ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52734

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 4, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.014, 0.023, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.022, 0.064, 0.107, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.064 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.025, 0.081, 0.137, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.081 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.074, 0.138, 0.203, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.138 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.098, 0.178, 0.259, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.178 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.095, 0.178, 0.260, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.178 std_dev=0.083
O5' A 0, 0.181, 0.298, 0.414, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.298 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.151, 0.272, 0.392, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.272 std_dev=0.120
C5' A 0, 0.131, 0.258, 0.385, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.258 std_dev=0.127
P A 0, 0.178, 0.314, 0.450, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.314 std_dev=0.136
N1 B 0, 0.188, 0.330, 0.473, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.330 std_dev=0.142
C6 B 0, 0.127, 0.270, 0.414, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.270 std_dev=0.144
C4 B 0, 0.161, 0.310, 0.459, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.310 std_dev=0.149
C5 B 0, 0.109, 0.261, 0.413, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.261 std_dev=0.152
C2 B 0, 0.189, 0.342, 0.495, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.342 std_dev=0.153
N9 B 0, 0.216, 0.371, 0.527, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.371 std_dev=0.155
N6 B 0, 0.139, 0.294, 0.450, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.294 std_dev=0.155
N7 B 0, 0.150, 0.306, 0.463, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.306 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.182, 0.340, 0.497, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.340 std_dev=0.158
C8 B 0, 0.219, 0.380, 0.541, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.380 std_dev=0.161
O4' B 0, 0.279, 0.448, 0.618, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.448 std_dev=0.170
C1' B 0, 0.271, 0.441, 0.611, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.441 std_dev=0.170
OP2 A 0, 0.282, 0.478, 0.674, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.478 std_dev=0.196
OP1 A 0, 0.212, 0.413, 0.613, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.413 std_dev=0.200
C4' B 0, 0.305, 0.513, 0.721, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.513 std_dev=0.208
C2' B 0, 0.301, 0.519, 0.737, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.519 std_dev=0.218
C3' B 0, 0.308, 0.537, 0.766, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.537 std_dev=0.229
C5' B 0, 0.288, 0.521, 0.755, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.521 std_dev=0.233
O2' B 0, 0.329, 0.565, 0.800, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.565 std_dev=0.235
O5' B 0, 0.272, 0.519, 0.766, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.519 std_dev=0.247
O3' B 0, 0.326, 0.585, 0.845, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.585 std_dev=0.260
P B 0, 0.243, 0.534, 0.825, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.534 std_dev=0.291
OP1 B 0, 0.204, 0.507, 0.811, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.507 std_dev=0.304
OP2 B 0, 0.358, 0.688, 1.018, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.688 std_dev=0.330

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.07 0.10 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.08 0.12 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.07 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.04 0.03 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.10 0.07 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.08 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08
C2 0.12 0.15 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.15 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12
C2' 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06
C3' 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05
C4 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08
C4' 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06
C5 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08
C5' 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07
C6 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.05 0.03 0.06 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10
C8 0.07 0.11 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08
N1 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.10 0.11 0.11 0.08 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12
N3 0.09 0.13 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10
N6 0.05 0.09 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.05 0.04 0.06 0.06 0.09 0.10 0.10 0.10
N7 0.07 0.12 0.08 0.07 0.10 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.12 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07
N9 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.07
O2' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.08 0.09 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07
O3' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05
O4' 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08
O5' 0.08 0.11 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08
OP1 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09
OP2 0.08 0.12 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.07 0.12 0.11 0.12 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10
P 0.06 0.09 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.10 0.08 0.09 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.07
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.09 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.06 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00