ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52735

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.018, 0.033, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.015
O4' B 0, 0.176, 0.301, 0.427, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.301 std_dev=0.125
C5 B 0, 0.155, 0.284, 0.413, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.284 std_dev=0.129
C8 B 0, 0.191, 0.325, 0.459, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.325 std_dev=0.134
N7 B 0, 0.187, 0.323, 0.458, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.323 std_dev=0.135
C1' B 0, 0.170, 0.308, 0.447, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.308 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.183, 0.322, 0.460, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.322 std_dev=0.139
C4 B 0, 0.140, 0.279, 0.418, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.279 std_dev=0.139
N9 B 0, 0.154, 0.293, 0.432, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.293 std_dev=0.139
C2 B 0, 0.190, 0.333, 0.476, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.333 std_dev=0.143
C6 B 0, 0.142, 0.298, 0.453, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.298 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.144, 0.313, 0.482, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.313 std_dev=0.169
C4' B 0, 0.177, 0.349, 0.521, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.172
C2' B 0, 0.195, 0.374, 0.553, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.374 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.233, 0.437, 0.642, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.437 std_dev=0.204
C3' B 0, 0.187, 0.393, 0.598, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.393 std_dev=0.206
N6 B 0, 0.122, 0.331, 0.541, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.331 std_dev=0.209
C5' B 0, 0.133, 0.370, 0.607, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.370 std_dev=0.237
O3' B 0, 0.182, 0.477, 0.772, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.477 std_dev=0.295
OP2 B 0, 0.148, 0.664, 1.181, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.664 std_dev=0.516
OP1 B 0, 0.107, 0.628, 1.150, 2.109 max_d=2.109 avg_d=0.628 std_dev=0.522
P B 0, 0.009, 0.544, 1.078, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.544 std_dev=0.535
O5' B 0, -0.056, 0.496, 1.047, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.496 std_dev=0.552
O4' A 0, -0.379, 0.294, 0.967, 2.417 max_d=2.417 avg_d=0.294 std_dev=0.673
C2' A 0, -0.397, 0.305, 1.006, 2.516 max_d=2.516 avg_d=0.305 std_dev=0.702
O2' A 0, -0.444, 0.417, 1.278, 3.114 max_d=3.114 avg_d=0.417 std_dev=0.861
C4' A 0, -0.500, 0.402, 1.304, 3.248 max_d=3.248 avg_d=0.402 std_dev=0.902
C3' A 0, -0.578, 0.472, 1.522, 3.781 max_d=3.781 avg_d=0.472 std_dev=1.050
O3' A 0, -0.802, 0.640, 2.082, 5.183 max_d=5.183 avg_d=0.640 std_dev=1.442
C5' A 0, -0.902, 0.737, 2.376, 5.908 max_d=5.908 avg_d=0.737 std_dev=1.639
O5' A 0, -1.102, 0.821, 2.743, 6.889 max_d=6.889 avg_d=0.821 std_dev=1.922
P A 0, -1.406, 1.190, 3.786, 9.389 max_d=9.389 avg_d=1.190 std_dev=2.596
OP2 A 0, -1.336, 1.338, 4.011, 9.771 max_d=9.771 avg_d=1.338 std_dev=2.673
OP1 A 0, -1.513, 1.432, 4.378, 10.728 max_d=10.728 avg_d=1.432 std_dev=2.945

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.13 0.03
C2 0.01 0.00 0.08 0.36 0.00 0.52 0.00 0.91 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.31 0.42 1.00 1.11 1.60 1.28
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04
C3' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.19 0.00 0.11 0.01 0.19 0.15 0.30 0.33 0.15 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.16 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.19 0.00 0.25 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.21 0.43 0.40 0.80 0.55
C4' 0.01 0.52 0.01 0.00 0.25 0.00 0.13 0.00 0.24 0.22 0.42 0.50 0.18 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05
C5 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.08 0.24 0.18 0.69 0.38
C5' 0.01 0.91 0.00 0.01 0.41 0.00 0.23 0.00 0.43 0.34 0.74 0.83 0.33 0.18 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.19 0.00 0.24 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.17 0.17 0.46 0.45 1.03 0.68
C8 0.01 0.00 0.05 0.15 0.00 0.22 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.11 0.21 0.33 0.49 0.06 0.28
N1 0.01 0.00 0.06 0.30 0.00 0.42 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.27 0.31 0.80 0.88 1.45 1.09
N3 0.02 0.00 0.08 0.33 0.00 0.50 0.00 0.83 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.27 0.43 0.89 0.93 1.30 1.07
N6 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.18 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.11 0.34 0.31 0.95 0.57
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.12 0.18 0.36 0.23 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.30 0.10
O2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.15 0.02 0.08 0.02 0.14 0.13 0.25 0.30 0.10 0.07 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.11 0.11
O3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.15 0.01 0.10 0.02 0.17 0.11 0.27 0.27 0.15 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.08 0.12
O4' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.21 0.00 0.08 0.01 0.17 0.21 0.31 0.43 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.03
O5' 0.02 1.00 0.01 0.01 0.43 0.01 0.24 0.00 0.46 0.33 0.80 0.89 0.34 0.18 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 1.11 0.04 0.05 0.40 0.04 0.18 0.04 0.45 0.49 0.88 0.93 0.31 0.36 0.08 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 1.60 0.12 0.16 0.80 0.07 0.69 0.19 1.03 0.06 1.45 1.30 0.95 0.23 0.30 0.11 0.08 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 1.28 0.04 0.05 0.55 0.05 0.38 0.01 0.68 0.28 1.09 1.07 0.57 0.11 0.10 0.11 0.12 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.05 0.06 0.11 0.08 0.15 0.11 0.23 0.09 0.17 0.06 0.06 0.11 0.16 0.10 0.08 0.13 0.09 0.18 0.17 0.48 0.29
C2 0.13 0.15 0.13 0.13 0.14 0.16 0.12 0.20 0.11 0.11 0.13 0.16 0.10 0.11 0.12 0.14 0.13 0.16 0.26 0.17 0.18 0.13
C2' 0.53 0.27 0.53 0.54 0.41 0.53 0.40 0.50 0.31 0.58 0.26 0.34 0.29 0.49 0.51 0.48 0.52 0.54 0.96 0.86 1.12 1.01
C3' 0.54 0.49 0.51 0.57 0.63 0.51 0.75 0.61 0.69 0.92 0.57 0.48 0.75 0.92 0.70 0.32 0.49 0.55 1.14 1.12 1.62 1.38
C4 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.13 0.08 0.20 0.07 0.13 0.05 0.07 0.09 0.13 0.07 0.08 0.08 0.12 0.10 0.07 0.32 0.08
C4' 0.06 0.29 0.09 0.12 0.34 0.23 0.54 0.20 0.57 0.56 0.44 0.21 0.70 0.69 0.30 0.27 0.25 0.10 0.37 0.45 1.04 0.69
C5 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.10 0.09 0.15 0.08 0.12 0.04 0.04 0.11 0.14 0.07 0.08 0.03 0.10 0.10 0.06 0.30 0.08
C5' 0.11 0.43 0.26 0.30 0.46 0.47 0.81 0.35 0.89 0.73 0.69 0.27 1.13 1.02 0.35 0.57 0.51 0.26 0.22 0.38 1.19 0.66
C6 0.06 0.07 0.08 0.04 0.04 0.09 0.06 0.13 0.07 0.08 0.04 0.08 0.12 0.10 0.04 0.12 0.05 0.11 0.18 0.11 0.23 0.08
C8 0.11 0.07 0.10 0.09 0.11 0.12 0.13 0.17 0.11 0.19 0.08 0.08 0.12 0.18 0.14 0.09 0.09 0.12 0.15 0.11 0.43 0.24
N1 0.11 0.14 0.12 0.10 0.11 0.13 0.08 0.16 0.06 0.08 0.10 0.15 0.07 0.08 0.10 0.14 0.10 0.14 0.26 0.17 0.18 0.13
N3 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.17 0.11 0.22 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.12 0.13 0.15 0.20 0.13 0.25 0.08
N6 0.04 0.07 0.09 0.05 0.05 0.07 0.11 0.10 0.15 0.09 0.11 0.06 0.19 0.13 0.05 0.13 0.07 0.10 0.18 0.12 0.23 0.10
N7 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.14 0.14 0.12 0.18 0.10 0.08 0.14 0.17 0.14 0.09 0.07 0.11 0.09 0.06 0.36 0.16
N9 0.06 0.05 0.05 0.08 0.08 0.13 0.11 0.20 0.08 0.17 0.05 0.06 0.10 0.16 0.10 0.06 0.09 0.10 0.11 0.10 0.42 0.20
O2' 0.47 0.16 0.49 0.49 0.27 0.51 0.20 0.45 0.12 0.37 0.11 0.24 0.10 0.26 0.37 0.52 0.52 0.49 0.92 0.85 0.93 0.92
O3' 0.72 0.60 0.74 0.87 0.75 0.82 0.85 0.99 0.79 1.04 0.67 0.61 0.84 1.02 0.84 0.54 0.81 0.77 1.60 1.71 2.03 1.93
O4' 0.30 0.06 0.39 0.50 0.06 0.61 0.20 0.63 0.25 0.15 0.16 0.09 0.37 0.29 0.09 0.49 0.59 0.47 0.19 0.17 0.41 0.10
O5' 0.51 0.23 0.74 0.90 0.17 1.08 0.57 1.04 0.72 0.34 0.53 0.02 1.02 0.72 0.04 1.02 1.16 0.73 0.47 0.39 0.54 0.08
OP1 0.57 0.28 0.86 0.94 0.25 1.08 0.74 0.88 0.94 0.50 0.68 0.08 1.35 0.95 0.09 1.30 1.33 0.71 0.31 0.22 0.92 0.32
OP2 0.28 0.84 0.59 0.89 0.65 1.09 1.13 1.19 1.42 0.66 1.24 0.52 1.83 1.20 0.32 0.91 1.31 0.58 0.77 0.98 0.33 0.44
P 0.45 0.48 0.73 0.92 0.37 1.11 0.84 1.08 1.06 0.50 0.85 0.20 1.44 0.97 0.12 1.08 1.29 0.69 0.54 0.54 0.56 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.23 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.02 0.26 0.17 0.19 0.15
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.09 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.22 0.09 0.12
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.07 0.11 0.11 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.29 0.05 0.19
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.26 0.16 0.18 0.14
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.24 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.31 0.18 0.19 0.18
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.28 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.32 0.18 0.20 0.19
C8 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.30 0.16 0.18 0.14
N1 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.14 0.02 0.30 0.18 0.20 0.18
N3 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.02 0.23 0.15 0.18 0.13
N6 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.33 0.19 0.22 0.21
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.33 0.18 0.18 0.19
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.23 0.14 0.19 0.11
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.08 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.17 0.12 0.05
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.08 0.14 0.13 0.08 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.36 0.11 0.23
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.04 0.35 0.14
O5' 0.11 0.26 0.21 0.28 0.26 0.01 0.31 0.00 0.32 0.30 0.30 0.23 0.33 0.33 0.23 0.10 0.25 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.17 0.22 0.29 0.16 0.12 0.18 0.16 0.18 0.16 0.18 0.15 0.19 0.18 0.14 0.17 0.36 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.19 0.09 0.05 0.18 0.24 0.19 0.28 0.20 0.18 0.20 0.18 0.22 0.18 0.19 0.12 0.11 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.15 0.12 0.19 0.14 0.03 0.18 0.00 0.19 0.14 0.18 0.13 0.21 0.19 0.11 0.05 0.23 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00