ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52717

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 5, 1, 3, 0, 0, 0, 2, 2, 6, 9, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.017, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.018, 0.031, 0.045, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.017, 0.038, 0.059, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.021, 0.042, 0.064, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.020, 0.054, 0.087, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.054 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.023, 0.058, 0.092, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.058 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.024, 0.064, 0.103, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.064 std_dev=0.040
N6 A 0, 0.025, 0.066, 0.108, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.066 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.033, 0.089, 0.145, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.056
N3 B 0, 0.216, 0.459, 0.703, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.459 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.247, 0.550, 0.853, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.550 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.254, 0.634, 1.014, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.634 std_dev=0.380
C2' A 0, -0.108, 0.281, 0.669, 2.608 max_d=2.608 avg_d=0.281 std_dev=0.388
O4' A 0, -0.137, 0.255, 0.647, 2.580 max_d=2.580 avg_d=0.255 std_dev=0.392
C4' A 0, 0.004, 0.477, 0.950, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.477 std_dev=0.473
C5 B 0, 0.312, 0.803, 1.293, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.803 std_dev=0.490
N9 B 0, 0.297, 0.793, 1.289, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.793 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.281, 0.801, 1.321, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.801 std_dev=0.520
C6 B 0, 0.307, 0.874, 1.442, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.874 std_dev=0.568
C1' B 0, 0.329, 0.930, 1.531, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.930 std_dev=0.601
C3' A 0, 0.123, 0.747, 1.371, 2.894 max_d=2.894 avg_d=0.747 std_dev=0.624
C8 B 0, 0.391, 1.107, 1.823, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.107 std_dev=0.716
N7 B 0, 0.407, 1.130, 1.854, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.130 std_dev=0.723
O2' A 0, -0.045, 0.741, 1.527, 4.041 max_d=4.041 avg_d=0.741 std_dev=0.786
N6 B 0, 0.394, 1.202, 2.010, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.202 std_dev=0.808
O2' B 0, 0.136, 0.945, 1.754, 4.392 max_d=4.392 avg_d=0.945 std_dev=0.809
C2' B 0, 0.314, 1.147, 1.980, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.147 std_dev=0.833
C5' A 0, -0.027, 0.911, 1.849, 5.800 max_d=5.800 avg_d=0.911 std_dev=0.938
O3' A 0, 0.208, 1.313, 2.418, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.313 std_dev=1.105
O5' A 0, -0.049, 1.140, 2.329, 7.155 max_d=7.155 avg_d=1.140 std_dev=1.189
O4' B 0, 0.455, 1.762, 3.069, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.762 std_dev=1.307
C3' B 0, 0.266, 1.923, 3.580, 4.465 max_d=4.465 avg_d=1.923 std_dev=1.657
P A 0, 0.013, 1.723, 3.432, 10.318 max_d=10.318 avg_d=1.723 std_dev=1.709
C4' B 0, 0.527, 2.344, 4.161, 4.836 max_d=4.836 avg_d=2.344 std_dev=1.817
O3' B 0, 0.286, 2.140, 3.995, 5.026 max_d=5.026 avg_d=2.140 std_dev=1.855
OP1 A 0, -0.228, 1.652, 3.532, 11.233 max_d=11.233 avg_d=1.652 std_dev=1.880
OP2 B 0, 0.891, 2.788, 4.685, 4.901 max_d=4.901 avg_d=2.788 std_dev=1.897
OP2 A 0, 0.209, 2.322, 4.435, 11.857 max_d=11.857 avg_d=2.322 std_dev=2.113
O5' B 0, 0.771, 3.154, 5.537, 6.143 max_d=6.143 avg_d=3.154 std_dev=2.383
C5' B 0, 0.784, 3.209, 5.634, 6.267 max_d=6.267 avg_d=3.209 std_dev=2.425
P B 0, 1.052, 3.867, 6.682, 6.938 max_d=6.938 avg_d=3.867 std_dev=2.815
OP1 B 0, 1.317, 5.002, 8.686, 9.086 max_d=9.086 avg_d=5.002 std_dev=3.684

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.00 0.18 0.19 0.24 0.23
C2 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.18 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.59 0.43 0.20 0.53 0.87 0.71 0.75
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.19 0.08 0.05 0.09 0.10 0.08 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.41 0.34 0.49 0.42
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.19 0.01 0.32 0.02 0.30 0.42 0.21 0.11 0.37 0.43 0.23 0.01 0.00 0.03 0.07 0.42 0.19 0.14
C4 0.01 0.01 0.06 0.19 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.41 0.26 0.10 0.33 0.48 0.63 0.50
C4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.14 0.25 0.14 0.18 0.17 0.24 0.11 0.30 0.02 0.01 0.01 0.16 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.32 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.40 0.19 0.03 0.36 0.51 0.96 0.60
C5' 0.07 0.38 0.19 0.02 0.20 0.00 0.22 0.00 0.24 0.35 0.30 0.37 0.27 0.35 0.14 0.11 0.24 0.01 0.01 0.09 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.30 0.00 0.14 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.48 0.23 0.08 0.39 0.62 0.98 0.65
C8 0.01 0.01 0.05 0.42 0.00 0.25 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.26 0.18 0.13 0.48 0.48 1.05 0.67
N1 0.02 0.00 0.09 0.21 0.00 0.14 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.56 0.33 0.15 0.45 0.78 0.82 0.70
N3 0.03 0.00 0.10 0.11 0.00 0.18 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.55 0.45 0.21 0.51 0.76 0.60 0.67
N6 0.01 0.01 0.08 0.37 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.48 0.24 0.05 0.43 0.67 1.21 0.72
N7 0.01 0.01 0.05 0.43 0.01 0.24 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.22 0.09 0.50 0.57 1.27 0.76
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.16 0.01 0.24 0.28 0.57 0.40
O2' 0.02 0.59 0.00 0.01 0.41 0.30 0.40 0.11 0.48 0.26 0.56 0.55 0.48 0.33 0.22 0.00 0.07 0.21 0.27 0.30 0.54 0.31
O3' 0.35 0.43 0.04 0.00 0.26 0.02 0.19 0.24 0.23 0.18 0.33 0.45 0.24 0.22 0.16 0.07 0.00 0.22 0.31 0.90 0.34 0.49
O4' 0.00 0.20 0.02 0.03 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.13 0.15 0.21 0.05 0.09 0.01 0.21 0.22 0.00 0.07 0.18 0.21 0.18
O5' 0.18 0.53 0.41 0.07 0.33 0.01 0.36 0.01 0.39 0.48 0.45 0.51 0.43 0.50 0.24 0.27 0.31 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.19 0.87 0.34 0.42 0.48 0.16 0.51 0.09 0.62 0.48 0.78 0.76 0.67 0.57 0.28 0.30 0.90 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.71 0.49 0.19 0.63 0.14 0.96 0.22 0.98 1.05 0.82 0.60 1.21 1.27 0.57 0.54 0.34 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.75 0.42 0.14 0.50 0.03 0.60 0.01 0.65 0.67 0.70 0.67 0.72 0.76 0.40 0.31 0.49 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.25 0.35 0.44 0.24 0.28 0.27 0.25 0.18 0.46 0.28 0.20 0.21 0.44 0.36 0.40 0.43 0.32 0.74 2.17 0.84 1.29
C2 0.31 0.22 0.33 0.34 0.23 0.64 0.25 0.81 0.23 0.31 0.22 0.21 0.25 0.30 0.28 0.61 0.84 0.62 1.20 1.93 1.02 1.43
C2' 0.42 0.37 0.43 0.43 0.35 0.27 0.35 0.14 0.31 0.46 0.37 0.33 0.28 0.43 0.41 0.51 0.53 0.32 0.78 2.10 0.89 1.30
C3' 0.40 0.35 0.36 0.51 0.32 0.28 0.28 0.36 0.23 0.40 0.31 0.34 0.18 0.35 0.37 0.36 0.35 0.26 0.47 1.80 0.53 0.94
C4 0.35 0.24 0.31 0.27 0.22 0.30 0.18 0.33 0.09 0.34 0.21 0.22 0.14 0.30 0.31 0.46 0.58 0.34 0.94 2.04 0.90 1.32
C4' 0.40 0.37 0.36 0.60 0.25 0.43 0.24 0.53 0.18 0.48 0.35 0.29 0.22 0.43 0.37 0.31 0.41 0.38 0.55 2.11 0.61 1.13
C5 0.37 0.22 0.27 0.28 0.16 0.36 0.08 0.38 0.17 0.29 0.22 0.22 0.30 0.22 0.28 0.40 0.67 0.38 1.03 2.03 0.93 1.35
C5' 0.54 0.59 0.47 0.82 0.40 0.69 0.34 0.84 0.38 0.55 0.57 0.50 0.45 0.47 0.48 0.33 0.59 0.59 0.45 2.06 0.45 0.98
C6 0.35 0.18 0.29 0.40 0.16 0.59 0.21 0.76 0.19 0.34 0.14 0.19 0.27 0.34 0.28 0.45 0.89 0.52 1.28 1.95 1.06 1.48
C8 0.46 0.28 0.31 0.46 0.24 0.44 0.14 0.37 0.27 0.40 0.34 0.25 0.42 0.23 0.37 0.31 0.54 0.48 0.77 2.20 0.83 1.30
N1 0.35 0.21 0.33 0.47 0.23 0.77 0.23 0.98 0.17 0.35 0.16 0.20 0.20 0.32 0.31 0.57 0.99 0.71 1.36 1.94 1.09 1.51
N3 0.30 0.23 0.34 0.23 0.23 0.41 0.27 0.51 0.22 0.33 0.20 0.21 0.26 0.34 0.29 0.56 0.64 0.43 1.02 1.97 0.93 1.34
N6 0.38 0.16 0.36 0.59 0.19 0.73 0.34 0.97 0.29 0.48 0.17 0.18 0.38 0.50 0.32 0.36 1.06 0.60 1.49 1.95 1.17 1.61
N7 0.45 0.25 0.27 0.38 0.18 0.43 0.10 0.31 0.30 0.28 0.31 0.24 0.47 0.14 0.31 0.30 0.60 0.49 0.87 2.13 0.86 1.31
N9 0.39 0.27 0.33 0.39 0.24 0.30 0.20 0.23 0.17 0.42 0.29 0.23 0.22 0.34 0.35 0.39 0.49 0.35 0.80 2.14 0.84 1.30
O2' 0.69 0.39 0.68 0.64 0.57 0.59 0.58 0.42 0.49 0.70 0.38 0.48 0.49 0.66 0.66 0.84 0.90 0.65 1.01 2.29 1.16 1.53
O3' 0.70 0.67 0.69 0.65 0.71 0.46 0.76 0.31 0.78 0.75 0.73 0.67 0.85 0.78 0.72 0.89 0.78 0.51 0.76 2.11 0.70 1.25
O4' 0.36 0.36 0.33 0.56 0.21 0.41 0.25 0.50 0.28 0.49 0.41 0.24 0.41 0.46 0.34 0.29 0.40 0.38 0.67 2.25 0.78 1.28
O5' 0.75 0.79 0.64 0.97 0.62 0.86 0.52 0.98 0.54 0.66 0.73 0.73 0.56 0.56 0.66 0.52 0.77 0.79 0.34 1.84 0.24 0.72
OP1 1.26 1.08 1.16 1.55 0.97 1.50 0.78 1.64 0.65 1.12 0.88 1.09 0.51 0.92 1.11 1.08 1.46 1.38 1.05 2.40 1.00 1.30
OP2 1.66 1.31 1.56 1.94 1.42 1.88 1.33 2.11 1.14 1.64 1.17 1.40 1.03 1.50 1.58 1.47 1.67 1.79 1.45 1.49 1.37 1.06
P 1.25 1.12 1.13 1.55 1.06 1.47 0.95 1.63 0.85 1.18 0.99 1.12 0.79 1.06 1.16 1.00 1.38 1.36 0.90 1.94 0.69 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.00 0.51 1.12 0.36 0.63
C2 0.02 0.00 0.36 0.23 0.01 0.18 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.52 0.34 0.33 0.59 1.45 0.64 0.86
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.19 0.01 0.10 0.19 0.18 0.18 0.29 0.36 0.13 0.09 0.02 0.00 0.01 0.02 0.62 0.91 0.61 0.66
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.27 0.00 0.39 0.01 0.40 0.43 0.32 0.19 0.46 0.47 0.26 0.02 0.01 0.01 0.15 0.34 0.20 0.13
C4 0.01 0.01 0.19 0.27 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.17 0.18 0.57 1.48 0.64 0.87
C4' 0.00 0.18 0.01 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.14 0.32 0.14 0.18 0.18 0.29 0.13 0.32 0.03 0.00 0.01 0.36 0.36 0.09
C5 0.01 0.01 0.10 0.39 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.07 0.08 0.54 1.64 0.77 0.97
C5' 0.04 0.21 0.19 0.01 0.12 0.00 0.23 0.00 0.22 0.40 0.19 0.19 0.28 0.39 0.15 0.12 0.16 0.03 0.01 0.21 0.44 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.40 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.37 0.09 0.15 0.54 1.64 0.80 0.98
C8 0.01 0.01 0.18 0.43 0.00 0.32 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.19 0.20 0.51 1.66 0.72 0.98
N1 0.02 0.00 0.29 0.32 0.01 0.14 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.20 0.27 0.57 1.55 0.74 0.93
N3 0.02 0.00 0.36 0.19 0.00 0.18 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.39 0.33 0.58 1.37 0.57 0.81
N6 0.01 0.00 0.13 0.46 0.01 0.18 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.14 0.10 0.51 1.70 0.87 1.01
N7 0.01 0.01 0.09 0.47 0.00 0.29 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.22 0.10 0.50 1.74 0.82 1.02
N9 0.00 0.01 0.02 0.26 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.09 0.01 0.55 1.43 0.58 0.84
O2' 0.02 0.52 0.00 0.02 0.32 0.32 0.34 0.12 0.37 0.44 0.44 0.50 0.38 0.43 0.23 0.00 0.03 0.25 0.27 0.65 0.43 0.28
O3' 0.34 0.34 0.01 0.01 0.17 0.03 0.07 0.16 0.09 0.19 0.20 0.39 0.14 0.22 0.09 0.03 0.00 0.24 0.52 0.33 0.46 0.52
O4' 0.00 0.33 0.02 0.01 0.18 0.00 0.08 0.03 0.15 0.20 0.27 0.33 0.10 0.10 0.01 0.25 0.24 0.00 0.37 1.03 0.36 0.51
O5' 0.51 0.59 0.62 0.15 0.57 0.01 0.54 0.01 0.54 0.51 0.57 0.58 0.51 0.50 0.55 0.27 0.52 0.37 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 1.12 1.45 0.91 0.34 1.48 0.36 1.64 0.21 1.64 1.66 1.55 1.37 1.70 1.74 1.43 0.65 0.33 1.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.64 0.61 0.20 0.64 0.36 0.77 0.44 0.80 0.72 0.74 0.57 0.87 0.82 0.58 0.43 0.46 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.63 0.86 0.66 0.13 0.87 0.09 0.97 0.01 0.98 0.98 0.93 0.81 1.01 1.02 0.84 0.28 0.52 0.51 0.00 0.01 0.01 0.00