ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52733

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.003, 0.065, 0.127, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.065 std_dev=0.062
C2' A 0, -0.001, 0.070, 0.141, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.070 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.020, 0.114, 0.207, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.114 std_dev=0.094
C1' B 0, 0.143, 0.239, 0.335, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.239 std_dev=0.096
N9 B 0, 0.149, 0.248, 0.346, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.248 std_dev=0.099
O4' B 0, 0.124, 0.233, 0.343, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.233 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.006, 0.120, 0.234, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.120 std_dev=0.114
C4 B 0, 0.129, 0.246, 0.363, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.246 std_dev=0.117
O2' A 0, -0.008, 0.111, 0.229, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.111 std_dev=0.119
C8 B 0, 0.162, 0.287, 0.412, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.287 std_dev=0.125
C2' B 0, 0.144, 0.271, 0.398, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.271 std_dev=0.127
N3 B 0, 0.116, 0.244, 0.372, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.244 std_dev=0.128
C4' B 0, 0.129, 0.271, 0.414, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.271 std_dev=0.142
C5 B 0, 0.135, 0.280, 0.425, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.280 std_dev=0.145
N7 B 0, 0.156, 0.303, 0.451, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.303 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.136, 0.287, 0.438, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.287 std_dev=0.151
O2' B 0, 0.154, 0.318, 0.483, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.318 std_dev=0.164
C2 B 0, 0.122, 0.287, 0.451, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.287 std_dev=0.165
OP2 A 0, 0.260, 0.428, 0.595, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.428 std_dev=0.168
C5' A 0, 0.035, 0.209, 0.382, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.209 std_dev=0.173
P A 0, 0.160, 0.334, 0.509, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.334 std_dev=0.175
C5' B 0, 0.138, 0.315, 0.493, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.315 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.134, 0.312, 0.491, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.312 std_dev=0.178
O3' A 0, 0.007, 0.189, 0.372, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.189 std_dev=0.183
N1 B 0, 0.132, 0.320, 0.508, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.320 std_dev=0.188
O5' B 0, 0.160, 0.354, 0.549, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.354 std_dev=0.194
O3' B 0, 0.142, 0.340, 0.539, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.340 std_dev=0.198
N6 B 0, 0.149, 0.357, 0.565, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.357 std_dev=0.208
P B 0, 0.275, 0.486, 0.696, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.486 std_dev=0.210
O5' A 0, 0.052, 0.273, 0.494, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.273 std_dev=0.221
OP1 A 0, 0.259, 0.484, 0.708, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.484 std_dev=0.225
OP1 B 0, 0.391, 0.643, 0.896, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.643 std_dev=0.253
OP2 B 0, 0.335, 0.631, 0.927, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.631 std_dev=0.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.28 0.04 0.10
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.02 0.06 0.26 0.05 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.13 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.08 0.26 0.05 0.08
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.12 0.24 0.06 0.08
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.04 0.02 0.08 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.11 0.24 0.06 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.14 0.25 0.05 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.09 0.25 0.06 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.05 0.27 0.05 0.09
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.14 0.22 0.07 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.15 0.23 0.06 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.27 0.04 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.21 0.11 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.21 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.29 0.07 0.14
O5' 0.03 0.06 0.01 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.11 0.14 0.09 0.05 0.14 0.15 0.08 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.26 0.21 0.14 0.26 0.16 0.24 0.06 0.24 0.25 0.25 0.27 0.22 0.23 0.27 0.21 0.09 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.09 0.13 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.11 0.21 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.09 0.05 0.03 0.08 0.04 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.04 0.07 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.17 0.06 0.07 0.09 0.09 0.11 0.11 0.14 0.10 0.17 0.13 0.15 0.10 0.05 0.06 0.07 0.09 0.12 0.21 0.11 0.10
C2 0.11 0.15 0.09 0.11 0.08 0.13 0.09 0.15 0.12 0.15 0.17 0.10 0.14 0.14 0.11 0.09 0.10 0.14 0.19 0.25 0.17 0.17
C2' 0.05 0.15 0.05 0.06 0.08 0.07 0.11 0.09 0.13 0.14 0.15 0.12 0.14 0.14 0.07 0.05 0.05 0.06 0.12 0.21 0.13 0.11
C3' 0.05 0.18 0.05 0.04 0.10 0.05 0.11 0.07 0.13 0.14 0.17 0.15 0.14 0.14 0.08 0.06 0.04 0.05 0.08 0.22 0.14 0.11
C4 0.10 0.16 0.09 0.10 0.06 0.12 0.07 0.13 0.11 0.12 0.17 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.16 0.23 0.14 0.14
C4' 0.08 0.19 0.07 0.05 0.14 0.05 0.14 0.06 0.15 0.15 0.18 0.17 0.15 0.15 0.11 0.07 0.04 0.07 0.07 0.23 0.12 0.11
C5 0.13 0.15 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.14 0.13 0.15 0.16 0.10 0.14 0.14 0.12 0.11 0.11 0.14 0.17 0.24 0.15 0.15
C5' 0.12 0.23 0.11 0.09 0.16 0.07 0.15 0.08 0.17 0.15 0.21 0.21 0.16 0.14 0.13 0.13 0.08 0.10 0.07 0.24 0.13 0.13
C6 0.13 0.14 0.12 0.13 0.12 0.14 0.15 0.15 0.16 0.17 0.17 0.11 0.18 0.17 0.14 0.12 0.12 0.14 0.19 0.25 0.17 0.17
C8 0.12 0.14 0.12 0.12 0.07 0.13 0.08 0.13 0.10 0.12 0.14 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.14 0.23 0.13 0.13
N1 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.14 0.16 0.14 0.17 0.15 0.09 0.17 0.17 0.13 0.10 0.11 0.14 0.19 0.25 0.18 0.18
N3 0.09 0.17 0.08 0.09 0.07 0.12 0.06 0.14 0.13 0.12 0.19 0.11 0.14 0.09 0.08 0.08 0.09 0.13 0.17 0.23 0.15 0.14
N6 0.15 0.15 0.14 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.19 0.18 0.19 0.13 0.21 0.19 0.16 0.13 0.14 0.15 0.19 0.26 0.18 0.18
N7 0.14 0.15 0.14 0.14 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.15 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.16 0.24 0.14 0.14
N9 0.09 0.16 0.08 0.09 0.05 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.15 0.11 0.12 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.14 0.22 0.12 0.12
O2' 0.06 0.13 0.06 0.07 0.11 0.08 0.15 0.11 0.16 0.17 0.15 0.11 0.19 0.20 0.10 0.06 0.07 0.07 0.14 0.21 0.15 0.12
O3' 0.07 0.17 0.06 0.06 0.11 0.06 0.14 0.08 0.14 0.18 0.16 0.14 0.15 0.19 0.11 0.07 0.05 0.07 0.10 0.24 0.18 0.15
O4' 0.06 0.20 0.06 0.05 0.15 0.06 0.15 0.06 0.17 0.11 0.19 0.18 0.16 0.13 0.10 0.06 0.05 0.04 0.08 0.20 0.07 0.07
O5' 0.13 0.29 0.13 0.10 0.19 0.08 0.17 0.08 0.20 0.14 0.26 0.26 0.19 0.14 0.14 0.14 0.10 0.10 0.08 0.23 0.12 0.12
OP1 0.28 0.13 0.25 0.25 0.22 0.25 0.24 0.24 0.20 0.31 0.15 0.16 0.20 0.29 0.28 0.22 0.20 0.29 0.25 0.37 0.26 0.28
OP2 0.14 0.13 0.15 0.16 0.10 0.15 0.12 0.15 0.12 0.17 0.13 0.10 0.12 0.15 0.13 0.16 0.16 0.16 0.11 0.24 0.17 0.16
P 0.15 0.12 0.14 0.14 0.09 0.15 0.11 0.15 0.09 0.18 0.11 0.10 0.10 0.15 0.14 0.13 0.13 0.17 0.12 0.27 0.17 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.19 0.03 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.26 0.10 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.07 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.08 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.10 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.25 0.08 0.11
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.28 0.11 0.14
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.10 0.29 0.13 0.16
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.26 0.08 0.10
N1 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.28 0.13 0.16
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.08 0.24 0.08 0.11
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.11 0.30 0.16 0.18
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.28 0.11 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.23 0.06 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.14 0.08 0.02
O3' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.09 0.08 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.13 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.16 0.02 0.04
O5' 0.03 0.10 0.02 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.05 0.02 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.26 0.15 0.11 0.25 0.11 0.28 0.05 0.29 0.26 0.28 0.24 0.30 0.28 0.23 0.14 0.08 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.10 0.07 0.10 0.08 0.05 0.11 0.04 0.13 0.08 0.13 0.08 0.16 0.11 0.06 0.08 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.14 0.03 0.02 0.11 0.02 0.14 0.01 0.16 0.10 0.16 0.11 0.18 0.13 0.08 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00