ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52731

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 1, 1, 0, 3, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.016, 0.032, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.024, 0.041, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.041 std_dev=0.017
C5 B 0, 0.155, 0.401, 0.647, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.401 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.126, 0.378, 0.630, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.378 std_dev=0.252
C4 B 0, 0.168, 0.437, 0.705, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.437 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.130, 0.429, 0.728, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.429 std_dev=0.299
N6 B 0, 0.093, 0.409, 0.724, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.409 std_dev=0.315
N3 B 0, 0.151, 0.471, 0.790, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.471 std_dev=0.320
C2 B 0, 0.147, 0.474, 0.800, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.474 std_dev=0.326
N9 B 0, 0.179, 0.523, 0.867, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.523 std_dev=0.344
N7 B 0, 0.122, 0.475, 0.829, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.475 std_dev=0.354
C8 B 0, 0.129, 0.535, 0.941, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.535 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.191, 0.631, 1.070, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.631 std_dev=0.439
O4' A 0, -0.175, 0.658, 1.490, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.658 std_dev=0.833
C2' A 0, -0.186, 0.648, 1.481, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.648 std_dev=0.833
C3' A 0, -0.262, 0.859, 1.980, 2.571 max_d=2.571 avg_d=0.859 std_dev=1.121
O4' B 0, 0.100, 1.252, 2.404, 3.291 max_d=3.291 avg_d=1.252 std_dev=1.152
C4' A 0, -0.257, 0.956, 2.169, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.956 std_dev=1.213
O2' A 0, -0.279, 0.940, 2.159, 3.019 max_d=3.019 avg_d=0.940 std_dev=1.219
O3' A 0, -0.318, 0.904, 2.126, 2.915 max_d=2.915 avg_d=0.904 std_dev=1.222
C2' B 0, -0.148, 1.404, 2.955, 4.218 max_d=4.218 avg_d=1.404 std_dev=1.551
C4' B 0, -0.046, 1.613, 3.271, 4.318 max_d=4.318 avg_d=1.613 std_dev=1.658
O5' A 0, -0.320, 1.485, 3.289, 4.711 max_d=4.711 avg_d=1.485 std_dev=1.805
C5' A 0, -0.359, 1.497, 3.353, 4.603 max_d=4.603 avg_d=1.497 std_dev=1.856
C3' B 0, -0.228, 1.771, 3.769, 5.148 max_d=5.148 avg_d=1.771 std_dev=1.998
O2' B 0, -0.319, 1.720, 3.760, 5.270 max_d=5.270 avg_d=1.720 std_dev=2.040
OP2 A 0, -0.296, 1.768, 3.832, 5.717 max_d=5.717 avg_d=1.768 std_dev=2.064
P A 0, -0.306, 1.801, 3.907, 5.690 max_d=5.690 avg_d=1.801 std_dev=2.106
O3' B 0, -0.292, 1.868, 4.028, 5.386 max_d=5.386 avg_d=1.868 std_dev=2.160
OP1 A 0, -0.322, 1.972, 4.266, 6.260 max_d=6.260 avg_d=1.972 std_dev=2.294
C5' B 0, -0.360, 2.582, 5.523, 7.247 max_d=7.247 avg_d=2.582 std_dev=2.941
O5' B 0, -0.578, 2.948, 6.473, 8.748 max_d=8.748 avg_d=2.948 std_dev=3.525
P B 0, -0.868, 3.968, 8.803, 11.581 max_d=11.581 avg_d=3.968 std_dev=4.835
OP1 B 0, -0.925, 4.319, 9.564, 12.946 max_d=12.946 avg_d=4.319 std_dev=5.245
OP2 B 0, -1.022, 4.304, 9.629, 12.560 max_d=12.560 avg_d=4.304 std_dev=5.326

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.15 0.40 0.34 0.21
C2 0.02 0.00 0.37 0.15 0.00 0.35 0.01 0.51 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.23 0.51 0.34 0.49 0.36 0.24
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.19 0.01 0.09 0.21 0.17 0.20 0.29 0.36 0.12 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.44 0.91 0.81 0.69
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.20 0.00 0.31 0.01 0.30 0.35 0.23 0.11 0.35 0.38 0.22 0.03 0.01 0.02 0.03 0.63 0.19 0.27
C4 0.01 0.00 0.19 0.20 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.12 0.27 0.16 0.42 0.31 0.14
C4' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.12 0.00 0.04 0.01 0.08 0.33 0.24 0.34 0.04 0.25 0.08 0.31 0.02 0.00 0.01 0.26 0.10 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.31 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.05 0.12 0.12 0.53 0.32 0.25
C5' 0.07 0.51 0.21 0.01 0.22 0.01 0.08 0.00 0.19 0.35 0.39 0.48 0.11 0.26 0.04 0.10 0.21 0.01 0.01 0.09 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.17 0.30 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.23 0.12 0.56 0.34 0.23
C8 0.01 0.01 0.20 0.35 0.01 0.33 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.58 0.15 0.27 0.36 0.51 0.29 0.39
N1 0.01 0.00 0.29 0.23 0.00 0.24 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.11 0.40 0.23 0.51 0.34 0.18
N3 0.02 0.00 0.36 0.11 0.00 0.34 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.37 0.27 0.51 0.34 0.47 0.37 0.27
N6 0.02 0.01 0.12 0.35 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.10 0.16 0.14 0.68 0.39 0.35
N7 0.01 0.01 0.11 0.38 0.01 0.25 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.51 0.18 0.14 0.34 0.65 0.39 0.47
N9 0.00 0.01 0.01 0.22 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.21 0.09 0.01 0.08 0.35 0.27 0.12
O2' 0.02 0.35 0.00 0.03 0.04 0.31 0.21 0.10 0.09 0.58 0.17 0.37 0.21 0.51 0.21 0.00 0.03 0.22 0.32 0.90 0.92 0.67
O3' 0.30 0.23 0.02 0.01 0.12 0.02 0.05 0.21 0.03 0.15 0.11 0.27 0.10 0.18 0.09 0.03 0.00 0.21 0.23 0.42 0.17 0.07
O4' 0.01 0.51 0.01 0.02 0.27 0.00 0.12 0.01 0.23 0.27 0.40 0.51 0.16 0.14 0.01 0.22 0.21 0.00 0.04 0.21 0.07 0.08
O5' 0.15 0.34 0.44 0.03 0.16 0.01 0.12 0.01 0.12 0.36 0.23 0.34 0.14 0.34 0.08 0.32 0.23 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.40 0.49 0.91 0.63 0.42 0.26 0.53 0.09 0.56 0.51 0.51 0.47 0.68 0.65 0.35 0.90 0.42 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.36 0.81 0.19 0.31 0.10 0.32 0.22 0.34 0.29 0.34 0.37 0.39 0.39 0.27 0.92 0.17 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.24 0.69 0.27 0.14 0.08 0.25 0.01 0.23 0.39 0.18 0.27 0.35 0.47 0.12 0.67 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.22 0.72 0.37 0.17 0.19 0.12 0.24 0.10 0.13 0.17 0.22 0.05 0.10 0.17 1.23 0.62 0.09 0.28 0.92 0.18 0.32
C2 0.30 0.18 1.13 0.94 0.19 0.50 0.13 0.63 0.15 0.23 0.21 0.19 0.20 0.17 0.26 1.50 1.14 0.17 0.85 0.85 1.02 0.73
C2' 0.19 0.21 0.69 0.33 0.23 0.12 0.28 0.16 0.29 0.28 0.24 0.20 0.37 0.31 0.23 1.19 0.61 0.07 0.25 0.97 0.24 0.43
C3' 0.15 0.49 0.65 0.25 0.27 0.12 0.25 0.19 0.38 0.10 0.52 0.38 0.38 0.12 0.17 1.14 0.48 0.10 0.27 1.11 0.29 0.51
C4 0.22 0.13 0.85 0.50 0.16 0.17 0.12 0.18 0.07 0.19 0.09 0.16 0.12 0.16 0.20 1.37 0.79 0.10 0.27 0.75 0.15 0.28
C4' 0.54 0.93 0.97 0.59 0.63 0.56 0.52 0.60 0.66 0.34 0.90 0.81 0.53 0.31 0.51 1.41 0.77 0.47 0.59 1.05 0.45 0.48
C5 0.20 0.11 0.79 0.36 0.15 0.09 0.18 0.31 0.15 0.24 0.13 0.12 0.20 0.24 0.20 1.41 0.73 0.25 0.45 1.04 0.71 0.78
C5' 0.77 1.32 1.09 0.66 0.94 0.73 0.83 0.72 1.05 0.55 1.33 1.15 0.95 0.54 0.76 1.51 0.82 0.72 0.65 1.17 0.35 0.54
C6 0.24 0.12 0.95 0.54 0.15 0.09 0.18 0.25 0.15 0.31 0.15 0.09 0.18 0.28 0.24 1.56 0.92 0.29 0.39 0.76 0.55 0.62
C8 0.15 0.18 0.58 0.13 0.16 0.20 0.18 0.49 0.20 0.17 0.20 0.16 0.25 0.19 0.15 1.24 0.47 0.26 0.67 1.50 1.12 1.15
N1 0.30 0.17 1.16 0.89 0.16 0.34 0.14 0.34 0.14 0.28 0.20 0.13 0.17 0.22 0.27 1.63 1.16 0.15 0.52 0.51 0.48 0.30
N3 0.27 0.16 0.99 0.76 0.19 0.41 0.12 0.53 0.11 0.20 0.15 0.20 0.18 0.14 0.23 1.39 0.97 0.15 0.69 0.77 0.82 0.55
N6 0.24 0.16 0.86 0.41 0.18 0.29 0.24 0.65 0.19 0.39 0.17 0.12 0.21 0.36 0.27 1.58 0.88 0.54 0.86 1.18 1.24 1.23
N7 0.15 0.15 0.59 0.13 0.16 0.30 0.22 0.66 0.23 0.23 0.19 0.14 0.29 0.27 0.18 1.29 0.50 0.37 0.88 1.64 1.43 1.40
N9 0.18 0.17 0.71 0.32 0.16 0.10 0.13 0.18 0.11 0.15 0.15 0.18 0.11 0.13 0.17 1.28 0.62 0.12 0.27 1.01 0.37 0.52
O2' 0.24 0.22 0.75 0.44 0.17 0.18 0.21 0.19 0.11 0.37 0.17 0.16 0.16 0.37 0.26 1.29 0.75 0.07 0.26 0.88 0.17 0.32
O3' 0.39 0.74 0.98 0.59 0.50 0.35 0.43 0.35 0.54 0.26 0.72 0.64 0.48 0.26 0.39 1.48 0.81 0.19 0.39 0.95 0.29 0.33
O4' 0.52 0.79 0.97 0.61 0.55 0.56 0.41 0.60 0.47 0.29 0.71 0.72 0.25 0.23 0.46 1.43 0.79 0.45 0.61 1.01 0.50 0.49
O5' 0.63 1.16 0.89 0.40 0.83 0.45 0.80 0.39 1.05 0.50 1.23 0.99 1.09 0.54 0.65 1.36 0.60 0.49 0.42 1.42 0.58 0.73
OP1 0.86 1.03 0.93 0.92 0.85 0.96 0.82 1.10 0.91 0.87 1.06 0.92 0.90 0.83 0.85 1.21 0.85 0.91 1.33 2.45 1.50 1.73
OP2 0.50 1.04 0.63 0.26 0.76 0.21 0.80 0.48 1.04 0.48 1.14 0.88 1.17 0.59 0.57 1.15 0.35 0.25 0.84 2.00 1.67 1.52
P 0.45 0.99 0.58 0.30 0.64 0.38 0.63 0.55 0.88 0.35 1.07 0.81 0.96 0.39 0.47 1.05 0.30 0.39 0.81 1.99 1.28 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.00 0.09 0.21 0.19 0.15
C2 0.02 0.00 0.29 0.34 0.01 0.56 0.01 1.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.31 0.44 1.28 1.28 1.62 1.39
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.13 0.13 0.14 0.23 0.30 0.09 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.40 0.48 0.47 0.42
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.08 0.00 0.24 0.03 0.15 0.58 0.17 0.36 0.25 0.52 0.23 0.02 0.01 0.03 0.24 0.39 0.17 0.25
C4 0.01 0.01 0.15 0.08 0.00 0.20 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.19 0.23 0.36 0.50 0.30 0.28
C4' 0.00 0.56 0.02 0.00 0.20 0.00 0.04 0.01 0.13 0.46 0.38 0.55 0.05 0.35 0.10 0.32 0.01 0.00 0.04 0.15 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.37 0.10 0.09 0.19 0.76 0.36 0.36
C5' 0.03 1.04 0.13 0.03 0.36 0.01 0.12 0.00 0.29 0.76 0.73 0.97 0.15 0.60 0.15 0.17 0.21 0.03 0.01 0.22 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.15 0.00 0.13 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.38 0.13 0.18 0.25 0.67 0.20 0.19
C8 0.01 0.02 0.14 0.58 0.01 0.46 0.01 0.76 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.13 0.27 1.09 1.45 1.46 1.35
N1 0.02 0.00 0.23 0.17 0.01 0.38 0.01 0.73 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.32 0.21 0.34 0.85 0.89 1.05 0.88
N3 0.02 0.00 0.30 0.36 0.01 0.55 0.01 0.97 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.35 0.45 1.19 1.14 1.37 1.22
N6 0.01 0.01 0.09 0.25 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.43 0.13 0.11 0.17 0.88 0.31 0.33
N7 0.01 0.02 0.08 0.52 0.01 0.35 0.01 0.60 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.40 0.16 0.15 0.91 1.46 1.35 1.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.12 0.01 0.29 0.59 0.45 0.43
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.27 0.32 0.37 0.17 0.38 0.34 0.32 0.18 0.43 0.40 0.23 0.00 0.04 0.21 0.23 0.37 0.47 0.30
O3' 0.32 0.31 0.02 0.01 0.19 0.01 0.10 0.21 0.13 0.13 0.21 0.35 0.13 0.16 0.12 0.04 0.00 0.19 0.23 0.27 0.21 0.16
O4' 0.00 0.44 0.03 0.03 0.23 0.00 0.09 0.03 0.18 0.27 0.34 0.45 0.11 0.15 0.01 0.21 0.19 0.00 0.26 0.27 0.41 0.31
O5' 0.09 1.28 0.40 0.24 0.36 0.04 0.19 0.01 0.25 1.09 0.85 1.19 0.17 0.91 0.29 0.23 0.23 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 1.28 0.48 0.39 0.50 0.15 0.76 0.22 0.67 1.45 0.89 1.14 0.88 1.46 0.59 0.37 0.27 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 1.62 0.47 0.17 0.30 0.20 0.36 0.28 0.20 1.46 1.05 1.37 0.31 1.35 0.45 0.47 0.21 0.41 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 1.39 0.42 0.25 0.28 0.04 0.36 0.02 0.19 1.35 0.88 1.22 0.33 1.23 0.43 0.30 0.16 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00