ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52696

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O4' A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C6 B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.000, 0.184, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C4' A 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
N1 B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
N3 B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
N4 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O5' A 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C5' B 0, 0.000, 0.289, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.289 std_dev=0.289
O3' A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O4' B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C4' B 0, 0.000, 0.314, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C1' B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.000, 0.392, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.392 std_dev=0.392
O2 B 0, 0.000, 0.399, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.399
P A 0, 0.000, 0.440, 0.880, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C2' B 0, 0.000, 0.448, 0.896, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.448 std_dev=0.448
O5' B 0, 0.000, 0.471, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O3' B 0, 0.000, 0.514, 1.028, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.514 std_dev=0.514
OP1 A 0, 0.000, 0.536, 1.072, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.536 std_dev=0.536
OP2 A 0, 0.000, 0.538, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.538 std_dev=0.538
OP1 B 0, 0.000, 0.591, 1.182, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.591 std_dev=0.591
O2' B 0, 0.000, 0.654, 1.307, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.654 std_dev=0.654
P B 0, 0.000, 0.701, 1.402, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.701 std_dev=0.701
OP2 B 0, 0.000, 0.965, 1.930, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.965 std_dev=0.965

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.10 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01
N2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.03 0.03
O3' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.13 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.10 0.10 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00
O5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02
OP1 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05 0.03 0.01 0.10 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.03 0.01 0.02 0.08 0.05 0.03 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.09 0.15 0.18 0.04 0.14 0.06 0.18 0.09 0.10 0.05 0.00 0.10 0.06 0.17 0.11 0.25 0.26 0.37 0.30
C2 0.12 0.09 0.13 0.17 0.02 0.14 0.05 0.19 0.09 0.11 0.04 0.03 0.12 0.06 0.15 0.12 0.23 0.24 0.34 0.28
C2' 0.20 0.16 0.25 0.27 0.08 0.22 0.10 0.25 0.14 0.17 0.11 0.03 0.20 0.19 0.27 0.19 0.29 0.30 0.38 0.32
C3' 0.24 0.20 0.27 0.29 0.12 0.25 0.13 0.27 0.17 0.21 0.15 0.07 0.24 0.22 0.28 0.23 0.31 0.32 0.39 0.34
C4 0.12 0.10 0.13 0.16 0.05 0.14 0.07 0.19 0.10 0.11 0.07 0.00 0.13 0.05 0.15 0.12 0.24 0.26 0.36 0.30
C4' 0.17 0.13 0.20 0.22 0.07 0.18 0.09 0.22 0.12 0.14 0.09 0.03 0.16 0.13 0.21 0.16 0.27 0.28 0.38 0.31
C5 0.13 0.13 0.12 0.15 0.07 0.15 0.08 0.20 0.11 0.12 0.10 0.03 0.15 0.05 0.12 0.14 0.24 0.26 0.36 0.30
C5' 0.17 0.13 0.18 0.20 0.07 0.18 0.08 0.21 0.12 0.14 0.09 0.02 0.16 0.11 0.18 0.16 0.26 0.27 0.37 0.31
C6 0.14 0.14 0.10 0.13 0.07 0.14 0.08 0.20 0.10 0.13 0.11 0.02 0.16 0.05 0.10 0.14 0.23 0.24 0.34 0.29
C8 0.13 0.12 0.12 0.16 0.07 0.14 0.08 0.19 0.10 0.12 0.09 0.03 0.14 0.05 0.13 0.13 0.25 0.27 0.37 0.31
N1 0.13 0.13 0.11 0.14 0.05 0.15 0.07 0.19 0.10 0.12 0.09 0.01 0.15 0.05 0.12 0.14 0.23 0.24 0.33 0.29
N2 0.11 0.05 0.14 0.17 0.02 0.14 0.03 0.17 0.07 0.09 0.02 0.07 0.08 0.06 0.16 0.10 0.22 0.23 0.32 0.26
N3 0.12 0.08 0.14 0.18 0.03 0.14 0.06 0.18 0.09 0.10 0.04 0.02 0.10 0.06 0.16 0.11 0.24 0.25 0.36 0.29
N7 0.14 0.13 0.11 0.14 0.08 0.15 0.09 0.20 0.11 0.13 0.11 0.04 0.15 0.05 0.12 0.14 0.24 0.26 0.36 0.31
N9 0.12 0.10 0.13 0.17 0.05 0.14 0.07 0.19 0.10 0.11 0.07 0.01 0.12 0.05 0.15 0.12 0.25 0.26 0.37 0.30
O2' 0.16 0.11 0.23 0.25 0.04 0.19 0.06 0.21 0.10 0.13 0.05 0.01 0.14 0.17 0.26 0.14 0.26 0.27 0.35 0.29
O3' 0.29 0.24 0.34 0.35 0.15 0.30 0.17 0.32 0.21 0.25 0.19 0.10 0.29 0.30 0.35 0.28 0.34 0.34 0.41 0.36
O4' 0.10 0.08 0.12 0.15 0.04 0.12 0.06 0.16 0.08 0.09 0.04 0.00 0.09 0.03 0.13 0.10 0.23 0.25 0.37 0.29
O5' 0.17 0.15 0.18 0.19 0.08 0.18 0.09 0.22 0.12 0.15 0.11 0.03 0.18 0.11 0.17 0.17 0.26 0.27 0.36 0.31
O6 0.14 0.15 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.20 0.11 0.14 0.13 0.05 0.17 0.04 0.08 0.15 0.22 0.24 0.32 0.29
OP1 0.24 0.20 0.23 0.24 0.10 0.24 0.11 0.26 0.16 0.20 0.15 0.05 0.24 0.19 0.22 0.23 0.29 0.29 0.37 0.33
OP2 0.16 0.13 0.12 0.13 0.05 0.15 0.05 0.19 0.09 0.13 0.09 0.00 0.18 0.08 0.10 0.16 0.20 0.21 0.29 0.25
P 0.16 0.13 0.14 0.16 0.06 0.16 0.07 0.20 0.10 0.13 0.09 0.02 0.17 0.09 0.13 0.16 0.23 0.24 0.33 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05
C2 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.08 0.08 0.16 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.09 0.07
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.03 0.10 0.07
C4 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02 0.11 0.14 0.21 0.19
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.14 0.20 0.19
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.11 0.14 0.15
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.13 0.11
N3 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.02 0.10 0.11 0.20 0.16
N4 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.12 0.16 0.24 0.21
O2 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.07 0.06 0.15 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.08 0.08 0.08 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.10 0.08
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.13 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
O5' 0.03 0.08 0.07 0.09 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.10 0.12 0.07 0.08 0.12 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.08 0.02 0.03 0.14 0.02 0.14 0.02 0.11 0.07 0.11 0.16 0.06 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.16 0.09 0.10 0.21 0.02 0.20 0.01 0.14 0.13 0.20 0.24 0.15 0.10 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.07 0.07 0.19 0.01 0.19 0.00 0.15 0.11 0.16 0.21 0.11 0.08 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00