ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52701

back

Distances from reference structure (by RMSD)

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N3 A max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N1 A max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C4 A max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N2 A max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O6 A max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
N9 A max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
N7 A max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
N3 B max_d=0.173 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C8 A max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
N1 B max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C2 B max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C1' B max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C4' B max_d=0.467 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C2' B max_d=0.499 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C4 B max_d=0.505 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O4' B max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C6 B max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
N4 B max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O2 B max_d=0.667 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C3' B max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C5 B max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
O2' B max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
C5' B max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
O3' B max_d=1.205 avg_d=0.602 std_dev=0.602
O4' A max_d=1.308 avg_d=0.654 std_dev=0.654
O5' B max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
C4' A max_d=1.544 avg_d=0.772 std_dev=0.772
C2' A max_d=1.606 avg_d=0.803 std_dev=0.803
C3' A max_d=1.825 avg_d=0.912 std_dev=0.912
O3' A max_d=1.938 avg_d=0.969 std_dev=0.969
P B max_d=1.979 avg_d=0.989 std_dev=0.989
OP1 B max_d=2.187 avg_d=1.094 std_dev=1.094
OP2 B max_d=2.198 avg_d=1.099 std_dev=1.099
O2' A max_d=2.549 avg_d=1.275 std_dev=1.275
C5' A max_d=3.229 avg_d=1.615 std_dev=1.615
O5' A max_d=4.901 avg_d=2.450 std_dev=2.450
P A max_d=5.289 avg_d=2.644 std_dev=2.644
OP2 A max_d=5.323 avg_d=2.662 std_dev=2.662
OP1 A max_d=5.401 avg_d=2.701 std_dev=2.701

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.33 0.01 0.13 0.23 0.12
C2 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.27 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.26 0.31 0.16 0.00 0.17 0.37 0.19
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.42 0.06 0.09 0.31 0.08
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.15 0.66 0.24
C4 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.14 0.16 0.21 0.00 0.12 0.14 0.11
C4' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.11 0.22 0.32 0.25 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.50 0.13
C5 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.11 0.08 0.40 0.01 0.30 0.10 0.32
C5' 0.00 0.53 0.03 0.00 0.26 0.00 0.16 0.00 0.28 0.19 0.44 0.65 0.47 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.23 0.26 0.36 0.00
C6 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.13 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.16 0.14 0.28 0.00 0.21 0.04 0.22
C8 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.14 0.79 0.01 0.58 0.35 0.64
N1 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.22 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.35 0.23 0.24 0.02 0.00 0.02 0.19 0.02
N2 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.32 0.00 0.65 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.43 0.31 0.36 0.37 0.00 0.36 0.53 0.38
N3 0.03 0.00 0.06 0.02 0.00 0.25 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.22 0.31 0.11 0.00 0.14 0.39 0.17
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.71 0.02 0.56 0.38 0.62
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.45 0.00 0.28 0.02 0.29
O2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.21 0.00 0.17 0.03 0.26 0.13 0.35 0.43 0.31 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.40 0.24 0.00 0.33 0.03
O3' 0.04 0.26 0.00 0.01 0.14 0.01 0.11 0.03 0.16 0.03 0.23 0.31 0.22 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.11 0.15 0.45 0.84 0.46
O4' 0.00 0.31 0.02 0.00 0.16 0.00 0.08 0.00 0.14 0.14 0.24 0.36 0.31 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.12 0.18 0.23 0.12
O5' 0.33 0.16 0.42 0.11 0.21 0.00 0.40 0.01 0.28 0.79 0.02 0.37 0.11 0.71 0.45 0.40 0.11 0.21 0.00 0.37 0.02 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.24 0.15 0.12 0.37 0.00 0.30 0.17 0.33
OP1 0.13 0.17 0.09 0.15 0.12 0.00 0.30 0.26 0.21 0.58 0.02 0.36 0.14 0.56 0.28 0.00 0.45 0.18 0.02 0.30 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.37 0.31 0.66 0.14 0.50 0.10 0.36 0.04 0.35 0.19 0.53 0.39 0.38 0.02 0.33 0.84 0.23 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.19 0.08 0.24 0.11 0.13 0.32 0.00 0.22 0.64 0.02 0.38 0.17 0.62 0.29 0.03 0.46 0.12 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.07 0.05 0.06 0.09 0.04 0.10 0.02 0.09 0.08 0.07 0.09 0.05 0.05 0.12 0.12 0.04 0.08 0.13 0.07
C2 0.05 0.05 0.07 0.09 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.14 0.07 0.11 0.15 0.20 0.14
C2' 0.23 0.19 0.06 0.04 0.20 0.18 0.22 0.16 0.23 0.22 0.18 0.18 0.17 0.06 0.05 0.29 0.08 0.03 0.03 0.06
C3' 0.14 0.11 0.06 0.09 0.12 0.07 0.14 0.06 0.14 0.13 0.10 0.11 0.08 0.05 0.20 0.20 0.03 0.08 0.14 0.05
C4 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.11 0.06 0.09 0.12 0.17 0.12
C4' 0.22 0.20 0.41 0.44 0.12 0.30 0.14 0.32 0.17 0.20 0.16 0.08 0.23 0.42 0.55 0.18 0.37 0.42 0.43 0.38
C5 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.05 0.06 0.05 0.08 0.12 0.16 0.11
C5' 0.53 0.46 0.76 0.80 0.34 0.65 0.37 0.66 0.44 0.48 0.38 0.25 0.50 0.77 0.94 0.49 0.70 0.77 0.74 0.70
C6 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.11 0.16 0.11
C8 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.07 0.04 0.07 0.11 0.15 0.10
N1 0.05 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.09 0.13 0.19 0.13
N2 0.06 0.06 0.09 0.13 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.01 0.10 0.06 0.20 0.07 0.14 0.17 0.23 0.17
N3 0.05 0.04 0.08 0.10 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.07 0.16 0.07 0.10 0.14 0.19 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.04 0.03 0.07 0.11 0.14 0.10
N9 0.04 0.03 0.06 0.06 0.06 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.04 0.07 0.01 0.07 0.11 0.07 0.07 0.11 0.16 0.10
O2' 0.61 0.53 0.44 0.43 0.49 0.59 0.54 0.57 0.58 0.58 0.48 0.43 0.50 0.45 0.35 0.69 0.47 0.42 0.33 0.44
O3' 0.45 0.38 0.27 0.24 0.34 0.41 0.38 0.39 0.41 0.41 0.34 0.30 0.36 0.28 0.14 0.52 0.29 0.24 0.15 0.26
O4' 0.28 0.25 0.43 0.44 0.16 0.34 0.18 0.36 0.22 0.25 0.20 0.10 0.29 0.45 0.53 0.25 0.39 0.43 0.44 0.40
O5' 0.15 0.03 0.44 0.47 0.21 0.28 0.17 0.26 0.05 0.04 0.11 0.35 0.14 0.53 0.67 0.09 0.25 0.30 0.21 0.20
O6 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.09 0.13 0.09
OP1 0.16 0.04 0.44 0.47 0.18 0.29 0.15 0.27 0.03 0.06 0.09 0.31 0.15 0.52 0.66 0.10 0.26 0.31 0.22 0.21
OP2 0.22 0.13 0.48 0.49 0.10 0.31 0.09 0.28 0.02 0.12 0.01 0.24 0.25 0.56 0.65 0.14 0.27 0.31 0.23 0.22
P 0.15 0.03 0.43 0.45 0.20 0.27 0.16 0.25 0.05 0.05 0.10 0.34 0.14 0.51 0.64 0.09 0.24 0.30 0.20 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.09 0.12 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.12 0.16 0.13
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.12 0.14 0.13
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.10 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.07 0.09 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.11 0.15 0.12
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.14 0.17 0.15
O2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.07 0.07 0.11 0.09
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.05 0.07 0.03 0.02 0.07 0.03 0.04 0.00 0.00 0.10 0.15 0.13 0.12
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
O5' 0.04 0.08 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07 0.02 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.09 0.01 0.05 0.12 0.01 0.12 0.00 0.09 0.07 0.11 0.14 0.07 0.05 0.15 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.12 0.02 0.05 0.16 0.01 0.14 0.01 0.10 0.09 0.15 0.17 0.11 0.00 0.13 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.01 0.04 0.13 0.01 0.13 0.01 0.10 0.08 0.12 0.15 0.09 0.02 0.12 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00