Doublet Group distance statistics: 52718

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 1, 4, 8, 9, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N9	A	0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N7	A	0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N6	A	0, 0.019, 0.046, 0.072, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.046 std_dev=0.027
C8	A	0, 0.021, 0.054, 0.087, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.054 std_dev=0.033
C2'	A	0, 0.100, 0.164, 0.229, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.164 std_dev=0.065
O4'	A	0, 0.038, 0.107, 0.175, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.107 std_dev=0.069
O2'	A	0, 0.179, 0.259, 0.338, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.259 std_dev=0.079
C4'	A	0, 0.093, 0.196, 0.299, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.196 std_dev=0.103
C3'	A	0, 0.079, 0.192, 0.304, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.192 std_dev=0.113
C5'	A	0, 0.176, 0.312, 0.448, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.312 std_dev=0.136
O5'	A	0, 0.171, 0.332, 0.493, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.332 std_dev=0.161
C5	B	0, 0.240, 0.403, 0.567, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.403 std_dev=0.163
N7	B	0, 0.217, 0.381, 0.545, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.381 std_dev=0.164
N9	B	0, 0.261, 0.426, 0.591, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.426 std_dev=0.165
C8	B	0, 0.261, 0.427, 0.593, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.427 std_dev=0.166
C4	B	0, 0.257, 0.425, 0.592, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.425 std_dev=0.167
O3'	A	0, 0.141, 0.329, 0.518, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.329 std_dev=0.189
C1'	B	0, 0.328, 0.523, 0.718, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.523 std_dev=0.195
N3	B	0, 0.318, 0.519, 0.719, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.519 std_dev=0.200
C6	B	0, 0.288, 0.492, 0.697, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.492 std_dev=0.205
N6	B	0, 0.296, 0.511, 0.727, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.511 std_dev=0.216
P	A	0, 0.179, 0.404, 0.628, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.404 std_dev=0.225
C2	B	0, 0.362, 0.610, 0.859, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.610 std_dev=0.248
N1	B	0, 0.345, 0.608, 0.870, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.608 std_dev=0.262
C2'	B	0, 0.358, 0.636, 0.915, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.636 std_dev=0.278
OP1	A	0, 0.183, 0.476, 0.769, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.476 std_dev=0.293
OP2	A	0, 0.184, 0.482, 0.780, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.482 std_dev=0.298
O2'	B	0, 0.381, 0.680, 0.979, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.680 std_dev=0.299
O4'	B	0, 0.342, 0.659, 0.976, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.659 std_dev=0.317
C3'	B	0, 0.445, 0.855, 1.266, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.855 std_dev=0.410
C4'	B	0, 0.394, 0.848, 1.301, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.848 std_dev=0.454
O3'	B	0, 0.529, 1.093, 1.658, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.093 std_dev=0.565
C5'	B	0, 0.396, 0.974, 1.552, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.974 std_dev=0.578
OP2	B	0, 0.490, 1.132, 1.775, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.132 std_dev=0.642
O5'	B	0, 0.309, 0.965, 1.620, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.965 std_dev=0.656
P	B	0, 0.339, 1.086, 1.833, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.086 std_dev=0.747
OP1	B	0, 0.319, 1.337, 2.355, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.337 std_dev=1.018

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.05	0.05	0.09	0.07
C2	0.02	0.00	0.11	0.11	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.16	0.02	0.11	0.14	0.23	0.17
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.06	0.01	0.04	0.01	0.06	0.03	0.09	0.10	0.06	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.03	0.11	0.06	0.04
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.06	0.01	0.05	0.01	0.07	0.05	0.10	0.10	0.07	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.04	0.13	0.08	0.06
C4	0.01	0.00	0.06	0.06	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.08	0.01	0.12	0.14	0.22	0.17
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.00	0.04	0.07	0.04	0.05	0.05	0.06	0.03	0.04	0.01	0.00	0.01	0.06	0.02	0.01
C5	0.01	0.01	0.04	0.05	0.00	0.04	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.07	0.02	0.16	0.22	0.29	0.23
C5'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.06	0.00	0.10	0.00	0.10	0.13	0.08	0.04	0.12	0.14	0.06	0.05	0.02	0.01	0.01	0.04	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.07	0.01	0.04	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.10	0.02	0.17	0.24	0.32	0.24
C8	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.07	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.02	0.18	0.21	0.25	0.21
N1	0.02	0.00	0.09	0.10	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.14	0.02	0.14	0.20	0.28	0.21
N3	0.02	0.00	0.10	0.10	0.00	0.05	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.09	0.14	0.02	0.09	0.10	0.19	0.14
N6	0.01	0.01	0.06	0.07	0.01	0.05	0.01	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.10	0.03	0.19	0.28	0.36	0.28
N7	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.02	0.20	0.26	0.32	0.26
N9	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.11	0.12	0.17	0.14
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.05	0.04	0.04	0.05	0.06	0.02	0.08	0.09	0.05	0.01	0.01	0.00	0.04	0.02	0.04	0.11	0.05	0.03
O3'	0.02	0.16	0.02	0.00	0.08	0.01	0.07	0.02	0.10	0.06	0.14	0.14	0.10	0.05	0.03	0.04	0.00	0.01	0.06	0.21	0.14	0.11
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.04	0.08	0.08
O5'	0.05	0.11	0.03	0.04	0.12	0.01	0.16	0.01	0.17	0.18	0.14	0.09	0.19	0.20	0.11	0.04	0.06	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.05	0.14	0.11	0.13	0.14	0.06	0.22	0.04	0.24	0.21	0.20	0.10	0.28	0.26	0.12	0.11	0.21	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.09	0.23	0.06	0.08	0.22	0.02	0.29	0.02	0.32	0.25	0.28	0.19	0.36	0.32	0.17	0.05	0.14	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.17	0.04	0.06	0.17	0.01	0.23	0.01	0.24	0.21	0.21	0.14	0.28	0.26	0.14	0.03	0.11	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.22	0.21	0.22	0.17	0.16	0.17	0.19	0.21	0.16	0.24	0.18	0.23	0.16	0.16	0.19	0.25	0.18	0.17	0.13	0.50	0.21
C2	0.22	0.26	0.23	0.21	0.13	0.25	0.12	0.26	0.19	0.21	0.27	0.18	0.19	0.15	0.18	0.25	0.22	0.27	0.28	0.15	0.33	0.14
C2'	0.17	0.33	0.25	0.25	0.21	0.15	0.20	0.18	0.28	0.17	0.36	0.26	0.28	0.17	0.18	0.22	0.27	0.17	0.20	0.13	0.47	0.22
C3'	0.16	0.28	0.21	0.20	0.18	0.16	0.17	0.20	0.22	0.17	0.30	0.23	0.22	0.15	0.16	0.21	0.23	0.19	0.23	0.20	0.56	0.32
C4	0.17	0.18	0.18	0.16	0.12	0.19	0.11	0.21	0.15	0.18	0.21	0.14	0.16	0.15	0.15	0.19	0.16	0.22	0.22	0.14	0.45	0.22
C4'	0.17	0.22	0.20	0.21	0.16	0.17	0.15	0.21	0.19	0.17	0.23	0.18	0.19	0.16	0.16	0.19	0.24	0.20	0.21	0.20	0.61	0.33
C5	0.17	0.14	0.15	0.16	0.08	0.24	0.07	0.27	0.10	0.20	0.15	0.10	0.11	0.16	0.14	0.17	0.16	0.25	0.28	0.22	0.50	0.30
C5'	0.21	0.18	0.20	0.19	0.17	0.22	0.17	0.25	0.16	0.22	0.19	0.16	0.17	0.21	0.19	0.21	0.21	0.25	0.26	0.32	0.72	0.44
C6	0.20	0.17	0.18	0.23	0.09	0.32	0.09	0.36	0.11	0.24	0.17	0.12	0.11	0.17	0.16	0.20	0.24	0.32	0.36	0.25	0.45	0.30
C8	0.15	0.14	0.14	0.14	0.12	0.18	0.12	0.22	0.12	0.17	0.15	0.12	0.13	0.15	0.14	0.15	0.15	0.21	0.22	0.23	0.58	0.34
N1	0.22	0.22	0.20	0.22	0.09	0.32	0.09	0.33	0.15	0.23	0.22	0.15	0.14	0.15	0.17	0.23	0.24	0.33	0.35	0.17	0.35	0.19
N3	0.20	0.25	0.23	0.21	0.16	0.20	0.15	0.21	0.21	0.19	0.28	0.18	0.21	0.15	0.18	0.23	0.22	0.23	0.23	0.14	0.38	0.15
N6	0.23	0.17	0.25	0.35	0.14	0.44	0.14	0.51	0.13	0.28	0.16	0.15	0.12	0.21	0.20	0.23	0.38	0.39	0.49	0.40	0.50	0.42
N7	0.16	0.12	0.14	0.17	0.10	0.23	0.10	0.28	0.10	0.19	0.13	0.10	0.11	0.17	0.14	0.15	0.17	0.24	0.27	0.30	0.59	0.38
N9	0.16	0.17	0.17	0.17	0.13	0.16	0.13	0.19	0.16	0.17	0.19	0.15	0.17	0.15	0.15	0.17	0.18	0.20	0.20	0.15	0.51	0.25
O2'	0.19	0.37	0.30	0.32	0.24	0.18	0.24	0.20	0.32	0.19	0.40	0.29	0.33	0.19	0.20	0.25	0.36	0.17	0.19	0.14	0.43	0.17
O3'	0.16	0.34	0.24	0.22	0.20	0.15	0.19	0.19	0.26	0.16	0.35	0.27	0.25	0.15	0.16	0.22	0.25	0.17	0.23	0.20	0.55	0.31
O4'	0.17	0.18	0.19	0.21	0.16	0.17	0.15	0.20	0.17	0.17	0.18	0.17	0.17	0.16	0.17	0.18	0.24	0.20	0.18	0.16	0.58	0.27
O5'	0.27	0.17	0.25	0.23	0.21	0.29	0.21	0.33	0.17	0.30	0.17	0.18	0.18	0.28	0.25	0.27	0.23	0.32	0.35	0.44	0.78	0.54
OP1	0.29	0.18	0.27	0.24	0.22	0.31	0.22	0.34	0.19	0.32	0.19	0.19	0.19	0.29	0.27	0.30	0.23	0.34	0.39	0.53	0.81	0.61
OP2	0.39	0.23	0.37	0.35	0.31	0.42	0.32	0.46	0.26	0.43	0.23	0.27	0.25	0.40	0.37	0.40	0.34	0.43	0.49	0.66	0.87	0.71
P	0.30	0.21	0.28	0.25	0.25	0.31	0.25	0.35	0.21	0.34	0.21	0.22	0.21	0.31	0.29	0.31	0.25	0.33	0.37	0.52	0.81	0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.40	0.11	0.25
C2	0.02	0.00	0.14	0.23	0.00	0.12	0.01	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.29	0.02	0.16	0.40	0.26	0.18
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.08	0.01	0.07	0.02	0.09	0.06	0.12	0.14	0.09	0.05	0.03	0.00	0.01	0.01	0.04	0.45	0.14	0.24
C3'	0.01	0.23	0.00	0.00	0.15	0.01	0.16	0.02	0.19	0.12	0.23	0.20	0.20	0.14	0.08	0.02	0.01	0.01	0.02	0.37	0.26	0.15
C4	0.01	0.00	0.08	0.15	0.00	0.08	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.17	0.01	0.15	0.34	0.28	0.15
C4'	0.01	0.12	0.01	0.01	0.08	0.00	0.09	0.00	0.11	0.08	0.12	0.11	0.12	0.09	0.05	0.05	0.02	0.00	0.02	0.38	0.08	0.22
C5	0.01	0.01	0.07	0.16	0.00	0.09	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.19	0.01	0.18	0.27	0.38	0.11
C5'	0.03	0.17	0.02	0.02	0.13	0.00	0.16	0.00	0.18	0.14	0.18	0.14	0.20	0.16	0.09	0.04	0.04	0.01	0.01	0.13	0.26	0.02
C6	0.01	0.00	0.09	0.19	0.01	0.11	0.01	0.18	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.25	0.02	0.19	0.29	0.40	0.11
C8	0.01	0.00	0.06	0.12	0.00	0.08	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.14	0.01	0.16	0.22	0.37	0.09
N1	0.01	0.00	0.12	0.23	0.01	0.12	0.01	0.18	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.29	0.02	0.18	0.35	0.34	0.14
N3	0.02	0.00	0.14	0.20	0.00	0.11	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.24	0.02	0.14	0.41	0.22	0.20
N6	0.01	0.01	0.09	0.20	0.01	0.12	0.01	0.20	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.26	0.02	0.20	0.25	0.47	0.11
N7	0.01	0.01	0.05	0.14	0.00	0.09	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.17	0.02	0.18	0.20	0.45	0.11
N9	0.00	0.01	0.03	0.08	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.08	0.01	0.13	0.32	0.24	0.15
O2'	0.01	0.10	0.00	0.02	0.05	0.05	0.04	0.04	0.06	0.03	0.08	0.09	0.05	0.03	0.01	0.00	0.04	0.05	0.05	0.58	0.13	0.38
O3'	0.01	0.29	0.01	0.01	0.17	0.02	0.19	0.04	0.25	0.14	0.29	0.24	0.26	0.17	0.08	0.04	0.00	0.02	0.07	0.41	0.27	0.20
O4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.05	0.02	0.00	0.08	0.37	0.09	0.26
O5'	0.08	0.16	0.04	0.02	0.15	0.02	0.18	0.01	0.19	0.16	0.18	0.14	0.20	0.18	0.13	0.05	0.07	0.08	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.40	0.40	0.45	0.37	0.34	0.38	0.27	0.13	0.29	0.22	0.35	0.41	0.25	0.20	0.32	0.58	0.41	0.37	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.11	0.26	0.14	0.26	0.28	0.08	0.38	0.26	0.40	0.37	0.34	0.22	0.47	0.45	0.24	0.13	0.27	0.09	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.25	0.18	0.24	0.15	0.15	0.22	0.11	0.02	0.11	0.09	0.14	0.20	0.11	0.11	0.15	0.38	0.20	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00