Doublet Group distance statistics: 52694

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
OP3	B	0, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000 max_d=0.000 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N1	A	0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N7	A	0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C8	A	0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N2	A	0, 0.006, 0.027, 0.049, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.021
O6	A	0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C6	B	0, 0.039, 0.132, 0.225, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.132 std_dev=0.093
O2'	A	0, 0.058, 0.200, 0.341, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.200 std_dev=0.142
C5	B	0, 0.068, 0.243, 0.418, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.243 std_dev=0.175
C2'	A	0, 0.028, 0.206, 0.383, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.206 std_dev=0.177
N1	B	0, 0.055, 0.238, 0.421, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.238 std_dev=0.183
O4'	A	0, 0.050, 0.277, 0.503, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.277 std_dev=0.226
C2	B	0, 0.070, 0.305, 0.541, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.305 std_dev=0.236
C4	B	0, 0.076, 0.326, 0.576, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.326 std_dev=0.250
N3	B	0, -0.027, 0.278, 0.582, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.278 std_dev=0.304
O2	B	0, 0.125, 0.470, 0.815, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.470 std_dev=0.345
N4	B	0, 0.150, 0.522, 0.894, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.522 std_dev=0.372
C3'	A	0, 0.058, 0.432, 0.806, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.432 std_dev=0.374
C1'	B	0, 0.064, 0.441, 0.819, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.441 std_dev=0.377
C2'	B	0, 0.063, 0.456, 0.850, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.456 std_dev=0.393
C4'	A	0, 0.102, 0.514, 0.926, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.514 std_dev=0.412
O3'	A	0, 0.027, 0.516, 1.006, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.516 std_dev=0.490
O2'	B	0, 0.210, 0.728, 1.246, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.728 std_dev=0.518
C3'	B	0, 0.004, 0.572, 1.139, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.572 std_dev=0.568
P	B	0, 0.229, 0.806, 1.383, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.806 std_dev=0.577
O4'	B	0, 0.133, 0.717, 1.301, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.717 std_dev=0.584
O5'	B	0, 0.088, 0.695, 1.301, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.695 std_dev=0.607
C4'	B	0, 0.236, 0.869, 1.502, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.869 std_dev=0.633
C5'	A	0, 0.209, 0.918, 1.628, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.918 std_dev=0.710
OP2	A	0, 0.131, 0.862, 1.594, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.862 std_dev=0.732
O5'	A	0, 0.234, 1.001, 1.768, 1.863 max_d=1.863 avg_d=1.001 std_dev=0.767
O3'	B	0, 0.303, 1.154, 2.006, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.154 std_dev=0.852
C5'	B	0, 0.352, 1.231, 2.109, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.231 std_dev=0.879
OP1	B	0, 0.243, 1.176, 2.109, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.176 std_dev=0.933
P	A	0, 0.344, 1.325, 2.306, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.325 std_dev=0.981
OP2	B	0, 0.364, 1.415, 2.466, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.415 std_dev=1.051
OP1	A	0, 0.321, 2.108, 3.895, 4.369 max_d=4.369 avg_d=2.108 std_dev=1.787

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.02	0.62	0.10	0.15
C2	0.02	0.00	0.13	0.19	0.01	0.08	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.22	0.02	0.24	0.01	1.08	0.47	0.37
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.08	0.00	0.06	0.01	0.09	0.02	0.11	0.14	0.12	0.03	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.09	0.29	0.11	0.08
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.13	0.00	0.13	0.01	0.17	0.04	0.19	0.20	0.16	0.08	0.07	0.00	0.00	0.01	0.04	0.17	0.00	0.02	0.03
C4	0.01	0.01	0.08	0.13	0.00	0.07	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.14	0.01	0.21	0.01	1.06	0.42	0.33
C4'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.07	0.00	0.09	0.00	0.10	0.07	0.10	0.09	0.07	0.09	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.12	0.06	0.25	0.04
C5	0.01	0.01	0.06	0.13	0.00	0.09	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.15	0.02	0.25	0.01	1.25	0.57	0.41
C5'	0.02	0.14	0.01	0.01	0.13	0.00	0.17	0.00	0.19	0.15	0.17	0.13	0.11	0.18	0.10	0.02	0.02	0.01	0.01	0.21	0.18	0.42	0.01
C6	0.02	0.00	0.09	0.17	0.01	0.10	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.20	0.02	0.29	0.00	1.30	0.63	0.45
C8	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.07	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.04	0.19	0.02	1.14	0.42	0.34
N1	0.02	0.00	0.11	0.19	0.01	0.10	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.22	0.01	0.27	0.00	1.22	0.58	0.42
N2	0.02	0.00	0.14	0.20	0.01	0.09	0.01	0.13	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.08	0.24	0.03	0.23	0.01	1.04	0.44	0.36
N3	0.02	0.00	0.12	0.16	0.00	0.07	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.17	0.02	0.20	0.01	0.98	0.38	0.31
N7	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.09	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.10	0.03	0.25	0.02	1.32	0.60	0.42
N9	0.00	0.01	0.03	0.07	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.01	0.15	0.02	0.94	0.31	0.27
O2'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.05	0.01	0.06	0.08	0.06	0.02	0.01	0.00	0.04	0.04	0.03	0.05	0.21	0.05	0.07
O3'	0.01	0.22	0.01	0.00	0.14	0.01	0.15	0.02	0.20	0.05	0.22	0.24	0.17	0.10	0.07	0.04	0.00	0.01	0.08	0.21	0.32	0.12	0.07
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.03	0.03	0.51	0.13	0.11
O5'	0.06	0.24	0.03	0.04	0.21	0.01	0.25	0.01	0.29	0.19	0.27	0.23	0.20	0.25	0.15	0.03	0.08	0.03	0.00	0.31	0.01	0.01	0.00
O6	0.02	0.01	0.09	0.17	0.01	0.12	0.01	0.21	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.05	0.21	0.03	0.31	0.00	1.38	0.71	0.50
OP1	0.62	1.08	0.29	0.00	1.06	0.06	1.25	0.18	1.30	1.14	1.22	1.04	0.98	1.32	0.94	0.21	0.32	0.51	0.01	1.38	0.00	0.01	0.01
OP2	0.10	0.47	0.11	0.02	0.42	0.25	0.57	0.42	0.63	0.42	0.58	0.44	0.38	0.60	0.31	0.05	0.12	0.13	0.01	0.71	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.37	0.08	0.03	0.33	0.04	0.41	0.01	0.45	0.34	0.42	0.36	0.31	0.42	0.27	0.07	0.07	0.11	0.00	0.50	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	OP3	P
C1'	0.13	0.05	0.10	0.27	0.17	0.14	0.15	0.39	0.06	0.04	0.07	0.28	0.15	0.27	0.37	0.05	0.34	0.29	0.67	0.00	0.30
C2	0.16	0.08	0.11	0.16	0.17	0.04	0.13	0.27	0.03	0.08	0.06	0.30	0.20	0.27	0.28	0.09	0.43	0.28	0.66	0.00	0.29
C2'	0.13	0.07	0.17	0.32	0.25	0.16	0.23	0.34	0.13	0.07	0.15	0.38	0.13	0.27	0.35	0.10	0.34	0.35	0.77	0.00	0.39
C3'	0.15	0.13	0.21	0.35	0.31	0.20	0.30	0.36	0.20	0.13	0.19	0.43	0.16	0.28	0.37	0.14	0.34	0.43	0.83	0.00	0.45
C4	0.14	0.09	0.11	0.22	0.14	0.11	0.14	0.36	0.05	0.06	0.03	0.27	0.20	0.26	0.34	0.05	0.38	0.32	0.67	0.00	0.31
C4'	0.11	0.04	0.11	0.28	0.20	0.15	0.20	0.40	0.11	0.03	0.09	0.32	0.13	0.25	0.38	0.07	0.33	0.33	0.71	0.00	0.35
C5	0.12	0.12	0.11	0.21	0.11	0.13	0.14	0.38	0.06	0.06	0.05	0.22	0.23	0.23	0.36	0.03	0.38	0.35	0.66	0.00	0.32
C5'	0.14	0.11	0.17	0.31	0.22	0.19	0.24	0.41	0.16	0.11	0.13	0.32	0.17	0.27	0.38	0.13	0.34	0.43	0.78	0.00	0.43
C6	0.11	0.14	0.10	0.17	0.09	0.11	0.14	0.36	0.06	0.06	0.09	0.22	0.25	0.21	0.34	0.02	0.41	0.36	0.65	0.00	0.31
C8	0.12	0.10	0.11	0.25	0.11	0.16	0.14	0.42	0.06	0.05	0.03	0.21	0.21	0.25	0.38	0.04	0.35	0.36	0.67	0.00	0.33
N1	0.14	0.13	0.10	0.14	0.14	0.06	0.14	0.30	0.04	0.07	0.04	0.29	0.24	0.23	0.31	0.06	0.44	0.32	0.66	0.00	0.30
N2	0.19	0.06	0.12	0.12	0.18	0.02	0.11	0.20	0.03	0.09	0.13	0.30	0.16	0.29	0.22	0.14	0.46	0.26	0.65	0.00	0.28
N3	0.16	0.07	0.11	0.20	0.17	0.07	0.13	0.31	0.03	0.07	0.07	0.29	0.18	0.28	0.30	0.09	0.40	0.28	0.67	0.00	0.30
N7	0.11	0.12	0.11	0.23	0.09	0.15	0.14	0.42	0.07	0.05	0.06	0.18	0.23	0.23	0.38	0.03	0.36	0.38	0.66	0.00	0.33
N9	0.13	0.08	0.11	0.25	0.14	0.14	0.15	0.39	0.06	0.05	0.03	0.25	0.19	0.26	0.36	0.05	0.36	0.32	0.67	0.00	0.32
O2'	0.13	0.03	0.08	0.26	0.24	0.09	0.20	0.32	0.09	0.03	0.15	0.36	0.09	0.25	0.33	0.09	0.33	0.24	0.68	0.00	0.29
O3'	0.16	0.17	0.24	0.36	0.37	0.21	0.36	0.34	0.25	0.17	0.25	0.50	0.17	0.29	0.35	0.16	0.34	0.45	0.88	0.00	0.49
O4'	0.14	0.07	0.08	0.24	0.15	0.14	0.14	0.42	0.06	0.06	0.06	0.25	0.15	0.27	0.39	0.04	0.34	0.27	0.62	0.00	0.27
O5'	0.25	0.24	0.30	0.39	0.30	0.28	0.33	0.41	0.28	0.24	0.24	0.38	0.28	0.36	0.35	0.26	0.42	0.59	0.90	0.00	0.57
O6	0.09	0.16	0.09	0.14	0.04	0.12	0.13	0.37	0.07	0.06	0.14	0.13	0.26	0.18	0.36	0.00	0.41	0.39	0.63	0.00	0.31
OP1	1.12	1.09	1.21	1.48	1.35	1.39	1.43	1.60	1.35	1.19	1.16	1.44	0.93	1.04	1.41	1.24	1.15	1.71	1.98	0.00	1.63
OP2	0.73	0.74	0.60	0.39	0.60	0.48	0.55	0.27	0.61	0.69	0.70	0.55	0.81	0.74	0.29	0.67	1.02	0.73	0.80	0.00	0.75
P	0.37	0.37	0.43	0.56	0.47	0.47	0.51	0.60	0.46	0.39	0.38	0.53	0.36	0.43	0.48	0.42	0.45	0.80	1.08	0.00	0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	OP3	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.25	0.18	0.76	0.00	0.40
C2	0.01	0.00	0.13	0.18	0.01	0.07	0.01	0.19	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.30	0.04	0.41	0.23	0.70	0.00	0.30
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.03	0.02	0.12	0.02	0.14	0.01	0.09	0.04	0.27	0.00	0.05	0.01	0.31	0.24	0.49	0.00	0.14
C3'	0.00	0.18	0.00	0.00	0.02	0.00	0.14	0.01	0.18	0.02	0.14	0.02	0.31	0.02	0.01	0.01	0.36	0.51	0.30	0.00	0.13
C4	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.08	0.00	0.25	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.37	0.01	0.59	0.35	0.63	0.00	0.34
C4'	0.01	0.07	0.02	0.00	0.08	0.00	0.12	0.00	0.13	0.05	0.07	0.08	0.10	0.03	0.04	0.00	0.00	0.12	0.53	0.00	0.24
C5	0.00	0.01	0.12	0.14	0.00	0.12	0.00	0.28	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.08	0.40	0.02	0.65	0.38	0.62	0.00	0.35
C5'	0.06	0.19	0.02	0.01	0.25	0.00	0.28	0.00	0.26	0.17	0.22	0.26	0.17	0.02	0.11	0.00	0.00	0.36	0.40	0.00	0.01
C6	0.00	0.01	0.14	0.18	0.01	0.13	0.00	0.26	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.36	0.03	0.59	0.31	0.68	0.00	0.31
N1	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.22	0.01	0.42	0.23	0.72	0.00	0.32
N3	0.01	0.00	0.09	0.14	0.00	0.07	0.01	0.22	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.35	0.03	0.49	0.29	0.66	0.00	0.31
N4	0.01	0.01	0.04	0.02	0.00	0.08	0.00	0.26	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.39	0.01	0.62	0.40	0.62	0.00	0.38
O2	0.02	0.00	0.27	0.31	0.01	0.10	0.01	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.16	0.37	0.06	0.31	0.18	0.71	0.00	0.32
O2'	0.01	0.08	0.00	0.02	0.04	0.03	0.08	0.02	0.08	0.02	0.06	0.05	0.16	0.00	0.27	0.04	0.11	0.13	0.52	0.00	0.26
O3'	0.05	0.30	0.05	0.01	0.37	0.04	0.40	0.11	0.36	0.22	0.35	0.39	0.37	0.27	0.00	0.02	0.29	0.68	0.05	0.00	0.21
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.06	0.04	0.02	0.00	0.17	0.30	0.88	0.00	0.54
O5'	0.25	0.41	0.31	0.36	0.59	0.00	0.65	0.00	0.59	0.42	0.49	0.62	0.31	0.11	0.29	0.17	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01
OP1	0.18	0.23	0.24	0.51	0.35	0.12	0.38	0.36	0.31	0.23	0.29	0.40	0.18	0.13	0.68	0.30	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02
OP2	0.76	0.70	0.49	0.30	0.63	0.53	0.62	0.40	0.68	0.72	0.66	0.62	0.71	0.52	0.05	0.88	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01
OP3	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
P	0.40	0.30	0.14	0.13	0.34	0.24	0.35	0.01	0.31	0.32	0.31	0.38	0.32	0.26	0.21	0.54	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00