ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52700

back

Distances from reference structure (by RMSD)

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O6 A max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N2 A max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N7 A max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C8 A max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C6 B max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C5 B max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C4 B max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O4' B max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
N3 B max_d=0.417 avg_d=0.209 std_dev=0.209
N4 B max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
N1 B max_d=0.479 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O2' A max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O5' B max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C2 B max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C2' A max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O4' A max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C4' B max_d=0.607 avg_d=0.304 std_dev=0.303
C1' B max_d=0.725 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O2 B max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C5' B max_d=0.976 avg_d=0.488 std_dev=0.488
C4' A max_d=0.985 avg_d=0.492 std_dev=0.492
C3' A max_d=0.997 avg_d=0.498 std_dev=0.498
C3' B max_d=1.201 avg_d=0.600 std_dev=0.600
C2' B max_d=1.267 avg_d=0.633 std_dev=0.633
O3' A max_d=1.349 avg_d=0.674 std_dev=0.674
OP1 A max_d=1.516 avg_d=0.758 std_dev=0.758
OP2 A max_d=1.542 avg_d=0.771 std_dev=0.771
C5' A max_d=1.595 avg_d=0.798 std_dev=0.798
P A max_d=1.642 avg_d=0.821 std_dev=0.821
O2' B max_d=1.709 avg_d=0.855 std_dev=0.855
O3' B max_d=1.729 avg_d=0.865 std_dev=0.865
O5' A max_d=1.772 avg_d=0.886 std_dev=0.886
P B max_d=1.848 avg_d=0.924 std_dev=0.924
OP1 B max_d=2.234 avg_d=1.117 std_dev=1.117
OP2 B max_d=2.834 avg_d=1.417 std_dev=1.417

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.00 0.21 0.10 0.09
C2 0.01 0.00 0.13 0.23 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.00 0.36 0.01 0.30 0.14 0.27
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.10 0.17 0.12 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.02 0.32 0.02 0.18
C3' 0.00 0.23 0.01 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.07 0.21 0.27 0.19 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.26 0.12 0.38 0.01 0.22
C4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.40 0.01 0.32 0.12 0.28
C4' 0.00 0.11 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.04 0.11 0.13 0.09 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.07 0.15 0.25 0.02
C5 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.50 0.01 0.39 0.23 0.37
C5' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.12 0.03 0.15 0.16 0.11 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.12 0.18 0.33 0.00
C6 0.00 0.01 0.04 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.16 0.00 0.50 0.00 0.39 0.28 0.39
C8 0.03 0.01 0.09 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.54 0.02 0.40 0.15 0.36
N1 0.01 0.00 0.10 0.21 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.01 0.43 0.01 0.35 0.22 0.34
N2 0.02 0.00 0.17 0.27 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.32 0.00 0.32 0.02 0.27 0.12 0.24
N3 0.00 0.01 0.12 0.19 0.00 0.09 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.01 0.33 0.00 0.28 0.08 0.23
N7 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03 0.58 0.02 0.44 0.28 0.44
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.38 0.00 0.30 0.04 0.23
O2' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.07 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.14 0.13 0.01
O3' 0.00 0.26 0.01 0.00 0.12 0.01 0.09 0.01 0.16 0.08 0.24 0.32 0.22 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.14 0.14 0.37 0.00 0.18
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.26 0.04
O5' 0.21 0.36 0.24 0.26 0.40 0.00 0.50 0.00 0.50 0.54 0.43 0.32 0.33 0.58 0.38 0.01 0.14 0.07 0.00 0.54 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.14 0.00 0.54 0.00 0.43 0.35 0.44
OP1 0.21 0.30 0.32 0.38 0.32 0.15 0.39 0.18 0.39 0.40 0.35 0.27 0.28 0.44 0.30 0.14 0.37 0.10 0.01 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.14 0.02 0.01 0.12 0.25 0.23 0.33 0.28 0.15 0.22 0.12 0.08 0.28 0.04 0.13 0.00 0.26 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.27 0.18 0.22 0.28 0.02 0.37 0.00 0.39 0.36 0.34 0.24 0.23 0.44 0.23 0.01 0.18 0.04 0.00 0.44 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.26 0.31 0.07 0.19 0.09 0.18 0.09 0.09 0.07 0.04 0.05 0.21 0.41 0.07 0.13 0.18 0.17 0.13
C2 0.13 0.10 0.29 0.30 0.06 0.18 0.08 0.15 0.10 0.11 0.07 0.00 0.08 0.26 0.38 0.09 0.13 0.14 0.09 0.08
C2' 0.04 0.06 0.14 0.18 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.11 0.27 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04
C3' 0.12 0.15 0.07 0.10 0.12 0.06 0.11 0.09 0.12 0.13 0.14 0.14 0.17 0.04 0.21 0.19 0.11 0.08 0.12 0.15
C4 0.11 0.09 0.25 0.28 0.07 0.17 0.08 0.14 0.09 0.10 0.08 0.03 0.08 0.22 0.35 0.08 0.11 0.12 0.08 0.08
C4' 0.02 0.02 0.21 0.27 0.01 0.11 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.38 0.03 0.06 0.11 0.09 0.05
C5 0.13 0.11 0.23 0.24 0.08 0.16 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.04 0.10 0.21 0.30 0.09 0.09 0.06 0.02 0.04
C5' 0.00 0.04 0.19 0.24 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.15 0.36 0.05 0.03 0.06 0.04 0.01
C6 0.14 0.13 0.22 0.22 0.09 0.15 0.09 0.10 0.10 0.13 0.13 0.04 0.13 0.21 0.27 0.11 0.09 0.02 0.03 0.02
C8 0.10 0.09 0.22 0.24 0.07 0.15 0.07 0.13 0.08 0.09 0.09 0.04 0.08 0.19 0.31 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06
N1 0.15 0.13 0.26 0.26 0.08 0.17 0.09 0.12 0.11 0.13 0.12 0.01 0.12 0.24 0.31 0.10 0.11 0.07 0.00 0.04
N2 0.14 0.08 0.34 0.34 0.04 0.21 0.09 0.18 0.11 0.11 0.04 0.01 0.07 0.30 0.42 0.09 0.15 0.18 0.12 0.11
N3 0.11 0.07 0.28 0.31 0.06 0.18 0.08 0.16 0.09 0.09 0.06 0.01 0.06 0.24 0.39 0.07 0.12 0.16 0.12 0.10
N7 0.11 0.10 0.20 0.22 0.08 0.14 0.07 0.11 0.08 0.10 0.10 0.04 0.10 0.18 0.27 0.09 0.07 0.03 0.01 0.03
N9 0.11 0.09 0.25 0.29 0.08 0.18 0.09 0.16 0.09 0.10 0.09 0.05 0.07 0.21 0.37 0.09 0.12 0.14 0.12 0.10
O2' 0.07 0.04 0.26 0.31 0.05 0.16 0.06 0.15 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.22 0.41 0.03 0.11 0.18 0.14 0.10
O3' 0.20 0.21 0.02 0.04 0.18 0.14 0.17 0.17 0.19 0.20 0.20 0.19 0.24 0.01 0.16 0.27 0.18 0.15 0.20 0.23
O4' 0.13 0.10 0.30 0.37 0.12 0.23 0.14 0.23 0.14 0.12 0.10 0.09 0.06 0.25 0.47 0.11 0.18 0.24 0.23 0.19
O5' 0.50 0.50 0.62 0.67 0.58 0.57 0.58 0.57 0.55 0.52 0.54 0.59 0.44 0.54 0.74 0.48 0.56 0.58 0.58 0.56
O6 0.15 0.15 0.20 0.18 0.11 0.14 0.08 0.08 0.10 0.14 0.15 0.05 0.15 0.19 0.21 0.12 0.07 0.04 0.11 0.02
OP1 0.46 0.45 0.57 0.61 0.50 0.51 0.50 0.49 0.48 0.47 0.48 0.49 0.41 0.52 0.68 0.43 0.48 0.47 0.45 0.46
OP2 0.35 0.35 0.42 0.46 0.41 0.39 0.41 0.38 0.39 0.36 0.38 0.42 0.30 0.36 0.50 0.34 0.38 0.35 0.34 0.36
P 0.43 0.43 0.53 0.58 0.50 0.49 0.50 0.49 0.48 0.45 0.47 0.51 0.38 0.46 0.63 0.42 0.48 0.48 0.48 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.08 0.04 0.08 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.15 0.05 0.13 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.10 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.01
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.10 0.14 0.07
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.13 0.09 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.06 0.11 0.08
N4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.16 0.08
O2 0.03 0.00 0.15 0.12 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.15 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.11 0.02
O3' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.15 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.19 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.13 0.11 0.04 0.03
O5' 0.03 0.01 0.08 0.15 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.18 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.06 0.01 0.04 0.05 0.10 0.11 0.10 0.13 0.04 0.00 0.06 0.11 0.04 0.11 0.07 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.06 0.08 0.13 0.14 0.10 0.14 0.09 0.07 0.04 0.11 0.16 0.03 0.11 0.19 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.07 0.01 0.04 0.04 0.08 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00