Doublet Group distance statistics: 52690

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N2	A	0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.019
O6	A	0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.002, 0.025, 0.049, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N7	A	0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.031 std_dev=0.030
C8	A	0, -0.003, 0.036, 0.076, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.036 std_dev=0.040
C2	B	0, 0.131, 0.384, 0.638, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.384 std_dev=0.253
N3	B	0, 0.165, 0.419, 0.673, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.419 std_dev=0.254
N1	B	0, 0.175, 0.459, 0.742, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.459 std_dev=0.284
O2	B	0, 0.119, 0.428, 0.737, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.428 std_dev=0.309
C4	B	0, 0.155, 0.474, 0.794, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.474 std_dev=0.319
C1'	B	0, 0.255, 0.596, 0.936, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.596 std_dev=0.341
C6	B	0, 0.141, 0.506, 0.871, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.506 std_dev=0.365
N4	B	0, 0.255, 0.626, 0.997, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.626 std_dev=0.371
C5	B	0, 0.084, 0.486, 0.889, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.486 std_dev=0.402
O4'	B	0, 0.300, 0.736, 1.171, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.736 std_dev=0.436
C2'	B	0, 0.314, 0.911, 1.508, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.911 std_dev=0.597
O2'	B	0, 0.485, 1.137, 1.789, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.137 std_dev=0.652
C4'	B	0, 0.382, 1.041, 1.699, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.041 std_dev=0.659
O4'	A	0, -0.253, 0.428, 1.108, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.428 std_dev=0.680
C2'	A	0, -0.247, 0.443, 1.132, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.443 std_dev=0.690
O2'	A	0, -0.241, 0.500, 1.242, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.500 std_dev=0.741
C3'	B	0, 0.366, 1.145, 1.923, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.145 std_dev=0.778
C5'	B	0, 0.423, 1.291, 2.159, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.291 std_dev=0.868
O5'	B	0, 0.497, 1.469, 2.441, 3.125 max_d=3.125 avg_d=1.469 std_dev=0.972
O3'	B	0, 0.459, 1.461, 2.463, 2.948 max_d=2.948 avg_d=1.461 std_dev=1.002
C4'	A	0, -0.371, 0.642, 1.655, 2.885 max_d=2.885 avg_d=0.642 std_dev=1.013
OP2	B	0, 0.487, 1.572, 2.657, 3.394 max_d=3.394 avg_d=1.572 std_dev=1.085
C3'	A	0, -0.417, 0.694, 1.805, 3.161 max_d=3.161 avg_d=0.694 std_dev=1.111
P	B	0, 0.601, 1.725, 2.849, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.725 std_dev=1.124
OP1	B	0, 0.721, 2.047, 3.372, 4.407 max_d=4.407 avg_d=2.047 std_dev=1.326
O3'	A	0, -0.640, 0.956, 2.552, 4.507 max_d=4.507 avg_d=0.956 std_dev=1.596
C5'	A	0, -0.539, 1.136, 2.811, 4.815 max_d=4.815 avg_d=1.136 std_dev=1.675
O5'	A	0, -0.836, 1.532, 3.900, 6.757 max_d=6.757 avg_d=1.532 std_dev=2.368
P	A	0, -1.149, 1.973, 5.096, 8.915 max_d=8.915 avg_d=1.973 std_dev=3.123
OP2	A	0, -0.965, 2.278, 5.521, 9.248 max_d=9.248 avg_d=2.278 std_dev=3.243
OP1	A	0, -1.029, 2.890, 6.808, 11.310 max_d=11.310 avg_d=2.890 std_dev=3.919

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.16	0.01	0.34	0.42	0.15
C2	0.02	0.00	0.44	0.27	0.00	0.17	0.00	0.37	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.47	0.39	0.36	0.45	0.01	0.93	0.19	0.54
C2'	0.00	0.44	0.00	0.00	0.24	0.01	0.13	0.03	0.21	0.20	0.35	0.52	0.43	0.09	0.03	0.00	0.03	0.00	0.29	0.16	0.48	0.28	0.22
C3'	0.00	0.27	0.00	0.00	0.14	0.01	0.07	0.05	0.12	0.15	0.21	0.33	0.26	0.08	0.02	0.03	0.01	0.00	0.37	0.09	0.59	0.19	0.29
C4	0.01	0.00	0.24	0.14	0.00	0.09	0.00	0.20	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.23	0.19	0.20	0.26	0.01	0.65	0.36	0.18
C4'	0.00	0.17	0.01	0.01	0.09	0.00	0.08	0.01	0.12	0.06	0.16	0.20	0.14	0.03	0.02	0.05	0.05	0.00	0.02	0.12	0.23	0.34	0.05
C5	0.01	0.00	0.13	0.07	0.00	0.08	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.13	0.11	0.11	0.32	0.01	0.81	0.53	0.19
C5'	0.02	0.37	0.03	0.05	0.20	0.01	0.19	0.00	0.28	0.12	0.36	0.42	0.30	0.09	0.07	0.05	0.09	0.01	0.01	0.27	0.36	0.43	0.02
C6	0.01	0.01	0.21	0.12	0.01	0.12	0.00	0.28	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.23	0.19	0.19	0.31	0.01	0.87	0.42	0.23
C8	0.02	0.00	0.20	0.15	0.00	0.06	0.00	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.17	0.18	0.64	0.01	0.97	0.87	0.62
N1	0.01	0.00	0.35	0.21	0.00	0.16	0.00	0.36	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.38	0.32	0.30	0.38	0.01	0.93	0.24	0.44
N2	0.03	0.00	0.52	0.33	0.01	0.20	0.01	0.42	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.59	0.49	0.42	0.58	0.01	1.11	0.26	0.73
N3	0.02	0.00	0.43	0.26	0.00	0.14	0.00	0.30	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.44	0.35	0.34	0.37	0.01	0.76	0.20	0.42
N7	0.01	0.00	0.09	0.08	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.09	0.07	0.55	0.01	1.02	0.84	0.51
N9	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.32	0.01	0.59	0.53	0.24
O2'	0.01	0.47	0.00	0.03	0.23	0.05	0.13	0.05	0.23	0.16	0.38	0.59	0.44	0.07	0.02	0.00	0.06	0.03	0.13	0.18	0.32	0.23	0.11
O3'	0.01	0.39	0.03	0.01	0.19	0.05	0.11	0.09	0.19	0.17	0.32	0.49	0.35	0.09	0.03	0.06	0.00	0.03	0.26	0.15	0.67	0.19	0.26
O4'	0.00	0.36	0.00	0.00	0.20	0.00	0.11	0.01	0.19	0.18	0.30	0.42	0.34	0.07	0.02	0.03	0.03	0.00	0.05	0.16	0.15	0.49	0.17
O5'	0.16	0.45	0.29	0.37	0.26	0.02	0.32	0.01	0.31	0.64	0.38	0.58	0.37	0.55	0.32	0.13	0.26	0.05	0.00	0.32	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.16	0.09	0.01	0.12	0.01	0.27	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.18	0.15	0.16	0.32	0.00	0.95	0.50	0.21
OP1	0.34	0.93	0.48	0.59	0.65	0.23	0.81	0.36	0.87	0.97	0.93	1.11	0.76	1.02	0.59	0.32	0.67	0.15	0.01	0.95	0.00	0.01	0.01
OP2	0.42	0.19	0.28	0.19	0.36	0.34	0.53	0.43	0.42	0.87	0.24	0.26	0.20	0.84	0.53	0.23	0.19	0.49	0.01	0.50	0.01	0.00	0.00
P	0.15	0.54	0.22	0.29	0.18	0.05	0.19	0.02	0.23	0.62	0.44	0.73	0.42	0.51	0.24	0.11	0.26	0.17	0.00	0.21	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.05	0.21	0.24	0.11	0.08	0.11	0.08	0.08	0.06	0.07	0.17	0.10	0.20	0.33	0.10	0.19	0.25	0.41	0.26
C2	0.06	0.05	0.18	0.20	0.16	0.06	0.13	0.05	0.07	0.04	0.12	0.22	0.09	0.18	0.26	0.11	0.17	0.20	0.37	0.23
C2'	0.44	0.38	0.59	0.60	0.30	0.47	0.31	0.44	0.35	0.39	0.33	0.28	0.44	0.60	0.67	0.38	0.49	0.51	0.61	0.52
C3'	0.23	0.21	0.29	0.30	0.20	0.24	0.19	0.23	0.18	0.20	0.20	0.24	0.24	0.31	0.34	0.21	0.26	0.29	0.42	0.32
C4	0.10	0.08	0.16	0.19	0.12	0.08	0.11	0.07	0.09	0.09	0.08	0.18	0.13	0.18	0.26	0.14	0.16	0.22	0.38	0.23
C4'	0.32	0.26	0.28	0.22	0.22	0.30	0.24	0.25	0.27	0.28	0.22	0.22	0.29	0.39	0.24	0.34	0.16	0.16	0.23	0.16
C5	0.16	0.14	0.15	0.16	0.12	0.12	0.14	0.10	0.14	0.14	0.10	0.16	0.18	0.19	0.21	0.18	0.14	0.21	0.36	0.22
C5'	0.66	0.55	0.66	0.59	0.44	0.64	0.49	0.57	0.56	0.59	0.46	0.38	0.58	0.80	0.61	0.65	0.45	0.41	0.28	0.36
C6	0.17	0.16	0.14	0.13	0.12	0.13	0.14	0.10	0.14	0.15	0.11	0.18	0.21	0.20	0.17	0.19	0.13	0.20	0.35	0.21
C8	0.15	0.13	0.17	0.19	0.12	0.13	0.14	0.10	0.14	0.14	0.10	0.15	0.16	0.20	0.26	0.17	0.16	0.24	0.38	0.23
N1	0.12	0.10	0.12	0.12	0.14	0.08	0.12	0.06	0.09	0.09	0.09	0.22	0.17	0.16	0.17	0.15	0.14	0.19	0.35	0.21
N2	0.06	0.09	0.27	0.26	0.19	0.08	0.16	0.07	0.11	0.08	0.17	0.24	0.04	0.24	0.32	0.07	0.20	0.20	0.38	0.24
N3	0.06	0.05	0.20	0.22	0.14	0.07	0.12	0.06	0.07	0.05	0.10	0.20	0.08	0.19	0.30	0.10	0.18	0.21	0.38	0.24
N7	0.19	0.16	0.18	0.18	0.13	0.15	0.16	0.12	0.17	0.17	0.13	0.15	0.19	0.22	0.24	0.20	0.14	0.22	0.36	0.22
N9	0.11	0.08	0.18	0.20	0.11	0.09	0.12	0.08	0.10	0.09	0.08	0.16	0.13	0.19	0.29	0.13	0.17	0.23	0.39	0.24
O2'	0.57	0.48	0.76	0.76	0.36	0.60	0.38	0.56	0.44	0.50	0.40	0.32	0.53	0.78	0.86	0.49	0.61	0.62	0.71	0.62
O3'	0.38	0.34	0.44	0.44	0.28	0.39	0.27	0.38	0.30	0.34	0.31	0.29	0.39	0.46	0.48	0.36	0.41	0.43	0.53	0.46
O4'	0.45	0.39	0.34	0.26	0.28	0.40	0.31	0.36	0.36	0.40	0.32	0.24	0.46	0.46	0.24	0.49	0.26	0.25	0.28	0.24
O5'	0.78	0.58	0.85	0.76	0.33	0.77	0.38	0.67	0.52	0.62	0.41	0.28	0.69	1.06	0.84	0.74	0.56	0.55	0.49	0.51
O6	0.22	0.21	0.19	0.17	0.14	0.18	0.17	0.14	0.19	0.20	0.17	0.16	0.24	0.24	0.19	0.22	0.13	0.20	0.33	0.20
OP1	1.57	1.26	1.76	1.70	1.05	1.64	1.14	1.50	1.28	1.36	1.07	1.00	1.35	2.01	1.88	1.52	1.35	1.31	1.06	1.21
OP2	0.58	0.39	0.73	0.62	0.36	0.57	0.35	0.45	0.38	0.44	0.32	0.52	0.47	0.95	0.75	0.52	0.32	0.30	0.42	0.33
P	1.09	0.80	1.25	1.15	0.45	1.11	0.57	0.96	0.77	0.89	0.56	0.27	0.93	1.49	1.28	1.03	0.78	0.71	0.43	0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.08	0.07	0.16	0.12
C2	0.01	0.00	0.11	0.12	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.14	0.05	0.17	0.19	0.32	0.22
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.11	0.03	0.09	0.08	0.20	0.01	0.02	0.01	0.04	0.10	0.08	0.04
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.12	0.01	0.14	0.01	0.14	0.06	0.13	0.14	0.18	0.01	0.01	0.01	0.04	0.14	0.08	0.06
C4	0.01	0.01	0.06	0.12	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.17	0.02	0.18	0.27	0.40	0.29
C4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.00	0.04	0.00	0.04	0.02	0.03	0.04	0.03	0.05	0.04	0.00	0.01	0.07	0.02	0.02
C5	0.01	0.00	0.10	0.14	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.09	0.19	0.03	0.17	0.26	0.37	0.29
C5'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.08	0.00	0.09	0.00	0.08	0.05	0.07	0.09	0.04	0.05	0.03	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01
C6	0.01	0.00	0.11	0.14	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.09	0.16	0.04	0.15	0.20	0.28	0.24
N1	0.01	0.00	0.03	0.06	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.07	0.01	0.14	0.16	0.26	0.20
N3	0.01	0.00	0.09	0.13	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.16	0.04	0.19	0.24	0.38	0.26
N4	0.02	0.01	0.08	0.14	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.21	0.03	0.19	0.31	0.43	0.31
O2	0.01	0.00	0.20	0.18	0.01	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.15	0.21	0.08	0.16	0.16	0.30	0.20
O2'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.05	0.05	0.09	0.05	0.09	0.02	0.04	0.06	0.15	0.00	0.05	0.03	0.02	0.11	0.05	0.03
O3'	0.02	0.14	0.02	0.01	0.17	0.04	0.19	0.03	0.16	0.07	0.16	0.21	0.21	0.05	0.00	0.03	0.08	0.22	0.14	0.13
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.04	0.03	0.08	0.03	0.03	0.00	0.08	0.08	0.15	0.13
O5'	0.08	0.17	0.04	0.04	0.18	0.01	0.17	0.01	0.15	0.14	0.19	0.19	0.16	0.02	0.08	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.07	0.19	0.10	0.14	0.27	0.07	0.26	0.06	0.20	0.16	0.24	0.31	0.16	0.11	0.22	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.16	0.32	0.08	0.08	0.40	0.02	0.37	0.01	0.28	0.26	0.38	0.43	0.30	0.05	0.14	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.22	0.04	0.06	0.29	0.02	0.29	0.01	0.24	0.20	0.26	0.31	0.20	0.03	0.13	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00