ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52726

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 4, 5, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.037 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.016, 0.038, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.038 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.018, 0.044, 0.069, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N3 B 0, 0.296, 0.465, 0.633, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.465 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.321, 0.503, 0.685, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.503 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.391, 0.614, 0.837, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.614 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.457, 0.684, 0.912, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.684 std_dev=0.227
C1' B 0, 0.499, 0.736, 0.973, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.736 std_dev=0.237
N9 B 0, 0.460, 0.709, 0.958, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.709 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.525, 0.811, 1.096, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.811 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.483, 0.775, 1.066, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.775 std_dev=0.292
C8 B 0, 0.537, 0.871, 1.204, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.871 std_dev=0.334
N6 B 0, 0.668, 1.020, 1.371, 1.381 max_d=1.381 avg_d=1.020 std_dev=0.351
N7 B 0, 0.564, 0.925, 1.285, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.925 std_dev=0.360
O4' A 0, 1.117, 1.733, 2.350, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.733 std_dev=0.616
C2' A 0, 1.134, 1.768, 2.402, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.768 std_dev=0.634
O4' B 0, 1.795, 2.489, 3.184, 3.208 max_d=3.208 avg_d=2.489 std_dev=0.694
C2' B 0, 1.722, 2.515, 3.307, 3.031 max_d=3.031 avg_d=2.515 std_dev=0.792
C3' A 0, 1.370, 2.210, 3.050, 2.682 max_d=2.682 avg_d=2.210 std_dev=0.840
C4' A 0, 1.553, 2.425, 3.298, 2.887 max_d=2.887 avg_d=2.425 std_dev=0.873
O2' A 0, 1.655, 2.564, 3.474, 3.048 max_d=3.048 avg_d=2.564 std_dev=0.909
O3' A 0, 1.237, 2.168, 3.099, 2.849 max_d=2.849 avg_d=2.168 std_dev=0.931
C4' B 0, 2.234, 3.233, 4.233, 4.018 max_d=4.018 avg_d=3.233 std_dev=0.999
O2' B 0, 2.545, 3.642, 4.739, 4.629 max_d=4.629 avg_d=3.642 std_dev=1.097
C3' B 0, 2.149, 3.386, 4.623, 4.411 max_d=4.411 avg_d=3.386 std_dev=1.237
C5' A 0, 2.524, 3.865, 5.206, 4.586 max_d=4.586 avg_d=3.865 std_dev=1.341
O5' A 0, 2.317, 3.732, 5.148, 4.612 max_d=4.612 avg_d=3.732 std_dev=1.416
O3' B 0, 2.058, 3.542, 5.026, 4.772 max_d=4.772 avg_d=3.542 std_dev=1.484
OP1 A 0, 3.665, 5.306, 6.947, 6.218 max_d=6.218 avg_d=5.306 std_dev=1.641
C5' B 0, 4.271, 5.934, 7.596, 6.925 max_d=6.925 avg_d=5.934 std_dev=1.663
P A 0, 3.208, 4.898, 6.587, 5.934 max_d=5.934 avg_d=4.898 std_dev=1.689
OP2 A 0, 3.303, 5.136, 6.968, 6.303 max_d=6.303 avg_d=5.136 std_dev=1.832
O5' B 0, 5.162, 7.136, 9.110, 8.170 max_d=8.170 avg_d=7.136 std_dev=1.974
P B 0, 7.169, 9.893, 12.617, 11.183 max_d=11.183 avg_d=9.893 std_dev=2.724
OP1 B 0, 7.348, 10.120, 12.892, 11.530 max_d=11.530 avg_d=10.120 std_dev=2.772
OP2 B 0, 8.140, 11.232, 14.323, 12.698 max_d=12.698 avg_d=11.232 std_dev=3.091

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.26 0.01 0.14 0.53 0.37 0.30
C2 0.03 0.00 0.25 0.15 0.02 0.14 0.02 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.26 0.26 0.24 0.31 0.67 0.55 0.45
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.05 0.17 0.11 0.15 0.19 0.25 0.07 0.09 0.02 0.00 0.03 0.02 0.21 0.56 0.30 0.33
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.01 0.22 0.01 0.22 0.22 0.19 0.12 0.25 0.25 0.15 0.02 0.01 0.02 0.23 0.11 0.22 0.14
C4 0.01 0.02 0.13 0.16 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.13 0.24 0.67 0.49 0.39
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.15 0.10 0.13 0.07 0.12 0.05 0.24 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.06
C5 0.01 0.02 0.05 0.22 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.08 0.06 0.22 0.71 0.47 0.37
C5' 0.07 0.24 0.17 0.01 0.14 0.01 0.10 0.00 0.14 0.09 0.20 0.22 0.12 0.07 0.05 0.07 0.19 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.22 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.11 0.11 0.25 0.72 0.51 0.40
C8 0.02 0.02 0.15 0.22 0.01 0.15 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.08 0.14 0.16 0.71 0.36 0.30
N1 0.02 0.01 0.19 0.19 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.19 0.19 0.29 0.70 0.55 0.44
N3 0.02 0.01 0.25 0.12 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.28 0.24 0.30 0.64 0.52 0.43
N6 0.02 0.02 0.07 0.25 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.10 0.08 0.24 0.73 0.49 0.38
N7 0.02 0.02 0.09 0.25 0.01 0.12 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.09 0.08 0.19 0.72 0.39 0.31
N9 0.00 0.02 0.02 0.15 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.11 0.01 0.16 0.65 0.42 0.34
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.15 0.24 0.22 0.07 0.21 0.35 0.21 0.25 0.25 0.34 0.16 0.00 0.03 0.16 0.17 0.45 0.30 0.24
O3' 0.26 0.26 0.03 0.01 0.16 0.01 0.08 0.19 0.11 0.08 0.19 0.28 0.10 0.09 0.11 0.03 0.00 0.18 0.34 0.44 0.42 0.39
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.14 0.19 0.24 0.08 0.08 0.01 0.16 0.18 0.00 0.11 0.39 0.38 0.26
O5' 0.14 0.31 0.21 0.23 0.24 0.01 0.22 0.01 0.25 0.16 0.29 0.30 0.24 0.19 0.16 0.17 0.34 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.67 0.56 0.11 0.67 0.13 0.71 0.06 0.72 0.71 0.70 0.64 0.73 0.72 0.65 0.45 0.44 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.55 0.30 0.22 0.49 0.12 0.47 0.03 0.51 0.36 0.55 0.52 0.49 0.39 0.42 0.30 0.42 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.45 0.33 0.14 0.39 0.06 0.37 0.03 0.40 0.30 0.44 0.43 0.38 0.31 0.34 0.24 0.39 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.13 0.16 0.29 0.12 0.18 0.18 0.32 0.14 0.26 0.15 0.07 0.20 0.28 0.18 0.24 0.24 0.17 0.40 0.36 0.56 0.37
C2 0.18 0.12 0.23 0.17 0.10 0.31 0.09 0.37 0.06 0.16 0.10 0.11 0.07 0.14 0.14 0.38 0.39 0.29 0.57 0.56 0.86 0.66
C2' 0.21 0.14 0.17 0.28 0.14 0.19 0.15 0.28 0.15 0.21 0.16 0.13 0.20 0.20 0.18 0.23 0.22 0.19 0.42 0.39 0.69 0.43
C3' 0.15 0.28 0.12 0.30 0.08 0.20 0.12 0.33 0.22 0.21 0.33 0.15 0.27 0.19 0.12 0.22 0.21 0.15 0.30 0.17 0.38 0.17
C4 0.17 0.16 0.16 0.18 0.08 0.16 0.10 0.26 0.09 0.21 0.18 0.08 0.11 0.20 0.15 0.27 0.21 0.18 0.45 0.41 0.66 0.45
C4' 0.16 0.52 0.19 0.22 0.26 0.17 0.23 0.35 0.37 0.14 0.54 0.39 0.35 0.16 0.16 0.42 0.24 0.16 0.36 0.32 0.47 0.29
C5 0.18 0.16 0.16 0.19 0.06 0.18 0.05 0.29 0.15 0.19 0.20 0.09 0.19 0.13 0.14 0.26 0.19 0.19 0.45 0.38 0.63 0.41
C5' 0.31 0.72 0.36 0.28 0.45 0.25 0.42 0.41 0.59 0.22 0.76 0.58 0.59 0.25 0.32 0.61 0.33 0.24 0.40 0.39 0.50 0.33
C6 0.19 0.15 0.19 0.12 0.08 0.19 0.10 0.30 0.16 0.14 0.18 0.11 0.18 0.10 0.13 0.30 0.22 0.19 0.52 0.45 0.74 0.52
C8 0.19 0.16 0.14 0.33 0.06 0.27 0.06 0.42 0.13 0.24 0.21 0.07 0.19 0.20 0.16 0.23 0.28 0.21 0.40 0.30 0.49 0.30
N1 0.19 0.13 0.24 0.19 0.10 0.31 0.09 0.41 0.10 0.14 0.13 0.12 0.11 0.12 0.14 0.38 0.38 0.28 0.60 0.55 0.85 0.66
N3 0.16 0.14 0.20 0.13 0.10 0.21 0.13 0.28 0.09 0.19 0.12 0.09 0.12 0.20 0.14 0.32 0.29 0.23 0.51 0.49 0.77 0.57
N6 0.22 0.15 0.21 0.13 0.11 0.21 0.15 0.33 0.20 0.13 0.19 0.12 0.24 0.14 0.13 0.31 0.20 0.23 0.55 0.45 0.74 0.51
N7 0.20 0.17 0.15 0.29 0.05 0.28 0.05 0.41 0.18 0.20 0.23 0.08 0.25 0.13 0.15 0.24 0.26 0.24 0.42 0.32 0.52 0.33
N9 0.17 0.15 0.15 0.27 0.08 0.19 0.12 0.32 0.10 0.24 0.18 0.07 0.13 0.24 0.16 0.24 0.22 0.17 0.40 0.35 0.56 0.36
O2' 0.28 0.29 0.25 0.30 0.26 0.32 0.26 0.43 0.28 0.27 0.31 0.26 0.31 0.27 0.26 0.31 0.35 0.33 0.69 0.73 1.06 0.80
O3' 0.32 0.64 0.33 0.26 0.42 0.31 0.40 0.34 0.52 0.29 0.66 0.52 0.52 0.32 0.33 0.49 0.45 0.34 0.48 0.40 0.60 0.41
O4' 0.16 0.50 0.17 0.24 0.24 0.20 0.19 0.36 0.30 0.17 0.50 0.38 0.24 0.20 0.16 0.39 0.25 0.19 0.39 0.36 0.48 0.33
O5' 0.43 0.86 0.53 0.33 0.62 0.31 0.64 0.44 0.84 0.38 0.94 0.73 0.93 0.46 0.47 0.78 0.40 0.31 0.46 0.48 0.60 0.43
OP1 0.89 1.05 1.04 0.73 0.98 0.77 1.01 0.81 1.08 0.92 1.10 1.00 1.13 0.97 0.93 1.26 0.83 0.80 0.91 0.88 0.93 0.78
OP2 0.94 1.24 1.17 0.76 1.14 0.67 1.23 0.64 1.34 1.02 1.32 1.16 1.45 1.15 1.04 1.42 0.84 0.70 0.71 0.71 0.78 0.60
P 0.71 1.05 0.88 0.52 0.89 0.50 0.93 0.55 1.08 0.73 1.12 0.95 1.17 0.81 0.77 1.14 0.63 0.54 0.60 0.59 0.65 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.01 0.18 0.32 0.35 0.26
C2 0.04 0.00 0.24 0.19 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.22 0.20 0.43 0.48 0.69 0.54
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.12 0.02 0.05 0.12 0.10 0.15 0.18 0.24 0.06 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.36 0.54 0.49 0.46
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.19 0.01 0.26 0.02 0.26 0.29 0.23 0.16 0.30 0.31 0.18 0.02 0.01 0.02 0.35 0.41 0.29 0.32
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.16 0.12 0.11 0.32 0.41 0.58 0.43
C4' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.07 0.23 0.06 0.13 0.12 0.21 0.08 0.24 0.02 0.01 0.01 0.21 0.17 0.09
C5 0.02 0.01 0.05 0.26 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.12 0.05 0.31 0.46 0.66 0.47
C5' 0.04 0.19 0.12 0.02 0.12 0.01 0.20 0.00 0.20 0.32 0.17 0.18 0.26 0.33 0.13 0.12 0.17 0.02 0.01 0.14 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.13 0.09 0.35 0.48 0.70 0.50
C8 0.01 0.01 0.15 0.29 0.00 0.23 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.31 0.20 0.12 0.27 0.48 0.65 0.47
N1 0.04 0.01 0.18 0.23 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.15 0.15 0.40 0.48 0.72 0.53
N3 0.04 0.01 0.24 0.16 0.00 0.13 0.02 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.22 0.24 0.20 0.39 0.44 0.62 0.49
N6 0.02 0.01 0.06 0.30 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.27 0.17 0.06 0.35 0.51 0.75 0.52
N7 0.01 0.01 0.10 0.31 0.02 0.21 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.32 0.22 0.07 0.29 0.51 0.72 0.50
N9 0.00 0.02 0.02 0.18 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.08 0.01 0.25 0.38 0.51 0.37
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.16 0.24 0.24 0.12 0.23 0.31 0.21 0.22 0.27 0.32 0.16 0.00 0.04 0.18 0.18 0.49 0.42 0.28
O3' 0.20 0.22 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.17 0.13 0.20 0.15 0.24 0.17 0.22 0.08 0.04 0.00 0.12 0.34 0.21 0.38 0.20
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.12 0.15 0.20 0.06 0.07 0.01 0.18 0.12 0.00 0.11 0.18 0.17 0.12
O5' 0.18 0.43 0.36 0.35 0.32 0.01 0.31 0.01 0.35 0.27 0.40 0.39 0.35 0.29 0.25 0.18 0.34 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.32 0.48 0.54 0.41 0.41 0.21 0.46 0.14 0.48 0.48 0.48 0.44 0.51 0.51 0.38 0.49 0.21 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.69 0.49 0.29 0.58 0.17 0.66 0.36 0.70 0.65 0.72 0.62 0.75 0.72 0.51 0.42 0.38 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.54 0.46 0.32 0.43 0.09 0.47 0.01 0.50 0.47 0.53 0.49 0.52 0.50 0.37 0.28 0.20 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00