Doublet Group distance statistics: 52693

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C6	A	0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C5	A	0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C1'	A	0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N7	A	0, 0.016, 0.038, 0.061, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C8	A	0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.039 std_dev=0.023
N3	A	0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C2	A	0, 0.001, 0.028, 0.055, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.027
O6	A	0, 0.014, 0.059, 0.105, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.059 std_dev=0.046
N2	A	0, 0.013, 0.061, 0.109, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.061 std_dev=0.048
C6	B	0, 0.087, 0.225, 0.362, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.225 std_dev=0.138
C5	B	0, 0.056, 0.204, 0.352, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.204 std_dev=0.148
C4	B	0, 0.068, 0.239, 0.410, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.239 std_dev=0.171
N4	B	0, 0.092, 0.270, 0.448, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.270 std_dev=0.178
N1	B	0, 0.107, 0.296, 0.486, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.296 std_dev=0.190
N3	B	0, 0.120, 0.345, 0.569, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.345 std_dev=0.225
C2	B	0, 0.136, 0.375, 0.614, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.375 std_dev=0.239
C1'	B	0, 0.108, 0.359, 0.611, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.359 std_dev=0.251
O2	B	0, 0.174, 0.502, 0.829, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.502 std_dev=0.327
P	B	0, 0.276, 0.660, 1.044, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.660 std_dev=0.384
C2'	A	0, 0.009, 0.396, 0.783, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.396 std_dev=0.387
O2'	A	0, 0.053, 0.445, 0.837, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.445 std_dev=0.392
O4'	A	0, -0.004, 0.409, 0.823, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.409 std_dev=0.413
O4'	B	0, 0.128, 0.542, 0.957, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.542 std_dev=0.415
OP1	B	0, 0.307, 0.750, 1.193, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.750 std_dev=0.443
C2'	B	0, 0.082, 0.556, 1.031, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.556 std_dev=0.474
C4'	B	0, 0.216, 0.717, 1.218, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.717 std_dev=0.501
O2'	B	0, 0.051, 0.617, 1.183, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.617 std_dev=0.566
O5'	A	0, 0.059, 0.626, 1.193, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.626 std_dev=0.567
C3'	B	0, 0.195, 0.769, 1.344, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.769 std_dev=0.575
C4'	A	0, -0.014, 0.586, 1.186, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.586 std_dev=0.600
OP2	B	0, 0.254, 0.881, 1.508, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.881 std_dev=0.627
C3'	A	0, -0.007, 0.628, 1.263, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.628 std_dev=0.635
O5'	B	0, 0.436, 1.085, 1.734, 1.709 max_d=1.709 avg_d=1.085 std_dev=0.649
O3'	B	0, 0.188, 0.959, 1.731, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.959 std_dev=0.772
C5'	B	0, 0.240, 1.068, 1.896, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.068 std_dev=0.828
O3'	A	0, 0.026, 0.904, 1.782, 2.345 max_d=2.345 avg_d=0.904 std_dev=0.878
OP1	A	0, 0.307, 1.295, 2.283, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.295 std_dev=0.988
P	A	0, 0.045, 1.106, 2.166, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.106 std_dev=1.061
C5'	A	0, -0.044, 1.048, 2.139, 2.849 max_d=2.849 avg_d=1.048 std_dev=1.092
OP2	A	0, 0.218, 1.608, 2.998, 3.718 max_d=3.718 avg_d=1.608 std_dev=1.390

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.06	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.02	0.05	0.40	0.18
C2	0.05	0.00	0.17	0.30	0.00	0.12	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.36	0.04	0.12	0.01	0.23	0.60	0.33
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.01	0.04	0.01	0.07	0.10	0.12	0.21	0.19	0.07	0.01	0.01	0.02	0.00	0.19	0.07	0.22	0.36	0.05
C3'	0.00	0.30	0.00	0.00	0.16	0.00	0.10	0.01	0.16	0.13	0.24	0.35	0.28	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.29	0.15	0.36	0.33	0.08
C4	0.02	0.00	0.09	0.16	0.00	0.08	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.18	0.01	0.14	0.02	0.19	0.51	0.29
C4'	0.00	0.12	0.01	0.00	0.08	0.00	0.08	0.00	0.11	0.04	0.12	0.13	0.11	0.04	0.03	0.02	0.01	0.00	0.00	0.13	0.19	0.39	0.07
C5	0.01	0.01	0.04	0.10	0.00	0.08	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.11	0.01	0.17	0.02	0.28	0.47	0.32
C5'	0.01	0.21	0.01	0.01	0.15	0.00	0.16	0.00	0.21	0.07	0.23	0.22	0.17	0.11	0.07	0.02	0.02	0.01	0.01	0.24	0.24	0.39	0.01
C6	0.02	0.01	0.07	0.16	0.01	0.11	0.01	0.21	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.05	0.19	0.01	0.16	0.01	0.34	0.52	0.37
C8	0.01	0.01	0.10	0.13	0.01	0.04	0.01	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.14	0.04	0.22	0.05	0.17	0.30	0.22
N1	0.04	0.00	0.12	0.24	0.01	0.12	0.01	0.23	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.30	0.02	0.14	0.00	0.30	0.58	0.36
N2	0.06	0.00	0.21	0.35	0.01	0.13	0.00	0.22	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.45	0.06	0.10	0.01	0.21	0.63	0.33
N3	0.05	0.00	0.19	0.28	0.00	0.11	0.01	0.17	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.32	0.05	0.11	0.02	0.17	0.57	0.29
N7	0.01	0.01	0.07	0.06	0.00	0.04	0.00	0.11	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.07	0.03	0.22	0.05	0.27	0.33	0.28
N9	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.01	0.14	0.03	0.12	0.42	0.23
O2'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.02	0.04	0.02	0.05	0.06	0.05	0.06	0.05	0.07	0.03	0.00	0.02	0.02	0.06	0.05	0.20	0.38	0.08
O3'	0.01	0.36	0.02	0.01	0.18	0.01	0.11	0.02	0.19	0.14	0.30	0.45	0.32	0.07	0.02	0.02	0.00	0.01	0.29	0.17	0.51	0.30	0.16
O4'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.02	0.06	0.05	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.11	0.04	0.09	0.39	0.21
O5'	0.06	0.12	0.19	0.29	0.14	0.00	0.17	0.01	0.16	0.22	0.14	0.10	0.11	0.22	0.14	0.06	0.29	0.11	0.00	0.16	0.01	0.02	0.00
O6	0.02	0.01	0.07	0.15	0.02	0.13	0.02	0.24	0.01	0.05	0.00	0.01	0.02	0.05	0.03	0.05	0.17	0.04	0.16	0.00	0.43	0.51	0.41
OP1	0.05	0.23	0.22	0.36	0.19	0.19	0.28	0.24	0.34	0.17	0.30	0.21	0.17	0.27	0.12	0.20	0.51	0.09	0.01	0.43	0.00	0.01	0.00
OP2	0.40	0.60	0.36	0.33	0.51	0.39	0.47	0.39	0.52	0.30	0.58	0.63	0.57	0.33	0.42	0.38	0.30	0.39	0.02	0.51	0.01	0.00	0.00
P	0.18	0.33	0.05	0.08	0.29	0.07	0.32	0.01	0.37	0.22	0.36	0.33	0.29	0.28	0.23	0.08	0.16	0.21	0.00	0.41	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.34	0.21	0.50	0.50	0.11	0.38	0.12	0.34	0.16	0.23	0.10	0.18	0.31	0.55	0.61	0.29	0.38	0.39	0.39	0.36
C2	0.30	0.17	0.48	0.49	0.15	0.37	0.14	0.35	0.17	0.21	0.12	0.21	0.26	0.50	0.57	0.26	0.36	0.38	0.39	0.35
C2'	0.35	0.26	0.57	0.57	0.22	0.40	0.25	0.37	0.27	0.29	0.20	0.23	0.32	0.63	0.70	0.28	0.31	0.31	0.33	0.28
C3'	0.44	0.37	0.66	0.63	0.34	0.47	0.40	0.43	0.42	0.41	0.31	0.32	0.40	0.73	0.76	0.35	0.32	0.31	0.31	0.27
C4	0.31	0.21	0.47	0.46	0.13	0.35	0.15	0.32	0.17	0.22	0.11	0.20	0.32	0.50	0.55	0.25	0.34	0.35	0.37	0.33
C4'	0.35	0.27	0.55	0.54	0.27	0.40	0.31	0.36	0.31	0.31	0.21	0.29	0.32	0.62	0.66	0.28	0.29	0.30	0.31	0.26
C5	0.30	0.24	0.43	0.41	0.13	0.31	0.15	0.28	0.17	0.23	0.14	0.19	0.35	0.46	0.48	0.24	0.31	0.32	0.34	0.30
C5'	0.42	0.34	0.58	0.55	0.39	0.44	0.46	0.41	0.45	0.40	0.31	0.40	0.36	0.66	0.66	0.36	0.29	0.28	0.29	0.25
C6	0.29	0.25	0.40	0.39	0.13	0.30	0.15	0.27	0.17	0.23	0.15	0.19	0.35	0.42	0.44	0.23	0.31	0.32	0.35	0.30
C8	0.31	0.24	0.45	0.43	0.14	0.32	0.17	0.28	0.17	0.23	0.15	0.19	0.35	0.49	0.51	0.24	0.30	0.31	0.33	0.29
N1	0.29	0.21	0.43	0.43	0.15	0.33	0.15	0.31	0.17	0.22	0.11	0.21	0.32	0.44	0.49	0.24	0.33	0.35	0.37	0.33
N2	0.28	0.13	0.50	0.52	0.15	0.39	0.13	0.38	0.16	0.19	0.16	0.21	0.16	0.52	0.62	0.26	0.38	0.40	0.40	0.37
N3	0.31	0.18	0.49	0.50	0.14	0.37	0.14	0.35	0.17	0.21	0.11	0.21	0.27	0.53	0.60	0.26	0.36	0.38	0.39	0.34
N7	0.29	0.25	0.42	0.39	0.14	0.29	0.17	0.26	0.17	0.23	0.17	0.18	0.36	0.45	0.46	0.23	0.28	0.29	0.32	0.27
N9	0.32	0.22	0.48	0.47	0.13	0.35	0.15	0.31	0.17	0.23	0.12	0.19	0.32	0.52	0.56	0.26	0.33	0.35	0.36	0.32
O2'	0.37	0.21	0.56	0.57	0.12	0.43	0.14	0.39	0.20	0.25	0.11	0.16	0.29	0.62	0.70	0.34	0.39	0.39	0.39	0.37
O3'	0.54	0.44	0.77	0.74	0.40	0.56	0.47	0.51	0.51	0.50	0.37	0.35	0.46	0.86	0.89	0.44	0.41	0.39	0.36	0.35
O4'	0.32	0.21	0.49	0.49	0.13	0.37	0.16	0.34	0.17	0.22	0.11	0.19	0.31	0.55	0.60	0.27	0.36	0.38	0.38	0.34
O5'	0.24	0.18	0.40	0.38	0.10	0.25	0.13	0.20	0.11	0.16	0.11	0.18	0.30	0.46	0.48	0.18	0.27	0.28	0.29	0.26
O6	0.27	0.27	0.35	0.33	0.10	0.26	0.13	0.23	0.15	0.22	0.21	0.15	0.36	0.36	0.37	0.21	0.29	0.31	0.34	0.30
OP1	0.37	0.35	0.50	0.47	0.52	0.38	0.61	0.39	0.54	0.42	0.38	0.58	0.31	0.55	0.55	0.34	0.28	0.28	0.34	0.29
OP2	0.68	0.60	0.76	0.68	0.64	0.66	0.74	0.64	0.75	0.68	0.56	0.60	0.57	0.84	0.74	0.66	0.49	0.45	0.43	0.45
P	0.44	0.40	0.56	0.52	0.51	0.44	0.58	0.44	0.55	0.47	0.40	0.53	0.38	0.62	0.60	0.40	0.29	0.28	0.30	0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.06	0.00	0.00	0.00	0.04	0.13	0.25	0.12
C2	0.03	0.00	0.10	0.09	0.01	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.10	0.02	0.17	0.19	0.31	0.22
C2'	0.00	0.10	0.00	0.01	0.02	0.02	0.07	0.01	0.09	0.01	0.07	0.02	0.18	0.00	0.00	0.00	0.20	0.27	0.36	0.25
C3'	0.02	0.09	0.01	0.00	0.09	0.01	0.20	0.02	0.22	0.07	0.06	0.09	0.19	0.01	0.00	0.01	0.33	0.35	0.38	0.34
C4	0.02	0.01	0.02	0.09	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.11	0.02	0.25	0.29	0.35	0.30
C4'	0.00	0.04	0.02	0.01	0.04	0.00	0.08	0.00	0.09	0.03	0.04	0.04	0.05	0.06	0.01	0.00	0.01	0.10	0.18	0.07
C5	0.02	0.00	0.07	0.20	0.00	0.08	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.24	0.04	0.28	0.33	0.38	0.34
C5'	0.01	0.07	0.01	0.02	0.06	0.00	0.11	0.00	0.13	0.04	0.07	0.06	0.09	0.06	0.05	0.01	0.01	0.06	0.16	0.01
C6	0.02	0.00	0.09	0.22	0.00	0.09	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.24	0.05	0.26	0.29	0.34	0.30
N1	0.01	0.01	0.01	0.07	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.01	0.17	0.20	0.30	0.22
N3	0.02	0.00	0.07	0.06	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.07	0.01	0.21	0.22	0.33	0.25
N4	0.02	0.01	0.02	0.09	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.12	0.03	0.25	0.30	0.35	0.31
O2	0.06	0.00	0.18	0.19	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.12	0.24	0.06	0.14	0.16	0.30	0.19
O2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.02	0.06	0.02	0.06	0.03	0.02	0.07	0.02	0.12	0.00	0.04	0.04	0.13	0.24	0.32	0.19
O3'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.11	0.01	0.24	0.05	0.24	0.06	0.07	0.12	0.24	0.04	0.00	0.00	0.37	0.46	0.45	0.41
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.06	0.04	0.00	0.00	0.15	0.12	0.23	0.12
O5'	0.04	0.17	0.20	0.33	0.25	0.01	0.28	0.01	0.26	0.17	0.21	0.25	0.14	0.13	0.37	0.15	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.13	0.19	0.27	0.35	0.29	0.10	0.33	0.06	0.29	0.20	0.22	0.30	0.16	0.24	0.46	0.12	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.25	0.31	0.36	0.38	0.35	0.18	0.38	0.16	0.34	0.30	0.33	0.35	0.30	0.32	0.45	0.23	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.22	0.25	0.34	0.30	0.07	0.34	0.01	0.30	0.22	0.25	0.31	0.19	0.19	0.41	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00