ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52698

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2' A 0, 0.000, 0.109, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.109 std_dev=0.109
O4' A 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C2' A 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
N3 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.000, 0.277, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C4' A 0, 0.000, 0.278, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.278 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.000, 0.286, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.286
N4 B 0, 0.000, 0.304, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C5 B 0, 0.000, 0.305, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.305 std_dev=0.305
O2 B 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
C6 B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C2' B 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
O3' A 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C5' A 0, 0.000, 0.537, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.537 std_dev=0.537
C3' B 0, 0.000, 0.539, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.539 std_dev=0.539
O4' B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
O5' A 0, 0.000, 0.600, 1.200, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.600 std_dev=0.600
O3' B 0, 0.000, 0.676, 1.352, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.676 std_dev=0.676
C4' B 0, 0.000, 0.701, 1.402, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.701 std_dev=0.701
O5' B 0, 0.000, 0.959, 1.917, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.959 std_dev=0.959
C5' B 0, 0.000, 0.960, 1.920, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.960 std_dev=0.960
OP2 B 0, 0.000, 1.015, 2.030, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.015 std_dev=1.015
P B 0, 0.000, 1.040, 2.080, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.040 std_dev=1.040
P A 0, 0.000, 1.306, 2.612, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.306 std_dev=1.306
OP1 B 0, 0.000, 1.468, 2.937, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.468 std_dev=1.468
OP2 A 0, 0.000, 1.497, 2.993, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.497 std_dev=1.497
OP1 A 0, 0.000, 1.862, 3.725, 3.725 max_d=3.725 avg_d=1.862 std_dev=1.862

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.02 0.34 0.34 0.22
C2 0.02 0.00 0.08 0.15 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.02 0.33 0.00 0.73 0.78 0.54
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.10 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.45 0.33 0.25
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.03 0.13 0.03 0.15 0.16 0.13 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.46 0.25 0.24
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.31 0.01 0.61 0.67 0.46
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.08 0.08 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.09 0.21 0.12 0.09
C5 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.35 0.01 0.64 0.74 0.51
C5' 0.04 0.17 0.03 0.03 0.15 0.01 0.18 0.00 0.20 0.15 0.19 0.16 0.14 0.18 0.12 0.03 0.01 0.02 0.00 0.21 0.04 0.02 0.00
C6 0.02 0.00 0.04 0.13 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.37 0.00 0.72 0.83 0.57
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.30 0.01 0.44 0.51 0.36
N1 0.02 0.00 0.07 0.15 0.01 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.02 0.36 0.00 0.76 0.84 0.58
N2 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.02 0.32 0.00 0.76 0.79 0.55
N3 0.02 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.29 0.00 0.65 0.69 0.48
N7 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.34 0.01 0.54 0.66 0.45
N9 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.27 0.01 0.48 0.52 0.36
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.41 0.29 0.22
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.14 0.03 0.16 0.18 0.14 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.48 0.19 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.02 0.17 0.18 0.09
O5' 0.15 0.33 0.07 0.02 0.31 0.02 0.35 0.00 0.37 0.30 0.36 0.32 0.29 0.34 0.27 0.06 0.05 0.11 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.03 0.12 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.38 0.00 0.73 0.85 0.60
OP1 0.34 0.73 0.45 0.46 0.61 0.21 0.64 0.04 0.72 0.44 0.76 0.76 0.65 0.54 0.48 0.41 0.48 0.17 0.00 0.73 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.78 0.33 0.25 0.67 0.12 0.74 0.02 0.83 0.51 0.84 0.79 0.69 0.66 0.52 0.29 0.19 0.18 0.00 0.85 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.54 0.25 0.24 0.46 0.09 0.51 0.00 0.57 0.36 0.58 0.55 0.48 0.45 0.36 0.22 0.22 0.09 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.09 0.11 0.08 0.05 0.20 0.01 0.16 0.06 0.12 0.00 0.13 0.16 0.17 0.05 0.25 0.02 0.01 0.29 0.11
C2 0.18 0.05 0.10 0.08 0.09 0.18 0.03 0.14 0.04 0.09 0.06 0.16 0.13 0.16 0.06 0.21 0.01 0.03 0.25 0.10
C2' 0.29 0.15 0.20 0.19 0.00 0.32 0.06 0.30 0.14 0.19 0.05 0.09 0.22 0.27 0.17 0.35 0.15 0.16 0.18 0.02
C3' 0.38 0.26 0.28 0.27 0.11 0.41 0.16 0.39 0.24 0.29 0.16 0.02 0.32 0.33 0.24 0.46 0.25 0.23 0.11 0.11
C4 0.18 0.09 0.10 0.06 0.06 0.17 0.03 0.12 0.05 0.11 0.01 0.15 0.17 0.15 0.04 0.22 0.01 0.04 0.31 0.14
C4' 0.28 0.18 0.16 0.14 0.04 0.29 0.07 0.26 0.15 0.20 0.09 0.04 0.24 0.22 0.10 0.35 0.11 0.09 0.22 0.02
C5 0.18 0.11 0.09 0.05 0.05 0.14 0.02 0.08 0.05 0.11 0.02 0.14 0.19 0.14 0.02 0.20 0.05 0.11 0.37 0.19
C5' 0.39 0.31 0.25 0.23 0.18 0.38 0.20 0.36 0.27 0.32 0.23 0.10 0.36 0.29 0.17 0.46 0.22 0.17 0.13 0.07
C6 0.17 0.12 0.09 0.05 0.06 0.13 0.03 0.07 0.04 0.11 0.02 0.15 0.20 0.14 0.02 0.18 0.06 0.13 0.37 0.20
C8 0.18 0.11 0.09 0.05 0.04 0.15 0.02 0.09 0.05 0.11 0.03 0.13 0.19 0.15 0.01 0.21 0.05 0.12 0.38 0.20
N1 0.17 0.09 0.10 0.07 0.08 0.15 0.03 0.10 0.04 0.10 0.03 0.16 0.18 0.15 0.05 0.19 0.02 0.05 0.30 0.15
N2 0.17 0.01 0.10 0.09 0.10 0.19 0.04 0.16 0.03 0.07 0.10 0.16 0.06 0.16 0.09 0.21 0.04 0.10 0.18 0.04
N3 0.18 0.06 0.10 0.07 0.08 0.18 0.03 0.15 0.04 0.10 0.04 0.16 0.13 0.15 0.06 0.22 0.01 0.03 0.26 0.10
N7 0.17 0.12 0.09 0.04 0.04 0.13 0.02 0.07 0.05 0.11 0.04 0.12 0.20 0.14 0.00 0.19 0.06 0.16 0.41 0.22
N9 0.19 0.10 0.10 0.06 0.05 0.18 0.02 0.13 0.05 0.11 0.01 0.14 0.18 0.16 0.03 0.23 0.01 0.04 0.32 0.15
O2' 0.18 0.03 0.10 0.09 0.09 0.22 0.04 0.21 0.04 0.08 0.06 0.17 0.08 0.16 0.08 0.25 0.06 0.11 0.23 0.05
O3' 0.42 0.28 0.31 0.32 0.15 0.48 0.20 0.47 0.28 0.33 0.18 0.05 0.33 0.37 0.29 0.51 0.32 0.33 0.04 0.19
O4' 0.19 0.10 0.08 0.05 0.05 0.18 0.02 0.14 0.05 0.11 0.01 0.13 0.17 0.14 0.00 0.24 0.01 0.04 0.33 0.14
O5' 0.56 0.49 0.45 0.42 0.37 0.56 0.39 0.53 0.45 0.50 0.42 0.29 0.55 0.48 0.37 0.62 0.39 0.32 0.02 0.23
O6 0.15 0.13 0.08 0.04 0.04 0.10 0.03 0.03 0.04 0.11 0.06 0.14 0.21 0.12 0.01 0.15 0.09 0.20 0.42 0.25
OP1 1.10 0.99 0.92 0.91 0.84 1.13 0.88 1.12 0.97 1.02 0.90 0.73 1.04 0.96 0.83 1.22 0.96 0.88 0.53 0.80
OP2 1.14 1.07 0.99 0.99 0.94 1.14 0.96 1.12 1.03 1.08 1.00 0.84 1.11 1.02 0.92 1.22 0.98 0.85 0.55 0.80
P 0.86 0.78 0.70 0.69 0.65 0.86 0.67 0.84 0.75 0.80 0.71 0.55 0.83 0.73 0.61 0.95 0.70 0.59 0.29 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.12 0.09
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.09 0.10 0.27 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.13 0.10 0.04
C4 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.14 0.25 0.39 0.27
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.12 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.14 0.26 0.37 0.27
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.16 0.27 0.22
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.08 0.22 0.17
N3 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.12 0.18 0.34 0.24
N4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.15 0.30 0.43 0.30
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.07 0.05 0.24 0.16
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.19 0.05 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.07 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.22 0.21 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.08
O5' 0.04 0.09 0.04 0.03 0.14 0.00 0.14 0.00 0.12 0.09 0.12 0.15 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.10 0.10 0.13 0.25 0.12 0.26 0.09 0.16 0.08 0.18 0.30 0.05 0.19 0.22 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.27 0.01 0.10 0.39 0.03 0.37 0.01 0.27 0.22 0.34 0.43 0.24 0.05 0.21 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.19 0.01 0.04 0.27 0.01 0.27 0.00 0.22 0.17 0.24 0.30 0.16 0.04 0.12 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00