ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52729

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 4, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.009, 0.016, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.018, 0.033, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.034, 0.055, 0.076, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.055 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.032, 0.055, 0.077, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.055 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.035, 0.060, 0.084, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.060 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.034, 0.082, 0.129, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.082 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.021, 0.079, 0.137, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.079 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.068, 0.129, 0.191, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.129 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.073, 0.148, 0.223, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.148 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.055, 0.134, 0.212, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.134 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.083, 0.167, 0.251, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.167 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.106, 0.240, 0.375, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.240 std_dev=0.135
O5' A 0, 0.087, 0.233, 0.378, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.233 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.251, 0.402, 0.552, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.402 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.223, 0.375, 0.528, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.375 std_dev=0.152
N3 B 0, 0.203, 0.358, 0.513, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.358 std_dev=0.155
C4 B 0, 0.199, 0.354, 0.510, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.354 std_dev=0.156
C6 B 0, 0.256, 0.420, 0.583, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.420 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.224, 0.396, 0.567, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.396 std_dev=0.171
N9 B 0, 0.171, 0.346, 0.522, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.346 std_dev=0.176
C1' B 0, 0.142, 0.342, 0.542, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.342 std_dev=0.200
N6 B 0, 0.269, 0.469, 0.670, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.469 std_dev=0.200
C8 B 0, 0.185, 0.387, 0.589, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.387 std_dev=0.202
P A 0, 0.126, 0.337, 0.548, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.337 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.184, 0.400, 0.616, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.400 std_dev=0.216
O4' B 0, 0.114, 0.329, 0.545, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.329 std_dev=0.216
N7 B 0, 0.197, 0.418, 0.639, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.418 std_dev=0.221
OP2 A 0, 0.165, 0.394, 0.623, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.394 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.203, 0.438, 0.672, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.438 std_dev=0.235
O5' B 0, 0.137, 0.376, 0.615, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.376 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.157, 0.400, 0.643, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.400 std_dev=0.243
C4' B 0, 0.118, 0.363, 0.608, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.363 std_dev=0.245
C5' B 0, 0.120, 0.375, 0.630, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.375 std_dev=0.255
O3' B 0, 0.174, 0.450, 0.727, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.450 std_dev=0.277
P B 0, 0.136, 0.423, 0.710, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.423 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.185, 0.472, 0.759, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.472 std_dev=0.287
OP2 B 0, 0.164, 0.474, 0.784, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.474 std_dev=0.310
OP1 B 0, 0.158, 0.512, 0.866, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.512 std_dev=0.354

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.10 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.09 0.13 0.10
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.09 0.09 0.13 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.09 0.10 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.07 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.11 0.12 0.15 0.13
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.10 0.11 0.14 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.09 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.11 0.12 0.09
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.09 0.06 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
O5' 0.03 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05 0.11 0.10 0.06 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.05 0.08 0.09 0.05 0.03 0.09 0.02 0.09 0.10 0.07 0.04 0.12 0.11 0.05 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.08 0.06 0.10 0.03 0.13 0.02 0.13 0.13 0.12 0.08 0.15 0.14 0.09 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.07 0.06 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.05 0.13 0.12 0.07 0.09 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.17 0.10 0.12 0.09 0.15 0.10 0.18 0.12 0.15 0.15 0.14 0.13 0.15 0.09 0.12 0.12 0.14 0.17 0.16 0.14 0.14
C2 0.10 0.15 0.10 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.09 0.16 0.12 0.11 0.15 0.18 0.10 0.11 0.10 0.11 0.14 0.13 0.18 0.13
C2' 0.09 0.17 0.10 0.11 0.09 0.15 0.10 0.18 0.12 0.13 0.14 0.15 0.13 0.13 0.08 0.14 0.12 0.13 0.16 0.15 0.12 0.13
C3' 0.10 0.19 0.11 0.11 0.12 0.13 0.10 0.17 0.12 0.10 0.16 0.18 0.12 0.10 0.08 0.15 0.12 0.10 0.15 0.15 0.12 0.12
C4 0.12 0.13 0.11 0.13 0.07 0.15 0.12 0.16 0.11 0.18 0.11 0.09 0.15 0.19 0.12 0.13 0.12 0.16 0.17 0.16 0.16 0.14
C4' 0.11 0.21 0.12 0.11 0.15 0.13 0.12 0.17 0.14 0.09 0.18 0.20 0.13 0.09 0.10 0.15 0.12 0.10 0.15 0.16 0.11 0.12
C5 0.17 0.10 0.15 0.16 0.13 0.19 0.16 0.19 0.14 0.20 0.09 0.10 0.17 0.20 0.17 0.17 0.16 0.19 0.19 0.18 0.18 0.16
C5' 0.12 0.22 0.13 0.11 0.16 0.12 0.13 0.16 0.15 0.09 0.19 0.22 0.14 0.10 0.12 0.17 0.11 0.10 0.13 0.16 0.10 0.11
C6 0.16 0.11 0.15 0.16 0.13 0.17 0.15 0.17 0.13 0.18 0.06 0.13 0.18 0.19 0.16 0.17 0.15 0.18 0.17 0.17 0.18 0.16
C8 0.20 0.13 0.18 0.20 0.15 0.23 0.17 0.24 0.15 0.21 0.14 0.12 0.17 0.20 0.19 0.19 0.19 0.23 0.22 0.22 0.19 0.19
N1 0.13 0.13 0.13 0.13 0.10 0.13 0.12 0.13 0.10 0.16 0.09 0.12 0.16 0.18 0.13 0.14 0.12 0.14 0.15 0.15 0.18 0.14
N3 0.09 0.15 0.09 0.09 0.06 0.10 0.10 0.12 0.10 0.16 0.13 0.11 0.14 0.18 0.09 0.11 0.09 0.11 0.14 0.13 0.16 0.12
N6 0.19 0.15 0.18 0.18 0.17 0.19 0.17 0.19 0.16 0.19 0.11 0.17 0.19 0.19 0.18 0.20 0.18 0.20 0.19 0.19 0.20 0.17
N7 0.21 0.12 0.19 0.20 0.17 0.23 0.18 0.23 0.16 0.22 0.14 0.14 0.18 0.21 0.20 0.21 0.20 0.23 0.22 0.22 0.20 0.19
N9 0.14 0.14 0.13 0.15 0.09 0.18 0.13 0.20 0.12 0.19 0.13 0.10 0.14 0.18 0.14 0.14 0.14 0.18 0.19 0.18 0.16 0.16
O2' 0.09 0.16 0.10 0.11 0.09 0.14 0.12 0.17 0.13 0.15 0.14 0.13 0.16 0.17 0.09 0.14 0.12 0.12 0.15 0.14 0.12 0.12
O3' 0.11 0.18 0.12 0.12 0.12 0.13 0.10 0.17 0.12 0.11 0.15 0.17 0.12 0.11 0.09 0.15 0.13 0.11 0.15 0.15 0.14 0.13
O4' 0.08 0.20 0.09 0.11 0.12 0.15 0.10 0.19 0.13 0.11 0.18 0.19 0.12 0.10 0.08 0.12 0.12 0.14 0.17 0.17 0.14 0.14
O5' 0.09 0.17 0.11 0.11 0.11 0.15 0.10 0.17 0.12 0.10 0.15 0.16 0.11 0.10 0.09 0.15 0.12 0.13 0.15 0.18 0.13 0.14
OP1 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.14 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.08 0.13 0.11 0.10 0.12 0.18 0.12 0.12
OP2 0.11 0.13 0.10 0.11 0.10 0.15 0.11 0.17 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.14 0.15 0.19 0.14 0.14
P 0.09 0.12 0.10 0.11 0.08 0.14 0.09 0.16 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.13 0.12 0.13 0.14 0.19 0.13 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.06 0.08 0.11 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.08 0.11 0.09
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.06 0.09 0.12 0.09
C8 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.06 0.07 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.06 0.09 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.05 0.07 0.09 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.07 0.10 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.09 0.12 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.05 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.08 0.03 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.13 0.12 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.01 0.06 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.08 0.09 0.07 0.05 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.06 0.08 0.13 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.06 0.08 0.10 0.03 0.11 0.01 0.12 0.10 0.12 0.09 0.13 0.12 0.08 0.05 0.12 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.03 0.05 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.06 0.10 0.09 0.06 0.03 0.09 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00