Doublet Group distance statistics: 52707

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
O6	A	0, -0.548, 0.370, 1.288, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.370 std_dev=0.918
O6	B	0, -0.403, 0.626, 1.656, 3.331 max_d=3.331 avg_d=0.626 std_dev=1.029
N2	B	0, -0.297, 0.804, 1.904, 3.663 max_d=3.663 avg_d=0.804 std_dev=1.100
N1	B	0, -0.450, 0.663, 1.776, 3.593 max_d=3.593 avg_d=0.663 std_dev=1.113
N1	A	0, -0.693, 0.446, 1.584, 3.458 max_d=3.458 avg_d=0.446 std_dev=1.138
N2	A	0, -0.736, 0.524, 1.783, 3.855 max_d=3.855 avg_d=0.524 std_dev=1.260
C6	A	0, -0.856, 0.530, 1.916, 4.197 max_d=4.197 avg_d=0.530 std_dev=1.386
C6	B	0, -0.676, 0.753, 2.182, 4.526 max_d=4.526 avg_d=0.753 std_dev=1.429
C2	B	0, -0.613, 0.897, 2.406, 4.862 max_d=4.862 avg_d=0.897 std_dev=1.509
C2	A	0, -0.998, 0.634, 2.266, 4.953 max_d=4.953 avg_d=0.634 std_dev=1.632
C5	A	0, -1.381, 0.873, 3.126, 6.836 max_d=6.836 avg_d=0.873 std_dev=2.254
C5	B	0, -1.194, 1.091, 3.376, 7.131 max_d=7.131 avg_d=1.091 std_dev=2.285
N3	B	0, -1.073, 1.239, 3.552, 7.334 max_d=7.334 avg_d=1.239 std_dev=2.313
N3	A	0, -1.524, 0.945, 3.413, 7.475 max_d=7.475 avg_d=0.945 std_dev=2.468
C4	B	0, -1.373, 1.300, 3.974, 8.360 max_d=8.360 avg_d=1.300 std_dev=2.673
C4	A	0, -1.691, 1.049, 3.788, 8.297 max_d=8.297 avg_d=1.049 std_dev=2.739
N7	A	0, -1.664, 1.097, 3.857, 8.400 max_d=8.400 avg_d=1.097 std_dev=2.761
N7	B	0, -1.554, 1.313, 4.180, 8.893 max_d=8.893 avg_d=1.313 std_dev=2.867
N9	B	0, -1.902, 1.632, 5.166, 10.971 max_d=10.971 avg_d=1.632 std_dev=3.534
C8	A	0, -2.147, 1.393, 4.932, 10.757 max_d=10.757 avg_d=1.393 std_dev=3.540
N9	A	0, -2.204, 1.377, 4.957, 10.850 max_d=10.850 avg_d=1.377 std_dev=3.581
C8	B	0, -2.000, 1.607, 5.214, 11.145 max_d=11.145 avg_d=1.607 std_dev=3.607
C1'	B	0, -2.241, 1.982, 6.206, 13.141 max_d=13.141 avg_d=1.982 std_dev=4.224
C1'	A	0, -2.698, 1.667, 6.032, 13.215 max_d=13.215 avg_d=1.667 std_dev=4.365
C2'	B	0, -2.315, 2.053, 6.421, 13.592 max_d=13.592 avg_d=2.053 std_dev=4.368
C2'	A	0, -2.722, 1.771, 6.264, 13.658 max_d=13.658 avg_d=1.771 std_dev=4.493
O2'	B	0, -2.365, 2.231, 6.828, 14.368 max_d=14.368 avg_d=2.231 std_dev=4.596
O2'	A	0, -2.856, 1.960, 6.775, 14.699 max_d=14.699 avg_d=1.960 std_dev=4.816
O4'	B	0, -2.726, 2.290, 7.307, 15.551 max_d=15.551 avg_d=2.290 std_dev=5.017
O4'	A	0, -3.081, 1.981, 7.042, 15.372 max_d=15.372 avg_d=1.981 std_dev=5.061
C3'	B	0, -2.801, 2.318, 7.438, 15.852 max_d=15.852 avg_d=2.318 std_dev=5.120
C3'	A	0, -3.074, 2.086, 7.246, 15.737 max_d=15.737 avg_d=2.086 std_dev=5.160
C4'	B	0, -3.071, 2.521, 8.113, 17.305 max_d=17.305 avg_d=2.521 std_dev=5.592
C4'	A	0, -3.398, 2.221, 7.840, 17.087 max_d=17.087 avg_d=2.221 std_dev=5.619
O3'	B	0, -3.052, 2.650, 8.353, 17.721 max_d=17.721 avg_d=2.650 std_dev=5.702
O3'	A	0, -3.338, 2.427, 8.191, 17.674 max_d=17.674 avg_d=2.427 std_dev=5.764
C5'	A	0, -3.598, 2.425, 8.447, 18.356 max_d=18.356 avg_d=2.425 std_dev=6.022
O5'	A	0, -3.608, 2.418, 8.443, 18.357 max_d=18.357 avg_d=2.418 std_dev=6.026
O5'	B	0, -3.501, 2.529, 8.559, 18.480 max_d=18.480 avg_d=2.529 std_dev=6.030
C5'	B	0, -3.476, 2.687, 8.850, 18.986 max_d=18.986 avg_d=2.687 std_dev=6.163
OP2	B	0, -3.673, 2.648, 8.969, 19.368 max_d=19.368 avg_d=2.648 std_dev=6.321
OP2	A	0, -3.838, 2.806, 9.450, 20.377 max_d=20.377 avg_d=2.806 std_dev=6.644
P	B	0, -3.965, 2.746, 9.457, 20.499 max_d=20.499 avg_d=2.746 std_dev=6.711
P	A	0, -3.977, 2.822, 9.621, 20.806 max_d=20.806 avg_d=2.822 std_dev=6.799
OP1	B	0, -4.287, 3.111, 10.509, 22.678 max_d=22.678 avg_d=3.111 std_dev=7.398
OP1	A	0, -4.328, 3.125, 10.578, 22.838 max_d=22.838 avg_d=3.125 std_dev=7.453

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.02	0.35	0.21	0.03
C2	0.03	0.00	0.22	0.40	0.00	0.22	0.00	0.36	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.08	0.45	0.03	0.04	0.00	0.31	0.34	0.09
C2'	0.00	0.22	0.00	0.00	0.09	0.01	0.02	0.02	0.04	0.16	0.13	0.28	0.24	0.13	0.03	0.00	0.01	0.00	0.19	0.04	0.31	0.21	0.06
C3'	0.01	0.40	0.00	0.00	0.17	0.00	0.04	0.02	0.12	0.26	0.28	0.51	0.39	0.18	0.03	0.01	0.01	0.01	0.28	0.07	0.15	0.17	0.13
C4	0.02	0.00	0.09	0.17	0.00	0.11	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.17	0.02	0.12	0.01	0.15	0.49	0.20
C4'	0.00	0.22	0.01	0.00	0.11	0.00	0.06	0.00	0.10	0.13	0.17	0.27	0.20	0.07	0.01	0.03	0.02	0.00	0.01	0.08	0.39	0.14	0.15
C5	0.01	0.00	0.02	0.04	0.00	0.06	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.05	0.02	0.21	0.01	0.10	0.74	0.39
C5'	0.03	0.36	0.02	0.02	0.20	0.00	0.15	0.00	0.23	0.12	0.33	0.43	0.31	0.06	0.06	0.03	0.02	0.01	0.01	0.21	0.05	0.19	0.01
C6	0.02	0.00	0.04	0.12	0.01	0.10	0.01	0.23	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.12	0.03	0.18	0.00	0.10	0.74	0.37
C8	0.01	0.01	0.16	0.26	0.00	0.13	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.27	0.01	0.37	0.01	0.23	0.86	0.51
N1	0.02	0.00	0.13	0.28	0.01	0.17	0.01	0.33	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.31	0.03	0.09	0.00	0.14	0.53	0.22
N2	0.03	0.00	0.28	0.51	0.01	0.27	0.01	0.43	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.61	0.03	0.08	0.01	0.43	0.21	0.07
N3	0.03	0.00	0.24	0.39	0.00	0.20	0.00	0.31	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.42	0.02	0.03	0.01	0.35	0.28	0.06
N7	0.00	0.00	0.13	0.18	0.00	0.07	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.08	0.21	0.02	0.35	0.01	0.31	0.98	0.57
N9	0.00	0.01	0.03	0.03	0.00	0.01	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.04	0.01	0.18	0.01	0.11	0.51	0.23
O2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.03	0.03	0.05	0.03	0.05	0.07	0.05	0.11	0.09	0.08	0.02	0.00	0.02	0.02	0.07	0.07	0.57	0.05	0.17
O3'	0.01	0.45	0.01	0.01	0.17	0.02	0.05	0.02	0.12	0.27	0.31	0.61	0.42	0.21	0.04	0.02	0.00	0.01	0.26	0.07	0.23	0.07	0.07
O4'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.08	0.04	0.41	0.06	0.12
O5'	0.06	0.04	0.19	0.28	0.12	0.01	0.21	0.01	0.18	0.37	0.09	0.08	0.03	0.35	0.18	0.07	0.26	0.08	0.00	0.22	0.01	0.01	0.01
O6	0.02	0.00	0.04	0.07	0.01	0.08	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.07	0.04	0.22	0.00	0.22	0.88	0.48
OP1	0.35	0.31	0.31	0.15	0.15	0.39	0.10	0.05	0.10	0.23	0.14	0.43	0.35	0.31	0.11	0.57	0.23	0.41	0.01	0.22	0.00	0.01	0.00
OP2	0.21	0.34	0.21	0.17	0.49	0.14	0.74	0.19	0.74	0.86	0.53	0.21	0.28	0.98	0.51	0.05	0.07	0.06	0.01	0.88	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.09	0.06	0.13	0.20	0.15	0.39	0.01	0.37	0.51	0.22	0.07	0.06	0.57	0.23	0.17	0.07	0.12	0.01	0.48	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.09	0.09	0.06	0.14	0.09	0.24	0.14	0.26	0.25	0.14	0.16	0.08	0.31	0.15	0.21	0.07	0.15	0.53	0.36	0.70	0.98	0.69
C2	0.19	0.11	0.09	0.21	0.30	0.23	0.51	0.33	0.60	0.49	0.36	0.26	0.11	0.60	0.32	0.16	0.15	0.26	0.70	0.82	0.83	1.01	0.78
C2'	0.10	0.11	0.13	0.07	0.15	0.10	0.29	0.18	0.30	0.32	0.14	0.27	0.10	0.39	0.18	0.30	0.13	0.17	0.55	0.45	0.68	0.95	0.68
C3'	0.17	0.33	0.30	0.18	0.13	0.13	0.07	0.07	0.07	0.11	0.17	0.52	0.29	0.18	0.09	0.49	0.26	0.09	0.38	0.21	0.53	0.78	0.52
C4	0.08	0.20	0.16	0.06	0.07	0.06	0.19	0.11	0.21	0.21	0.08	0.39	0.17	0.29	0.09	0.32	0.09	0.08	0.51	0.39	0.69	0.96	0.67
C4'	0.16	0.25	0.24	0.14	0.13	0.12	0.07	0.07	0.07	0.08	0.16	0.38	0.23	0.11	0.10	0.38	0.17	0.10	0.35	0.13	0.53	0.78	0.51
C5	0.26	0.47	0.34	0.20	0.24	0.18	0.10	0.09	0.10	0.08	0.33	0.65	0.41	0.12	0.18	0.49	0.22	0.18	0.38	0.16	0.60	0.92	0.59
C5'	0.42	0.53	0.46	0.34	0.40	0.35	0.31	0.27	0.32	0.27	0.44	0.64	0.50	0.23	0.37	0.60	0.34	0.36	0.11	0.23	0.31	0.55	0.29
C6	0.29	0.60	0.36	0.19	0.28	0.17	0.10	0.08	0.10	0.08	0.44	0.82	0.51	0.15	0.20	0.54	0.20	0.19	0.40	0.23	0.63	0.93	0.61
C8	0.29	0.42	0.37	0.27	0.27	0.24	0.16	0.17	0.17	0.13	0.32	0.54	0.39	0.10	0.23	0.50	0.29	0.22	0.30	0.08	0.53	0.89	0.54
N1	0.08	0.32	0.14	0.07	0.08	0.08	0.30	0.19	0.37	0.31	0.10	0.64	0.24	0.45	0.12	0.35	0.05	0.09	0.59	0.69	0.76	0.99	0.72
N2	0.42	0.44	0.31	0.42	0.59	0.44	0.79	0.53	0.91	0.72	0.75	0.17	0.39	0.84	0.57	0.10	0.34	0.48	0.86	1.06	0.94	1.05	0.86
N3	0.17	0.11	0.07	0.16	0.26	0.19	0.43	0.28	0.49	0.42	0.30	0.18	0.11	0.51	0.28	0.16	0.10	0.24	0.65	0.67	0.79	1.00	0.75
N7	0.40	0.58	0.47	0.34	0.40	0.32	0.27	0.23	0.29	0.21	0.49	0.71	0.53	0.16	0.34	0.60	0.34	0.32	0.24	0.15	0.49	0.87	0.51
N9	0.11	0.21	0.20	0.11	0.08	0.08	0.12	0.07	0.13	0.14	0.10	0.35	0.19	0.20	0.08	0.34	0.14	0.08	0.45	0.26	0.64	0.94	0.63
O2'	0.31	0.27	0.12	0.16	0.38	0.27	0.50	0.34	0.52	0.51	0.39	0.18	0.27	0.57	0.40	0.12	0.07	0.39	0.70	0.62	0.80	1.06	0.80
O3'	0.14	0.29	0.29	0.17	0.10	0.11	0.13	0.11	0.13	0.18	0.14	0.50	0.26	0.25	0.08	0.49	0.27	0.09	0.42	0.27	0.55	0.78	0.54
O4'	0.09	0.14	0.15	0.08	0.08	0.07	0.10	0.07	0.11	0.12	0.09	0.23	0.13	0.16	0.08	0.26	0.09	0.08	0.42	0.18	0.61	0.89	0.60
O5'	0.10	0.24	0.14	0.05	0.10	0.06	0.08	0.10	0.07	0.12	0.16	0.37	0.20	0.15	0.08	0.28	0.05	0.08	0.48	0.12	0.71	1.00	0.71
O6	0.50	0.88	0.54	0.33	0.55	0.33	0.35	0.20	0.43	0.21	0.80	1.04	0.76	0.12	0.43	0.70	0.32	0.38	0.28	0.15	0.55	0.89	0.54
OP1	0.19	0.39	0.27	0.12	0.17	0.10	0.08	0.08	0.09	0.12	0.26	0.57	0.34	0.16	0.12	0.46	0.16	0.10	0.48	0.12	0.75	1.07	0.75
OP2	0.38	0.13	0.36	0.55	0.36	0.53	0.49	0.67	0.44	0.61	0.23	0.11	0.19	0.65	0.45	0.18	0.56	0.48	1.07	0.56	1.36	1.65	1.35
P	0.11	0.14	0.07	0.19	0.10	0.19	0.20	0.29	0.17	0.29	0.07	0.29	0.10	0.33	0.16	0.16	0.19	0.18	0.70	0.27	0.97	1.28	0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.01	0.05	0.17	0.12
C2	0.01	0.00	0.04	0.06	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.08	0.01	0.22	0.01	0.27	0.25	0.18
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.06	0.06	0.04	0.04	0.03	0.07	0.04	0.00	0.01	0.01	0.17	0.07	0.20	0.06	0.03
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.08	0.00	0.13	0.01	0.13	0.14	0.09	0.05	0.04	0.16	0.08	0.01	0.01	0.01	0.28	0.15	0.33	0.25	0.17
C4	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.09	0.01	0.23	0.01	0.27	0.27	0.21
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.05	0.07	0.04	0.03	0.02	0.07	0.04	0.05	0.01	0.00	0.01	0.07	0.04	0.18	0.16
C5	0.00	0.01	0.06	0.13	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.16	0.01	0.32	0.01	0.40	0.53	0.39
C5'	0.02	0.04	0.01	0.01	0.05	0.00	0.08	0.00	0.08	0.09	0.06	0.04	0.03	0.10	0.05	0.05	0.03	0.01	0.00	0.09	0.08	0.01	0.01
C6	0.00	0.01	0.06	0.13	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.17	0.01	0.34	0.00	0.45	0.60	0.44
C8	0.01	0.00	0.06	0.14	0.00	0.07	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.16	0.01	0.29	0.01	0.33	0.45	0.37
N1	0.01	0.00	0.04	0.09	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.12	0.01	0.29	0.00	0.38	0.45	0.32
N2	0.01	0.00	0.04	0.05	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.07	0.01	0.19	0.01	0.23	0.17	0.12
N3	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.05	0.01	0.18	0.01	0.20	0.14	0.10
N7	0.01	0.01	0.07	0.16	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.20	0.01	0.36	0.01	0.45	0.67	0.50
N9	0.00	0.00	0.04	0.08	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.09	0.01	0.19	0.01	0.21	0.17	0.15
O2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.03	0.05	0.01	0.05	0.02	0.03	0.04	0.09	0.07	0.03	0.01	0.00	0.01	0.03	0.08	0.01	0.10	0.21	0.17
O3'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.09	0.01	0.16	0.03	0.17	0.16	0.12	0.07	0.05	0.20	0.09	0.01	0.00	0.01	0.30	0.20	0.40	0.27	0.17
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.11	0.01	0.11	0.34	0.24
O5'	0.04	0.22	0.17	0.28	0.23	0.01	0.32	0.00	0.34	0.29	0.29	0.19	0.18	0.36	0.19	0.08	0.30	0.11	0.00	0.39	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.07	0.15	0.01	0.07	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.20	0.01	0.39	0.00	0.53	0.77	0.55
OP1	0.05	0.27	0.20	0.33	0.27	0.04	0.40	0.08	0.45	0.33	0.38	0.23	0.20	0.45	0.21	0.10	0.40	0.11	0.01	0.53	0.00	0.01	0.00
OP2	0.17	0.25	0.06	0.25	0.27	0.18	0.53	0.01	0.60	0.45	0.45	0.17	0.14	0.67	0.17	0.21	0.27	0.34	0.01	0.77	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.18	0.03	0.17	0.21	0.16	0.39	0.01	0.44	0.37	0.32	0.12	0.10	0.50	0.15	0.17	0.17	0.24	0.00	0.55	0.00	0.00	0.00