ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52709

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C1' A 0, -0.001, 0.027, 0.054, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2 A 0, -0.004, 0.023, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.016, 0.047, 0.079, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.017, 0.054, 0.090, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.054 std_dev=0.037
O6 A 0, 0.017, 0.062, 0.106, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.062 std_dev=0.045
N2 A 0, -0.005, 0.059, 0.122, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.059 std_dev=0.064
O4' A 0, -0.005, 0.102, 0.209, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.102 std_dev=0.107
C2' A 0, -0.054, 0.123, 0.301, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.123 std_dev=0.177
C4' A 0, 0.003, 0.217, 0.431, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.217 std_dev=0.214
O2' A 0, -0.027, 0.204, 0.434, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.204 std_dev=0.230
N1 B 0, 0.098, 0.331, 0.564, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.331 std_dev=0.233
C3' A 0, -0.039, 0.201, 0.441, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.201 std_dev=0.240
O6 B 0, 0.079, 0.342, 0.605, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.342 std_dev=0.263
C6 B 0, 0.058, 0.323, 0.588, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.323 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.113, 0.389, 0.665, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.389 std_dev=0.276
N3 B 0, 0.113, 0.437, 0.760, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.437 std_dev=0.323
N2 B 0, 0.117, 0.445, 0.772, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.445 std_dev=0.328
C5 B 0, 0.055, 0.384, 0.713, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.384 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.087, 0.433, 0.780, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.433 std_dev=0.346
O3' A 0, -0.044, 0.311, 0.666, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.311 std_dev=0.355
C5' A 0, 0.024, 0.386, 0.748, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.386 std_dev=0.362
O5' A 0, 0.037, 0.415, 0.793, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.415 std_dev=0.378
N7 B 0, 0.096, 0.485, 0.874, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.485 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.083, 0.477, 0.871, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.477 std_dev=0.394
C2' B 0, 0.079, 0.480, 0.881, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.480 std_dev=0.401
O3' B 0, 0.075, 0.482, 0.889, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.482 std_dev=0.407
N9 B 0, 0.108, 0.521, 0.933, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.521 std_dev=0.413
C8 B 0, 0.124, 0.557, 0.990, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.557 std_dev=0.433
O2' B 0, 0.084, 0.539, 0.994, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.539 std_dev=0.455
C4' B 0, 0.122, 0.582, 1.043, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.582 std_dev=0.461
O5' B 0, 0.122, 0.588, 1.055, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.588 std_dev=0.467
C1' B 0, 0.106, 0.576, 1.047, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.576 std_dev=0.470
P A 0, 0.038, 0.520, 1.002, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.520 std_dev=0.482
OP1 A 0, 0.045, 0.527, 1.009, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.527 std_dev=0.482
OP2 A 0, 0.079, 0.565, 1.050, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.565 std_dev=0.485
C5' B 0, 0.151, 0.660, 1.169, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.660 std_dev=0.509
O4' B 0, 0.126, 0.656, 1.187, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.656 std_dev=0.531
OP2 B 0, 0.143, 0.684, 1.224, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.684 std_dev=0.540
P B 0, 0.151, 0.701, 1.251, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.701 std_dev=0.550
OP1 B 0, 0.160, 0.723, 1.285, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.723 std_dev=0.563

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.12 0.05
C2 0.05 0.00 0.14 0.13 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.16 0.05 0.10 0.01 0.11 0.07 0.07
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.10 0.19 0.14 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.14 0.07 0.06
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.14 0.10 0.18 0.13 0.13 0.07 0.03 0.01 0.02 0.05 0.05 0.17 0.09 0.09
C4 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.12 0.02 0.11 0.06 0.07
C4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.11 0.05 0.10 0.07 0.11 0.04 0.09 0.01 0.00 0.03 0.06 0.10 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.18 0.03 0.16 0.12 0.15
C5' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.18 0.11 0.09 0.08 0.19 0.10 0.10 0.03 0.02 0.01 0.15 0.05 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.09 0.03 0.18 0.01 0.17 0.15 0.16
C8 0.03 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.17 0.03 0.20 0.05 0.17 0.08 0.14
N1 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.15 0.13 0.03 0.14 0.01 0.14 0.12 0.12
N2 0.08 0.00 0.19 0.18 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.23 0.06 0.08 0.03 0.09 0.05 0.04
N3 0.06 0.00 0.14 0.13 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.15 0.05 0.09 0.02 0.09 0.04 0.04
N7 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.11 0.00 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.16 0.04 0.23 0.06 0.20 0.15 0.19
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.11 0.03 0.10 0.06 0.05
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.08 0.09 0.06 0.10 0.10 0.06 0.15 0.25 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.10 0.20 0.08 0.10
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.09 0.01 0.10 0.03 0.09 0.17 0.13 0.23 0.15 0.16 0.07 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.26 0.17 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.04 0.07 0.21 0.13
O5' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.12 0.03 0.18 0.01 0.18 0.20 0.14 0.08 0.09 0.23 0.11 0.08 0.07 0.09 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.10 0.08 0.04 0.20 0.00 0.20 0.20 0.20
OP1 0.07 0.11 0.14 0.17 0.11 0.10 0.16 0.05 0.17 0.17 0.14 0.09 0.09 0.20 0.10 0.20 0.26 0.07 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.12 0.03 0.15 0.08 0.12 0.05 0.04 0.15 0.06 0.08 0.17 0.21 0.02 0.20 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07 0.03 0.15 0.02 0.16 0.14 0.12 0.04 0.04 0.19 0.05 0.10 0.16 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.17 0.17 0.17 0.15 0.16 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.19 0.17 0.15 0.15 0.18 0.19 0.14 0.16 0.15 0.21 0.18 0.17
C2 0.14 0.18 0.16 0.16 0.14 0.14 0.11 0.13 0.11 0.11 0.15 0.20 0.17 0.10 0.13 0.18 0.16 0.14 0.12 0.10 0.17 0.14 0.13
C2' 0.24 0.26 0.27 0.25 0.23 0.24 0.20 0.21 0.20 0.20 0.23 0.28 0.26 0.19 0.23 0.29 0.27 0.23 0.22 0.18 0.24 0.20 0.21
C3' 0.23 0.24 0.24 0.22 0.21 0.21 0.19 0.19 0.18 0.18 0.21 0.26 0.24 0.18 0.21 0.26 0.24 0.21 0.20 0.17 0.22 0.18 0.19
C4 0.16 0.18 0.18 0.17 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.16 0.17 0.19 0.18 0.16 0.16 0.19 0.18 0.16 0.16 0.16 0.21 0.18 0.18
C4' 0.18 0.19 0.19 0.18 0.17 0.17 0.15 0.16 0.15 0.15 0.17 0.22 0.19 0.15 0.17 0.21 0.19 0.17 0.16 0.15 0.20 0.17 0.17
C5 0.20 0.20 0.20 0.20 0.20 0.19 0.20 0.18 0.19 0.21 0.20 0.20 0.20 0.21 0.20 0.22 0.20 0.20 0.19 0.19 0.24 0.22 0.21
C5' 0.12 0.15 0.13 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.18 0.14 0.09 0.11 0.14 0.13 0.12 0.10 0.09 0.13 0.11 0.11
C6 0.20 0.20 0.21 0.21 0.20 0.20 0.20 0.19 0.20 0.21 0.20 0.20 0.21 0.21 0.21 0.22 0.21 0.21 0.19 0.19 0.24 0.21 0.21
C8 0.20 0.20 0.20 0.21 0.20 0.20 0.21 0.19 0.20 0.22 0.20 0.20 0.20 0.23 0.20 0.22 0.21 0.21 0.21 0.21 0.25 0.23 0.22
N1 0.17 0.20 0.19 0.18 0.17 0.17 0.16 0.16 0.15 0.16 0.19 0.20 0.19 0.15 0.17 0.21 0.19 0.17 0.16 0.12 0.20 0.17 0.17
N2 0.10 0.15 0.12 0.11 0.10 0.10 0.06 0.08 0.05 0.06 0.09 0.20 0.15 0.05 0.09 0.15 0.13 0.10 0.07 0.10 0.13 0.09 0.08
N3 0.13 0.17 0.16 0.15 0.14 0.14 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.19 0.16 0.12 0.13 0.18 0.16 0.13 0.13 0.12 0.18 0.15 0.14
N7 0.22 0.21 0.22 0.22 0.22 0.22 0.23 0.21 0.22 0.24 0.21 0.20 0.21 0.25 0.22 0.23 0.21 0.23 0.22 0.22 0.26 0.25 0.24
N9 0.16 0.17 0.17 0.18 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.17 0.16 0.19 0.17 0.17 0.16 0.19 0.18 0.16 0.17 0.17 0.22 0.19 0.18
O2' 0.30 0.33 0.34 0.32 0.29 0.30 0.25 0.27 0.24 0.26 0.28 0.36 0.33 0.24 0.29 0.36 0.34 0.29 0.27 0.20 0.29 0.23 0.25
O3' 0.28 0.29 0.30 0.27 0.26 0.26 0.22 0.24 0.21 0.22 0.25 0.32 0.29 0.20 0.26 0.33 0.29 0.26 0.23 0.19 0.25 0.21 0.23
O4' 0.12 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.17 0.14 0.15 0.13 0.14 0.15 0.13 0.14 0.15 0.20 0.18 0.17
O5' 0.07 0.10 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.07 0.14 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08
O6 0.23 0.19 0.22 0.23 0.22 0.22 0.23 0.22 0.21 0.24 0.19 0.17 0.21 0.24 0.23 0.23 0.23 0.24 0.22 0.21 0.26 0.24 0.24
OP1 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.08 0.05 0.11 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.08 0.09 0.08
OP2 0.10 0.14 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.07 0.11 0.13 0.13 0.17 0.13 0.13 0.11 0.14 0.08 0.11 0.07 0.12 0.08 0.09 0.08
P 0.07 0.12 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.06 0.07 0.09 0.16 0.11 0.08 0.06 0.10 0.05 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.09 0.08 0.06
C2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.04 0.05 0.03 0.09 0.06 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.06 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.06 0.06
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.06 0.01 0.08 0.06 0.07
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.00 0.09 0.07 0.09
C8 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.07 0.07 0.07
N1 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.09 0.07 0.08
N2 0.06 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.08 0.05 0.06 0.05 0.10 0.07 0.07
N3 0.04 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.06 0.04 0.06 0.02 0.09 0.07 0.07
N7 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.09 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.08 0.06 0.03 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.04 0.10 0.09 0.07
O5' 0.06 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.09 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.04 0.10 0.00 0.12 0.11 0.12
OP1 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.06 0.06 0.10 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00
OP2 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.03 0.09 0.02 0.11 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.02 0.03 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00