ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52728

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.003, 0.008, 0.019, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.008 std_dev=0.011
N3 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, -0.003, 0.012, 0.026, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.004, 0.023, 0.043, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C8 A 0, -0.002, 0.025, 0.051, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.025 std_dev=0.026
C4 B 0, 0.035, 0.115, 0.195, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.115 std_dev=0.080
C5 B 0, 0.025, 0.108, 0.191, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.108 std_dev=0.083
C6 B 0, 0.037, 0.123, 0.208, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.123 std_dev=0.085
N3 B 0, 0.049, 0.136, 0.222, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.136 std_dev=0.087
N9 B 0, 0.037, 0.125, 0.213, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.125 std_dev=0.088
N6 B 0, 0.052, 0.143, 0.234, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.143 std_dev=0.091
N7 B 0, 0.028, 0.120, 0.212, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.120 std_dev=0.092
N1 B 0, 0.044, 0.140, 0.235, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.140 std_dev=0.096
C1' B 0, 0.061, 0.158, 0.256, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.158 std_dev=0.097
C2 B 0, 0.048, 0.145, 0.242, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.145 std_dev=0.097
C8 B 0, 0.027, 0.125, 0.223, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.125 std_dev=0.098
O4' B 0, 0.076, 0.190, 0.305, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.190 std_dev=0.114
C2' B 0, 0.083, 0.201, 0.318, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.201 std_dev=0.118
O2' B 0, 0.084, 0.211, 0.339, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.211 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.027, 0.158, 0.289, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.158 std_dev=0.131
OP2 A 0, 0.185, 0.317, 0.448, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.317 std_dev=0.131
C4' B 0, 0.106, 0.241, 0.375, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.241 std_dev=0.134
O3' A 0, 0.103, 0.238, 0.373, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.238 std_dev=0.135
C3' B 0, 0.119, 0.254, 0.390, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.254 std_dev=0.136
OP1 A 0, 0.224, 0.367, 0.509, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.367 std_dev=0.142
C5' B 0, 0.116, 0.267, 0.419, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.267 std_dev=0.151
P A 0, 0.139, 0.291, 0.443, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.291 std_dev=0.152
O3' B 0, 0.129, 0.282, 0.435, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.282 std_dev=0.153
O5' A 0, 0.127, 0.282, 0.437, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.282 std_dev=0.155
O5' B 0, 0.111, 0.282, 0.453, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.282 std_dev=0.171
P B 0, 0.121, 0.326, 0.530, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.326 std_dev=0.205
OP2 B 0, 0.156, 0.372, 0.588, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.372 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.142, 0.360, 0.577, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.360 std_dev=0.218
C2' A 0, 0.012, 0.239, 0.467, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.239 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.003, 0.244, 0.485, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.244 std_dev=0.241
C4' A 0, 0.049, 0.378, 0.707, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.378 std_dev=0.329
O2' A 0, 0.065, 0.437, 0.810, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.437 std_dev=0.372
C5' A 0, 0.089, 0.765, 1.441, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.765 std_dev=0.676

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.16 0.14 0.10 0.13
C2 0.03 0.00 0.09 0.04 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.07 0.15 0.13 0.12 0.10 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.08 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.40 0.38 0.32 0.38
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.28 0.18 0.25
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.07 0.14 0.11 0.10 0.10
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.10 0.14 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.13 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.12 0.09 0.10 0.07
C5' 0.06 0.14 0.08 0.03 0.06 0.01 0.12 0.00 0.09 0.27 0.09 0.13 0.13 0.24 0.12 0.08 0.03 0.02 0.01 0.07 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.06 0.12 0.08 0.11 0.07
C8 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.06 0.10 0.14 0.08 0.09 0.08
N1 0.02 0.00 0.08 0.03 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.07 0.11 0.12 0.10 0.10 0.08
N3 0.03 0.00 0.09 0.04 0.00 0.14 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.06 0.15 0.14 0.14 0.10 0.12
N6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.07 0.03 0.11 0.08 0.12 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.06 0.12 0.08 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.15 0.11 0.09 0.11
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.08 0.10 0.15 0.16 0.19 0.09 0.12 0.05 0.00 0.06 0.02 0.42 0.45 0.42 0.43
O3' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.00 0.03 0.10 0.17 0.10 0.12
O4' 0.00 0.15 0.02 0.00 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.11 0.15 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.15 0.06
O5' 0.16 0.13 0.40 0.26 0.14 0.02 0.12 0.01 0.12 0.14 0.12 0.14 0.11 0.12 0.15 0.42 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.12 0.38 0.28 0.11 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.14 0.08 0.08 0.11 0.45 0.17 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.10 0.32 0.18 0.10 0.13 0.10 0.22 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.42 0.10 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.11 0.38 0.25 0.10 0.03 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08 0.12 0.07 0.07 0.11 0.43 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.09 0.07 0.10 0.06 0.09 0.08 0.12 0.10 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.05 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09
C2 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08
C2' 0.08 0.13 0.12 0.14 0.06 0.10 0.08 0.11 0.12 0.08 0.15 0.08 0.14 0.09 0.06 0.18 0.16 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07
C3' 0.06 0.15 0.05 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.08 0.14 0.12 0.12 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09
C4 0.04 0.06 0.07 0.08 0.05 0.07 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.08 0.04 0.08 0.06 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08
C4' 0.24 0.23 0.23 0.24 0.22 0.26 0.18 0.25 0.15 0.20 0.18 0.26 0.12 0.17 0.22 0.22 0.23 0.26 0.25 0.25 0.23 0.24
C5 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.07 0.05 0.10 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05 0.11 0.09 0.11 0.09
C5' 0.40 0.41 0.39 0.44 0.36 0.49 0.27 0.52 0.24 0.29 0.30 0.43 0.15 0.24 0.36 0.33 0.41 0.47 0.53 0.57 0.56 0.57
C6 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.07 0.04 0.10 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.12 0.10 0.11 0.10
C8 0.04 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07 0.06 0.11 0.08 0.05 0.08 0.06 0.10 0.07 0.04 0.09 0.07 0.05 0.11 0.08 0.12 0.09
N1 0.07 0.04 0.09 0.08 0.05 0.08 0.05 0.10 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.11 0.10 0.11 0.09
N3 0.04 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.05 0.08 0.06 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07
N6 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.06 0.11 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.14 0.13 0.13 0.13
N7 0.05 0.07 0.07 0.08 0.04 0.07 0.05 0.11 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.04 0.08 0.06 0.05 0.12 0.09 0.12 0.10
N9 0.04 0.08 0.07 0.09 0.05 0.08 0.07 0.11 0.09 0.06 0.09 0.06 0.11 0.08 0.04 0.10 0.07 0.06 0.10 0.07 0.11 0.08
O2' 0.25 0.10 0.31 0.34 0.15 0.28 0.13 0.26 0.12 0.20 0.12 0.12 0.14 0.17 0.20 0.37 0.36 0.23 0.21 0.15 0.23 0.17
O3' 0.10 0.09 0.13 0.17 0.08 0.17 0.08 0.20 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.14 0.17 0.13 0.19 0.17 0.24 0.19
O4' 0.19 0.19 0.17 0.16 0.18 0.18 0.15 0.17 0.14 0.17 0.15 0.20 0.12 0.15 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.16 0.14 0.15
O5' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.12 0.07 0.08 0.14 0.09 0.14 0.11
OP1 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.13 0.10 0.10 0.12 0.08 0.10 0.08
OP2 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.14 0.09 0.09 0.13 0.07 0.10 0.09
P 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.11 0.06 0.07 0.11 0.04 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.13 0.08 0.12 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.07 0.08 0.07
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07
C5' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.04 0.10 0.10 0.08 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.11 0.08 0.09 0.08
C8 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.09 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.12 0.08 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.12 0.08 0.11 0.09
N6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.11 0.09 0.09 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.10 0.08 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.07 0.03
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
O5' 0.03 0.13 0.04 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.11 0.07 0.12 0.12 0.11 0.08 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.12 0.05 0.06 0.08 0.06 0.08 0.03 0.09 0.07 0.11 0.11 0.09 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.03 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00