ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52712

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O6 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N7 A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C8 A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C4 B 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O4' A 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C2' A 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C5 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
N3 B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C4' A 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C6 B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
N1 B 0, 0.000, 0.459, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.459 std_dev=0.459
C2 B 0, 0.000, 0.488, 0.976, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.488 std_dev=0.488
N9 B 0, 0.000, 0.488, 0.977, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.488 std_dev=0.488
C3' A 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
O2' A 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
N7 B 0, 0.000, 0.699, 1.398, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.699 std_dev=0.699
O6 B 0, 0.000, 0.706, 1.412, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.706 std_dev=0.706
C8 B 0, 0.000, 0.712, 1.424, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.712 std_dev=0.712
C5' A 0, 0.000, 0.727, 1.454, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.727 std_dev=0.727
C1' B 0, 0.000, 0.751, 1.501, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.751 std_dev=0.751
N2 B 0, 0.000, 0.826, 1.652, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.826 std_dev=0.826
O3' A 0, 0.000, 0.833, 1.665, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.833 std_dev=0.832
C2' B 0, 0.000, 0.837, 1.674, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.837 std_dev=0.837
O4' B 0, 0.000, 1.064, 2.128, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.064 std_dev=1.064
C3' B 0, 0.000, 1.131, 2.262, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.131 std_dev=1.131
O5' A 0, 0.000, 1.204, 2.408, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.204 std_dev=1.204
O2' B 0, 0.000, 1.271, 2.542, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.271 std_dev=1.271
C4' B 0, 0.000, 1.308, 2.617, 2.617 max_d=2.617 avg_d=1.308 std_dev=1.308
C5' B 0, 0.000, 1.464, 2.928, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.464 std_dev=1.464
O5' B 0, 0.000, 1.502, 3.004, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.502 std_dev=1.502
O3' B 0, 0.000, 1.597, 3.193, 3.193 max_d=3.193 avg_d=1.597 std_dev=1.597
P A 0, 0.000, 2.095, 4.191, 4.191 max_d=4.191 avg_d=2.095 std_dev=2.095
P B 0, 0.000, 2.100, 4.199, 4.199 max_d=4.199 avg_d=2.100 std_dev=2.100
OP2 B 0, 0.000, 2.173, 4.347, 4.347 max_d=4.347 avg_d=2.173 std_dev=2.173
OP1 A 0, 0.000, 2.346, 4.692, 4.692 max_d=4.692 avg_d=2.346 std_dev=2.346
OP2 A 0, 0.000, 2.564, 5.128, 5.128 max_d=5.128 avg_d=2.564 std_dev=2.564
OP1 B 0, 0.000, 3.010, 6.020, 6.020 max_d=6.020 avg_d=3.010 std_dev=3.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.01 0.02 0.38 0.20
C2 0.00 0.00 0.11 0.09 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01 0.44 0.01 0.31 0.97 0.59
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.06 0.14 0.12 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.03 0.02 0.41 0.20
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.18 0.01 0.14 0.10 0.17 0.07 0.00 0.00 0.01 0.30 0.11 0.00 0.36 0.21
C4 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.47 0.01 0.39 0.94 0.63
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.13 0.01 0.07 0.05 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.18 0.01 0.05
C5 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.62 0.01 0.65 1.22 0.88
C5' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.14 0.22 0.08 0.02 0.00 0.23 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.08 0.09 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.65 0.00 0.70 1.33 0.94
C8 0.00 0.01 0.08 0.18 0.00 0.13 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.18 0.00 0.62 0.01 0.65 1.06 0.85
N1 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.55 0.00 0.52 1.19 0.79
N2 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.22 0.02 0.38 0.02 0.20 0.90 0.50
N3 0.00 0.00 0.12 0.10 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.15 0.01 0.37 0.01 0.21 0.81 0.48
N7 0.00 0.01 0.07 0.17 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.70 0.01 0.82 1.33 1.02
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.43 0.01 0.35 0.78 0.56
O2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.10 0.18 0.14 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03 0.24 0.19 0.03
O3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.18 0.05 0.22 0.15 0.18 0.06 0.02 0.00 0.00 0.20 0.11 0.17 0.21 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.04
O5' 0.17 0.44 0.25 0.30 0.47 0.00 0.62 0.00 0.65 0.62 0.55 0.38 0.37 0.70 0.43 0.08 0.20 0.01 0.00 0.72 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.72 0.00 0.87 1.50 1.08
OP1 0.02 0.31 0.02 0.00 0.39 0.18 0.65 0.08 0.70 0.65 0.52 0.20 0.21 0.82 0.35 0.24 0.17 0.08 0.00 0.87 0.00 0.00 0.00
OP2 0.38 0.97 0.41 0.36 0.94 0.01 1.22 0.09 1.33 1.06 1.19 0.90 0.81 1.33 0.78 0.19 0.21 0.10 0.01 1.50 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.59 0.20 0.21 0.63 0.05 0.88 0.00 0.94 0.85 0.79 0.50 0.48 1.02 0.56 0.03 0.05 0.04 0.00 1.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.28 0.31 0.11 0.08 0.13 0.11 0.05 0.15 0.13 0.08 0.50 0.27 0.24 0.05 0.61 0.20 0.11 0.00 0.36 0.01 0.57 0.05
C2 0.14 0.31 0.24 0.05 0.08 0.06 0.10 0.01 0.13 0.12 0.14 0.50 0.25 0.22 0.03 0.48 0.10 0.05 0.01 0.36 0.09 0.48 0.01
C2' 0.08 0.07 0.17 0.00 0.06 0.03 0.22 0.03 0.28 0.21 0.12 0.24 0.09 0.31 0.06 0.45 0.09 0.02 0.05 0.45 0.06 0.57 0.04
C3' 0.05 0.04 0.15 0.02 0.06 0.01 0.20 0.04 0.25 0.20 0.11 0.18 0.05 0.28 0.07 0.42 0.08 0.01 0.05 0.38 0.09 0.55 0.02
C4 0.14 0.32 0.25 0.04 0.08 0.04 0.10 0.03 0.10 0.15 0.15 0.52 0.26 0.24 0.03 0.51 0.09 0.03 0.06 0.31 0.02 0.60 0.08
C4' 0.13 0.16 0.25 0.07 0.01 0.08 0.15 0.01 0.19 0.16 0.01 0.33 0.16 0.26 0.00 0.53 0.16 0.06 0.03 0.35 0.03 0.57 0.05
C5 0.08 0.33 0.19 0.05 0.07 0.05 0.08 0.13 0.04 0.18 0.22 0.52 0.25 0.25 0.01 0.42 0.01 0.05 0.14 0.22 0.11 0.69 0.17
C5' 0.16 0.21 0.29 0.11 0.07 0.11 0.08 0.04 0.10 0.10 0.06 0.36 0.21 0.18 0.04 0.55 0.20 0.08 0.02 0.24 0.07 0.52 0.00
C6 0.03 0.32 0.13 0.11 0.05 0.11 0.08 0.18 0.00 0.20 0.25 0.49 0.22 0.25 0.04 0.34 0.09 0.10 0.18 0.15 0.13 0.70 0.19
C8 0.12 0.33 0.23 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.07 0.18 0.18 0.53 0.26 0.26 0.01 0.49 0.04 0.01 0.13 0.25 0.13 0.71 0.18
N1 0.06 0.32 0.16 0.06 0.06 0.05 0.08 0.11 0.04 0.17 0.24 0.48 0.23 0.24 0.01 0.37 0.03 0.05 0.10 0.24 0.02 0.59 0.09
N2 0.18 0.29 0.27 0.10 0.08 0.12 0.10 0.09 0.18 0.08 0.07 0.48 0.25 0.18 0.07 0.51 0.17 0.11 0.09 0.40 0.21 0.35 0.12
N3 0.18 0.30 0.29 0.09 0.09 0.11 0.10 0.05 0.15 0.12 0.10 0.52 0.27 0.22 0.05 0.55 0.16 0.09 0.02 0.36 0.08 0.49 0.01
N7 0.07 0.33 0.18 0.06 0.07 0.07 0.08 0.16 0.03 0.20 0.22 0.53 0.25 0.26 0.02 0.42 0.04 0.06 0.18 0.19 0.18 0.76 0.23
N9 0.16 0.31 0.27 0.05 0.08 0.06 0.10 0.02 0.11 0.15 0.13 0.52 0.27 0.25 0.03 0.54 0.12 0.05 0.06 0.31 0.04 0.62 0.10
O2' 0.06 0.01 0.13 0.02 0.12 0.04 0.30 0.03 0.38 0.26 0.22 0.16 0.03 0.37 0.10 0.44 0.09 0.02 0.07 0.55 0.04 0.58 0.07
O3' 0.03 0.11 0.05 0.09 0.16 0.05 0.28 0.09 0.34 0.25 0.24 0.01 0.07 0.33 0.15 0.31 0.01 0.07 0.08 0.45 0.11 0.55 0.03
O4' 0.22 0.31 0.35 0.15 0.10 0.15 0.09 0.07 0.13 0.12 0.10 0.52 0.29 0.23 0.07 0.64 0.24 0.12 0.00 0.33 0.01 0.58 0.06
O5' 0.56 0.61 0.63 0.44 0.49 0.48 0.37 0.43 0.36 0.33 0.51 0.73 0.60 0.27 0.46 0.87 0.48 0.49 0.41 0.25 0.45 0.13 0.40
O6 0.03 0.31 0.06 0.20 0.03 0.21 0.06 0.28 0.06 0.23 0.29 0.46 0.20 0.26 0.08 0.25 0.20 0.18 0.26 0.03 0.22 0.79 0.28
OP1 0.38 0.37 0.44 0.29 0.33 0.34 0.28 0.33 0.27 0.27 0.33 0.41 0.37 0.24 0.33 0.63 0.32 0.34 0.37 0.23 0.46 0.08 0.41
OP2 1.15 1.18 1.20 1.02 1.12 1.08 1.06 1.06 1.06 1.02 1.14 1.22 1.17 0.99 1.10 1.39 1.02 1.10 1.08 1.00 1.12 0.58 1.09
P 0.70 0.73 0.76 0.59 0.65 0.64 0.58 0.62 0.58 0.55 0.67 0.79 0.72 0.51 0.64 0.96 0.61 0.65 0.63 0.51 0.67 0.14 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.17 0.02 0.35 0.05 0.25
C2 0.05 0.00 0.13 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.25 0.12 0.04 0.20 0.01 0.33 0.05 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.08 0.09 0.17 0.12 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.08 0.21 0.01 0.12 0.06 0.20 0.10 0.01 0.00 0.02 0.13 0.11 0.23 0.15 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.01 0.18 0.01 0.33 0.05 0.27
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.08 0.03 0.10 0.06 0.08 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.13 0.04 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.13 0.00 0.14 0.01 0.29 0.13 0.25
C5' 0.06 0.11 0.03 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.13 0.11 0.01 0.05 0.06 0.06 0.04 0.00 0.02 0.08 0.15 0.00
C6 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.10 0.00 0.14 0.01 0.28 0.16 0.24
C8 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.24 0.01 0.13 0.00 0.31 0.09 0.26
N1 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.02 0.02 0.17 0.01 0.31 0.12 0.26
N2 0.06 0.00 0.17 0.12 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.31 0.21 0.05 0.21 0.00 0.34 0.04 0.28
N3 0.04 0.01 0.12 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.23 0.13 0.03 0.20 0.01 0.35 0.02 0.28
N7 0.00 0.00 0.05 0.20 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.25 0.01 0.11 0.00 0.27 0.16 0.23
N9 0.00 0.02 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.18 0.01 0.34 0.02 0.27
O2' 0.02 0.25 0.00 0.01 0.13 0.07 0.09 0.06 0.14 0.02 0.21 0.31 0.23 0.02 0.04 0.00 0.11 0.03 0.02 0.13 0.02 0.06 0.01
O3' 0.05 0.12 0.03 0.00 0.02 0.02 0.13 0.06 0.10 0.24 0.02 0.21 0.13 0.25 0.08 0.11 0.00 0.03 0.30 0.15 0.55 0.32 0.41
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.19 0.00 0.46 0.11 0.28
O5' 0.17 0.20 0.03 0.13 0.18 0.01 0.14 0.00 0.14 0.13 0.17 0.21 0.20 0.11 0.18 0.02 0.30 0.19 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.15 0.00 0.11 0.00 0.25 0.22 0.21
OP1 0.35 0.33 0.00 0.23 0.33 0.13 0.29 0.08 0.28 0.31 0.31 0.34 0.35 0.27 0.34 0.02 0.55 0.46 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.05 0.05 0.15 0.05 0.04 0.13 0.15 0.16 0.09 0.12 0.04 0.02 0.16 0.02 0.06 0.32 0.11 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.28 0.03 0.17 0.27 0.04 0.25 0.00 0.24 0.26 0.26 0.28 0.28 0.23 0.27 0.01 0.41 0.28 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00