ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52732

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 0, 1, 3, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.014, 0.023, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.019, 0.031, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.031 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.020, 0.044, 0.068, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.044 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.018, 0.106, 0.195, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.106 std_dev=0.088
C2' A 0, 0.016, 0.113, 0.210, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.113 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.016, 0.118, 0.220, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.118 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.019, 0.147, 0.275, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.147 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.016, 0.148, 0.280, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.148 std_dev=0.132
O3' A 0, 0.031, 0.196, 0.362, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.196 std_dev=0.165
C5' A 0, 0.036, 0.232, 0.427, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.232 std_dev=0.195
N1 B 0, 0.129, 0.330, 0.531, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.330 std_dev=0.201
O5' A 0, 0.076, 0.287, 0.497, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.287 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.151, 0.365, 0.580, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.365 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.149, 0.365, 0.581, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.365 std_dev=0.216
N6 B 0, 0.152, 0.370, 0.588, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.370 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.171, 0.409, 0.646, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.409 std_dev=0.237
C5 B 0, 0.185, 0.437, 0.689, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.437 std_dev=0.252
P A 0, 0.112, 0.365, 0.617, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.365 std_dev=0.252
C4 B 0, 0.189, 0.442, 0.696, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.442 std_dev=0.254
N9 B 0, 0.231, 0.529, 0.827, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.529 std_dev=0.298
N7 B 0, 0.221, 0.528, 0.835, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.528 std_dev=0.307
C1' B 0, 0.259, 0.580, 0.900, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.580 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.291, 0.619, 0.946, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.619 std_dev=0.328
C8 B 0, 0.245, 0.575, 0.906, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.575 std_dev=0.330
O2' B 0, 0.293, 0.630, 0.967, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.630 std_dev=0.337
OP2 A 0, 0.131, 0.469, 0.807, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.469 std_dev=0.338
O4' B 0, 0.281, 0.627, 0.973, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.627 std_dev=0.346
C3' B 0, 0.315, 0.673, 1.032, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.673 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.328, 0.696, 1.064, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.696 std_dev=0.368
C4' B 0, 0.318, 0.693, 1.068, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.693 std_dev=0.375
OP2 B 0, 0.331, 0.706, 1.082, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.706 std_dev=0.376
P B 0, 0.288, 0.689, 1.089, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.689 std_dev=0.400
OP1 A 0, 0.052, 0.454, 0.857, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.454 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.304, 0.711, 1.119, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.711 std_dev=0.408
C5' B 0, 0.333, 0.744, 1.156, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.744 std_dev=0.411
OP1 B 0, 0.277, 0.708, 1.139, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.708 std_dev=0.431

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.04 0.06 0.18 0.14 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.08 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.15 0.16 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.16 0.21 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.17 0.22 0.13
C8 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.11 0.15 0.22 0.15
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.08 0.18 0.18 0.10
N3 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.05 0.05 0.16 0.12 0.07
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.11 0.19 0.25 0.16
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.12 0.17 0.25 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.15 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.12 0.09 0.08
O5' 0.04 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.08 0.05 0.11 0.12 0.07 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.18 0.05 0.02 0.15 0.05 0.16 0.02 0.17 0.15 0.18 0.16 0.19 0.17 0.13 0.06 0.06 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.03 0.03 0.16 0.01 0.21 0.04 0.22 0.22 0.18 0.12 0.25 0.25 0.15 0.02 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.03 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.13 0.15 0.10 0.07 0.16 0.17 0.10 0.04 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.17 0.16 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.13 0.09 0.07 0.10 0.18 0.18 0.07 0.12 0.15 0.15 0.13
C2 0.12 0.08 0.15 0.12 0.09 0.08 0.12 0.08 0.15 0.11 0.13 0.09 0.20 0.13 0.10 0.18 0.14 0.08 0.16 0.20 0.16 0.17
C2' 0.14 0.14 0.19 0.17 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.15 0.09 0.08 0.12 0.20 0.19 0.08 0.12 0.15 0.15 0.13
C3' 0.13 0.13 0.17 0.16 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.14 0.10 0.09 0.12 0.18 0.17 0.09 0.12 0.14 0.16 0.13
C4 0.13 0.12 0.17 0.14 0.11 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.13 0.13 0.09 0.11 0.18 0.16 0.07 0.11 0.15 0.14 0.13
C4' 0.09 0.10 0.14 0.14 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.14 0.15 0.06 0.11 0.15 0.15 0.13
C5 0.17 0.15 0.20 0.16 0.15 0.12 0.12 0.10 0.10 0.14 0.11 0.17 0.11 0.13 0.16 0.21 0.17 0.11 0.11 0.14 0.15 0.12
C5' 0.09 0.10 0.12 0.12 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.08 0.12 0.14 0.06 0.11 0.16 0.17 0.14
C6 0.19 0.14 0.20 0.16 0.16 0.12 0.13 0.09 0.09 0.16 0.08 0.17 0.13 0.15 0.17 0.23 0.17 0.13 0.12 0.14 0.15 0.12
C8 0.17 0.17 0.20 0.18 0.16 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.18 0.11 0.13 0.16 0.20 0.18 0.12 0.12 0.14 0.16 0.13
N1 0.15 0.08 0.18 0.14 0.11 0.10 0.12 0.08 0.12 0.14 0.08 0.12 0.18 0.14 0.13 0.20 0.15 0.09 0.14 0.18 0.16 0.15
N3 0.11 0.09 0.15 0.12 0.08 0.08 0.09 0.07 0.12 0.09 0.11 0.10 0.17 0.10 0.09 0.17 0.15 0.07 0.14 0.18 0.15 0.15
N6 0.24 0.16 0.24 0.20 0.20 0.17 0.18 0.13 0.12 0.23 0.10 0.20 0.13 0.21 0.23 0.26 0.19 0.18 0.13 0.13 0.17 0.12
N7 0.19 0.18 0.21 0.19 0.18 0.15 0.16 0.13 0.15 0.17 0.16 0.19 0.12 0.16 0.18 0.22 0.18 0.15 0.12 0.14 0.17 0.13
N9 0.13 0.14 0.18 0.16 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.14 0.09 0.09 0.12 0.18 0.17 0.08 0.11 0.14 0.15 0.12
O2' 0.15 0.15 0.21 0.18 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.15 0.09 0.08 0.12 0.23 0.21 0.09 0.13 0.16 0.16 0.14
O3' 0.13 0.12 0.17 0.16 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10 0.12 0.18 0.17 0.09 0.12 0.14 0.16 0.13
O4' 0.09 0.10 0.14 0.13 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.14 0.15 0.06 0.11 0.15 0.15 0.13
O5' 0.13 0.14 0.15 0.16 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.14 0.11 0.11 0.12 0.15 0.17 0.11 0.13 0.18 0.20 0.16
OP1 0.22 0.21 0.23 0.22 0.21 0.21 0.21 0.21 0.20 0.22 0.20 0.21 0.19 0.22 0.22 0.25 0.22 0.21 0.28 0.32 0.34 0.31
OP2 0.24 0.25 0.25 0.28 0.25 0.26 0.24 0.29 0.25 0.23 0.26 0.25 0.25 0.23 0.24 0.24 0.27 0.24 0.24 0.30 0.30 0.28
P 0.13 0.16 0.15 0.16 0.13 0.14 0.13 0.16 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.15 0.16 0.12 0.18 0.24 0.25 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.04
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.04 0.12 0.13 0.14 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.10 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.08 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.08 0.05
C4 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.10 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.13 0.15 0.17 0.15
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.05 0.02 0.07 0.09 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.14 0.16 0.17 0.16
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.13 0.15 0.17 0.15
N1 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.13 0.15 0.16 0.14
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.10 0.10 0.13 0.10
N6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.15 0.19 0.19 0.18
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.18 0.19 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.09 0.13 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02
O3' 0.02 0.11 0.03 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04 0.10 0.10 0.07 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04
O5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.13 0.10 0.15 0.14 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.13 0.05 0.06 0.11 0.02 0.15 0.04 0.16 0.15 0.15 0.10 0.19 0.18 0.09 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.10 0.08 0.14 0.04 0.17 0.03 0.17 0.17 0.16 0.13 0.19 0.19 0.13 0.07 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.12 0.04 0.05 0.11 0.02 0.15 0.00 0.16 0.15 0.14 0.10 0.18 0.17 0.09 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00