ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52708

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.010, 0.036, 0.063, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.016, 0.050, 0.083, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.050 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.005, 0.041, 0.078, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.041 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.033, 0.132, 0.231, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.132 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.049, 0.152, 0.255, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.152 std_dev=0.103
O6 B 0, 0.106, 0.217, 0.328, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.217 std_dev=0.111
C5 B 0, 0.143, 0.283, 0.424, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.283 std_dev=0.141
C6 B 0, 0.097, 0.242, 0.386, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.242 std_dev=0.144
N7 B 0, 0.170, 0.316, 0.463, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.316 std_dev=0.147
C4' A 0, 0.059, 0.224, 0.389, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.224 std_dev=0.165
C8 B 0, 0.203, 0.371, 0.539, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.371 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.047, 0.221, 0.395, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.221 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.093, 0.270, 0.448, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.270 std_dev=0.178
N9 B 0, 0.193, 0.385, 0.576, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.385 std_dev=0.191
C4 B 0, 0.141, 0.340, 0.540, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.340 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.089, 0.302, 0.515, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.302 std_dev=0.213
O5' B 0, 0.250, 0.494, 0.738, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.494 std_dev=0.244
C1' B 0, 0.205, 0.450, 0.695, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.450 std_dev=0.245
OP2 B 0, 0.240, 0.493, 0.745, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.493 std_dev=0.252
O4' B 0, 0.263, 0.519, 0.775, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.519 std_dev=0.256
C3' B 0, 0.226, 0.482, 0.739, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.482 std_dev=0.256
C5' A 0, 0.097, 0.354, 0.611, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.354 std_dev=0.257
C2' B 0, 0.192, 0.450, 0.707, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.450 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.137, 0.394, 0.652, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.394 std_dev=0.258
P B 0, 0.246, 0.512, 0.777, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.512 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.118, 0.387, 0.657, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.387 std_dev=0.270
C4' B 0, 0.246, 0.518, 0.790, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.518 std_dev=0.272
O3' A 0, 0.082, 0.358, 0.634, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.358 std_dev=0.276
C5' B 0, 0.259, 0.544, 0.829, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.544 std_dev=0.285
O5' A 0, 0.120, 0.407, 0.694, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.407 std_dev=0.287
OP2 A 0, 0.189, 0.477, 0.765, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.477 std_dev=0.288
O3' B 0, 0.243, 0.536, 0.829, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.536 std_dev=0.293
OP1 B 0, 0.225, 0.518, 0.811, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.518 std_dev=0.293
N2 B 0, 0.221, 0.532, 0.842, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.532 std_dev=0.311
P A 0, 0.128, 0.455, 0.781, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.455 std_dev=0.327
O2' B 0, 0.236, 0.566, 0.897, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.566 std_dev=0.331
OP1 A 0, 0.144, 0.571, 0.997, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.571 std_dev=0.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.10 0.03
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.13 0.03 0.11 0.01 0.10 0.07 0.07
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.09 0.12 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.09 0.04
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.06 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.12 0.01 0.10 0.07 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.07 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.16 0.01 0.13 0.09 0.12
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.12 0.08 0.04 0.04 0.13 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.11 0.07 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.02 0.17 0.00 0.14 0.10 0.13
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.04 0.16 0.02 0.12 0.07 0.10
N1 0.02 0.00 0.09 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.02 0.14 0.01 0.12 0.09 0.11
N2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.04 0.10 0.01 0.09 0.07 0.06
N3 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.03 0.09 0.01 0.08 0.07 0.05
N7 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.03 0.19 0.02 0.15 0.10 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.08 0.07 0.05
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.10 0.02 0.12 0.16 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.10 0.08 0.07 0.03
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.02 0.11 0.03 0.12 0.11 0.14 0.15 0.11 0.12 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.09 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.11 0.04
O5' 0.04 0.11 0.03 0.04 0.12 0.02 0.16 0.01 0.17 0.16 0.14 0.10 0.09 0.19 0.10 0.03 0.04 0.03 0.00 0.18 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.13 0.02 0.18 0.00 0.16 0.13 0.16
OP1 0.04 0.10 0.05 0.06 0.10 0.07 0.13 0.07 0.14 0.12 0.12 0.09 0.08 0.15 0.08 0.08 0.09 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.03 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.05 0.11 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.04 0.04 0.07 0.02 0.12 0.01 0.13 0.10 0.11 0.06 0.05 0.14 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.15 0.12 0.17 0.15 0.16 0.13 0.16 0.16 0.18 0.20 0.17 0.15 0.17 0.16 0.11 0.18 0.08 0.15 0.07 0.09 0.08
C2 0.18 0.16 0.16 0.13 0.17 0.15 0.16 0.13 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.18 0.17 0.12 0.18 0.10 0.14 0.08 0.12 0.10
C2' 0.17 0.17 0.14 0.13 0.16 0.15 0.16 0.12 0.16 0.16 0.17 0.20 0.16 0.16 0.16 0.15 0.12 0.17 0.07 0.17 0.08 0.05 0.05
C3' 0.21 0.20 0.18 0.18 0.21 0.20 0.22 0.18 0.22 0.22 0.21 0.22 0.20 0.23 0.22 0.19 0.17 0.23 0.14 0.23 0.14 0.09 0.11
C4 0.18 0.17 0.15 0.12 0.17 0.15 0.17 0.12 0.17 0.16 0.17 0.18 0.17 0.16 0.18 0.16 0.11 0.18 0.08 0.16 0.06 0.09 0.08
C4' 0.18 0.18 0.15 0.13 0.17 0.15 0.17 0.13 0.18 0.17 0.18 0.20 0.17 0.18 0.18 0.15 0.11 0.18 0.09 0.18 0.08 0.05 0.06
C5 0.17 0.15 0.14 0.11 0.16 0.13 0.16 0.11 0.16 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.17 0.15 0.12 0.17 0.07 0.16 0.05 0.08 0.06
C5' 0.22 0.21 0.19 0.17 0.22 0.20 0.22 0.18 0.23 0.23 0.22 0.22 0.20 0.24 0.22 0.19 0.15 0.23 0.14 0.23 0.13 0.09 0.12
C6 0.16 0.12 0.13 0.11 0.15 0.13 0.15 0.10 0.15 0.16 0.12 0.11 0.13 0.16 0.16 0.14 0.13 0.16 0.07 0.15 0.05 0.08 0.06
C8 0.18 0.17 0.14 0.11 0.17 0.14 0.16 0.11 0.17 0.17 0.17 0.18 0.16 0.16 0.17 0.15 0.11 0.18 0.07 0.16 0.04 0.07 0.05
N1 0.16 0.13 0.14 0.12 0.15 0.14 0.16 0.11 0.15 0.16 0.13 0.11 0.14 0.16 0.16 0.15 0.12 0.16 0.08 0.15 0.06 0.10 0.08
N2 0.19 0.17 0.17 0.15 0.18 0.17 0.17 0.15 0.15 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.18 0.18 0.14 0.19 0.12 0.12 0.10 0.14 0.13
N3 0.18 0.18 0.16 0.13 0.17 0.15 0.16 0.13 0.16 0.16 0.17 0.18 0.17 0.16 0.18 0.17 0.11 0.18 0.10 0.15 0.07 0.11 0.10
N7 0.17 0.15 0.13 0.11 0.16 0.13 0.16 0.10 0.16 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.17 0.14 0.12 0.17 0.06 0.15 0.04 0.06 0.04
N9 0.18 0.18 0.15 0.12 0.17 0.15 0.17 0.12 0.17 0.17 0.18 0.19 0.17 0.17 0.18 0.16 0.11 0.18 0.08 0.16 0.06 0.09 0.07
O2' 0.08 0.11 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.08 0.10 0.15 0.09 0.09 0.08 0.06 0.04 0.09 0.06 0.11 0.09 0.13 0.09
O3' 0.22 0.19 0.18 0.19 0.21 0.22 0.23 0.21 0.23 0.25 0.21 0.20 0.19 0.26 0.23 0.18 0.18 0.25 0.18 0.26 0.19 0.14 0.16
O4' 0.19 0.19 0.17 0.14 0.18 0.16 0.18 0.14 0.18 0.17 0.18 0.21 0.19 0.17 0.19 0.18 0.12 0.19 0.11 0.17 0.09 0.11 0.10
O5' 0.29 0.26 0.26 0.25 0.28 0.27 0.29 0.25 0.29 0.30 0.27 0.26 0.26 0.31 0.29 0.25 0.24 0.30 0.22 0.31 0.21 0.15 0.19
O6 0.15 0.10 0.13 0.12 0.13 0.12 0.14 0.10 0.13 0.16 0.10 0.08 0.11 0.16 0.15 0.14 0.15 0.15 0.06 0.13 0.05 0.06 0.05
OP1 0.28 0.25 0.25 0.23 0.28 0.27 0.29 0.25 0.28 0.30 0.27 0.25 0.26 0.31 0.29 0.24 0.22 0.30 0.21 0.29 0.19 0.15 0.18
OP2 0.25 0.22 0.21 0.20 0.24 0.23 0.25 0.21 0.24 0.27 0.22 0.22 0.22 0.27 0.26 0.21 0.19 0.27 0.18 0.25 0.17 0.13 0.16
P 0.27 0.24 0.23 0.22 0.26 0.25 0.27 0.23 0.27 0.29 0.25 0.24 0.24 0.29 0.28 0.23 0.21 0.28 0.20 0.28 0.18 0.14 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.07 0.01 0.08 0.13 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.11 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.14 0.10
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.09 0.00 0.10 0.16 0.12
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.05 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.09 0.01 0.09 0.15 0.11
N2 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.07 0.01 0.10 0.13 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.06 0.01 0.07 0.10 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.08 0.13 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.06
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.11 0.13 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.10 0.13 0.06 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
O5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.10 0.03 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.10 0.02 0.10 0.00 0.11 0.17 0.13
OP1 0.04 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.05 0.10 0.05 0.09 0.10 0.07 0.08 0.04 0.07 0.13 0.04 0.03 0.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.04 0.04 0.11 0.02 0.14 0.01 0.16 0.10 0.15 0.13 0.10 0.13 0.08 0.03 0.06 0.04 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.01 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.12 0.09 0.11 0.08 0.06 0.11 0.06 0.02 0.07 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00