Doublet Group distance statistics: 52727

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 5, 2, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N7	A	0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C8	A	0, 0.016, 0.035, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N6	A	0, 0.018, 0.039, 0.059, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C4	B	0, 0.076, 0.247, 0.418, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.247 std_dev=0.171
N9	B	0, 0.112, 0.325, 0.538, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.325 std_dev=0.213
N3	B	0, 0.104, 0.336, 0.569, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.336 std_dev=0.233
C5	B	0, 0.129, 0.372, 0.614, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.372 std_dev=0.243
C1'	B	0, 0.132, 0.393, 0.654, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.393 std_dev=0.261
N1	B	0, 0.077, 0.357, 0.637, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.357 std_dev=0.280
C6	B	0, 0.114, 0.399, 0.683, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.399 std_dev=0.284
C2	B	0, 0.065, 0.364, 0.664, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.364 std_dev=0.299
C8	B	0, 0.102, 0.477, 0.851, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.477 std_dev=0.375
N7	B	0, 0.103, 0.528, 0.954, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.528 std_dev=0.426
N6	B	0, 0.100, 0.557, 1.015, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.557 std_dev=0.457
O4'	A	0, -0.254, 0.534, 1.322, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.534 std_dev=0.788
C2'	A	0, -0.265, 0.529, 1.324, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.529 std_dev=0.794
C2'	B	0, -0.217, 0.874, 1.966, 3.126 max_d=3.126 avg_d=0.874 std_dev=1.091
C3'	A	0, -0.440, 0.658, 1.756, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.658 std_dev=1.098
O3'	A	0, -0.413, 0.686, 1.785, 2.833 max_d=2.833 avg_d=0.686 std_dev=1.099
O2'	A	0, -0.331, 0.784, 1.899, 2.945 max_d=2.945 avg_d=0.784 std_dev=1.115
O4'	B	0, -0.200, 0.947, 2.093, 3.261 max_d=3.261 avg_d=0.947 std_dev=1.147
C4'	A	0, -0.516, 0.716, 1.947, 3.084 max_d=3.084 avg_d=0.716 std_dev=1.231
O2'	B	0, -0.347, 1.000, 2.346, 3.925 max_d=3.925 avg_d=1.000 std_dev=1.347
O3'	B	0, -0.296, 1.167, 2.629, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.167 std_dev=1.463
C3'	B	0, -0.402, 1.226, 2.853, 4.374 max_d=4.374 avg_d=1.226 std_dev=1.627
C4'	B	0, -0.464, 1.294, 3.053, 4.697 max_d=4.697 avg_d=1.294 std_dev=1.758
C5'	A	0, -0.793, 1.254, 3.301, 5.183 max_d=5.183 avg_d=1.254 std_dev=2.047
O5'	A	0, -0.833, 1.333, 3.499, 5.529 max_d=5.529 avg_d=1.333 std_dev=2.166
P	A	0, -1.002, 1.663, 4.328, 6.840 max_d=6.840 avg_d=1.663 std_dev=2.665
C5'	B	0, -0.974, 1.850, 4.674, 7.318 max_d=7.318 avg_d=1.850 std_dev=2.824
OP1	A	0, -1.083, 1.794, 4.670, 7.447 max_d=7.447 avg_d=1.794 std_dev=2.876
OP2	A	0, -1.109, 1.840, 4.789, 7.547 max_d=7.547 avg_d=1.840 std_dev=2.949
O5'	B	0, -1.162, 2.211, 5.584, 8.799 max_d=8.799 avg_d=2.211 std_dev=3.373
P	B	0, -1.637, 2.716, 7.069, 11.174 max_d=11.174 avg_d=2.716 std_dev=4.353
OP1	B	0, -1.751, 3.028, 7.807, 12.250 max_d=12.250 avg_d=3.028 std_dev=4.779
OP2	B	0, -1.990, 3.114, 8.218, 13.104 max_d=13.104 avg_d=3.114 std_dev=5.104

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.28	0.01	0.05	0.10	0.14	0.21
C2	0.03	0.00	0.36	0.15	0.01	0.40	0.01	0.55	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.38	0.12	0.54	0.20	0.12	0.24	0.07
C2'	0.00	0.36	0.00	0.00	0.20	0.01	0.11	0.12	0.18	0.17	0.29	0.35	0.14	0.07	0.02	0.00	0.03	0.03	0.29	0.41	0.39	0.27
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.22	0.00	0.33	0.01	0.32	0.36	0.24	0.11	0.38	0.40	0.23	0.02	0.01	0.02	0.07	0.38	0.13	0.14
C4	0.01	0.01	0.20	0.22	0.00	0.13	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.06	0.28	0.12	0.26	0.46	0.39
C4'	0.02	0.40	0.01	0.00	0.13	0.00	0.04	0.01	0.07	0.37	0.26	0.40	0.03	0.29	0.08	0.25	0.03	0.00	0.02	0.10	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.11	0.33	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.09	0.12	0.39	0.62	0.84	0.74
C5'	0.03	0.55	0.12	0.01	0.16	0.01	0.10	0.00	0.09	0.55	0.36	0.52	0.09	0.46	0.12	0.13	0.16	0.01	0.01	0.04	0.02	0.03
C6	0.02	0.00	0.18	0.32	0.01	0.07	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.09	0.24	0.28	0.52	0.80	0.64
C8	0.01	0.01	0.17	0.36	0.00	0.37	0.00	0.55	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.57	0.12	0.28	0.76	0.95	1.03	1.08
N1	0.03	0.00	0.29	0.24	0.01	0.26	0.01	0.36	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.19	0.04	0.42	0.07	0.19	0.51	0.32
N3	0.03	0.00	0.35	0.11	0.00	0.40	0.00	0.52	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.39	0.18	0.54	0.22	0.15	0.16	0.05
N6	0.01	0.00	0.14	0.38	0.00	0.03	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.17	0.17	0.15	0.45	0.76	1.05	0.86
N7	0.01	0.01	0.07	0.40	0.00	0.29	0.00	0.46	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.48	0.18	0.14	0.74	1.02	1.20	1.14
N9	0.00	0.01	0.02	0.23	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.20	0.06	0.01	0.29	0.42	0.51	0.55
O2'	0.01	0.38	0.00	0.02	0.06	0.25	0.17	0.13	0.06	0.57	0.19	0.39	0.17	0.48	0.20	0.00	0.09	0.17	0.19	0.32	0.44	0.21
O3'	0.28	0.12	0.03	0.01	0.06	0.03	0.09	0.16	0.09	0.12	0.04	0.18	0.17	0.18	0.06	0.09	0.00	0.15	0.12	0.29	0.07	0.04
O4'	0.01	0.54	0.03	0.02	0.28	0.00	0.12	0.01	0.24	0.28	0.42	0.54	0.15	0.14	0.01	0.17	0.15	0.00	0.10	0.24	0.21	0.29
O5'	0.05	0.20	0.29	0.07	0.12	0.02	0.39	0.01	0.28	0.76	0.07	0.22	0.45	0.74	0.29	0.19	0.12	0.10	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.10	0.12	0.41	0.38	0.26	0.10	0.62	0.04	0.52	0.95	0.19	0.15	0.76	1.02	0.42	0.32	0.29	0.24	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.14	0.24	0.39	0.13	0.46	0.03	0.84	0.02	0.80	1.03	0.51	0.16	1.05	1.20	0.51	0.44	0.07	0.21	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.21	0.07	0.27	0.14	0.39	0.02	0.74	0.03	0.64	1.08	0.32	0.05	0.86	1.14	0.55	0.21	0.04	0.29	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.13	0.05	0.80	0.83	0.08	0.65	0.12	1.16	0.18	0.11	0.14	0.09	0.28	0.14	0.10	0.83	0.82	0.13	0.81	1.95	0.97	1.25
C2	0.09	0.28	0.85	0.64	0.08	0.14	0.09	0.36	0.09	0.19	0.22	0.17	0.09	0.18	0.11	1.08	0.74	0.32	0.09	0.66	0.17	0.31
C2'	0.12	0.13	0.78	0.81	0.13	0.64	0.14	1.18	0.14	0.14	0.13	0.13	0.17	0.14	0.13	0.74	0.79	0.13	0.88	2.05	1.08	1.31
C3'	0.38	0.36	1.11	1.20	0.27	1.03	0.13	1.59	0.11	0.16	0.17	0.41	0.25	0.11	0.28	1.09	1.18	0.44	1.32	2.55	1.56	1.78
C4	0.10	0.08	0.74	0.60	0.08	0.30	0.09	0.63	0.09	0.13	0.12	0.06	0.13	0.12	0.10	0.90	0.67	0.13	0.19	1.02	0.18	0.45
C4'	0.86	0.74	1.59	1.75	0.65	1.63	0.37	2.22	0.22	0.47	0.39	0.85	0.19	0.29	0.68	1.56	1.71	1.00	1.95	3.23	2.19	2.45
C5	0.11	0.05	0.61	0.36	0.10	0.12	0.12	0.29	0.09	0.15	0.03	0.06	0.11	0.16	0.12	0.84	0.49	0.24	0.31	0.41	0.56	0.20
C5'	1.31	1.19	2.00	2.21	1.02	2.19	0.62	2.81	0.42	0.73	0.71	1.32	0.16	0.47	1.04	1.93	2.17	1.54	2.53	3.87	2.70	3.01
C6	0.11	0.09	0.57	0.23	0.08	0.18	0.14	0.12	0.13	0.18	0.07	0.08	0.22	0.22	0.11	0.89	0.41	0.41	0.68	0.26	0.97	0.66
C8	0.13	0.12	0.59	0.45	0.13	0.33	0.15	0.65	0.15	0.17	0.10	0.12	0.20	0.18	0.14	0.73	0.52	0.11	0.12	0.98	0.22	0.26
N1	0.08	0.22	0.70	0.37	0.07	0.15	0.14	0.09	0.11	0.21	0.15	0.16	0.18	0.24	0.11	1.03	0.54	0.47	0.52	0.20	0.61	0.41
N3	0.09	0.21	0.86	0.75	0.06	0.35	0.07	0.70	0.11	0.13	0.22	0.11	0.12	0.11	0.10	1.00	0.80	0.16	0.38	1.20	0.54	0.73
N6	0.14	0.07	0.42	0.12	0.10	0.41	0.20	0.50	0.23	0.21	0.13	0.08	0.38	0.28	0.13	0.81	0.23	0.53	1.17	0.91	1.68	1.33
N7	0.14	0.11	0.52	0.29	0.14	0.16	0.16	0.34	0.15	0.18	0.12	0.11	0.17	0.19	0.15	0.73	0.41	0.20	0.35	0.42	0.73	0.28
N9	0.11	0.05	0.72	0.63	0.10	0.44	0.12	0.84	0.14	0.13	0.10	0.08	0.21	0.14	0.11	0.82	0.68	0.07	0.39	1.37	0.36	0.69
O2'	0.19	0.20	0.49	0.53	0.13	0.34	0.12	0.91	0.12	0.12	0.12	0.20	0.20	0.14	0.13	0.44	0.49	0.18	0.64	1.83	0.91	1.12
O3'	0.53	0.45	1.32	1.41	0.41	1.17	0.25	1.70	0.18	0.31	0.27	0.53	0.16	0.21	0.43	1.34	1.39	0.55	1.48	2.67	1.80	1.97
O4'	0.73	0.61	1.42	1.52	0.55	1.40	0.31	1.95	0.16	0.41	0.29	0.71	0.21	0.25	0.58	1.41	1.49	0.83	1.59	2.81	1.73	2.06
O5'	1.04	1.08	1.66	1.82	0.82	1.86	0.44	2.45	0.31	0.49	0.65	1.14	0.25	0.27	0.80	1.59	1.79	1.28	2.09	3.39	2.08	2.45
OP1	0.84	0.81	1.41	1.69	0.50	1.85	0.15	2.50	0.27	0.13	0.29	0.92	0.82	0.32	0.49	1.32	1.65	1.21	2.20	3.64	2.28	2.62
OP2	0.74	0.91	1.22	1.36	0.54	1.55	0.21	2.09	0.22	0.18	0.50	0.93	0.58	0.28	0.48	1.16	1.36	1.05	1.64	2.85	1.38	1.83
P	0.84	0.88	1.39	1.61	0.56	1.77	0.16	2.38	0.20	0.17	0.38	0.96	0.69	0.23	0.53	1.30	1.58	1.18	2.01	3.37	1.95	2.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.29	0.00	0.34	0.12	0.35	0.18
C2	0.01	0.00	0.47	0.54	0.01	0.59	0.01	1.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.30	0.52	0.21	0.65	1.59	0.59	0.96
C2'	0.00	0.47	0.00	0.00	0.23	0.02	0.08	0.21	0.18	0.26	0.35	0.48	0.10	0.16	0.02	0.00	0.02	0.01	0.08	0.34	0.14	0.28
C3'	0.02	0.54	0.00	0.00	0.15	0.00	0.10	0.01	0.07	0.55	0.34	0.54	0.09	0.44	0.15	0.02	0.00	0.01	0.09	0.07	0.17	0.19
C4	0.01	0.01	0.23	0.15	0.00	0.25	0.00	0.51	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.23	0.29	0.11	0.18	0.48	0.42	0.06
C4'	0.01	0.59	0.02	0.00	0.25	0.00	0.07	0.00	0.21	0.36	0.44	0.57	0.12	0.23	0.04	0.17	0.02	0.00	0.01	0.10	0.12	0.07
C5	0.01	0.01	0.08	0.10	0.00	0.07	0.00	0.23	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.22	0.12	0.06	0.60	0.15	1.08	0.57
C5'	0.08	1.15	0.21	0.01	0.51	0.00	0.23	0.00	0.49	0.48	0.89	1.06	0.32	0.31	0.05	0.05	0.15	0.02	0.00	0.13	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.18	0.07	0.00	0.21	0.00	0.49	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.27	0.20	0.11	0.31	0.48	0.78	0.25
C8	0.01	0.01	0.26	0.55	0.00	0.36	0.00	0.48	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.10	0.17	0.09	1.36	0.91	1.83	1.38
N1	0.01	0.00	0.35	0.34	0.00	0.44	0.01	0.89	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.30	0.38	0.17	0.27	1.19	0.11	0.47
N3	0.02	0.00	0.48	0.54	0.00	0.57	0.00	1.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.27	0.53	0.20	0.57	1.32	0.51	0.84
N6	0.01	0.00	0.10	0.09	0.01	0.12	0.01	0.32	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.26	0.11	0.08	0.56	0.23	1.21	0.59
N7	0.01	0.01	0.16	0.44	0.00	0.23	0.00	0.31	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.16	0.13	0.04	1.25	0.77	1.92	1.35
N9	0.00	0.01	0.02	0.15	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.13	0.14	0.01	0.65	0.22	0.86	0.54
O2'	0.02	0.30	0.00	0.02	0.23	0.17	0.22	0.05	0.27	0.10	0.30	0.27	0.26	0.16	0.13	0.00	0.04	0.14	0.07	0.31	0.29	0.35
O3'	0.29	0.52	0.02	0.00	0.29	0.02	0.12	0.15	0.20	0.17	0.38	0.53	0.11	0.13	0.14	0.04	0.00	0.24	0.09	0.18	0.20	0.12
O4'	0.00	0.21	0.01	0.01	0.11	0.00	0.06	0.02	0.11	0.09	0.17	0.20	0.08	0.04	0.01	0.14	0.24	0.00	0.31	0.25	0.32	0.28
O5'	0.34	0.65	0.08	0.09	0.18	0.01	0.60	0.00	0.31	1.36	0.27	0.57	0.56	1.25	0.65	0.07	0.09	0.31	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.12	1.59	0.34	0.07	0.48	0.10	0.15	0.13	0.48	0.91	1.19	1.32	0.23	0.77	0.22	0.31	0.18	0.25	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.35	0.59	0.14	0.17	0.42	0.12	1.08	0.02	0.78	1.83	0.11	0.51	1.21	1.92	0.86	0.29	0.20	0.32	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.18	0.96	0.28	0.19	0.06	0.07	0.57	0.01	0.25	1.38	0.47	0.84	0.59	1.35	0.54	0.35	0.12	0.28	0.01	0.01	0.01	0.00