ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52736

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 0, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.021, 0.047, 0.073, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.047 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.028, 0.069, 0.110, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.069 std_dev=0.041
C4' A 0, 0.037, 0.081, 0.125, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.081 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.057, 0.107, 0.156, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.107 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.038, 0.112, 0.185, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.112 std_dev=0.074
C5' A 0, 0.034, 0.108, 0.183, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.108 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.085, 0.161, 0.237, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.161 std_dev=0.076
O5' A 0, 0.033, 0.115, 0.197, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.115 std_dev=0.082
N9 B 0, 0.104, 0.199, 0.294, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.199 std_dev=0.095
C1' B 0, 0.095, 0.197, 0.299, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.197 std_dev=0.102
C4 B 0, 0.086, 0.206, 0.326, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.206 std_dev=0.120
O4' B 0, 0.073, 0.197, 0.321, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.197 std_dev=0.124
C8 B 0, 0.121, 0.255, 0.389, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.255 std_dev=0.134
C2' B 0, 0.092, 0.235, 0.379, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.235 std_dev=0.143
P A 0, 0.020, 0.166, 0.312, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.166 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.082, 0.232, 0.382, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.232 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.079, 0.241, 0.404, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.241 std_dev=0.163
C4' B 0, 0.073, 0.237, 0.401, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.237 std_dev=0.164
N7 B 0, 0.104, 0.272, 0.440, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.272 std_dev=0.168
O2' B 0, 0.096, 0.265, 0.435, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.265 std_dev=0.169
C5' B 0, 0.091, 0.260, 0.430, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.260 std_dev=0.169
C3' B 0, 0.095, 0.268, 0.441, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.268 std_dev=0.173
O5' B 0, 0.101, 0.277, 0.452, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.277 std_dev=0.176
P B 0, 0.128, 0.311, 0.495, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.311 std_dev=0.183
OP1 A 0, 0.042, 0.237, 0.433, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.237 std_dev=0.195
OP2 A 0, 0.047, 0.244, 0.441, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.244 std_dev=0.197
OP1 B 0, 0.132, 0.335, 0.538, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.335 std_dev=0.203
C2 B 0, 0.090, 0.297, 0.503, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.297 std_dev=0.207
O3' B 0, 0.104, 0.315, 0.526, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.315 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.076, 0.289, 0.502, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.289 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.092, 0.323, 0.554, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.323 std_dev=0.231
N6 B 0, 0.106, 0.349, 0.591, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.349 std_dev=0.242
OP2 B 0, 0.147, 0.402, 0.657, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.402 std_dev=0.255

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.10 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.08 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.08 0.08 0.02
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.08 0.08 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.08 0.09 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.06 0.03
N1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.08 0.09 0.02
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.09 0.02
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.09 0.09 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.07 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.06 0.02
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.07 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.04
O5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.04 0.02 0.08 0.04 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.04 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.10 0.08 0.07 0.08 0.02 0.08 0.03 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.07 0.06 0.07 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.10 0.12 0.11 0.12 0.15 0.14 0.14 0.20 0.10 0.07 0.16 0.20 0.14 0.09 0.11 0.12 0.15 0.17 0.15 0.15
C2 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.10 0.13 0.08 0.06 0.11 0.14 0.09 0.10 0.07 0.08 0.11 0.14 0.08 0.08
C2' 0.11 0.07 0.10 0.11 0.11 0.11 0.15 0.12 0.13 0.20 0.10 0.07 0.16 0.20 0.13 0.10 0.10 0.11 0.14 0.18 0.15 0.15
C3' 0.11 0.07 0.12 0.14 0.10 0.14 0.14 0.17 0.12 0.20 0.09 0.06 0.14 0.20 0.13 0.11 0.14 0.13 0.17 0.21 0.19 0.18
C4 0.10 0.06 0.10 0.10 0.07 0.10 0.11 0.09 0.10 0.17 0.08 0.05 0.11 0.16 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.13 0.06 0.07
C4' 0.12 0.09 0.13 0.16 0.12 0.16 0.15 0.20 0.14 0.21 0.11 0.08 0.16 0.20 0.14 0.11 0.15 0.14 0.20 0.24 0.22 0.21
C5 0.12 0.07 0.13 0.12 0.05 0.12 0.08 0.10 0.08 0.14 0.08 0.05 0.10 0.12 0.10 0.15 0.12 0.11 0.11 0.13 0.06 0.07
C5' 0.14 0.10 0.15 0.18 0.12 0.19 0.15 0.22 0.13 0.20 0.11 0.09 0.15 0.20 0.15 0.13 0.18 0.16 0.21 0.24 0.23 0.22
C6 0.11 0.09 0.12 0.11 0.05 0.10 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10 0.07 0.10 0.10 0.08 0.15 0.11 0.10 0.10 0.13 0.05 0.06
C8 0.14 0.07 0.16 0.17 0.09 0.18 0.11 0.16 0.10 0.18 0.08 0.06 0.11 0.15 0.13 0.17 0.17 0.16 0.16 0.17 0.13 0.13
N1 0.09 0.08 0.10 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.06 0.11 0.11 0.08 0.12 0.09 0.09 0.10 0.14 0.07 0.07
N3 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.12 0.08 0.11 0.17 0.09 0.06 0.13 0.17 0.10 0.10 0.07 0.08 0.10 0.14 0.05 0.07
N6 0.13 0.15 0.15 0.14 0.08 0.12 0.08 0.10 0.12 0.09 0.15 0.11 0.13 0.08 0.08 0.18 0.15 0.11 0.11 0.13 0.06 0.07
N7 0.14 0.09 0.16 0.16 0.07 0.16 0.09 0.14 0.09 0.15 0.09 0.07 0.10 0.13 0.11 0.18 0.17 0.15 0.14 0.15 0.10 0.10
N9 0.12 0.07 0.12 0.13 0.09 0.13 0.12 0.13 0.11 0.19 0.08 0.06 0.12 0.17 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.15 0.11 0.12
O2' 0.10 0.11 0.09 0.10 0.14 0.08 0.18 0.10 0.18 0.22 0.14 0.10 0.21 0.24 0.15 0.08 0.08 0.09 0.13 0.18 0.17 0.16
O3' 0.11 0.06 0.12 0.14 0.10 0.14 0.14 0.17 0.13 0.21 0.09 0.06 0.15 0.20 0.13 0.11 0.14 0.13 0.18 0.22 0.20 0.19
O4' 0.12 0.09 0.12 0.15 0.12 0.16 0.15 0.19 0.14 0.20 0.11 0.09 0.16 0.20 0.14 0.10 0.14 0.14 0.20 0.21 0.20 0.20
O5' 0.13 0.10 0.14 0.18 0.10 0.19 0.13 0.20 0.11 0.19 0.10 0.09 0.13 0.18 0.14 0.14 0.18 0.16 0.20 0.22 0.20 0.19
OP1 0.11 0.15 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.12 0.14 0.14 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.14 0.20 0.18 0.15
OP2 0.12 0.12 0.12 0.15 0.10 0.16 0.13 0.18 0.12 0.19 0.12 0.09 0.13 0.18 0.13 0.12 0.15 0.15 0.18 0.22 0.19 0.18
P 0.10 0.11 0.10 0.14 0.08 0.15 0.10 0.17 0.09 0.16 0.10 0.09 0.10 0.14 0.10 0.10 0.14 0.13 0.16 0.21 0.17 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.11 0.06 0.17 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.05 0.12 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.06 0.13 0.07
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.07 0.16 0.09
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.03
N1 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.12 0.07 0.18 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.10 0.06 0.14 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.11 0.08 0.17 0.10
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.05 0.10 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.07 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04 0.10 0.09 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03 0.04
O5' 0.04 0.11 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.11 0.05 0.12 0.10 0.11 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.17 0.06 0.06 0.12 0.02 0.13 0.03 0.16 0.07 0.18 0.14 0.17 0.10 0.07 0.06 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.03 0.10 0.07 0.10 0.06 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00