Doublet Group distance statistics: 52730

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 6, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N7	A	0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N6	A	0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C8	A	0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O3'	A	0, 0.001, 0.139, 0.277, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.139 std_dev=0.138
N1	B	0, 0.153, 0.293, 0.433, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.293 std_dev=0.140
O4'	A	0, -0.016, 0.123, 0.263, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.123 std_dev=0.140
C2	B	0, 0.146, 0.308, 0.469, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.308 std_dev=0.162
C4	B	0, 0.164, 0.328, 0.492, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.328 std_dev=0.164
C2'	A	0, -0.031, 0.134, 0.299, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.134 std_dev=0.165
C3'	A	0, -0.025, 0.143, 0.310, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.143 std_dev=0.167
C4'	A	0, -0.012, 0.166, 0.345, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.166 std_dev=0.179
C5	B	0, 0.140, 0.322, 0.504, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.322 std_dev=0.182
C8	B	0, 0.199, 0.387, 0.575, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.387 std_dev=0.188
N9	B	0, 0.199, 0.388, 0.576, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.388 std_dev=0.188
C6	B	0, 0.109, 0.322, 0.535, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.322 std_dev=0.213
N3	B	0, 0.123, 0.347, 0.570, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.347 std_dev=0.224
N7	B	0, 0.121, 0.374, 0.627, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.374 std_dev=0.253
O2'	A	0, -0.029, 0.226, 0.481, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.226 std_dev=0.255
O4'	B	0, 0.224, 0.521, 0.819, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.521 std_dev=0.297
C1'	B	0, 0.187, 0.501, 0.815, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.501 std_dev=0.314
C5'	A	0, -0.034, 0.328, 0.691, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.328 std_dev=0.363
N6	B	0, 0.027, 0.391, 0.756, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.391 std_dev=0.365
P	A	0, 0.089, 0.488, 0.887, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.488 std_dev=0.399
O5'	B	0, 0.203, 0.615, 1.027, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.615 std_dev=0.412
P	B	0, 0.129, 0.563, 0.998, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.563 std_dev=0.434
O5'	A	0, -0.079, 0.371, 0.822, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.371 std_dev=0.451
C5'	B	0, 0.173, 0.627, 1.081, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.627 std_dev=0.454
C2'	B	0, 0.155, 0.622, 1.088, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.622 std_dev=0.467
C4'	B	0, 0.171, 0.641, 1.110, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.641 std_dev=0.469
C3'	B	0, 0.139, 0.679, 1.219, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.679 std_dev=0.540
OP2	A	0, 0.032, 0.579, 1.126, 2.306 max_d=2.306 avg_d=0.579 std_dev=0.547
O2'	B	0, 0.116, 0.741, 1.367, 2.681 max_d=2.681 avg_d=0.741 std_dev=0.625
OP1	A	0, -0.102, 0.595, 1.293, 2.890 max_d=2.890 avg_d=0.595 std_dev=0.698
O3'	B	0, 0.057, 0.781, 1.506, 3.137 max_d=3.137 avg_d=0.781 std_dev=0.725
OP2	B	0, -0.087, 0.683, 1.453, 3.259 max_d=3.259 avg_d=0.683 std_dev=0.770
OP1	B	0, -0.220, 0.767, 1.754, 4.115 max_d=4.115 avg_d=0.767 std_dev=0.987

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.28	0.50	0.22	0.27
C2	0.02	0.00	0.10	0.08	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.18	0.10	0.06	0.36	0.54	0.39	0.34
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.05	0.00	0.02	0.03	0.05	0.07	0.08	0.10	0.04	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.39	0.77	0.32	0.45
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.05	0.06	0.07	0.03	0.04	0.01	0.02	0.00	0.00	0.19	0.66	0.11	0.31
C4	0.01	0.01	0.05	0.03	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.06	0.04	0.39	0.52	0.39	0.34
C4'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.03	0.02	0.04	0.03	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.29	0.11	0.06
C5	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.04	0.03	0.45	0.52	0.48	0.38
C5'	0.01	0.03	0.03	0.01	0.03	0.00	0.04	0.00	0.04	0.04	0.04	0.03	0.05	0.05	0.03	0.03	0.01	0.01	0.00	0.22	0.25	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.06	0.04	0.45	0.54	0.50	0.39
C8	0.01	0.01	0.07	0.05	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.03	0.02	0.47	0.50	0.45	0.38
N1	0.02	0.00	0.08	0.06	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.08	0.06	0.41	0.55	0.46	0.38
N3	0.02	0.00	0.10	0.07	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.17	0.09	0.06	0.33	0.53	0.34	0.32
N6	0.02	0.01	0.04	0.03	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.05	0.04	0.48	0.53	0.55	0.42
N7	0.01	0.02	0.04	0.04	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.03	0.02	0.49	0.51	0.52	0.40
N9	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.39	0.51	0.35	0.33
O2'	0.01	0.18	0.00	0.02	0.09	0.02	0.05	0.03	0.09	0.07	0.15	0.17	0.07	0.04	0.02	0.00	0.06	0.01	0.39	0.87	0.41	0.51
O3'	0.03	0.10	0.02	0.00	0.06	0.01	0.04	0.01	0.06	0.03	0.08	0.09	0.05	0.03	0.03	0.06	0.00	0.03	0.07	0.56	0.06	0.22
O4'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.06	0.06	0.04	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.12	0.25	0.04	0.07
O5'	0.28	0.36	0.39	0.19	0.39	0.01	0.45	0.00	0.45	0.47	0.41	0.33	0.48	0.49	0.39	0.39	0.07	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.50	0.54	0.77	0.66	0.52	0.29	0.52	0.22	0.54	0.50	0.55	0.53	0.53	0.51	0.51	0.87	0.56	0.25	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.22	0.39	0.32	0.11	0.39	0.11	0.48	0.25	0.50	0.45	0.46	0.34	0.55	0.52	0.35	0.41	0.06	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.27	0.34	0.45	0.31	0.34	0.06	0.38	0.01	0.39	0.38	0.38	0.32	0.42	0.40	0.33	0.51	0.22	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.08	0.18	0.15	0.05	0.22	0.20	0.15	0.25	0.14	0.16	0.10	0.36	0.26	0.06	0.26	0.18	0.23	0.12	1.00	0.17	0.26
C2	0.23	0.17	0.20	0.14	0.13	0.21	0.08	0.13	0.14	0.09	0.08	0.21	0.29	0.13	0.14	0.29	0.16	0.23	0.12	0.88	0.35	0.22
C2'	0.11	0.08	0.11	0.09	0.07	0.14	0.20	0.09	0.23	0.19	0.14	0.09	0.33	0.28	0.06	0.20	0.12	0.13	0.18	0.95	0.15	0.19
C3'	0.06	0.10	0.06	0.06	0.13	0.08	0.25	0.09	0.26	0.26	0.17	0.08	0.35	0.34	0.12	0.11	0.06	0.07	0.25	0.88	0.13	0.13
C4	0.26	0.12	0.25	0.20	0.10	0.26	0.11	0.18	0.20	0.08	0.11	0.20	0.33	0.16	0.14	0.34	0.23	0.26	0.09	0.95	0.23	0.28
C4'	0.08	0.18	0.07	0.08	0.22	0.08	0.35	0.08	0.35	0.35	0.27	0.14	0.42	0.43	0.20	0.09	0.06	0.07	0.25	0.87	0.11	0.14
C5	0.28	0.15	0.30	0.26	0.14	0.30	0.10	0.22	0.16	0.11	0.09	0.24	0.26	0.13	0.17	0.41	0.31	0.27	0.10	0.93	0.20	0.31
C5'	0.22	0.26	0.18	0.16	0.33	0.11	0.43	0.13	0.41	0.45	0.33	0.25	0.46	0.49	0.34	0.13	0.11	0.19	0.32	0.68	0.07	0.06
C6	0.27	0.19	0.29	0.24	0.17	0.28	0.10	0.21	0.12	0.12	0.08	0.25	0.22	0.12	0.18	0.39	0.28	0.26	0.10	0.90	0.25	0.29
C8	0.30	0.09	0.33	0.31	0.10	0.35	0.14	0.27	0.20	0.11	0.14	0.17	0.28	0.17	0.15	0.44	0.37	0.30	0.12	0.97	0.14	0.35
N1	0.24	0.19	0.23	0.18	0.16	0.24	0.09	0.16	0.11	0.11	0.07	0.23	0.23	0.11	0.17	0.34	0.21	0.24	0.10	0.87	0.32	0.25
N3	0.23	0.14	0.19	0.14	0.11	0.21	0.11	0.13	0.19	0.09	0.11	0.19	0.36	0.16	0.13	0.29	0.16	0.24	0.13	0.91	0.32	0.23
N6	0.28	0.21	0.32	0.28	0.19	0.30	0.13	0.23	0.13	0.14	0.12	0.26	0.18	0.13	0.20	0.43	0.33	0.26	0.12	0.87	0.23	0.31
N7	0.31	0.12	0.36	0.33	0.14	0.35	0.12	0.28	0.17	0.12	0.13	0.23	0.25	0.14	0.18	0.48	0.39	0.29	0.13	0.94	0.15	0.35
N9	0.26	0.08	0.25	0.22	0.06	0.28	0.16	0.20	0.23	0.10	0.15	0.15	0.34	0.20	0.11	0.35	0.26	0.27	0.09	0.99	0.17	0.30
O2'	0.16	0.13	0.15	0.11	0.07	0.15	0.13	0.08	0.15	0.13	0.09	0.16	0.27	0.22	0.06	0.24	0.13	0.16	0.18	0.95	0.20	0.19
O3'	0.10	0.09	0.08	0.07	0.07	0.10	0.17	0.08	0.19	0.17	0.12	0.09	0.29	0.26	0.07	0.14	0.07	0.12	0.23	0.90	0.18	0.14
O4'	0.11	0.16	0.10	0.10	0.17	0.19	0.33	0.14	0.36	0.27	0.27	0.10	0.43	0.39	0.11	0.18	0.13	0.18	0.13	0.97	0.14	0.25
O5'	0.11	0.44	0.06	0.20	0.36	0.29	0.42	0.44	0.49	0.25	0.49	0.37	0.52	0.36	0.25	0.09	0.28	0.09	0.26	1.18	0.63	0.62
OP1	0.11	0.34	0.30	0.51	0.25	0.55	0.36	0.71	0.46	0.17	0.44	0.24	0.54	0.32	0.12	0.34	0.69	0.22	0.51	1.09	0.91	0.71
OP2	0.08	0.44	0.14	0.32	0.32	0.40	0.39	0.53	0.48	0.21	0.50	0.34	0.54	0.33	0.19	0.18	0.45	0.14	0.34	1.10	0.72	0.62
P	0.09	0.32	0.22	0.40	0.24	0.46	0.32	0.59	0.39	0.16	0.39	0.24	0.45	0.28	0.13	0.25	0.53	0.19	0.39	1.09	0.76	0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.48	0.12	0.16
C2	0.02	0.00	0.04	0.04	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.04	0.03	0.13	0.57	0.36	0.13
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.03	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.21	0.15	0.08
C3'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.05	0.04	0.04	0.07	0.06	0.03	0.02	0.01	0.01	0.03	0.05	0.12	0.03
C4	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.03	0.01	0.15	0.56	0.34	0.13
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.06	0.01	0.02	0.06	0.06	0.02	0.06	0.02	0.00	0.01	0.16	0.06	0.07
C5	0.00	0.01	0.03	0.06	0.00	0.04	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.05	0.02	0.20	0.54	0.46	0.10
C5'	0.02	0.03	0.01	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.10	0.11	0.06	0.02	0.13	0.13	0.06	0.06	0.03	0.01	0.01	0.04	0.14	0.02
C6	0.00	0.00	0.03	0.06	0.00	0.04	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.05	0.01	0.20	0.54	0.51	0.09
C8	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.06	0.01	0.11	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.05	0.03	0.19	0.54	0.38	0.12
N1	0.02	0.00	0.03	0.04	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.04	0.02	0.17	0.56	0.45	0.11
N3	0.02	0.00	0.03	0.04	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.08	0.04	0.03	0.11	0.56	0.29	0.15
N6	0.01	0.01	0.03	0.07	0.00	0.06	0.01	0.13	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.07	0.07	0.02	0.23	0.50	0.59	0.08
N7	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.06	0.00	0.13	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.06	0.03	0.22	0.52	0.50	0.09
N9	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.03	0.01	0.13	0.54	0.27	0.14
O2'	0.01	0.09	0.00	0.02	0.06	0.06	0.06	0.06	0.07	0.03	0.09	0.08	0.07	0.04	0.03	0.00	0.04	0.05	0.05	0.18	0.09	0.08
O3'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.02	0.05	0.03	0.05	0.05	0.04	0.04	0.07	0.06	0.03	0.04	0.00	0.01	0.08	0.26	0.08	0.07
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.06	0.54	0.07	0.20
O5'	0.07	0.13	0.02	0.03	0.15	0.01	0.20	0.01	0.20	0.19	0.17	0.11	0.23	0.22	0.13	0.05	0.08	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.48	0.57	0.21	0.05	0.56	0.16	0.54	0.04	0.54	0.54	0.56	0.56	0.50	0.52	0.54	0.18	0.26	0.54	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.36	0.15	0.12	0.34	0.06	0.46	0.14	0.51	0.38	0.45	0.29	0.59	0.50	0.27	0.09	0.08	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.16	0.13	0.08	0.03	0.13	0.07	0.10	0.02	0.09	0.12	0.11	0.15	0.08	0.09	0.14	0.08	0.07	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00