ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52692

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.007, 0.039, 0.071, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.039 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.012, 0.045, 0.078, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.006, 0.039, 0.072, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.039 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.006, 0.059, 0.112, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.059 std_dev=0.053
C2 B 0, 0.105, 0.255, 0.405, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.255 std_dev=0.150
C1' B 0, 0.108, 0.260, 0.412, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.260 std_dev=0.152
N1 B 0, 0.106, 0.261, 0.417, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.261 std_dev=0.155
N3 B 0, 0.108, 0.284, 0.459, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.284 std_dev=0.176
O2 B 0, 0.129, 0.308, 0.487, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.308 std_dev=0.179
C6 B 0, 0.110, 0.340, 0.569, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.340 std_dev=0.229
C4 B 0, 0.105, 0.350, 0.595, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.350 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.160, 0.416, 0.672, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.416 std_dev=0.256
C2' B 0, 0.115, 0.394, 0.672, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.394 std_dev=0.279
C4' B 0, 0.200, 0.482, 0.764, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.482 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.109, 0.396, 0.684, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.396 std_dev=0.288
N4 B 0, 0.104, 0.415, 0.726, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.415 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.170, 0.518, 0.866, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.518 std_dev=0.348
O2' B 0, 0.051, 0.486, 0.920, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.486 std_dev=0.434
C5' B 0, 0.299, 0.803, 1.307, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.803 std_dev=0.504
O3' B 0, 0.155, 0.719, 1.282, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.719 std_dev=0.563
O5' B 0, 0.314, 0.977, 1.640, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.977 std_dev=0.663
OP1 B 0, 0.551, 1.358, 2.166, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.358 std_dev=0.808
P B 0, 0.497, 1.322, 2.147, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.322 std_dev=0.825
C2' A 0, -0.194, 0.657, 1.508, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.657 std_dev=0.851
O4' A 0, -0.202, 0.650, 1.503, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.650 std_dev=0.853
O2' A 0, -0.186, 0.855, 1.896, 2.627 max_d=2.627 avg_d=0.855 std_dev=1.041
C4' A 0, -0.203, 0.987, 2.176, 3.019 max_d=3.019 avg_d=0.987 std_dev=1.190
C3' A 0, -0.292, 0.931, 2.155, 3.034 max_d=3.034 avg_d=0.931 std_dev=1.224
OP2 B 0, 0.410, 1.636, 2.862, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.636 std_dev=1.226
OP2 A 0, 0.469, 1.873, 3.276, 3.935 max_d=3.935 avg_d=1.873 std_dev=1.403
O5' A 0, 0.042, 1.688, 3.334, 4.416 max_d=4.416 avg_d=1.688 std_dev=1.646
O3' A 0, -0.493, 1.182, 2.857, 4.069 max_d=4.069 avg_d=1.182 std_dev=1.675
P A 0, 0.331, 2.076, 3.820, 4.838 max_d=4.838 avg_d=2.076 std_dev=1.745
C5' A 0, -0.037, 1.729, 3.495, 4.679 max_d=4.679 avg_d=1.729 std_dev=1.766
OP1 A 0, 0.784, 3.272, 5.760, 6.661 max_d=6.661 avg_d=3.272 std_dev=2.488

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00 0.19 0.01 0.23 0.41 0.22
C2 0.04 0.00 0.47 0.26 0.01 0.35 0.02 0.62 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.45 0.34 0.57 0.51 0.01 0.59 0.32 0.43
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.27 0.04 0.15 0.15 0.24 0.20 0.38 0.56 0.46 0.08 0.03 0.01 0.08 0.02 0.41 0.19 0.55 1.03 0.66
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.25 0.00 0.31 0.01 0.34 0.21 0.31 0.24 0.22 0.29 0.18 0.01 0.01 0.01 0.15 0.36 0.41 0.70 0.38
C4 0.01 0.01 0.27 0.25 0.00 0.14 0.01 0.36 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.28 0.29 0.35 0.00 0.53 0.27 0.30
C4' 0.01 0.35 0.04 0.00 0.14 0.00 0.05 0.01 0.12 0.25 0.26 0.44 0.33 0.18 0.04 0.26 0.04 0.00 0.01 0.08 0.33 0.31 0.08
C5 0.01 0.02 0.15 0.31 0.01 0.05 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.34 0.13 0.27 0.01 0.73 0.29 0.26
C5' 0.10 0.62 0.15 0.01 0.36 0.01 0.27 0.00 0.37 0.19 0.54 0.73 0.56 0.15 0.15 0.11 0.14 0.01 0.01 0.32 0.42 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.24 0.34 0.00 0.12 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.40 0.24 0.33 0.01 0.78 0.35 0.30
C8 0.04 0.01 0.20 0.21 0.00 0.25 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.19 0.31 0.20 0.02 0.72 0.20 0.25
N1 0.03 0.00 0.38 0.31 0.01 0.26 0.01 0.54 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.39 0.43 0.45 0.02 0.68 0.32 0.37
N2 0.05 0.00 0.56 0.24 0.01 0.44 0.02 0.73 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.62 0.33 0.68 0.58 0.02 0.62 0.36 0.50
N3 0.04 0.00 0.46 0.22 0.01 0.33 0.01 0.56 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.44 0.27 0.56 0.48 0.01 0.52 0.34 0.41
N7 0.04 0.02 0.08 0.29 0.01 0.18 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.32 0.30 0.18 0.20 0.03 0.90 0.34 0.29
N9 0.00 0.01 0.03 0.18 0.00 0.04 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.17 0.02 0.21 0.02 0.43 0.27 0.22
O2' 0.02 0.45 0.01 0.01 0.14 0.26 0.05 0.11 0.08 0.41 0.29 0.62 0.44 0.32 0.11 0.00 0.08 0.14 0.25 0.04 0.46 1.06 0.55
O3' 0.03 0.34 0.08 0.01 0.28 0.04 0.34 0.14 0.40 0.19 0.39 0.33 0.27 0.30 0.17 0.08 0.00 0.04 0.16 0.44 0.48 0.75 0.34
O4' 0.00 0.57 0.02 0.01 0.29 0.00 0.13 0.01 0.24 0.31 0.43 0.68 0.56 0.18 0.02 0.14 0.04 0.00 0.15 0.16 0.07 0.34 0.16
O5' 0.19 0.51 0.41 0.15 0.35 0.01 0.27 0.01 0.33 0.20 0.45 0.58 0.48 0.20 0.21 0.25 0.16 0.15 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.19 0.36 0.00 0.08 0.01 0.32 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.44 0.16 0.29 0.00 0.91 0.47 0.31
OP1 0.23 0.59 0.55 0.41 0.53 0.33 0.73 0.42 0.78 0.72 0.68 0.62 0.52 0.90 0.43 0.46 0.48 0.07 0.01 0.91 0.00 0.00 0.00
OP2 0.41 0.32 1.03 0.70 0.27 0.31 0.29 0.28 0.35 0.20 0.32 0.36 0.34 0.34 0.27 1.06 0.75 0.34 0.02 0.47 0.00 0.00 0.01
P 0.22 0.43 0.66 0.38 0.30 0.08 0.26 0.01 0.30 0.25 0.37 0.50 0.41 0.29 0.22 0.55 0.34 0.16 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.09 0.22 0.24 0.10 0.19 0.09 0.22 0.09 0.09 0.09 0.13 0.08 0.26 0.29 0.12 0.32 0.84 0.47 0.43
C2 0.11 0.07 0.21 0.20 0.09 0.15 0.06 0.17 0.05 0.07 0.08 0.14 0.10 0.26 0.24 0.10 0.24 0.81 0.48 0.33
C2' 0.52 0.50 0.40 0.33 0.36 0.41 0.36 0.34 0.41 0.48 0.44 0.30 0.59 0.42 0.28 0.50 0.25 0.42 0.78 0.19
C3' 0.18 0.24 0.09 0.19 0.19 0.06 0.15 0.12 0.14 0.19 0.25 0.21 0.31 0.07 0.32 0.16 0.26 0.74 0.42 0.36
C4 0.12 0.10 0.20 0.19 0.09 0.16 0.08 0.19 0.08 0.10 0.10 0.12 0.11 0.25 0.22 0.12 0.28 0.87 0.54 0.39
C4' 0.61 0.50 0.82 0.95 0.52 0.82 0.60 0.91 0.62 0.58 0.47 0.48 0.44 0.80 1.07 0.64 1.02 1.47 0.56 1.12
C5 0.15 0.14 0.21 0.17 0.11 0.16 0.10 0.20 0.11 0.13 0.13 0.11 0.15 0.26 0.18 0.15 0.27 0.94 0.62 0.38
C5' 0.99 0.87 1.22 1.39 0.94 1.25 1.04 1.38 1.06 0.98 0.85 0.90 0.76 1.15 1.51 1.05 1.52 1.99 1.01 1.64
C6 0.19 0.17 0.22 0.16 0.10 0.17 0.10 0.20 0.12 0.16 0.15 0.10 0.19 0.29 0.17 0.17 0.25 0.96 0.64 0.36
C8 0.14 0.12 0.20 0.18 0.11 0.16 0.11 0.20 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.25 0.20 0.14 0.29 0.93 0.61 0.41
N1 0.16 0.14 0.22 0.17 0.07 0.16 0.06 0.18 0.08 0.12 0.10 0.13 0.17 0.29 0.19 0.15 0.23 0.90 0.57 0.33
N2 0.08 0.05 0.21 0.22 0.13 0.15 0.08 0.16 0.04 0.04 0.12 0.18 0.06 0.26 0.27 0.07 0.23 0.73 0.39 0.30
N3 0.09 0.06 0.20 0.20 0.09 0.15 0.07 0.18 0.06 0.06 0.08 0.13 0.07 0.24 0.25 0.09 0.27 0.80 0.47 0.36
N7 0.16 0.14 0.20 0.16 0.12 0.16 0.11 0.21 0.12 0.14 0.14 0.12 0.15 0.26 0.16 0.16 0.28 0.96 0.66 0.40
N9 0.12 0.10 0.20 0.20 0.11 0.16 0.10 0.20 0.09 0.10 0.11 0.13 0.10 0.24 0.23 0.12 0.30 0.88 0.55 0.41
O2' 0.66 0.57 0.62 0.57 0.40 0.62 0.43 0.54 0.51 0.59 0.47 0.30 0.66 0.65 0.56 0.65 0.42 0.23 0.93 0.31
O3' 0.32 0.38 0.09 0.12 0.30 0.11 0.25 0.06 0.26 0.32 0.37 0.29 0.46 0.10 0.28 0.31 0.18 0.61 0.45 0.26
O4' 0.80 0.71 0.97 1.03 0.62 0.94 0.68 0.98 0.74 0.75 0.64 0.54 0.70 0.99 1.10 0.82 1.06 1.51 0.55 1.13
O5' 0.80 0.71 1.00 1.13 0.80 1.01 0.87 1.12 0.87 0.80 0.71 0.78 0.61 0.95 1.22 0.84 1.25 1.80 0.72 1.38
O6 0.24 0.23 0.25 0.17 0.15 0.20 0.13 0.22 0.16 0.21 0.21 0.09 0.25 0.32 0.16 0.22 0.24 1.04 0.69 0.36
OP1 0.85 0.77 1.06 1.24 0.87 1.09 0.95 1.17 0.95 0.86 0.78 0.88 0.67 1.00 1.38 0.89 1.26 1.71 0.69 1.36
OP2 0.47 0.44 0.62 0.68 0.49 0.59 0.52 0.67 0.50 0.47 0.45 0.51 0.40 0.62 0.76 0.50 0.77 1.33 0.55 0.90
P 0.72 0.62 0.91 1.05 0.70 0.93 0.78 1.03 0.78 0.71 0.62 0.68 0.54 0.87 1.14 0.76 1.15 1.71 0.58 1.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.50 0.12 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.02 0.02 0.13 0.73 0.41 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01 0.08 0.24 0.13 0.10
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.13 0.04 0.01 0.07 0.08 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.11 0.10
C4 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.05 0.15 0.89 0.65 0.25
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.08 0.17 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.12 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.18 0.06 0.15 0.92 0.64 0.25
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.10 0.13 0.07 0.07 0.02 0.02 0.00 0.10 0.33 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.13 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.06 0.13 0.82 0.46 0.20
N1 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.10 0.70 0.34 0.16
N3 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.14 0.82 0.55 0.22
N4 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.12 0.05 0.17 0.93 0.75 0.27
O2 0.03 0.00 0.12 0.08 0.03 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.15 0.12 0.02 0.12 0.66 0.32 0.17
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.07 0.04 0.15 0.00 0.05 0.04 0.02 0.11 0.06 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.02 0.18 0.02 0.16 0.05 0.03 0.12 0.12 0.05 0.00 0.01 0.04 0.43 0.15 0.15
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.50 0.10 0.14
O5' 0.05 0.13 0.08 0.07 0.15 0.02 0.15 0.00 0.13 0.10 0.14 0.17 0.12 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.50 0.73 0.24 0.17 0.89 0.08 0.92 0.10 0.82 0.70 0.82 0.93 0.66 0.11 0.43 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.41 0.13 0.11 0.65 0.17 0.64 0.33 0.46 0.34 0.55 0.75 0.32 0.06 0.15 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.10 0.10 0.25 0.03 0.25 0.01 0.20 0.16 0.22 0.27 0.17 0.02 0.15 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00