Doublet Group distance statistics: 52720

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 2, 3, 3, 6, 2, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N6	A	0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C8	A	0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4	B	0, 0.126, 0.306, 0.486, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.306 std_dev=0.180
N3	B	0, 0.184, 0.380, 0.576, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.380 std_dev=0.196
C5	B	0, 0.151, 0.401, 0.651, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.401 std_dev=0.250
N9	B	0, 0.048, 0.313, 0.578, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.313 std_dev=0.265
C2	B	0, 0.215, 0.487, 0.759, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.487 std_dev=0.272
C6	B	0, 0.177, 0.495, 0.813, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.495 std_dev=0.318
N1	B	0, 0.201, 0.530, 0.859, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.530 std_dev=0.329
N7	B	0, 0.153, 0.495, 0.838, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.495 std_dev=0.343
C8	B	0, 0.097, 0.442, 0.788, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.442 std_dev=0.346
C1'	B	0, -0.005, 0.351, 0.708, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.351 std_dev=0.357
N6	B	0, 0.191, 0.635, 1.079, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.635 std_dev=0.444
C2'	B	0, 0.255, 0.772, 1.289, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.772 std_dev=0.517
O4'	B	0, 0.221, 0.759, 1.298, 2.365 max_d=2.365 avg_d=0.759 std_dev=0.538
C3'	B	0, 0.353, 1.105, 1.856, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.105 std_dev=0.751
C4'	B	0, 0.317, 1.109, 1.900, 2.919 max_d=2.919 avg_d=1.109 std_dev=0.792
O4'	A	0, 0.130, 0.955, 1.780, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.955 std_dev=0.825
C2'	A	0, 0.124, 0.954, 1.783, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.954 std_dev=0.829
O2'	B	0, 0.434, 1.359, 2.284, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.359 std_dev=0.925
O5'	B	0, 0.404, 1.369, 2.335, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.369 std_dev=0.966
OP2	B	0, 0.492, 1.515, 2.539, 3.811 max_d=3.811 avg_d=1.515 std_dev=1.023
C5'	B	0, 0.393, 1.431, 2.470, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.431 std_dev=1.039
O3'	B	0, 0.476, 1.574, 2.673, 3.142 max_d=3.142 avg_d=1.574 std_dev=1.099
C3'	A	0, 0.220, 1.327, 2.435, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.327 std_dev=1.107
O3'	A	0, 0.329, 1.476, 2.623, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.476 std_dev=1.147
P	B	0, 0.536, 1.727, 2.917, 3.709 max_d=3.709 avg_d=1.727 std_dev=1.190
O2'	A	0, 0.114, 1.373, 2.632, 2.834 max_d=2.834 avg_d=1.373 std_dev=1.259
C4'	A	0, 0.208, 1.477, 2.745, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.477 std_dev=1.268
C5'	A	0, 0.358, 2.291, 4.224, 4.445 max_d=4.445 avg_d=2.291 std_dev=1.933
OP1	B	0, 0.680, 2.737, 4.794, 5.293 max_d=5.293 avg_d=2.737 std_dev=2.057
O5'	A	0, 0.312, 2.567, 4.822, 5.176 max_d=5.176 avg_d=2.567 std_dev=2.255
P	A	0, 0.315, 3.651, 6.988, 7.461 max_d=7.461 avg_d=3.651 std_dev=3.337
OP1	A	0, 0.361, 4.106, 7.852, 8.339 max_d=8.339 avg_d=4.106 std_dev=3.745
OP2	A	0, 0.305, 4.165, 8.024, 8.648 max_d=8.648 avg_d=4.165 std_dev=3.860

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.36	0.00	0.05	0.25	0.60	0.08
C2	0.03	0.00	0.54	0.57	0.00	0.12	0.00	0.24	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.14	0.21	0.25	0.17	0.18	0.79	0.19
C2'	0.00	0.54	0.00	0.00	0.28	0.01	0.12	0.20	0.24	0.26	0.42	0.55	0.16	0.14	0.01	0.00	0.04	0.02	0.15	0.45	0.42	0.14
C3'	0.01	0.57	0.00	0.00	0.45	0.01	0.48	0.03	0.56	0.25	0.60	0.50	0.57	0.37	0.28	0.02	0.01	0.02	0.20	0.43	0.52	0.13
C4	0.02	0.00	0.28	0.45	0.00	0.14	0.00	0.23	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.12	0.13	0.14	0.16	0.96	0.30
C4'	0.01	0.12	0.01	0.01	0.14	0.00	0.20	0.01	0.21	0.23	0.16	0.09	0.24	0.25	0.14	0.33	0.02	0.00	0.02	0.44	0.29	0.19
C5	0.01	0.00	0.12	0.48	0.00	0.20	0.00	0.33	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.33	0.16	0.05	0.23	0.44	1.29	0.58
C5'	0.05	0.24	0.20	0.03	0.23	0.01	0.33	0.00	0.36	0.30	0.32	0.19	0.42	0.37	0.18	0.10	0.28	0.01	0.01	0.18	0.35	0.02
C6	0.01	0.00	0.24	0.56	0.01	0.21	0.01	0.36	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.27	0.23	0.10	0.21	0.46	1.27	0.55
C8	0.01	0.01	0.26	0.25	0.00	0.23	0.00	0.30	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.50	0.06	0.17	0.37	0.55	1.43	0.79
N1	0.02	0.00	0.42	0.60	0.01	0.16	0.01	0.32	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.24	0.19	0.16	0.25	1.02	0.33
N3	0.03	0.00	0.55	0.50	0.00	0.09	0.00	0.19	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.18	0.18	0.24	0.17	0.22	0.70	0.17
N6	0.01	0.01	0.16	0.57	0.01	0.24	0.01	0.42	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.36	0.27	0.06	0.27	0.67	1.47	0.74
N7	0.01	0.01	0.14	0.37	0.00	0.25	0.00	0.37	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.51	0.13	0.10	0.37	0.70	1.58	0.88
N9	0.00	0.01	0.01	0.28	0.00	0.14	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.25	0.10	0.01	0.16	0.15	0.98	0.36
O2'	0.02	0.14	0.00	0.02	0.14	0.33	0.33	0.10	0.27	0.50	0.10	0.18	0.36	0.51	0.25	0.00	0.08	0.25	0.25	0.20	0.59	0.15
O3'	0.36	0.21	0.04	0.01	0.12	0.02	0.16	0.28	0.23	0.06	0.24	0.18	0.27	0.13	0.10	0.08	0.00	0.22	0.27	0.35	0.50	0.16
O4'	0.00	0.25	0.02	0.02	0.13	0.00	0.05	0.01	0.10	0.17	0.19	0.24	0.06	0.10	0.01	0.25	0.22	0.00	0.06	0.24	0.45	0.10
O5'	0.05	0.17	0.15	0.20	0.14	0.02	0.23	0.01	0.21	0.37	0.16	0.17	0.27	0.37	0.16	0.25	0.27	0.06	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.25	0.18	0.45	0.43	0.16	0.44	0.44	0.18	0.46	0.55	0.25	0.22	0.67	0.70	0.15	0.20	0.35	0.24	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.60	0.79	0.42	0.52	0.96	0.29	1.29	0.35	1.27	1.43	1.02	0.70	1.47	1.58	0.98	0.59	0.50	0.45	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.19	0.14	0.13	0.30	0.19	0.58	0.02	0.55	0.79	0.33	0.17	0.74	0.88	0.36	0.15	0.16	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.21	0.18	0.09	0.08	0.27	0.20	0.34	0.21	0.23	0.11	0.17	0.40	0.30	0.10	0.20	0.52	0.29	0.22	0.68	0.28	0.51
C2	0.22	0.25	0.40	0.29	0.20	0.48	0.26	0.55	0.33	0.23	0.32	0.19	0.39	0.27	0.20	0.65	0.82	0.41	0.29	0.86	0.30	0.68
C2'	0.11	0.18	0.20	0.10	0.10	0.27	0.23	0.44	0.25	0.25	0.15	0.15	0.40	0.33	0.12	0.27	0.43	0.28	0.29	1.02	0.42	0.80
C3'	0.23	0.21	0.25	0.26	0.09	0.21	0.19	0.28	0.28	0.24	0.30	0.10	0.42	0.27	0.17	0.21	0.31	0.22	0.38	0.56	0.37	0.37
C4	0.09	0.13	0.20	0.13	0.08	0.36	0.20	0.44	0.23	0.20	0.13	0.12	0.33	0.26	0.11	0.30	0.63	0.34	0.21	0.80	0.25	0.62
C4'	0.22	0.75	0.22	0.13	0.43	0.28	0.44	0.31	0.63	0.29	0.82	0.57	0.66	0.36	0.29	0.43	0.66	0.31	0.31	0.55	0.38	0.41
C5	0.08	0.13	0.11	0.15	0.06	0.38	0.15	0.48	0.14	0.20	0.08	0.12	0.21	0.23	0.11	0.22	0.61	0.36	0.27	0.88	0.31	0.68
C5'	0.34	0.97	0.39	0.21	0.63	0.35	0.71	0.42	0.99	0.46	1.13	0.74	1.15	0.57	0.45	0.66	0.68	0.38	0.44	0.58	0.48	0.47
C6	0.13	0.14	0.17	0.25	0.12	0.48	0.18	0.58	0.19	0.22	0.16	0.11	0.23	0.23	0.15	0.41	0.72	0.41	0.35	0.97	0.38	0.76
C8	0.13	0.26	0.11	0.13	0.14	0.31	0.17	0.40	0.13	0.25	0.20	0.21	0.17	0.28	0.15	0.15	0.46	0.32	0.31	0.78	0.34	0.59
N1	0.22	0.24	0.34	0.32	0.20	0.52	0.24	0.61	0.28	0.24	0.27	0.19	0.31	0.26	0.22	0.65	0.84	0.43	0.36	0.94	0.38	0.75
N3	0.16	0.17	0.34	0.20	0.15	0.40	0.25	0.47	0.32	0.21	0.27	0.14	0.41	0.27	0.15	0.49	0.73	0.37	0.20	0.80	0.23	0.62
N6	0.12	0.13	0.11	0.33	0.11	0.54	0.16	0.66	0.15	0.24	0.13	0.11	0.19	0.23	0.15	0.39	0.71	0.42	0.45	1.09	0.49	0.85
N7	0.14	0.21	0.14	0.16	0.14	0.35	0.14	0.45	0.10	0.23	0.16	0.19	0.12	0.25	0.15	0.14	0.50	0.34	0.32	0.87	0.34	0.66
N9	0.07	0.20	0.13	0.08	0.08	0.30	0.18	0.38	0.17	0.22	0.10	0.16	0.31	0.28	0.11	0.17	0.53	0.31	0.23	0.75	0.27	0.56
O2'	0.15	0.33	0.19	0.21	0.11	0.59	0.23	0.81	0.33	0.30	0.39	0.19	0.50	0.34	0.16	0.31	0.65	0.58	0.54	1.41	0.64	1.14
O3'	0.16	0.55	0.11	0.15	0.32	0.33	0.37	0.39	0.49	0.27	0.60	0.41	0.54	0.34	0.23	0.16	0.69	0.34	0.30	0.76	0.33	0.53
O4'	0.33	0.82	0.29	0.20	0.47	0.38	0.38	0.36	0.51	0.27	0.79	0.66	0.40	0.30	0.33	0.51	0.77	0.43	0.26	0.55	0.34	0.43
O5'	0.59	1.38	0.70	0.37	0.92	0.38	0.94	0.32	1.28	0.55	1.52	1.12	1.39	0.65	0.67	1.11	0.91	0.42	0.35	0.43	0.49	0.37
OP1	0.31	1.38	0.39	0.32	0.69	0.49	0.69	0.81	1.14	0.35	1.52	1.00	1.24	0.39	0.38	0.86	0.57	0.44	1.00	0.84	1.28	0.89
OP2	0.50	0.95	0.37	0.71	0.35	1.00	0.37	1.36	0.81	0.58	1.15	0.58	0.99	0.41	0.40	0.69	0.47	0.95	1.49	1.33	1.66	1.36
P	0.31	1.34	0.39	0.32	0.65	0.49	0.62	0.80	1.08	0.34	1.48	0.97	1.15	0.34	0.35	0.90	0.57	0.44	1.00	0.86	1.28	0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.37	0.00	0.11	0.15	0.31	0.33
C2	0.03	0.00	0.34	0.19	0.01	0.09	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.15	0.44	0.20	0.09	0.16	0.21	0.32
C2'	0.00	0.34	0.00	0.00	0.18	0.01	0.09	0.21	0.15	0.16	0.26	0.33	0.10	0.09	0.02	0.00	0.03	0.03	0.47	0.25	0.74	0.57
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.22	0.01	0.30	0.02	0.30	0.33	0.25	0.15	0.34	0.35	0.21	0.02	0.01	0.02	0.03	0.40	0.08	0.08
C4	0.02	0.01	0.18	0.22	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.12	0.28	0.11	0.12	0.14	0.21	0.31
C4'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.02	0.00	0.08	0.01	0.06	0.21	0.04	0.10	0.09	0.18	0.08	0.31	0.02	0.01	0.02	0.08	0.04	0.04
C5	0.01	0.00	0.09	0.30	0.00	0.08	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.28	0.15	0.04	0.23	0.15	0.23	0.28
C5'	0.06	0.12	0.21	0.02	0.05	0.01	0.08	0.00	0.07	0.19	0.07	0.12	0.11	0.18	0.05	0.10	0.26	0.02	0.01	0.08	0.03	0.02
C6	0.02	0.00	0.15	0.30	0.01	0.06	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.23	0.20	0.08	0.23	0.15	0.25	0.28
C8	0.01	0.01	0.16	0.33	0.00	0.21	0.00	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.44	0.08	0.14	0.27	0.16	0.21	0.26
N1	0.03	0.00	0.26	0.25	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.33	0.15	0.16	0.16	0.22	0.30
N3	0.03	0.00	0.33	0.15	0.00	0.10	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.18	0.46	0.20	0.06	0.16	0.21	0.33
N6	0.02	0.00	0.10	0.34	0.01	0.09	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.32	0.15	0.05	0.29	0.17	0.30	0.27
N7	0.01	0.01	0.09	0.35	0.00	0.18	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.45	0.08	0.08	0.31	0.18	0.25	0.26
N9	0.00	0.01	0.02	0.21	0.01	0.08	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.22	0.19	0.01	0.11	0.14	0.23	0.30
O2'	0.02	0.15	0.00	0.02	0.12	0.31	0.28	0.10	0.23	0.44	0.09	0.18	0.32	0.45	0.22	0.00	0.05	0.20	0.36	0.14	0.84	0.48
O3'	0.37	0.44	0.03	0.01	0.28	0.02	0.15	0.26	0.20	0.08	0.33	0.46	0.15	0.08	0.19	0.05	0.00	0.23	0.24	0.88	0.21	0.41
O4'	0.00	0.20	0.03	0.02	0.11	0.01	0.04	0.02	0.08	0.14	0.15	0.20	0.05	0.08	0.01	0.20	0.23	0.00	0.09	0.15	0.09	0.18
O5'	0.11	0.09	0.47	0.03	0.12	0.02	0.23	0.01	0.23	0.27	0.16	0.06	0.29	0.31	0.11	0.36	0.24	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.15	0.16	0.25	0.40	0.14	0.08	0.15	0.08	0.15	0.16	0.16	0.16	0.17	0.18	0.14	0.14	0.88	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.31	0.21	0.74	0.08	0.21	0.04	0.23	0.03	0.25	0.21	0.22	0.21	0.30	0.25	0.23	0.84	0.21	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.33	0.32	0.57	0.08	0.31	0.04	0.28	0.02	0.28	0.26	0.30	0.33	0.27	0.26	0.30	0.48	0.41	0.18	0.00	0.00	0.01	0.00