0.16	0.28	0.35	0.54	0.40
C5'	0.30	0.30	0.24	0.23	0.35	0.26	0.34	0.27	0.31	0.30	0.32	0.40	0.31	0.27	0.27	0.31	0.34	0.37	0.56	0.42
C6	0.17	0.16	0.13	0.14	0.24	0.17	0.24	0.23	0.22	0.18	0.18	0.28	0.15	0.13	0.12	0.17	0.30	0.37	0.55	0.42
C8	0.15	0.15	0.12	0.12	0.24	0.14	0.24	0.19	0.20	0.16	0.18	0.30	0.15	0.15	0.14	0.16	0.28	0.35	0.55	0.40
N1	0.15	0.15	0.12	0.12	0.20	0.15	0.20	0.19	0.18	0.16	0.17	0.23	0.14	0.12	0.12	0.15	0.26	0.31	0.48	0.35
N2	0.11	0.13	0.15	0.16	0.13	0.12	0.12	0.13	0.10	0.11	0.14	0.16	0.19	0.15	0.21	0.11	0.20	0.22	0.38	0.25
N3	0.11	0.12	0.14	0.14	0.18	0.11	0.16	0.13	0.13	0.11	0.15	0.23	0.15	0.16	0.21	0.11	0.21	0.24	0.43	0.28
N7	0.17	0.17	0.13	0.13	0.25	0.17	0.26	0.23	0.23	0.18	0.19	0.31	0.15	0.14	0.12	0.18	0.31	0.39	0.58	0.44
N9	0.13	0.13	0.13	0.12	0.21	0.12	0.20	0.15	0.16	0.13	0.17	0.27	0.14	0.16	0.18	0.13	0.24	0.29	0.50	0.35
O2'	0.29	0.23	0.31	0.31	0.21	0.30	0.21	0.29	0.22	0.24	0.20	0.24	0.25	0.34	0.37	0.30	0.32	0.34	0.50	0.37
O3'	0.46	0.37	0.46	0.44	0.31	0.46	0.32	0.43	0.36	0.39	0.31	0.32	0.44	0.52	0.47	0.47	0.38	0.38	0.46	0.38
O4'	0.10	0.10	0.15	0.16	0.20	0.10	0.20	0.12	0.14	0.10	0.15	0.27	0.10	0.19	0.25	0.10	0.22	0.26	0.49	0.33
O5'	0.43	0.42	0.36	0.33	0.43	0.39	0.44	0.40	0.42	0.42	0.42	0.46	0.44	0.39	0.34	0.45	0.44	0.46	0.62	0.51
O6	0.20	0.18	0.15	0.17	0.26	0.22	0.28	0.29	0.25	0.21	0.19	0.30	0.16	0.15	0.14	0.21	0.35	0.45	0.60	0.49
OP1	1.41	1.38	1.26	1.24	1.40	1.39	1.44	1.42	1.44	1.42	1.38	1.38	1.34	1.25	1.17	1.48	1.44	1.44	1.52	1.48
OP2	0.18	0.15	0.26	0.25	0.22	0.18	0.23	0.19	0.16	0.14	0.16	0.32	0.22	0.30	0.32	0.16	0.28	0.37	0.53	0.39
P	0.63	0.59	0.53	0.49	0.55	0.59	0.57	0.59	0.59	0.60	0.56	0.54	0.61	0.57	0.46	0.66	0.61	0.62	0.74	0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.00	0.06	0.06	0.13	0.08
C2	0.02	0.00	0.02	0.06	0.01	0.02	0.01	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.06	0.03	0.12	0.15	0.30	0.20
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.05	0.01	0.07	0.02	0.06	0.02	0.02	0.06	0.06	0.00	0.03	0.01	0.11	0.07	0.21	0.12
C3'	0.03	0.06	0.00	0.00	0.06	0.00	0.08	0.02	0.07	0.04	0.06	0.07	0.08	0.02	0.01	0.04	0.16	0.12	0.22	0.16
C4	0.02	0.01	0.05	0.06	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.07	0.04	0.16	0.25	0.40	0.29
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.04	0.06	0.01	0.03	0.02	0.00	0.02	0.05	0.05	0.01
C5	0.02	0.01	0.07	0.08	0.00	0.06	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.08	0.06	0.16	0.26	0.38	0.29
C5'	0.02	0.07	0.02	0.02	0.11	0.00	0.13	0.00	0.12	0.08	0.09	0.12	0.04	0.03	0.08	0.01	0.01	0.07	0.02	0.01
C6	0.02	0.00	0.06	0.07	0.00	0.06	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.07	0.06	0.15	0.20	0.30	0.23
N1	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.02	0.12	0.13	0.25	0.18
N3	0.02	0.00	0.02	0.06	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.06	0.03	0.14	0.20	0.37	0.25
N4	0.02	0.01	0.06	0.07	0.01	0.06	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.08	0.04	0.17	0.30	0.44	0.32
O2	0.03	0.00	0.06	0.08	0.00	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.08	0.05	0.11	0.11	0.28	0.18
O2'	0.01	0.04	0.00	0.02	0.06	0.03	0.06	0.03	0.04	0.03	0.05	0.07	0.05	0.00	0.09	0.03	0.07	0.05	0.14	0.05
O3'	0.02	0.06	0.03	0.01	0.07	0.02	0.08	0.08	0.07	0.03	0.06	0.08	0.08	0.09	0.00	0.03	0.22	0.22	0.26	0.22
O4'	0.00	0.03	0.01	0.04	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.02	0.03	0.04	0.05	0.03	0.03	0.00	0.13	0.14	0.10	0.12
O5'	0.06	0.12	0.11	0.16	0.16	0.02	0.16	0.01	0.15	0.12	0.14	0.17	0.11	0.07	0.22	0.13	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.06	0.15	0.07	0.12	0.25	0.05	0.26	0.07	0.20	0.13	0.20	0.30	0.11	0.05	0.22	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.30	0.21	0.22	0.40	0.05	0.38	0.02	0.30	0.25	0.37	0.44	0.28	0.14	0.26	0.10	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.20	0.12	0.16	0.29	0.01	0.29	0.01	0.23	0.18	0.25	0.32	0.18	0.05	0.22	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00