ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52711

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 B 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 B 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 B 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
OP1 B 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 B 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C3' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 B 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2' B 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 B 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 B 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' B 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O3' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 B 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 B 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' B 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
P B 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' B 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4' B 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N2 B 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
OP2 B 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C3' B 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C5' B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O5' A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O5' B 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
OP1 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O3' B 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
P A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O6 B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
OP2 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04
N2 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03
N3 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
N7 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04
OP1 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
N2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
N3 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O3' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
OP2 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C8 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
N2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O6 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00