ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52710

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.017, 0.046, 0.074, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.046 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.019, 0.053, 0.087, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.053 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.012, 0.049, 0.085, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.049 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.008, 0.065, 0.121, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.065 std_dev=0.057
C3' A 0, 0.017, 0.090, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.090 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.011, 0.088, 0.164, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.088 std_dev=0.077
N1 B 0, 0.029, 0.115, 0.200, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.115 std_dev=0.085
O6 B 0, 0.022, 0.111, 0.200, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.111 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.030, 0.127, 0.224, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.127 std_dev=0.097
C6 B 0, 0.025, 0.127, 0.229, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.127 std_dev=0.102
N2 B 0, 0.047, 0.155, 0.263, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.155 std_dev=0.108
C2 B 0, 0.040, 0.155, 0.270, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.155 std_dev=0.115
O5' A 0, 0.024, 0.150, 0.276, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.150 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.010, 0.144, 0.277, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.144 std_dev=0.134
OP1 A 0, 0.036, 0.191, 0.347, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.191 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.032, 0.189, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.189 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.044, 0.212, 0.380, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.212 std_dev=0.168
P A 0, 0.030, 0.203, 0.375, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.203 std_dev=0.172
C4 B 0, 0.039, 0.224, 0.409, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.224 std_dev=0.185
N7 B 0, 0.027, 0.235, 0.443, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.235 std_dev=0.208
OP2 A 0, 0.032, 0.255, 0.477, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.255 std_dev=0.222
O3' B 0, 0.061, 0.296, 0.531, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.296 std_dev=0.235
C3' B 0, 0.049, 0.287, 0.525, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.287 std_dev=0.238
N9 B 0, 0.043, 0.287, 0.532, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.287 std_dev=0.244
C8 B 0, 0.034, 0.291, 0.547, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.291 std_dev=0.256
C2' B 0, 0.051, 0.329, 0.608, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.329 std_dev=0.279
OP2 B 0, 0.017, 0.296, 0.575, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.296 std_dev=0.279
O5' B 0, 0.016, 0.302, 0.589, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.302 std_dev=0.286
C5' B 0, 0.036, 0.326, 0.615, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.326 std_dev=0.289
P B 0, 0.016, 0.311, 0.607, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.311 std_dev=0.296
OP1 B 0, 0.023, 0.319, 0.615, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.319 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.045, 0.346, 0.647, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.346 std_dev=0.301
C1' B 0, 0.047, 0.350, 0.652, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.350 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.047, 0.374, 0.702, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.374 std_dev=0.328
O2' B 0, 0.052, 0.410, 0.769, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.410 std_dev=0.359

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05
N1 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03
N2 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04
OP1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04
C2 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
C2' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02
C3' 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04
C4 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04
C4' 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04
C5 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.03 0.02 0.04 0.08 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06
C5' 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05
C6 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.03 0.04 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06
C8 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.03 0.01 0.03 0.09 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07
N1 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02
N2 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04
N3 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02
N7 0.07 0.03 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.10 0.04 0.02 0.04 0.10 0.08 0.06 0.06 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08
N9 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
O4' 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05
O5' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02
O6 0.07 0.04 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.04 0.04 0.05 0.09 0.08 0.06 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07
OP1 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05
OP2 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05
P 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
N2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
O5' 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00